More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3474 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009052  Sbal_0384  ATP-dependent DNA helicase RecQ  80.9 
 
 		 607 aa  1021    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03701  ATP-dependent DNA helicase  59.28 
 
 		 611 aa  725    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.644555  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4157  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  59.45 
 
 		 611 aa  727    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0898  ATP-dependent DNA helicase RecQ  56.57 
 
 		 603 aa  701    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.109686  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0218  ATP-dependent DNA helicase RecQ  58.22 
 
 		 610 aa  740    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0469  ATP-dependent DNA helicase RecQ  80.74 
 
 		 607 aa  1023    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4289  ATP-dependent DNA helicase RecQ  59.45 
 
 		 609 aa  726    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0383  ATP-dependent DNA helicase RecQ  80.9 
 
 		 607 aa  1022    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0083  ATP-dependent DNA helicase RecQ  52.38 
 
 		 615 aa  645    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4166  ATP-dependent DNA helicase RecQ  59.18 
 
 		 615 aa  726    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4296  ATP-dependent DNA helicase RecQ  54.48 
 
 		 715 aa  650    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0839194  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4241  ATP-dependent DNA helicase RecQ  82.41 
 
 		 607 aa  1045    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4345  ATP-dependent DNA helicase RecQ  59.18 
 
 		 615 aa  723    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0930  hypothetical protein  51.24 
 
 		 608 aa  638    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0899  hypothetical protein  51.08 
 
 		 608 aa  640    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3690  ATP-dependent DNA helicase RecQ  56.18 
 
 		 599 aa  672    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.561714  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4238  ATP-dependent DNA helicase RecQ  59.18 
 
 		 615 aa  725    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002092  ATP-dependent DNA helicase RecQ  60.68 
 
 		 611 aa  760    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2380  ATP-dependent DNA helicase RecQ  55.63 
 
 		 596 aa  677    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000212665  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3964  ATP-dependent DNA helicase RecQ  58.09 
 
 		 608 aa  749    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.9333  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3785  ATP-dependent DNA helicase RecQ  55.74 
 
 		 599 aa  682    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2717  ATP-dependent DNA helicase RecQ  56.44 
 
 		 601 aa  690    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0579  ATP-dependent DNA helicase RecQ  52.28 
 
 		 601 aa  638    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4343  ATP-dependent DNA helicase RecQ  59.45 
 
 		 609 aa  725    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0193  ATP-dependent DNA helicase RecQ  57.35 
 
 		 614 aa  729    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.486098  normal  0.649708 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4046  ATP-dependent DNA helicase RecQ  59.45 
 
 		 609 aa  726    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0242  ATP-dependent DNA helicase RecQ  57.43 
 
 		 607 aa  730    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2576  ATP-dependent DNA helicase RecQ  58.41 
 
 		 620 aa  756    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0400145  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5263  ATP-dependent DNA helicase RecQ  59.45 
 
 		 611 aa  727    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.695622 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4186  ATP-dependent DNA helicase RecQ  59.62 
 
 		 609 aa  728    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.802851 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0395  ATP-dependent DNA helicase RecQ  80.9 
 
 		 607 aa  1023    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000632462 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0193  ATP-dependent DNA helicase RecQ  59.08 
 
 		 599 aa  732    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.372053  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03650  hypothetical protein  59.28 
 
 		 609 aa  724    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.738686  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4285  ATP-dependent DNA helicase RecQ  59.01 
 
 		 615 aa  723    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.362747 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0332  ATP-dependent DNA helicase RecQ  78.25 
 
 		 613 aa  1006    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0409  ATP-dependent DNA helicase RecQ  80.9 
 
 		 607 aa  1023    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000268253 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4189  ATP-dependent DNA helicase RecQ  59.28 
 
 		 611 aa  725    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00948478 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00344  ATP-dependent DNA helicase RecQ  59.15 
 
 		 625 aa  740    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0252  ATP-dependent DNA helicase RecQ  57.5 
 
 		 602 aa  689    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.810621  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0391  ATP-dependent DNA helicase RecQ  82.62 
 
 		 607 aa  1061    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000840098 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3474  ATP-dependent DNA helicase RecQ  100 
 
 		 610 aa  1266    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3830  ATP-dependent DNA helicase RecQ  82.08 
 
 		 607 aa  1037    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.912589  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3974  ATP-dependent DNA helicase RecQ  58.35 
 
 		 609 aa  734    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.172016  normal  0.841537 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3998  ATP-dependent DNA helicase RecQ  59.29 
 
 		 597 aa  739    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0373347  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1711  ATP-dependent DNA helicase RecQ  54.32 
 
 		 624 aa  676    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00196  ATP-dependent DNA helicase  56.35 
 
 		 613 aa  664    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4187  ATP-dependent DNA helicase RecQ  59.18 
 
 		 615 aa  723    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3590  ATP-dependent DNA helicase RecQ  81.14 
 
