86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0398 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0398  MSHA pilin protein MshC  100 
 
 		 149 aa  301  2.0000000000000002e-81  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.556071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3759  MSHA pilin protein MshC  55.33 
 
 		 158 aa  151  4e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00178977  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0553  MSHA pilin protein MshC  56 
 
 		 155 aa  150  4e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00995446  normal  0.374252 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4407  MSHA pilin protein MshC  54.37 
 
 		 154 aa  144  4.0000000000000006e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.318857  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3827  methylation site containing protein  50.96 
 
 		 162 aa  143  9e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000859994  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0492  methylation site containing protein  49.69 
 
 		 160 aa  140  5e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00337293  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0517  MSHA pilin protein MshC  49.68 
 
 		 162 aa  139  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.426127  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4104  MSHA pilin protein MshC  51.59 
 
 		 157 aa  137  3.9999999999999997e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0513  methylation site containing protein  50 
 
 		 162 aa  137  4.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00478235  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3653  methylation site containing protein  48.08 
 
 		 162 aa  128  3e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0474  methylation site containing protein  47.8 
 
 		 162 aa  127  6e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00105235  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3477  methylation site containing protein  47.44 
 
 		 162 aa  126  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000223181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0569  MSHA pilin protein MshC  45.22 
 
 		 162 aa  124  3e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3339  methylation  43.87 
 
 		 157 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000729468  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3743  methylation site containing protein  44.94 
 
 		 159 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.160506  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0462  MSHA pilin protein MshC  45.22 
 
 		 163 aa  104  5e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.551025  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4568  MSHA pilin protein MshC  36.21 
 
 		 182 aa  84.7  4e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.116926  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00259  putative Mannose-sensitive agglutinin (MSHA) biogenesis protein MshC (pilus type IV)  32.08 
 
 		 153 aa  67.4  0.00000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2828  MSHA pilin protein MshC  30.57 
 
 		 162 aa  61.2  0.000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3267  hypothetical protein  33.12 
 
 		 146 aa  57.8  0.00000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.347086  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1142  cellulose binding, type IV  30.41 
 
 		 146 aa  55.1  0.0000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0392  hypothetical protein  40.68 
 
 		 150 aa  54.7  0.0000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000497888  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0178  prepilin-type cleavage/methylation  27.75 
 
 		 188 aa  52.8  0.000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3102  hypothetical protein  38 
 
 		 157 aa  47.4  0.00006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3341  methylation  34.55 
 
 		 182 aa  46.2  0.0002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0397  methylation site containing protein  54.29 
 
 		 163 aa  45.4  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.061774  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3744  methylation site containing protein  58.06 
 
 		 173 aa  44.7  0.0004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.144711  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4410  methylation site containing protein  58.06 
 
 		 175 aa  45.1  0.0004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000246782  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3983  methylation site containing protein  45.1 
 
 		 165 aa  44.7  0.0005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_20881  pilin  38.6 
 
 		 159 aa  44.3  0.0006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.493249 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0461  MSHA pilin protein MshA  60 
 
 		 172 aa  44.3  0.0006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0552  MSHA pilin protein MshA  58.06 
 
 		 159 aa  43.9  0.0007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00386307  normal  0.526597 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4819  general secretion pathway protein H  34.43 
 
 		 138 aa  43.9  0.0008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.80083  normal  0.111143 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0327  methylation site containing protein  62.07 
 
 		 179 aa  43.5  0.0009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0267191  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0512  methylation site containing protein  54.84 
 
 		 182 aa  43.1  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000175657  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0842  hypothetical protein  60.71 
 
 		 193 aa  43.1  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3689  pilin, putative  56.25 
 
 		 186 aa  42.7  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2001  hypothetical protein  27.27 
 
 		 167 aa  43.1  0.001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0491  methylation site containing protein  54.84 
 
 		 186 aa  43.1  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000497616  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0473  methylation site containing protein  54.84 
 
 		 174 aa  43.5  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000513166  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0567  methylation site containing protein  51.43 
 
 		 169 aa  42.7  0.002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.468703  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0877  N-terminal methylation motif domain protein  50 
 
 		 142 aa  42.4  0.002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3656  methylation site containing protein  51.43 
 
 		 169 aa  42.7  0.002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00406084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3479  methylation site containing protein  51.43 
 
