101 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1279 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1279  type III effector Hrp-dependent outers  100 
 
 		 432 aa  877    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.11969  normal  0.613819 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3066  type III effector Hrp-dependent outers  52.73 
 
 		 448 aa  433  1e-120  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.519748  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4761  type III effector Hrp-dependent outers  53.95 
 
 		 448 aa  421  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.410984  normal  0.655065 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4650  type III effector Hrp-dependent outers  51.59 
 
 		 444 aa  398  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.393899  normal  0.347719 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0094  type III effector Hrp-dependent outers  44.62 
 
 		 457 aa  325  7e-88  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3436  type III effector Hrp-dependent outers  45.52 
 
 		 455 aa  324  2e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.211838  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2419  type III effector Hrp-dependent outers  44.02 
 
 		 458 aa  314  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.962689  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1068  type III effector Hrp-dependent outer protein  43.58 
 
 		 463 aa  311  1e-83  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2923  type III effector Hrp-dependent outers  41.48 
 
 		 474 aa  311  1e-83  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2139  type III effector Hrp-dependent outers  42.54 
 
 		 461 aa  311  1e-83  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.22069  normal  0.491998 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2746  type III effector Hrp-dependent outers  41.23 
 
 		 469 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1733  type III effector Hrp-dependent outers  44.37 
 
 		 452 aa  261  2e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3121  type III effector Hrp-dependent outers  37.04 
 
 		 437 aa  256  7e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00404203 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5258  type III effector Hrp-dependent outer  37.28 
 
 		 469 aa  250  3e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.69157  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5643  type III effector Hrp-dependent outer  38.99 
 
 		 469 aa  249  5e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.856897  hitchhiker  0.00122307 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1847  type III effector Hrp-dependent outer  36.48 
 
 		 463 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0264815 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3064  type III effector Hrp-dependent outers  38.17 
 
 		 429 aa  234  3e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1944  type III effector Hrp-dependent outers  36.9 
 
 		 454 aa  216  5.9999999999999996e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.382919  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0031  type III effector Hrp-dependent outers  36.78 
 
 		 449 aa  216  8e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7231  type III effector Hrp-dependent outers  35.62 
 
 		 448 aa  199  7e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0442  hypothetical protein  35.44 
 
 		 460 aa  193  5e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2027  type III effector Hrp-dependent outers  33.86 
 
 		 428 aa  175  9.999999999999999e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.808425  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3217  type III effector Hrp-dependent outers  30.39 
 
 		 442 aa  174  2.9999999999999996e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1449  type III effector Hrp-dependent outers  33.64 
 
 		 428 aa  173  5.999999999999999e-42  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1633  type III effector Hrp-dependent outers  29.13 
 
 		 425 aa  137  3.0000000000000003e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0471944  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4878  type III effector Hrp-dependent outers  29.25 
 
 		 427 aa  134  3e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.289399  normal  0.88306 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3179  type III effector Hrp-dependent outers  29.1 
 
 		 423 aa  129  1.0000000000000001e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0445  type III effector Hrp-dependent outers  29.37 
 
 		 423 aa  127  5e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4319  type III effector Hrp-dependent outers  31.26 
 
 		 426 aa  124  3e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.369903  normal  0.109983 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1738  type III effector Hrp-dependent outers  31.8 
 
 		 431 aa  123  6e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0119414 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5010  type III effector Hrp-dependent outers  29.82 
 
 		 426 aa  123  6e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.447343  normal  0.232988 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1426  Type III effector Hrp-dependent outers  28.7 
 
 		 432 aa  123  8e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0125236  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2460  type III effector Hrp-dependent outers  28.21 
 
 		 423 aa  122  9.999999999999999e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2810  type III effector Hrp-dependent outers  28.38 
 
 		 427 aa  121  1.9999999999999998e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.403245 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5144  type III effector Hrp-dependent outers  28.77 
 
 		 422 aa  120  3e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0117  type III effector Hrp-dependent outers  27.44 
 
 		 424 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0465  HopAN1 protein  30.04 
 
 		 429 aa  120  6e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5306  type III effector Hrp-dependent outers  31.29 
 
 		 426 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.795374 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2087  type III effector Hrp-dependent outers  28.67 
 
 		 425 aa  116  8.999999999999998e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0111  type III effector Hrp-dependent outers  27.48 
 
 		 424 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5123  type III effector Hrp-dependent outers  30.29 
 
 		 433 aa  114  5e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3211  type III effector Hrp-dependent outers  30.29 
 
 		 433 aa  113  6e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5156  type III effector Hrp-dependent outers  30.29 
 
 		 433 aa  113  6e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.426256  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3499  type III effector Hrp-dependent outers  30.02 
 
 		 428 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.692707  normal  0.226955 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1836  type III effector Hrp-dependent protein  28.06 
 
 		 422 aa  110  5e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0425276  normal  0.0754586 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04751  4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase  27.7 
 
 		 418 aa  110  5e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1491  type III effector Hrp-dependent outers  27.63 
 
 		 420 aa  108  1e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0477  Type III effector Hrp-dependent outer proteins  29.52 
 
 		 433 aa  107  5e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.626893  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6836  type III effector Hrp-dependent outers  27.73 
 
