More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_2380 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2318  23S rRNA (Gm2251)-methyltransferase  54.11 
 
 		 648 aa  676    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0019664  hitchhiker  0.00147511 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4237  RecQ domain-containing protein  61.24 
 
 		 690 aa  827    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2380  RecQ domain-containing protein  100 
 
 		 654 aa  1354    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5409  ATP-dependent DNA helicase domain protein  52.34 
 
 		 642 aa  662    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.274257  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2025  ATP-dependent DNA helicase RecQ  73.07 
 
 		 659 aa  990    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.256994  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2097  ATP-dependent DNA helicase RecQ  74.26 
 
 		 662 aa  1001    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2238  ATP-dependent DNA helicase RecQ  54.52 
 
 		 641 aa  676    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000407323  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4948  ATP-dependent DNA helicase RecQ  53.31 
 
 		 649 aa  679    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0369  ATP-dependent DNA helicase RecQ  53.85 
 
 		 642 aa  667    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03262  ATP-dependent DNA helicase RecQ  52.09 
 
 		 641 aa  657    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0275  ATP-dependent DNA helicase RecQ  53.36 
 
 		 642 aa  671    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0919838 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0011  putative ATP-dependent DNA helicase  51.9 
 
 		 639 aa  648    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0407  ATP-dependent DNA helicase RecQ  55.06 
 
 		 653 aa  676    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.255198  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2377  ATP-dependent DNA helicase RecQ  74.57 
 
 		 662 aa  1006    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0320482  normal  0.0846524 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002717  aTP-dependent DNA helicase RecQ family  52.27 
 
 		 641 aa  652    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1782  ATP-dependent DNA helicase RecQ  58.71 
 
 		 646 aa  751    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1322  ATP-dependent DNA helicase RecQ  51.23 
 
 		 664 aa  644    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0577384  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1455  ATP-dependent DNA helicase RecQ  53.91 
 
 		 651 aa  697    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.865636  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2292  ATP-dependent DNA helicase RecQ  53.1 
 
 		 645 aa  676    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00114874  normal  0.690041 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2085  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  74.42 
 
 		 662 aa  1003    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0787976  hitchhiker  0.00232303 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0617  ATP-dependent DNA helicase RecQ  61.04 
 
 		 681 aa  838    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2260  ATP-dependent DNA helicase RecQ  74.26 
 
 		 662 aa  1003    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0596276  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00903  RecQ domain protein  59.46 
 
 		 679 aa  809    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1946  ATP-dependent DNA helicase RecQ  81.16 
 
 		 658 aa  1105    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.937169  normal  0.260337 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2030  ATP-dependent DNA helicase RecQ  80.89 
 
 		 665 aa  1104    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.371966 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1924  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family protein  61.05 
 
 		 669 aa  788    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3396  23S rRNA (Gm2251)-methyltransferase  52.7 
 
 		 636 aa  647    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.119558  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1999  ATP-dependent DNA helicase RecQ  80.7 
 
 		 658 aa  1099    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.171649 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2051  superfamily II DNA/RNA helicase  40.1 
 
 		 637 aa  466  9.999999999999999e-131  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000195113  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1667  ATP-requiring DNA helicase RecQ  47.65 
 
 		 615 aa  315  9.999999999999999e-85  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0060  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.16 
 
 		 617 aa  312  1e-83  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0469  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.53 
 
 		 607 aa  299  1e-79  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1991  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.16 
 
 		 593 aa  298  2e-79  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1056  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  34.15 
 
 		 584 aa  297  4e-79  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0333  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.2 
 
 		 607 aa  297  4e-79  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.510755  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0366  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.24 
 
 		 607 aa  296  7e-79  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0383  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.24 
 
 		 607 aa  296  9e-79  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0409  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.24 
 
 		 607 aa  295  1e-78  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000268253 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0384  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.24 
 
 		 607 aa  295  1e-78  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0395  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.24 
 
 		 607 aa  295  1e-78  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000632462 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3830  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.82 
 
 		 607 aa  295  2e-78  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.912589  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3590  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.24 
 
 		 607 aa  295  2e-78  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0072  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.82 
 
 		 674 aa  294  3e-78  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.234386  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3763  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.24 
 
 		 607 aa  295  3e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.228349 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3822  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.58 
 
 		 615 aa  294  3e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0053  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.64 
 
 		 619 aa  293  6e-78  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4553  ATP-dependent DNA helicase RecQ  34.66 
 
 		 864 aa  293  7e-78  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1154  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.48 
 
