129 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2530 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_2530  glycoside hydrolase family protein  100 
 
 
292 aa  601  1.0000000000000001e-171  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1726  glycoside hydrolase family protein  59.73 
 
 
277 aa  304  1.0000000000000001e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1447  glycosy hydrolase family protein  50.18 
 
 
277 aa  298  9e-80  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0934288  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1403  glycosy hydrolase family protein  49.82 
 
 
277 aa  294  1e-78  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.442636  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3156  hypothetical protein  60.54 
 
 
263 aa  288  8e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2025  glycoside hydrolase family protein  48.9 
 
 
263 aa  285  9e-76  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.390893  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3565  glycoside hydrolase family protein  58.22 
 
 
263 aa  278  9e-74  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3248  glycoside hydrolase family protein  59.01 
 
 
263 aa  278  1e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.226396  normal  0.397621 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2185  glycoside hydrolase family protein  50.92 
 
 
260 aa  274  2.0000000000000002e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.765174  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2919  glycosyl hydrolase/lysozyme  45.56 
 
 
267 aa  268  7e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2112  glycoside hydrolase family protein  45.82 
 
 
261 aa  263  3e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.140639 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2875  glycoside hydrolase family 25  51.97 
 
 
265 aa  262  4e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.737468  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3491  glycoside hydrolase family protein  52.7 
 
 
355 aa  262  6e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.54069  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2615  glycoside hydrolase family 25  51.53 
 
 
265 aa  259  5.0000000000000005e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.194004  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0635  glycoside hydrolase family protein  52.49 
 
 
334 aa  257  2e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2097  glycoside hydrolase family 25  51.58 
 
 
348 aa  251  8.000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.319373  normal  0.427488 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1892  glycoside hydrolase family 25  51.13 
 
 
345 aa  251  1e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.101469  hitchhiker  0.00660268 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4990  glycoside hydrolase family protein  50 
 
 
333 aa  249  3e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.427565  hitchhiker  0.00324105 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0487  glycosy hydrolase family protein  50.45 
 
 
329 aa  249  5e-65  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.33357  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0425  glycosy hydrolase family protein  50 
 
 
363 aa  248  7e-65  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5362  glycoside hydrolase family protein  48.66 
 
 
282 aa  223  3e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0600932 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0691  glycoside hydrolase family 25  50.72 
 
 
248 aa  219  3e-56  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6080  glycoside hydrolase family 25  47.32 
 
 
282 aa  220  3e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5518  glycoside hydrolase family protein  45.09 
 
 
294 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.198571 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1615  glycoside hydrolase family protein  50 
 
 
335 aa  214  9.999999999999999e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.246289 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3899  glycoside hydrolase family protein  46.64 
 
 
283 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.496651  normal  0.126944 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4267  glycoside hydrolase family 25  46.64 
 
 
283 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.426328  normal  0.720209 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4370  glycoside hydrolase family 25  45.54 
 
 
283 aa  211  1e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.241431 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1718  glycoside hydrolase family 25  39.71 
 
 
235 aa  174  9.999999999999999e-43  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3246  lysozyme  39.41 
 
 
245 aa  153  4e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0552662  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3219  hypothetical protein  39.41 
 
 
245 aa  153  4e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0169574  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3501  lysozyme  39.41 
 
 
245 aa  153  4e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1039  glycoside hydrolase family 25  41.67 
 
 
249 aa  152  4e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0314219  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1185  glycoside hydrolase family 25  41.87 
 
 
249 aa  153  4e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.635675 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_30340  lysozyme M1 (1,4-beta-N-acetylmuramidase)  36.77 
 
 
294 aa  144  1e-33  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0797  glycoside hydrolase family 25  40.19 
 
 
255 aa  142  5e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.140444 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1555  glycoside hydrolase family 25  33.71 
 
 
272 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1545  glycoside hydrolase family protein  33.71 
 
 
272 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.883984  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1439  glycoside hydrolase family 25  38.5 
 
 
340 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2238  glycosy hydrolase family protein  33.71 
 
 
272 aa  140  3e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3081  glycosyl hydrolase family 25  34.08 
 
 
272 aa  140  3e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.150513 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0962  glycosy hydrolase family protein  34.22 
 
 
272 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2390  glycosy hydrolase family protein  33.33 
 
 
272 aa  138  1e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1136  glycosyl hydrolase family 25  33.33 
 
 
272 aa  137  2e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.284707  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02030  predicted hydrolase  33.33 
 
 
272 aa  136  5e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01994  hypothetical protein  33.33 
 
 
272 aa  136  5e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0703  glycoside hydrolase family 25  39.11 
 
 
257 aa  134  1.9999999999999998e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.356119  normal  0.422369 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0286  glycoside hydrolase family protein  35.32 
 
 
279 aa  132  6e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2740  glycoside hydrolase family 25  35.68 
 
 
259 aa  125  7e-28  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.302627  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2632  glycoside hydrolase family 25  35.89 
 
 
268 aa  124  2e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0023  glycoside hydrolase family 25  32.65 
 
 
233 aa  120  3e-26  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3414  glycoside hydrolase family 25  39.5 
 
