136 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1856 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1856  type III effector Hrp-dependent outers  100 
 
 		 425 aa  834    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4654  type III effector Hrp-dependent outers  69.1 
 
 		 422 aa  550  1e-155  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0582595  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2899  hypothetical protein  71.65 
 
 		 396 aa  543  1e-153  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.328998  normal  0.0946557 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1025  type III effector Hrp-dependent outers  69.88 
 
 		 426 aa  532  1e-150  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5010  type III effector Hrp-dependent outers  65.41 
 
 		 426 aa  534  1e-150  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.447343  normal  0.232988 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5306  type III effector Hrp-dependent outers  65.41 
 
 		 426 aa  528  1e-149  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.795374 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2624  type III effector Hrp-dependent outers  68.4 
 
 		 437 aa  521  1e-146  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.194247 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1132  type III effector Hrp-dependent outers  66.35 
 
 		 424 aa  517  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.669095  normal  0.332912 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4319  type III effector Hrp-dependent outers  65.65 
 
 		 426 aa  498  1e-140  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.369903  normal  0.109983 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2087  type III effector Hrp-dependent outers  60.47 
 
 		 425 aa  482  1e-135  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2429  type III effector Hrp-dependent outer protein  56.13 
 
 		 424 aa  387  1e-106  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.668681  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4551  type III effector Hrp-dependent outers  49.41 
 
 		 432 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.408285 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3211  type III effector Hrp-dependent outers  48.69 
 
 		 433 aa  342  8e-93  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5156  type III effector Hrp-dependent outers  48.69 
 
 		 433 aa  342  8e-93  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.426256  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1426  Type III effector Hrp-dependent outers  49.17 
 
 		 432 aa  342  9e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0125236  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5930  type III effector Hrp-dependent outers  47.41 
 
 		 436 aa  342  1e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1836  type III effector Hrp-dependent protein  48.33 
 
 		 422 aa  341  2e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0425276  normal  0.0754586 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5123  type III effector Hrp-dependent outers  48.69 
 
 		 433 aa  341  2e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6836  type III effector Hrp-dependent outers  46.06 
 
 		 432 aa  341  2e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.57785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5074  type III effector Hrp-dependent outers  49.64 
 
 		 432 aa  338  8e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3499  type III effector Hrp-dependent outers  48.2 
 
 		 428 aa  338  9e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.692707  normal  0.226955 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1633  type III effector Hrp-dependent outers  43.36 
 
 		 425 aa  337  1.9999999999999998e-91  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0471944  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2171  hypothetical protein  48.11 
 
 		 436 aa  334  2e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.23795 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0477  Type III effector Hrp-dependent outer proteins  48.46 
 
 		 433 aa  333  3e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.626893  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3142  Type III effector Hrp-dependent outers  49.53 
 
 		 422 aa  333  3e-90  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4424  type III effector Hrp-dependent outers  47.42 
 
 		 439 aa  333  4e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.250365  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2460  type III effector Hrp-dependent outers  48.11 
 
 		 423 aa  333  5e-90  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4878  type III effector Hrp-dependent outers  46.76 
 
 		 427 aa  328  1.0000000000000001e-88  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.289399  normal  0.88306 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2810  type III effector Hrp-dependent outers  48.49 
 
 		 427 aa  327  2.0000000000000001e-88  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.403245 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0976  YgbK domain-containing protein  46.19 
 
 		 447 aa  322  8e-87  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0445  type III effector Hrp-dependent outers  47.41 
 
 		 423 aa  322  8e-87  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0465  HopAN1 protein  45.84 
 
 		 429 aa  321  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0891  hypothetical protein  47.34 
 
 		 447 aa  318  2e-85  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0576  hypothetical protein  46.49 
 
 		 455 aa  315  9.999999999999999e-85  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0439  type III effector Hop protein  46.49 
 
 		 455 aa  315  9.999999999999999e-85  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1921  hypothetical protein  46.49 
 
 		 455 aa  315  9.999999999999999e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.282546  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2014  YgbK domain-containing protein  46.49 
 
 		 455 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.423733  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3733  type III effector Hrp-dependent outers  46.34 
 
 		 437 aa  312  5.999999999999999e-84  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1858  hypothetical protein  45.66 
 
 		 463 aa  311  2e-83  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3179  type III effector Hrp-dependent outers  44.13 
 
 		 423 aa  305  1.0000000000000001e-81  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3410  type III effector Hrp-dependent outers  46.51 
 
 		 437 aa  305  1.0000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04751  4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase  39.11 
 
 		 418 aa  300  2e-80  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0117  type III effector Hrp-dependent outers  42.35 
 
 		 424 aa  298  2e-79  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0111  type III effector Hrp-dependent outers  41.98 
 
 		 424 aa  295  1e-78  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5061  HopAN1 protein  44.28 
 
 		 404 aa  288  9e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.819559  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0133  hypothetical protein  42.48 
 
 		 424 aa  287  2e-76  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.875306  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3383  type III effector Hrp-dependent outers  43.53 
 
 		 419 aa  286  2.9999999999999996e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.672659 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1491  type III effector Hrp-dependent outers  40.61 
 
 		 420 aa  281  1e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3122  YgbK domain protein  40.28 
 