 		 617 aa  293  7e-78  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1261  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.48 
 
 		 707 aa  291  2e-77  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.850947  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3474  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.98 
 
 		 610 aa  291  2e-77  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0041  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.72 
 
 		 615 aa  291  2e-77  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00446699  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1413  ATP-dependent DNA helicase RecQ  39.89 
 
 		 594 aa  290  4e-77  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2304  ATP-dependent DNA helicase RecQ  39.61 
 
 		 602 aa  290  5.0000000000000004e-77  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4241  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.67 
 
 		 607 aa  289  1e-76  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0326  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.8 
 
 		 626 aa  288  2e-76  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.149933  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0035  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.57 
 
 		 707 aa  288  2e-76  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.142382  normal  0.0608085 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2380  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.91 
 
 		 596 aa  288  2e-76  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000212665  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4552  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.93 
 
 		 608 aa  283  5.000000000000001e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00645821 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0514  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.84 
 
 		 599 aa  283  6.000000000000001e-75  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3690  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.3 
 
 		 599 aa  282  1e-74  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.561714  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0332  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.82 
 
 		 613 aa  282  1e-74  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06400  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.43 
 
 		 626 aa  281  2e-74  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.199854  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2792  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  39.24 
 
 		 552 aa  282  2e-74  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.825053 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0391  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.13 
 
 		 607 aa  281  3e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000840098 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2717  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.41 
 
 		 601 aa  281  3e-74  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3785  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.3 
 
 		 599 aa  280  7e-74  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1710  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  38.9 
 
 		 716 aa  280  8e-74  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00000163586  unclonable  9.26658e-25 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1919  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.9 
 
 		 706 aa  280  9e-74  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.77164  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0898  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40.62 
 
 		 603 aa  279  1e-73  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.109686  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1151  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.86 
 
 		 714 aa  279  1e-73  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4154  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.06 
 
 		 608 aa  279  1e-73  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00653276  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2928  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.07 
 
 		 728 aa  278  2e-73  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000212564  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1075  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  31.95 
 
 		 632 aa  278  2e-73  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0035291 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0011  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  44.58 
 
 		 793 aa  278  2e-73  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00580778  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01900  ATP-dependent DNA helicase recQ  42.69 
 
 		 698 aa  278  3e-73  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.490742  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1229  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.51 
 
 		 779 aa  278  3e-73  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1003  superfamily II DNA helicase  44.03 
 
 		 597 aa  277  4e-73  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000133719  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3964  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.75 
 
 		 608 aa  276  9e-73  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.9333  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0761  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.18 
 
 		 593 aa  275  1.0000000000000001e-72  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.089844  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0744  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.18 
 
 		 593 aa  275  1.0000000000000001e-72  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0911  superfamily II DNA helicase  43.2 
 
 		 621 aa  275  1.0000000000000001e-72  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0137  ATP-dependent DNA helicase RecQ  31.04 
 
 		 631 aa  275  2.0000000000000002e-72  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.837204  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2808  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.12 
 
 		 705 aa  275  2.0000000000000002e-72  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0328  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40 
 
 		 721 aa  275  2.0000000000000002e-72  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1951  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40.46 
 
 		 729 aa  275  3e-72  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0900  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.09 
 
 		 605 aa  274  4.0000000000000004e-72  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.586975  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0327  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40 
 
 		 724 aa  274  4.0000000000000004e-72  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.946569  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0884  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  42.69 
 
 		 595 aa  273  5.000000000000001e-72  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.385904  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1920  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  43.11 
 
 		 563 aa  273  5.000000000000001e-72  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.000000000199537  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0017  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.32 
 
 		 681 aa  273  5.000000000000001e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.571196  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3264  ATP-dependent DNA helicase RecQ  39.14 
 
 		 731 aa  273  6e-72  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2442  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.57 
 
 		 606 aa  273  8.000000000000001e-72  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0838  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.69 
 
 		 527 aa  273  8.000000000000001e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1065  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.21 
 
 		 709 aa  272  1e-71  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0927 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0083  ATP-dependent DNA helicase RecQ  36.67 
 
 		 615 aa  272  1e-71  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1545  ATP-dependent DNA helicase RecQ  39.94 
 
 		 592 aa  272  1e-71  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1092  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.56 
 
 		 451 aa  273  1e-71  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0412103  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0888  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  42.41 
 
 		 595 aa  272  1e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0930  hypothetical protein  43.21 
 
 		 608 aa  271  2e-71  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3602  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.11 
 
 		 737 aa  271  2e-71  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.436547 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>