 		 432 aa  107  5e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.57785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0013  secretion system component  26.61 
 
 		 413 aa  106  1e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4424  type III effector Hrp-dependent outers  30.41 
 
 		 439 aa  106  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.250365  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4551  type III effector Hrp-dependent outers  30.09 
 
 		 432 aa  105  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.408285 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1856  type III effector Hrp-dependent outers  29.66 
 
 		 425 aa  103  4e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5061  HopAN1 protein  28.88 
 
 		 404 aa  103  6e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.819559  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2550  type III effector Hrp-dependent outers  25.67 
 
 		 417 aa  102  1e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.170607  normal  0.0125986 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5074  type III effector Hrp-dependent outers  29.48 
 
 		 432 aa  102  1e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4654  type III effector Hrp-dependent outers  30.73 
 
 		 422 aa  102  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0582595  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0976  YgbK domain-containing protein  30.09 
 
 		 447 aa  102  2e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2171  hypothetical protein  28.79 
 
 		 436 aa  102  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.23795 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5930  type III effector Hrp-dependent outers  28.32 
 
 		 436 aa  101  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3383  type III effector Hrp-dependent outers  26.77 
 
 		 419 aa  99.8  9e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.672659 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1132  type III effector Hrp-dependent outers  30.34 
 
 		 424 aa  99.4  1e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.669095  normal  0.332912 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3733  type III effector Hrp-dependent outers  29.32 
 
 		 437 aa  98.6  2e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3142  Type III effector Hrp-dependent outers  27.74 
 
 		 422 aa  97.4  4e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3038  YgbK domain protein  26.65 
 
 		 420 aa  97.8  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1025  type III effector Hrp-dependent outers  29.84 
 
 		 426 aa  97.4  5e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2624  type III effector Hrp-dependent outers  30.28 
 
 		 437 aa  96.7  7e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.194247 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3067  YgbK domain protein  26.42 
 
 		 420 aa  96.3  8e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.836536  normal  0.565897 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3226  YgbK domain-containing protein  26.42 
 
 		 420 aa  96.3  8e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.474263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3122  YgbK domain protein  26.42 
 
 		 420 aa  95.5  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.827819  normal  0.0402148 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3410  type III effector Hrp-dependent outers  29.32 
 
 		 437 aa  95.9  1e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0891  hypothetical protein  29.96 
 
 		 447 aa  94.7  3e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2429  type III effector Hrp-dependent outer protein  29.98 
 
 		 424 aa  94  4e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.668681  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2899  hypothetical protein  32.07 
 
 		 396 aa  94.4  4e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.328998  normal  0.0946557 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3106  YgbK domain-containing protein  26.42 
 
 		 420 aa  94.4  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1552  type III effector Hrp-dependent outers  27.61 
 
 		 466 aa  94.4  4e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0576  hypothetical protein  29.57 
 
 		 455 aa  93.6  5e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0439  type III effector Hop protein  29.57 
 
 		 455 aa  93.6  6e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1921  hypothetical protein  29.57 
 
 		 455 aa  93.6  6e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.282546  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2875  YgbK domain-containing protein  27.89 
 
 		 420 aa  92.8  1e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3034  YgbK domain-containing protein  27.66 
 
 		 420 aa  92.8  1e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0975  type III effector Hrp-dependent outers  27.89 
 
 		 420 aa  92.8  1e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.847022  normal  0.745569 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2014  YgbK domain-containing protein  29.57 
 
 		 455 aa  92.4  2e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.423733  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1858  hypothetical protein  30.17 
 
 		 463 aa  92  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02587  hypothetical protein  27.44 
 
 		 420 aa  90.9  4e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2332  type III effector Hrp-dependent outers  30.79 
 
 		 416 aa  88.6  2e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.411817 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0148  hypothetical protein  25.79 
 
 		 424 aa  85.1  0.000000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2748  hypothetical protein  26.3 
 
 		 434 aa  84.7  0.000000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.591939  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2826  type III effector Hrp-dependent outers  26.3 
 
 		 434 aa  84.3  0.000000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0951  type III effector Hrp-dependent outers  27.98 
 
 		 388 aa  84.3  0.000000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1458  hypothetical protein  26.09 
 
 		 434 aa  84  0.000000000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.470793  normal  0.510032 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0133  hypothetical protein  25.63 
 
 		 424 aa  82.4  0.00000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.875306  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02552  hypothetical protein  27.56 
 
 		 390 aa  81.6  0.00000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1552  hypothetical protein  28.65 
 
 		 418 aa  80.5  0.00000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.531117 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2486  type III effector Hrp-dependent outers  26.53 
 
 		 511 aa  79.3  0.0000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1111  hypothetical protein  27.08 
 
 		 419 aa  63.5  0.000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0726  Type III effector Hrp-dependent outers  26.9 
 
 		 430 aa  63.5  0.000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00533743  normal  0.660892 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3730  type III effector Hrp-dependent outers  26.19 
 
 		 417 aa  55.5  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2153  Protein-N(pi)-phosphohistidine--sugar phosphotransferase  24.64 
 
 		 572 aa  48.5  0.0002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.819052  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0691  type III effector Hrp-dependent outers  25.38 
 
 		 422 aa  44.7  0.004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.224944  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>