 		 420 aa  282  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.827819  normal  0.0402148 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0148  hypothetical protein  42 
 
 		 424 aa  281  2e-74  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3067  YgbK domain protein  40.28 
 
 		 420 aa  281  2e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.836536  normal  0.565897 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3038  YgbK domain protein  40.28 
 
 		 420 aa  280  2e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3226  YgbK domain-containing protein  40.28 
 
 		 420 aa  281  2e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.474263  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5144  type III effector Hrp-dependent outers  45.75 
 
 		 422 aa  281  2e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2550  type III effector Hrp-dependent outers  36.83 
 
 		 417 aa  280  3e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.170607  normal  0.0125986 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3106  YgbK domain-containing protein  40.05 
 
 		 420 aa  277  2e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0013  secretion system component  38.1 
 
 		 413 aa  276  4e-73  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2875  YgbK domain-containing protein  39.81 
 
 		 420 aa  272  1e-71  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0975  type III effector Hrp-dependent outers  39.81 
 
 		 420 aa  272  1e-71  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.847022  normal  0.745569 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3034  YgbK domain-containing protein  39.81 
 
 		 420 aa  271  2e-71  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02587  hypothetical protein  39.57 
 
 		 420 aa  269  7e-71  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02552  hypothetical protein  39.03 
 
 		 390 aa  252  8.000000000000001e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0951  type III effector Hrp-dependent outers  38.92 
 
 		 388 aa  249  1e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2826  type III effector Hrp-dependent outers  37.7 
 
 		 434 aa  246  6.999999999999999e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2748  hypothetical protein  37.7 
 
 		 434 aa  246  8e-64  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.591939  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1458  hypothetical protein  37.47 
 
 		 434 aa  243  3.9999999999999997e-63  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.470793  normal  0.510032 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1552  type III effector Hrp-dependent outers  38.7 
 
 		 466 aa  230  4e-59  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1552  hypothetical protein  43.33 
 
 		 418 aa  225  1e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.531117 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3730  type III effector Hrp-dependent outers  42 
 
 		 417 aa  218  2e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2332  type III effector Hrp-dependent outers  39.54 
 
 		 416 aa  206  7e-52  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.411817 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2486  type III effector Hrp-dependent outers  49.52 
 
 		 511 aa  183  6e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1111  hypothetical protein  32.35 
 
 		 419 aa  180  4e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2746  type III effector Hrp-dependent outers  28.66 
 
 		 469 aa  109  1e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4761  type III effector Hrp-dependent outers  29.3 
 
 		 448 aa  109  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.410984  normal  0.655065 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2139  type III effector Hrp-dependent outers  27.85 
 
 		 461 aa  107  4e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.22069  normal  0.491998 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2923  type III effector Hrp-dependent outers  30.18 
 
 		 474 aa  107  4e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0031  type III effector Hrp-dependent outers  28.12 
 
 		 449 aa  105  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1279  type III effector Hrp-dependent outers  29.66 
 
 		 432 aa  103  4e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.11969  normal  0.613819 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0128  hypothetical protein  28.7 
 
 		 427 aa  99  1e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0194  putative inner membrane protein  29.07 
 
 		 423 aa  98.2  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0205992  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0178  hypothetical protein  28.05 
 
 		 423 aa  95.5  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00679678  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0181  hypothetical protein  28.37 
 
 		 423 aa  95.1  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00188424  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0177  putative inner membrane protein  28.05 
 
 		 423 aa  95.5  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.182428  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3436  type III effector Hrp-dependent outers  30.84 
 
 		 455 aa  95.1  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.211838  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3378  hypothetical protein  30.95 
 
 		 262 aa  94.7  3e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0094  type III effector Hrp-dependent outers  28.83 
 
 		 457 aa  94.4  4e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1068  type III effector Hrp-dependent outer protein  29.75 
 
 		 463 aa  92  2e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4650  type III effector Hrp-dependent outers  27.48 
 
 		 444 aa  91.7  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.393899  normal  0.347719 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2419  type III effector Hrp-dependent outers  28.86 
 
 		 458 aa  90.9  4e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.962689  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7231  type III effector Hrp-dependent outers  30.5 
 
 		 448 aa  86.3  9e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3064  type III effector Hrp-dependent outers  28.44 
 
 		 429 aa  83.6  0.000000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5643  type III effector Hrp-dependent outer  26.98 
 
 		 469 aa  83.6  0.000000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.856897  hitchhiker  0.00122307 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0691  type III effector Hrp-dependent outers  28.34 
 
 		 422 aa  83.6  0.000000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.224944  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0442  hypothetical protein  29.8 
 
 		 460 aa  83.2  0.000000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3066  type III effector Hrp-dependent outers  27.49 
 
 		 448 aa  82  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.519748  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5258  type III effector Hrp-dependent outer  25.56 
 
 		 469 aa  80.9  0.00000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.69157  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2153  Protein-N(pi)-phosphohistidine--sugar phosphotransferase  24.94 
 
 		 572 aa  80.1  0.00000000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.819052  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3121  type III effector Hrp-dependent outers  24.66 
 
 		 437 aa  79  0.0000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00404203 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6106  hypothetical protein  27.73 
 
 		 432 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1847  type III effector Hrp-dependent outer  23.87 
 
 		 463 aa  78.2  0.0000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0264815 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>