 		 169 aa  42.7  0.002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000294883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3760  methylation site containing protein  54.84 
 
 		 176 aa  42.4  0.002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000143336  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3340  methylation  54.84 
 
 		 172 aa  42.7  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000827612  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0378  hypothetical protein  37.5 
 
 		 217 aa  42.4  0.002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000913387  hitchhiker  0.000267093 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0396  methylation site containing protein  54.84 
 
 		 169 aa  42.4  0.002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0195536  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0878  N-terminal methylation motif domain protein  50 
 
 		 142 aa  42.4  0.002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3828  methylation site containing protein  56.67 
 
 		 172 aa  42.7  0.002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000112537  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0551  MSHA pilin protein MshA  51.43 
 
 		 173 aa  42.4  0.002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000258454  normal  0.542221 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0515  methylation site containing protein  54.84 
 
 		 168 aa  42.7  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000372661  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4105  MSHA pilin protein MshA  54.84 
 
 		 171 aa  42.7  0.002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3896  Fimbrial protein pilin  33.08 
 
 		 133 aa  42  0.003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0927  type IV pilus biogenesis protein  33.96 
 
 		 142 aa  42  0.003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0417  pilin, putative  44.44 
 
 		 138 aa  41.6  0.004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2452  methylation site containing protein  60.71 
 
 		 197 aa  41.2  0.004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00816638  normal  0.444869 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3478  methylation site containing protein  54.84 
 
 		 169 aa  41.6  0.004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000141512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3989  pilin, putative  52.94 
 
 		 187 aa  41.2  0.005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.387559 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002375  MSHA pilin protein MshA  51.61 
 
 		 168 aa  41.2  0.005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0138724  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003563  type II secretory pathway pseudopilin PulG  46.67 
 
 		 163 aa  41.2  0.005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0516  methylation site containing protein  54.84 
 
 		 172 aa  41.2  0.005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00623258  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03692  hypothetical protein  51.61 
 
 		 151 aa  41.2  0.005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0253  general secretion pathway protein G  28.87 
 
 		 150 aa  41.2  0.005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3296  methylation site containing protein  51.43 
 
 		 173 aa  41.2  0.005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03468  Tfp pilus assembly protein major pilin PilA  35.59 
 
 		 141 aa  40.8  0.006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4409  methylation site containing protein  51.61 
 
 		 166 aa  40.8  0.006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000123074  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3781  hypothetical protein  58.62 
 
 		 172 aa  40.8  0.006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07011  hypothetical protein  44.12 
 
 		 208 aa  40.8  0.006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.212398  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2827  MSHA pilin protein MshA  51.61 
 
 		 178 aa  40.8  0.007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.99325  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1030  hypothetical protein  44.83 
 
 		 147 aa  40.4  0.007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.163763 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0478  type IV pilus, prepilin-like protein (MSHC)  30.91 
 
 		 204 aa  40.8  0.007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.993627  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0568  methylation site containing protein  54.84 
 
 		 169 aa  40.4  0.008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238644  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1176  hypothetical protein  54.29 
 
 		 163 aa  40.4  0.008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0898  hypothetical protein  50 
 
 		 172 aa  40.4  0.008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3464  hypothetical protein  50 
 
 		 172 aa  40.4  0.008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0907  hypothetical protein  50 
 
 		 172 aa  40.4  0.008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0331  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  26.45 
 
 		 172 aa  40.4  0.008  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0872  hypothetical protein  50 
 
 		 172 aa  40.4  0.008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0573  MshA, mannose-sensitive haemaglutinin  53.33 
 
 		 166 aa  40.4  0.008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.200044 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0364  MshA, mannose-sensitive haemaglutinin  48.48 
 
 		 163 aa  40.4  0.009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0735599  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0760  type II secretory pathway, pseudopilin PulG  53.57 
 
 		 156 aa  40.4  0.009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.014468  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0476  type IV pilus, mannose-sensitive hemagglutinin A  48.39 
 
 		 157 aa  40.4  0.009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.903201  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0681  hypothetical protein  30.19 
 
 		 567 aa  40.4  0.009  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000227256 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0976  pilin, putative  60.71 
 
 		 180 aa  40  0.01  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0485556  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0755  general secretion pathway protein H  31.82 
 
 		 155 aa  40  0.01  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>