 
252 aa  116  6e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.299944  normal  0.0132298 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2452  hypothetical protein  32.69 
 
 
313 aa  107  3e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1416  glycoside hydrolase family 25  30.48 
 
 
574 aa  104  2e-21  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6068  glycoside hydrolase family protein  34.89 
 
 
399 aa  102  8e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.646816 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0764  glycoside hydrolase family protein  32.83 
 
 
251 aa  100  3e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.295441  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3713  glycosy hydrolase family protein  34.03 
 
 
348 aa  100  4e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.575815  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1801  glycoside hydrolase family 25  27.83 
 
 
286 aa  98.2  1e-19  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.783073  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3785  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  33.51 
 
 
348 aa  98.6  1e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1529  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  33.51 
 
 
348 aa  98.6  1e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0110993 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3364  glycoside hydrolase family protein  30.89 
 
 
348 aa  97.1  3e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000457616  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2409  Lysozyme  31.05 
 
 
935 aa  97.4  3e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.20099 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0562  glycoside hydrolase family protein  37.38 
 
 
496 aa  95.9  6e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1363  glycoside hydrolase family 25  36.32 
 
 
251 aa  94.7  2e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3109  glycoside hydrolase family protein  30.3 
 
 
628 aa  94.4  2e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0595324  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6620  Lysozyme  35.96 
 
 
291 aa  90.1  4e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.135144  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0973  glycosy hydrolase family protein  32.67 
 
 
342 aa  89.7  5e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0331893  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1568  glycosy hydrolase family protein  31.34 
 
 
342 aa  89.7  5e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00668816  n/a   
 
 
-
 
NC_008265  CPR_C0050  autolytic lysozyme  31.84 
 
 
342 aa  89.4  6e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000251192  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0305  glycoside hydrolase family 25  35.92 
 
 
320 aa  88.2  1e-16  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.655151 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13500  lysozyme M1 (1,4-beta-N-acetylmuramidase)  25.19 
 
 
327 aa  87.8  2e-16  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6874  Lysozyme  30.54 
 
 
282 aa  87.8  2e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6054  Lysozyme  34.74 
 
 
241 aa  85.5  9e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2674  glycoside hydrolase family protein  30.41 
 
 
829 aa  84.7  0.000000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0144  glycoside hydrolase family protein  25.27 
 
 
231 aa  84  0.000000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0369  glycosy hydrolase family protein  30.1 
 
 
342 aa  84  0.000000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15700  lysozyme M1 (1,4-beta-N-acetylmuramidase)  31.86 
 
 
266 aa  84  0.000000000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.661843  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11290  lysozyme M1 (1,4-beta-N-acetylmuramidase)  31.8 
 
 
319 aa  83.2  0.000000000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0558927  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1519  glycoside hydrolase family 25  33 
 
 
245 aa  81.3  0.00000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.140087  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5377  Lysozyme  31.68 
 
 
250 aa  79.3  0.00000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.27763 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0555  glycoside hydrolase family 25  33.61 
 
 
380 aa  77.8  0.0000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_08969  conserved hypothetical protein  30.7 
 
 
216 aa  75.1  0.000000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0249783  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5378  lysozyme  28.37 
 
 
323 aa  75.5  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.214737 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6875  Lysozyme  30.54 
 
 
262 aa  75.5  0.000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0030  glycosy hydrolase family protein  25.63 
 
 
207 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0210043  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0524  Lyzozyme M1 (1,4-beta-N-acetylmuramidase)  23.19 
 
 
245 aa  74.3  0.000000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00922637  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37940  lysozyme M1 (1,4-beta-N-acetylmuramidase)  30.1 
 
 
287 aa  72.8  0.000000000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.530239 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06470  N,O-diacetylmuramidasePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5AZ10]  30.34 
 
 
216 aa  70.9  0.00000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.981734  normal  0.135585 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2356  glycoside hydrolase family 25  30.48 
 
 
297 aa  70.5  0.00000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000423175  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1070  endolysin, putative  28.57 
 
 
491 aa  68.6  0.0000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.898366  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23740  lysozyme M1 (1,4-beta-N-acetylmuramidase)  28.86 
 
 
278 aa  66.2  0.0000000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.162245  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2513  glycoside hydrolase family 25  28.88 
 
 
266 aa  65.9  0.0000000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08300  glycosyl hydrolase family 25  26.53 
 
 
592 aa  64.3  0.000000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.39526 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1002  glycosyl hydrolase family 25  24.88 
 
 
331 aa  63.9  0.000000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3711  glycoside hydrolase family protein  24.9 
 
 
337 aa  61.6  0.00000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.387562  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0460  prophage LambdaBa04, glycosyl hydrolase family protein 25  23.98 
 
 
265 aa  59.7  0.00000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.186644  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0485  prophage lambdaba04, glycosyl hydrolase family protein 25  23.98 
 
 
265 aa  59.7  0.00000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1488  Lyzozyme M1 (1,4-beta-N-acetylmuramidase)  26 
 
 
292 aa  57.4  0.0000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1721  glycoside hydrolase family protein  27.45 
 
 
270 aa  56.6  0.0000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0604  endolysin  24.22 
 
 
266 aa  55.1  0.000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>