142 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2675 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2675  TPR repeat-containing protein  100 
 
 		 203 aa  416  9.999999999999999e-116  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.679716  normal  0.152424 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3277  TPR repeat-containing protein  58.05 
 
 		 204 aa  239  2e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.983749 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3576  TPR repeat-containing protein  63.41 
 
 		 211 aa  227  7e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.316735  normal  0.110411 
 
 
-
 
NC_004310  BR1747  TPR domain-containing protein  48.15 
 
 		 229 aa  188  5.999999999999999e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1687  TPR domain-containing protein  48.15 
 
 		 209 aa  187  5.999999999999999e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3687  hypothetical protein  52.07 
 
 		 261 aa  183  1.0000000000000001e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.145402  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1166  TPR repeat-containing protein  50.93 
 
 		 230 aa  176  2e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3257  TPR repeat-containing protein  44.38 
 
 		 194 aa  167  1e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.841733  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0984  TPR repeat-containing protein  37.8 
 
 		 221 aa  132  3.9999999999999996e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.815768 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1561  TPR repeat-containing protein  37 
 
 		 190 aa  124  1e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.707304  normal  0.548421 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3988  tetratricopeptide TPR_2  39.33 
 
 		 219 aa  121  6e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.374893 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1657  hypothetical protein  39.78 
 
 		 192 aa  121  8e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.459184  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4676  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  38.17 
 
 		 220 aa  120  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2421  hypothetical protein  41.83 
 
 		 190 aa  119  3.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.416486  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1215  tetratricopeptide TPR_2  38.95 
 
 		 224 aa  118  6e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1419  TPR repeat-containing protein  40.52 
 
 		 221 aa  116  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1399  tetratricopeptide TPR_2  38.24 
 
 		 226 aa  116  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.972416  normal  0.953611 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0204  TPR repeat-containing protein  38.78 
 
 		 212 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1084  TPR repeat-containing protein  41.18 
 
 		 175 aa  116  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1787  TPR repeat-containing protein  38.92 
 
 		 290 aa  106  2e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2028  TPR repeat-containing protein  39.46 
 
 		 205 aa  106  3e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.287446  normal  0.576518 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5960  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  32.5 
 
 		 202 aa  102  3e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0718627  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5209  TPR repeat-containing protein  36.31 
 
 		 200 aa  99.8  3e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.221692  normal  0.106965 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0086  TPR repeat-containing protein  36.09 
 
 		 307 aa  96.3  3e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1829  TPR repeat-containing protein  34.25 
 
 		 245 aa  95.9  4e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.320638  normal  0.588931 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3312  TPR protein  39.68 
 
 		 188 aa  89.4  3e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.000995394  normal  0.0577925 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2742  TPR repeat-containing protein  35.97 
 
 		 202 aa  89.4  3e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.911892  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2969  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  35.97 
 
 		 202 aa  89.4  4e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.233578  normal  0.742122 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2063  TPR repeat-containing protein  33.75 
 
 		 243 aa  88.2  7e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0130  TPR repeat-containing protein  31.12 
 
 		 203 aa  87.8  1e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.250306 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2864  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  34.53 
 
 		 201 aa  86.7  2e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4894  TPR repeat-containing protein  30.92 
 
 		 156 aa  79  0.00000000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00964612 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2533  TPR repeat-containing protein  31.38 
 
 		 192 aa  78.6  0.00000000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1025  TPR repeat-containing protein  34.59 
 
 		 156 aa  74.3  0.000000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0782  tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  32.84 
 
 		 188 aa  74.3  0.000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0782775  normal  0.104271 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4966  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  29.2 
 
 		 155 aa  72.4  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3022  TPR repeat-containing protein  28.39 
 
 		 161 aa  71.2  0.000000000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000246943 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0175  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  32.86 
 
 		 156 aa  69.3  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.723088 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0572  tetratricopeptide TPR_2  29.23 
 
 		 194 aa  67.4  0.0000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00850831  hitchhiker  0.0000040032 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0141  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  32.58 
 
 		 156 aa  67  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2056  tetratricopeptide TPR_2  31.19 
 
 		 233 aa  67  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.134429  normal  0.162736 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0138  TPR repeat-containing protein  32.58 
 
 		 156 aa  67  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000611488 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1693  tetratricopeptide TPR_2  24.53 
 
 		 203 aa  62.4  0.000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.521297  normal  0.655187 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1201  tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  29.37 
 
 		 183 aa  62  0.000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.564024  normal  0.522722 
 
 
-
 
NC_009368  OSTLU_8734  predicted protein  30.08 
 
 		 124 aa  56.2  0.0000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.662786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0235  TPR repeat-containing protein  28.24 
 
 		 554 aa  53.1  0.000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2941  hypothetical protein  22.92 
 
 		 560 aa  52.8  0.000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.000171884  normal  0.0147454 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0882  TPR repeat-containing protein  24.4 
 
 		 388 aa  52  0.000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0908  TPR repeat-containing protein  23.81 
 
 		 388 aa  50.1  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2349  TPR repeat-containing protein  26.8 
 
