175 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3102 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3102  hypothetical protein  100 
 
 		 157 aa  310  3.9999999999999997e-84  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3341  methylation  33.75 
 
 		 182 aa  64.3  0.0000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0755  general secretion pathway protein H  37.19 
 
 		 155 aa  63.9  0.0000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3781  hypothetical protein  48 
 
 		 172 aa  52  0.000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0884  N-terminal methylation site  34.81 
 
 		 176 aa  52  0.000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0560375  normal  0.110414 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3553  hypothetical protein  26.13 
 
 		 171 aa  51.6  0.000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0512  methylation site containing protein  33.33 
 
 		 182 aa  50.8  0.000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000175657  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0907  hypothetical protein  53.49 
 
 		 172 aa  50.4  0.000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3464  hypothetical protein  53.49 
 
 		 172 aa  50.4  0.000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0898  hypothetical protein  53.49 
 
 		 172 aa  50.4  0.000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0872  hypothetical protein  53.49 
 
 		 172 aa  50.4  0.000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0842  hypothetical protein  43.33 
 
 		 193 aa  50.1  0.00001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3983  methylation site containing protein  43.33 
 
 		 165 aa  50.4  0.00001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00258  MSHA pilin protein MshA  49.09 
 
 		 163 aa  50.1  0.00001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2001  hypothetical protein  44.07 
 
 		 167 aa  49.7  0.00002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3363  methylation  56.41 
 
 		 139 aa  48.5  0.00003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.57133  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0398  MSHA pilin protein MshC  31.25 
 
 		 149 aa  48.5  0.00003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.556071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0491  methylation site containing protein  35.71 
 
 		 186 aa  48.9  0.00003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000497616  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0271  hypothetical protein  28.12 
 
 		 185 aa  48.5  0.00004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2913  hypothetical protein  51.16 
 
 		 182 aa  48.1  0.00004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1030  hypothetical protein  56.76 
 
 		 147 aa  48.1  0.00004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.163763 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0463  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  34.38 
 
 		 167 aa  48.1  0.00004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.961425  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1380  methylation site containing protein  51.22 
 
 		 190 aa  48.1  0.00004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2877  methylation  30.46 
 
 		 192 aa  48.1  0.00005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.169243  normal  0.567354 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3656  methylation site containing protein  48.89 
 
 		 169 aa  48.1  0.00005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00406084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3479  methylation site containing protein  48.89 
 
 		 169 aa  47.8  0.00006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000294883  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4407  MSHA pilin protein MshC  27.63 
 
 		 154 aa  47.8  0.00006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.318857  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0567  methylation site containing protein  48.89 
 
 		 169 aa  47.8  0.00007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.468703  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4410  methylation site containing protein  44.44 
 
 		 175 aa  47  0.0001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000246782  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1265  methylation  28.57 
 
 		 160 aa  46.6  0.0001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00964428  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002375  MSHA pilin protein MshA  44.26 
 
 		 168 aa  47  0.0001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0138724  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0568  methylation site containing protein  32.64 
 
 		 169 aa  47  0.0001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238644  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01338  hypothetical protein  40.91 
 
 		 195 aa  47  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1141  V10 pilin  64.71 
 
 		 163 aa  46.2  0.0002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2151  membrane protein  55.81 
 
 		 186 aa  46.2  0.0002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.899411  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2270  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  34.94 
 
 		 187 aa  45.8  0.0002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1066  pilin, putative  48.72 
 
 		 187 aa  45.8  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00196226  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3478  methylation site containing protein  30.87 
 
 		 169 aa  45.8  0.0002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000141512  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0473  methylation site containing protein  48.84 
 
 		 174 aa  46.2  0.0002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000513166  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0476  type IV pilus, mannose-sensitive hemagglutinin A  44.26 
 
 		 157 aa  45.8  0.0002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.903201  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0964  pilin, putative  48.72 
 
 		 187 aa  46.2  0.0002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0885526  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0515  methylation site containing protein  40.98 
 
 		 168 aa  46.2  0.0002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000372661  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4409  methylation site containing protein  50 
 
 		 166 aa  46.2  0.0002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000123074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0396  methylation site containing protein  42.86 
 
 		 169 aa  46.2  0.0002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0195536  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3326  pilin, putative  48.72 
 
 		 187 aa  45.8  0.0002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0266287  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1033  pilin, putative  48.72 
 
 		 187 aa  45.8  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0234716  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0477  type IV pilus, mannose-sensitive hemagglutinin A  45.9 
 
 		 156 aa  46.2  0.0002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.581973  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0392  hypothetical protein  36.36 
 
 		 150 aa  45.1  0.0003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000497888  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3760  methylation site containing protein  32.26 
 
 		 176 aa  45.4  0.0003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000143336  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3340  methylation  42.62 
 
 		 172 aa  45.4  0.0003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000827612  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1794  hypothetical protein  54.05 
 
