More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1924 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2318  23S rRNA (Gm2251)-methyltransferase  52.3 
 
 		 648 aa  660    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0019664  hitchhiker  0.00147511 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2097  ATP-dependent DNA helicase RecQ  62.67 
 
 		 662 aa  815    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4237  RecQ domain-containing protein  57.56 
 
 		 690 aa  761    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2380  RecQ domain-containing protein  60.4 
 
 		 654 aa  801    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5409  ATP-dependent DNA helicase domain protein  51.25 
 
 		 642 aa  649    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.274257  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2377  ATP-dependent DNA helicase RecQ  62.67 
 
 		 662 aa  817    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0320482  normal  0.0846524 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2238  ATP-dependent DNA helicase RecQ  52.89 
 
 		 641 aa  654    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000407323  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4948  ATP-dependent DNA helicase RecQ  51.46 
 
 		 649 aa  668    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2260  ATP-dependent DNA helicase RecQ  62.36 
 
 		 662 aa  812    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0596276  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0011  putative ATP-dependent DNA helicase  50.85 
 
 		 639 aa  648    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0275  ATP-dependent DNA helicase RecQ  50 
 
 		 642 aa  651    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0919838 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002717  aTP-dependent DNA helicase RecQ family  52.99 
 
 		 641 aa  671    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2085  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  62.52 
 
 		 662 aa  813    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0787976  hitchhiker  0.00232303 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03262  ATP-dependent DNA helicase RecQ  53.49 
 
 		 641 aa  681    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0407  ATP-dependent DNA helicase RecQ  53.45 
 
 		 653 aa  647    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.255198  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2292  ATP-dependent DNA helicase RecQ  51.71 
 
 		 645 aa  660    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00114874  normal  0.690041 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1782  ATP-dependent DNA helicase RecQ  60.1 
 
 		 646 aa  751    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1322  ATP-dependent DNA helicase RecQ  50.31 
 
 		 664 aa  640    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0577384  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3396  23S rRNA (Gm2251)-methyltransferase  52.27 
 
 		 636 aa  644    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.119558  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0617  ATP-dependent DNA helicase RecQ  56.56 
 
 		 681 aa  758    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2025  ATP-dependent DNA helicase RecQ  62.78 
 
 		 659 aa  813    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.256994  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1455  ATP-dependent DNA helicase RecQ  52.16 
 
 		 651 aa  682    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.865636  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00903  RecQ domain protein  57.23 
 
 		 679 aa  773    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1946  ATP-dependent DNA helicase RecQ  63.25 
 
 		 658 aa  834    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.937169  normal  0.260337 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2030  ATP-dependent DNA helicase RecQ  62.93 
 
 		 665 aa  831    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.371966 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1924  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family protein  100 
 
 		 669 aa  1382    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0369  ATP-dependent DNA helicase RecQ  51.58 
 
 		 642 aa  639    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1999  ATP-dependent DNA helicase RecQ  62.93 
 
 		 658 aa  831    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.171649 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2051  superfamily II DNA/RNA helicase  41.46 
 
 		 637 aa  480  1e-134  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000195113  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1092  ATP-dependent DNA helicase RecQ  46.01 
 
 		 451 aa  301  3e-80  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0412103  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0252  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.98 
 
 		 602 aa  298  2e-79  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.810621  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1710  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  39.9 
 
 		 716 aa  296  1e-78  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00000163586  unclonable  9.26658e-25 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3822  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.13 
 
 		 615 aa  296  1e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0060  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.29 
 
 		 617 aa  294  3e-78  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1667  ATP-requiring DNA helicase RecQ  43.6 
 
 		 615 aa  293  6e-78  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4186  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.62 
 
 		 609 aa  291  2e-77  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.802851 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3690  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.43 
 
 		 599 aa  291  3e-77  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.561714  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1075  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  30.66 
 
 		 632 aa  290  7e-77  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0035291 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4046  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.62 
 
 		 609 aa  289  9e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4289  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.62 
 
 		 609 aa  289  9e-77  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4157  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  44.62 
 
 		 611 aa  289  1e-76  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5263  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.62 
 
 		 611 aa  289  1e-76  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.695622 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4187  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.62 
 
 		 615 aa  289  1e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4343  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.62 
 
 		 609 aa  289  1e-76  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4345  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.62 
 
 		 615 aa  289  1e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03701  ATP-dependent DNA helicase  44.31 
 
