131 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4990 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4990  glycoside hydrolase family protein  100 
 
 		 333 aa  684    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.427565  hitchhiker  0.00324105 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2097  glycoside hydrolase family 25  69.86 
 
 		 348 aa  490  1e-137  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.319373  normal  0.427488 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1892  glycoside hydrolase family 25  75 
 
 		 345 aa  487  1e-136  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.101469  hitchhiker  0.00660268 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0635  glycoside hydrolase family protein  68.25 
 
 		 334 aa  468  1.0000000000000001e-131  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0425  glycosy hydrolase family protein  67.69 
 
 		 363 aa  443  1e-123  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0487  glycosy hydrolase family protein  67.08 
 
 		 329 aa  439  9.999999999999999e-123  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.33357  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3491  glycoside hydrolase family protein  63.56 
 
 		 355 aa  440  9.999999999999999e-123  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.54069  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2919  glycosyl hydrolase/lysozyme  53.12 
 
 		 267 aa  275  1.0000000000000001e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2615  glycoside hydrolase family 25  54.02 
 
 		 265 aa  272  6e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.194004  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2875  glycoside hydrolase family 25  53.12 
 
 		 265 aa  269  4e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.737468  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2185  glycoside hydrolase family protein  50.2 
 
 		 260 aa  262  6e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.765174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2112  glycoside hydrolase family protein  52.23 
 
 		 261 aa  261  8.999999999999999e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.140639 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2025  glycoside hydrolase family protein  52.05 
 
 		 263 aa  251  1e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.390893  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0691  glycoside hydrolase family 25  51.43 
 
 		 248 aa  250  2e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3156  hypothetical protein  51.07 
 
 		 263 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1726  glycoside hydrolase family protein  48.2 
 
 		 277 aa  240  2e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3565  glycoside hydrolase family protein  50.64 
 
 		 263 aa  239  5.999999999999999e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3248  glycoside hydrolase family protein  50.21 
 
 		 263 aa  237  2e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.226396  normal  0.397621 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2530  glycoside hydrolase family protein  50 
 
 		 292 aa  233  3e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6080  glycoside hydrolase family 25  49.77 
 
 		 282 aa  233  3e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5362  glycoside hydrolase family protein  50 
 
 		 282 aa  233  4.0000000000000004e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0600932 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1615  glycoside hydrolase family protein  49.5 
 
 		 335 aa  232  5e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.246289 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5518  glycoside hydrolase family protein  48.53 
 
 		 294 aa  232  8.000000000000001e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.198571 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1403  glycosy hydrolase family protein  44.9 
 
 		 277 aa  231  2e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.442636  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1447  glycosy hydrolase family protein  44.9 
 
 		 277 aa  230  3e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0934288  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3899  glycoside hydrolase family protein  49.51 
 
 		 283 aa  230  3e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.496651  normal  0.126944 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4267  glycoside hydrolase family 25  49.51 
 
 		 283 aa  230  3e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.426328  normal  0.720209 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4370  glycoside hydrolase family 25  49.02 
 
 		 283 aa  229  7e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.241431 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1718  glycoside hydrolase family 25  40.98 
 
 		 235 aa  194  2e-48  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3219  hypothetical protein  43.54 
 
 		 245 aa  183  4.0000000000000006e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0169574  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3246  lysozyme  43.06 
 
 		 245 aa  181  1e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0552662  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3501  lysozyme  43.06 
 
 		 245 aa  181  1e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1039  glycoside hydrolase family 25  38.5 
 
 		 249 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0314219  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0962  glycosy hydrolase family protein  40.91 
 
 		 272 aa  154  2e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1185  glycoside hydrolase family 25  37.14 
 
 		 249 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.635675 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0703  glycoside hydrolase family 25  39.05 
 
 		 257 aa  153  5e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.356119  normal  0.422369 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1555  glycoside hydrolase family 25  40 
 
 		 272 aa  149  4e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1545  glycoside hydrolase family protein  40 
 
 		 272 aa  149  4e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.883984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2238  glycosy hydrolase family protein  39.55 
 
 		 272 aa  149  7e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3081  glycosyl hydrolase family 25  39.55 
 
 		 272 aa  149  9e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.150513 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2740  glycoside hydrolase family 25  42.35 
 
 		 259 aa  148  1.0000000000000001e-34  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.302627  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2390  glycosy hydrolase family protein  40 
 
 		 272 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2632  glycoside hydrolase family 25  37.67 
 
 		 268 aa  147  3e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1136  glycosyl hydrolase family 25  39.55 
 
 		 272 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.284707  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02030  predicted hydrolase  39.55 
 
 		 272 aa  145  1e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01994  hypothetical protein  39.55 
 
 		 272 aa  145  1e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0797  glycoside hydrolase family 25  37.26 
 
 		 255 aa  139  7.999999999999999e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.140444 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0023  glycoside hydrolase family 25  35.68 
 
 		 233 aa  139  8.999999999999999e-32  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1439  glycoside hydrolase family 25  35.71 
 
 		 340 aa  139  8.999999999999999e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_30340  lysozyme M1 (1,4-beta-N-acetylmuramidase)  36.84 
 
 		 294 aa  132  6.999999999999999e-30  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0286  glycoside hydrolase family protein  33.66 
 
 		 279 aa  131  1.0000000000000001e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1416  glycoside hydrolase family 25  32.99 
 