 		 163 aa  45.4  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.786211 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3828  methylation site containing protein  48.84 
 
 		 172 aa  45.8  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000112537  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0397  methylation site containing protein  52.78 
 
 		 163 aa  45.4  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.061774  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4829  HxcT pseudopilin  34.44 
 
 		 149 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4408  MSHA pilin protein MshA  51.16 
 
 		 170 aa  45.1  0.0004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00456827  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0478  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  50 
 
 		 169 aa  45.1  0.0004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.322644  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0461  MSHA pilin protein MshA  50 
 
 		 172 aa  45.1  0.0004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3217  hypothetical protein  45.45 
 
 		 108 aa  45.1  0.0004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000170582 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3074  pilin, putative  52.78 
 
 		 178 aa  45.1  0.0004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3267  hypothetical protein  34.62 
 
 		 146 aa  45.1  0.0004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.347086  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0553  MSHA pilin protein MshC  38 
 
 		 155 aa  44.7  0.0004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00995446  normal  0.374252 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1176  hypothetical protein  35.14 
 
 		 163 aa  44.7  0.0005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3744  methylation site containing protein  50 
 
 		 173 aa  44.7  0.0005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.144711  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0462  MSHA pilin protein MshC  41.38 
 
 		 163 aa  44.7  0.0005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.551025  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0464  hypothetical protein  60 
 
 		 191 aa  44.7  0.0005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0976  pilin, putative  46.34 
 
 		 180 aa  44.7  0.0005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0485556  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0551  MSHA pilin protein MshA  50 
 
 		 173 aa  44.7  0.0005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000258454  normal  0.542221 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4105  MSHA pilin protein MshA  48.84 
 
 		 171 aa  44.3  0.0006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0576  hypothetical protein  48.72 
 
 		 174 aa  44.3  0.0006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0726397 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4117  PHA accumulation regulator DNA-binding-like  41.07 
 
 		 236 aa  44.3  0.0006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.139588  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3296  methylation site containing protein  41.82 
 
 		 173 aa  44.3  0.0006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0856  methylation site containing protein  46.15 
 
 		 182 aa  44.3  0.0006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3761  MSHA pilin protein MshA  50 
 
 		 178 aa  44.7  0.0006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000202365  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0552  MSHA pilin protein MshA  40 
 
 		 159 aa  44.3  0.0006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00386307  normal  0.526597 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3822  putative V10 pilin  41.33 
 
 		 163 aa  44.7  0.0006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0448  hypothetical protein  35.16 
 
 		 191 aa  44.3  0.0007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1956  hypothetical protein  31.87 
 
 		 189 aa  43.9  0.0008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0620526  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0345  general secretion pathway protein H  61.29 
 
 		 176 aa  43.9  0.0008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0177644  normal  0.0749297 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3100  hypothetical protein  52.78 
 
 		 136 aa  43.9  0.0008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3758  hypothetical protein  48.84 
 
 		 174 aa  43.9  0.0008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2827  MSHA pilin protein MshA  45 
 
 		 178 aa  43.9  0.0008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.99325  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0530  hypothetical protein  34.91 
 
 		 192 aa  43.9  0.0009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4568  MSHA pilin protein MshC  38.18 
 
 		 182 aa  43.1  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.116926  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0676  type IV pilin  46.67 
 
 		 144 aa  43.5  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.256255  normal  0.685259 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4159  hypothetical protein  52.63 
 
 		 193 aa  43.5  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0883  general secretion pathway protein H  46.15 
 
 		 146 aa  43.5  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0109332  normal  0.107815 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1141  MSHA pilin protein MshB  41.03 
 
 		 126 aa  43.5  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0178  prepilin-type cleavage/methylation  42.11 
 
 		 188 aa  43.5  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0516  methylation site containing protein  50 
 
 		 172 aa  43.1  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00623258  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0719  type IV pilin  46.67 
 
 		 144 aa  43.5  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.464442  normal  0.176419 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0327  methylation site containing protein  29.2 
 
 		 179 aa  43.1  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0267191  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3989  pilin, putative  52.78 
 
 		 187 aa  43.5  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.387559 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3099  methylation site containing protein  32.98 
 
 		 172 aa  43.9  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3698  methylation site containing protein  33.71 
 
 		 192 aa  43.5  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.452925  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3689  pilin, putative  65.38 
 
 		 186 aa  43.9  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0760  type II secretory pathway, pseudopilin PulG  58.62 
 
 		 156 aa  43.5  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.014468  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2452  methylation site containing protein  61.54 
 
 		 197 aa  43.1  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00816638  normal  0.444869 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0558  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  47.22 
 
 		 168 aa  42.7  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.791178  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55490  HxcT pseudopilin  33.33 
 
 		 149 aa  42.7  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.04599 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1003  methylation site containing protein  51.61 
 
 		 164 aa  42.4  0.002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.102399 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>