 		 607 aa  1034    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0366  ATP-dependent DNA helicase RecQ  81.14 
 
 		 607 aa  1033    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3822  ATP-dependent DNA helicase RecQ  79.08 
 
 		 615 aa  1013    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0224  ATP-dependent DNA helicase RecQ  59.66 
 
 		 611 aa  743    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4154  ATP-dependent DNA helicase RecQ  58.58 
 
 		 608 aa  753    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00653276  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0555  ATP-dependent DNA helicase RecQ  58.22 
 
 		 610 aa  740    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0199  ATP-dependent DNA helicase RecQ  57.19 
 
 		 602 aa  731    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3763  ATP-dependent DNA helicase RecQ  81.3 
 
 		 607 aa  1035    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.228349 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1151  ATP-dependent DNA helicase RecQ  54.39 
 
 		 714 aa  651    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4552  ATP-dependent DNA helicase RecQ  83.58 
 
 		 608 aa  1065    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00645821 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0333  ATP-dependent DNA helicase RecQ  79.83 
 
 		 607 aa  979    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.510755  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1604  ATP-dependent DNA helicase  52.11 
 
 		 601 aa  633  1e-180  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1996  ATP-dependent DNA helicase RecQ  54.15 
 
 		 629 aa  631  1e-179  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4306  ATP-dependent DNA helicase RecQ  50.08 
 
 		 607 aa  588  1e-166  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.227101  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0839  ATP-dependent DNA helicase RecQ  50.08 
 
 		 626 aa  584  1.0000000000000001e-165  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.305009 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2993  ATP-dependent DNA helicase RecQ  49.42 
 
 		 633 aa  572  1.0000000000000001e-162  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.768661  normal  0.830913 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1931  ATP-dependent DNA helicase RecQ  49.5 
 
 		 711 aa  570  1e-161  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.161576  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3103  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.83 
 
 		 601 aa  563  1.0000000000000001e-159  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.69477  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1868  ATP-dependent DNA helicase RecQ  49.08 
 
 		 719 aa  562  1.0000000000000001e-159  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1786  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.73 
 
 		 711 aa  561  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0870  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.33 
 
 		 611 aa  564  1.0000000000000001e-159  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3805  ATP-dependent DNA helicase RecQ  49.07 
 
 		 714 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.824216  hitchhiker  0.00000305051 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1395  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.82 
 
 		 715 aa  559  1e-158  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1047  ATP-dependent DNA helicase RecQ  49.25 
 
 		 657 aa  559  1e-158  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.763377  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20810  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.65 
 
 		 712 aa  561  1e-158  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1812  ATP-dependent DNA helicase RecQ  49.15 
 
 		 710 aa  561  1e-158  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.646087  normal  0.880119 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32800  ATP-dependent DNA helicase RecQ  49.32 
 
 		 707 aa  560  1e-158  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4516  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.74 
 
 		 715 aa  558  1e-157  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.121492  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0953  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.91 
 
 		 611 aa  556  1e-157  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.645427 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1097  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.91 
 
 		 611 aa  556  1e-157  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3439  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.14 
 
 		 599 aa  556  1e-157  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.833511  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4022  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.4 
 
 		 715 aa  557  1e-157  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0251984 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1438  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.61 
 
 		 625 aa  556  1e-157  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1442  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.05 
 
 		 605 aa  558  1e-157  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.514441  normal  0.157684 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1468  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.56 
 
 		 709 aa  554  1e-156  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.251301 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1644  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.05 
 
 		 709 aa  549  1e-155  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.273045  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3738  ATP-dependent DNA helicase RecQ:ATP-requiring DNA helicase RecQ  48.22 
 
 		 709 aa  551  1e-155  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.145176  normal  0.0175539 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0913  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.98 
 
 		 617 aa  548  1e-155  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.631203  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0649  ATP-dependent DNA helicase RecQ  46.23 
 
 		 600 aa  550  1e-155  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0299  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.63 
 
 		 609 aa  551  1e-155  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.236448  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2638  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.87 
 
 		 615 aa  546  1e-154  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.923469  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3783  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.87 
 
 		 647 aa  546  1e-154  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0410934  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1918  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.87 
 
 		 658 aa  546  1e-154  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0352657  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3752  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.87 
 
 		 615 aa  546  1e-154  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3810  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.87 
 
 		 615 aa  546  1e-154  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0061  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.52 
 
 		 647 aa  546  1e-154  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3472  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.87 
 
 		 615 aa  546  1e-154  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.290967  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0734  ATP-dependent DNA helicase  46.23 
 
 		 600 aa  548  1e-154  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.792164  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3175  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.95 
 
 		 763 aa  546  1e-154  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0819328  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3074  ATP-dependent DNA helicase RecQ  46.58 
 
 		 644 aa  543  1e-153  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0876032  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2702  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.39 
 
 		 621 aa  545  1e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2984  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.25 
 
 		 600 aa  545  1e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.31482 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0342  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.38 
 
 		 615 aa  542  1e-153  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>