 		 574 aa  113  5e-24  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1801  glycoside hydrolase family 25  29.86 
 
 		 286 aa  111  2.0000000000000002e-23  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.783073  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0764  glycoside hydrolase family protein  32.31 
 
 		 251 aa  110  4.0000000000000004e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.295441  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3414  glycoside hydrolase family 25  35.82 
 
 		 252 aa  109  6e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.299944  normal  0.0132298 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0973  glycosy hydrolase family protein  31.36 
 
 		 342 aa  103  3e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0331893  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1568  glycosy hydrolase family protein  32.38 
 
 		 342 aa  102  6e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00668816  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0562  glycoside hydrolase family protein  35.61 
 
 		 496 aa  102  8e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15700  lysozyme M1 (1,4-beta-N-acetylmuramidase)  33.81 
 
 		 266 aa  102  1e-20  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.661843  n/a   
 
 
-
 
NC_008265  CPR_C0050  autolytic lysozyme  32.38 
 
 		 342 aa  101  2e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000251192  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0555  glycoside hydrolase family 25  33.95 
 
 		 380 aa  99  1e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6620  Lysozyme  33.17 
 
 		 291 aa  99  1e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.135144  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1363  glycoside hydrolase family 25  32.34 
 
 		 251 aa  97.4  3e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0369  glycosy hydrolase family protein  31.12 
 
 		 342 aa  96.7  5e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6068  glycoside hydrolase family protein  30.32 
 
 		 399 aa  95.1  1e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.646816 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37940  lysozyme M1 (1,4-beta-N-acetylmuramidase)  31.86 
 
 		 287 aa  94.4  3e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.530239 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2452  hypothetical protein  29.09 
 
 		 313 aa  94  4e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6875  Lysozyme  31.68 
 
 		 262 aa  94  4e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1519  glycoside hydrolase family 25  34.16 
 
 		 245 aa  92.8  7e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.140087  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5377  Lysozyme  30.65 
 
 		 250 aa  92  1e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.27763 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0144  glycoside hydrolase family protein  28.96 
 
 		 231 aa  91.3  2e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6874  Lysozyme  31.19 
 
 		 282 aa  90.1  4e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3364  glycoside hydrolase family protein  29.57 
 
 		 348 aa  85.9  8e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000457616  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0524  Lyzozyme M1 (1,4-beta-N-acetylmuramidase)  27.62 
 
 		 245 aa  85.1  0.000000000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00922637  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5378  lysozyme  30.65 
 
 		 323 aa  84.7  0.000000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.214737 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6054  Lysozyme  33.5 
 
 		 241 aa  84.7  0.000000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2409  Lysozyme  28.76 
 
 		 935 aa  84.7  0.000000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.20099 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2674  glycoside hydrolase family protein  29.6 
 
 		 829 aa  84  0.000000000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3713  glycosy hydrolase family protein  29.1 
 
 		 348 aa  82.8  0.000000000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.575815  n/a   
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0030  glycosy hydrolase family protein  28.28 
 
 		 207 aa  82.8  0.000000000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0210043  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1529  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  28.8 
 
 		 348 aa  82.4  0.000000000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0110993 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3109  glycoside hydrolase family protein  25.87 
 
 		 628 aa  82.4  0.00000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0595324  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3785  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  29.03 
 
 		 348 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13500  lysozyme M1 (1,4-beta-N-acetylmuramidase)  28.93 
 
 		 327 aa  80.5  0.00000000000004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06470  N,O-diacetylmuramidasePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5AZ10]  30.39 
 
 		 216 aa  77.8  0.0000000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.981734  normal  0.135585 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11290  lysozyme M1 (1,4-beta-N-acetylmuramidase)  26.98 
 
 		 319 aa  72.4  0.000000000009  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0558927  normal  1 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_08969  conserved hypothetical protein  29.13 
 
 		 216 aa  71.6  0.00000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0249783  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2513  glycoside hydrolase family 25  28.79 
 
 		 266 aa  70.1  0.00000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1070  endolysin, putative  28.72 
 
 		 491 aa  70.1  0.00000000006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.898366  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23740  lysozyme M1 (1,4-beta-N-acetylmuramidase)  28.43 
 
 		 278 aa  68.2  0.0000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.162245  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0305  glycoside hydrolase family 25  26.94 
 
 		 320 aa  67.8  0.0000000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.655151 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0206  Lyzozyme M1 (1,4-beta-N-acetylmuramidase)  24.77 
 
 		 669 aa  66.2  0.0000000007  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06405  secreted glycosyl hydrolase, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G14420)  26.74 
 
 		 245 aa  65.5  0.000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.0292849 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3711  glycoside hydrolase family protein  25.62 
 
 		 337 aa  63.9  0.000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.387562  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2356  glycoside hydrolase family 25  28.77 
 
 		 297 aa  60.8  0.00000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000423175  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0604  endolysin  26.5 
 
 		 266 aa  60.1  0.00000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0460  prophage LambdaBa04, glycosyl hydrolase family protein 25  26 
 
 		 265 aa  59.3  0.00000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.186644  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0485  prophage lambdaba04, glycosyl hydrolase family protein 25  26 
 
 		 265 aa  59.3  0.00000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2931  glycoside hydrolase family protein  26.13 
 
 		 273 aa  57.4  0.0000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000727334  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3550  glycoside hydrolase family 25  25.22 
 
 		 372 aa  57  0.0000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0276847  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>