 		 611 aa  288  2e-76  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.644555  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03650  hypothetical protein  44.31 
 
 		 609 aa  288  2e-76  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.738686  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3974  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.08 
 
 		 609 aa  288  2e-76  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.172016  normal  0.841537 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06400  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.45 
 
 		 626 aa  288  2e-76  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.199854  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2442  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.52 
 
 		 606 aa  288  2e-76  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0366  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.79 
 
 		 607 aa  288  2e-76  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2304  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.61 
 
 		 602 aa  288  2.9999999999999996e-76  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1951  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40.9 
 
 		 729 aa  288  2.9999999999999996e-76  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4189  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.31 
 
 		 611 aa  288  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00948478 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3763  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.07 
 
 		 607 aa  288  2.9999999999999996e-76  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.228349 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4166  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.31 
 
 		 615 aa  287  4e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0469  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.07 
 
 		 607 aa  287  5e-76  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4238  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.31 
 
 		 615 aa  286  8e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3590  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.79 
 
 		 607 aa  286  8e-76  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0053  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.53 
 
 		 619 aa  286  9e-76  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0333  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.51 
 
 		 607 aa  286  1.0000000000000001e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.510755  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4285  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.31 
 
 		 615 aa  285  1.0000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.362747 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0383  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.36 
 
 		 607 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3785  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.57 
 
 		 599 aa  286  1.0000000000000001e-75  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0409  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.36 
 
 		 607 aa  285  2.0000000000000002e-75  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000268253 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0384  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.36 
 
 		 607 aa  285  2.0000000000000002e-75  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0395  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.36 
 
 		 607 aa  285  2.0000000000000002e-75  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000632462 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1056  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  31.65 
 
 		 584 aa  285  3.0000000000000004e-75  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4553  ATP-dependent DNA helicase RecQ  39.4 
 
 		 864 aa  284  4.0000000000000003e-75  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3474  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.12 
 
 		 610 aa  283  6.000000000000001e-75  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1154  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40.85 
 
 		 617 aa  283  7.000000000000001e-75  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1229  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.27 
 
 		 779 aa  283  7.000000000000001e-75  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1036  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40.38 
 
 		 709 aa  282  1e-74  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2717  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.16 
 
 		 601 aa  282  1e-74  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0242  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.96 
 
 		 607 aa  282  1e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3830  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.53 
 
 		 607 aa  282  1e-74  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.912589  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0326  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.64 
 
 		 626 aa  281  2e-74  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.149933  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1065  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40.38 
 
 		 709 aa  281  3e-74  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0927 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1920  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  36.12 
 
 		 563 aa  281  3e-74  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.000000000199537  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4154  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.79 
 
 		 608 aa  281  3e-74  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00653276  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0083  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40.51 
 
 		 615 aa  281  4e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0041  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.86 
 
 		 615 aa  280  6e-74  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00446699  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2792  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  38.5 
 
 		 552 aa  280  6e-74  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.825053 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1413  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.28 
 
 		 594 aa  280  8e-74  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0898  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40.7 
 
 		 603 aa  279  1e-73  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.109686  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0416  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.89 
 
 		 725 aa  279  1e-73  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.65575 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3964  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.48 
 
 		 608 aa  279  1e-73  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.9333  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4590  ATP-dependent DNA helicase RecQ  38.68 
 
 		 607 aa  278  2e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.138004  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4296  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.81 
 
 		 715 aa  277  4e-73  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0839194  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0193  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.65 
 
 		 599 aa  277  4e-73  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.372053  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4005  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40.63 
 
 		 630 aa  277  6e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2808  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.87 
 
 		 705 aa  276  7e-73  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1261  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.9 
 
 		 707 aa  276  8e-73  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.850947  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002092  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.2 
 
 		 611 aa  276  9e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4241  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40.63 
 
 		 607 aa  276  1.0000000000000001e-72  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3602  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.83 
 
 		 737 aa  276  1.0000000000000001e-72  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.436547 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0193  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.12 
 
 		 614 aa  275  1.0000000000000001e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.486098  normal  0.649708 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0061  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40.67 
 
 		 647 aa  276  1.0000000000000001e-72  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0391  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.11 
 
 		 607 aa  276  1.0000000000000001e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000840098 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0011  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  43.29 
 
 		 793 aa  275  2.0000000000000002e-72  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00580778  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>