 		 649 aa  50.1  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0186841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2135  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  24.73 
 
 		 373 aa  50.1  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.204203  normal  0.945333 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2278  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  36 
 
 		 247 aa  50.4  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3363  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  31.18 
 
 		 289 aa  49.7  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.040769  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4728  TPR repeat-containing protein  27.96 
 
 		 718 aa  49.7  0.00003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.346608 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1172  TPR repeat-containing protein  28.57 
 
 		 4079 aa  49.7  0.00003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2908  TPR repeat-containing protein  25.9 
 
 		 203 aa  49.3  0.00004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2801  TPR repeat-containing protein  31.63 
 
 		 291 aa  48.9  0.00005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.462521  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0964  TPR domain-containing protein  27.59 
 
 		 295 aa  48.5  0.00006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.166963  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3665  TPR repeat-containing protein  31.18 
 
 		 289 aa  48.5  0.00006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00516372  normal  0.53352 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0905  TPR domain-containing protein  27.59 
 
 		 295 aa  48.5  0.00006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2754  TPR repeat-containing protein  29.49 
 
 		 295 aa  48.1  0.00009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3569  tetratricopeptide TPR_2  24.21 
 
 		 314 aa  47.8  0.0001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1361  TPR repeat-containing protein  29.59 
 
 		 1276 aa  47.8  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1426  TPR repeat-containing protein  28.57 
 
 		 574 aa  47.4  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3016  TPR/sulfotransferase domain-containing protein  28.57 
 
 		 577 aa  47  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2680  peptidase S41  25.25 
 
 		 745 aa  46.6  0.0002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.20871  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3005  TPR repeat-containing protein  24.56 
 
 		 1096 aa  46.2  0.0003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000321187 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7275  hypothetical protein  28.26 
 
 		 385 aa  46.2  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1392  TPR repeat-containing protein  26.37 
 
 		 301 aa  46.2  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.800927  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1852  TPR repeat-containing protein  36.73 
 
 		 318 aa  46.6  0.0003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.776683 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2322  TPR repeat-containing protein  21.74 
 
 		 352 aa  46.2  0.0003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0157  TPR repeat-containing protein  26.8 
 
 		 465 aa  46.2  0.0004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3443  methyltransferase type 12  29.81 
 
 		 436 aa  46.2  0.0004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0605302 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0321  TPR repeat-containing protein  22.41 
 
 		 162 aa  46.2  0.0004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0793  TPR repeat-containing protein  32.89 
 
 		 152 aa  45.8  0.0004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.261295  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3748  TPR repeat-containing protein  27.19 
 
 		 1450 aa  45.8  0.0005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5131  TPR repeat-containing protein  25.49 
 
 		 361 aa  45.4  0.0006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000131061 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3949  TPR repeat-containing protein  26.02 
 
 		 361 aa  45.4  0.0006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3390  TPR repeat-containing protein  31.25 
 
 		 166 aa  45.1  0.0007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2723  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  31.25 
 
 		 166 aa  45.1  0.0007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0240215 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2604  TPR repeat-containing protein  22.94 
 
 		 927 aa  45.1  0.0008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.010408  normal  0.426767 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0384  TPR repeat-containing protein  29.17 
 
 		 279 aa  45.1  0.0008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.890218  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2515  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.77 
 
 		 265 aa  44.7  0.0009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000326196  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1000  TPR repeat-containing protein  27.94 
 
 		 486 aa  44.7  0.0009  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.326539  normal  0.768066 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2418  TPR repeat-containing protein  23.97 
 
 		 827 aa  44.7  0.0009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0011  hypothetical protein  26.04 
 
 		 1138 aa  44.3  0.001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.41301  normal  0.0644501 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3643  TPR domain-containing protein  24.74 
 
 		 1979 aa  44.7  0.001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2004  TPR repeat-containing protein  26.04 
 
 		 236 aa  44.3  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.149426  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0301  TPR repeat-containing protein  27.91 
 
 		 1827 aa  44.3  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2328  TPR repeat-containing protein  38.6 
 
 		 363 aa  44.3  0.001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.759887 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2318  tetratricopeptide protein  19.05 
 
 		 573 aa  44.3  0.001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3248  tetratricopeptide TPR_2  26.6 
 
 		 433 aa  44.3  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0481  TPR repeat-containing protein  24.14 
 
 		 3145 aa  44.7  0.001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.948354 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1567  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  26.04 
 
 		 339 aa  44.3  0.001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00816314  normal  0.0470804 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0624  TPR repeat-containing protein  30 
 
 		 192 aa  44.3  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_17941  TPR repeat-containing protein  22.03 
 
 		 404 aa  44.3  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.398676 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_863  predicted protein  18.4 
 
 		 708 aa  43.9  0.001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.622244  normal  0.0203568 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1787  TPR repeat-containing protein  24.27 
 
 		 543 aa  44.7  0.001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.662156  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0087  TPR repeat-containing protein  25.23 
 
 		 366 aa  43.9  0.002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1636  TPR repeat-containing protein  28.57 
 
 		 968 aa  43.5  0.002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.992619 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>