39 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0553 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0553  MSHA pilin protein MshC  100 
 
 		 155 aa  316  7.999999999999999e-86  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00995446  normal  0.374252 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4407  MSHA pilin protein MshC  72.85 
 
 		 154 aa  219  9.999999999999999e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.318857  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3759  MSHA pilin protein MshC  58.33 
 
 		 158 aa  179  1e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00178977  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4104  MSHA pilin protein MshC  56.49 
 
 		 157 aa  172  1.9999999999999998e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0474  methylation site containing protein  56.86 
 
 		 162 aa  169  1e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00105235  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3477  methylation site containing protein  56.21 
 
 		 162 aa  168  3e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000223181  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3653  methylation site containing protein  56.21 
 
 		 162 aa  167  4e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3827  methylation site containing protein  53.25 
 
 		 162 aa  163  9e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000859994  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0569  MSHA pilin protein MshC  57.52 
 
 		 162 aa  161  3e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0517  MSHA pilin protein MshC  52.6 
 
 		 162 aa  161  3e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.426127  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0513  methylation site containing protein  53.25 
 
 		 162 aa  158  3e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00478235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0492  methylation site containing protein  52.23 
 
 		 160 aa  156  8e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00337293  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0398  MSHA pilin protein MshC  56 
 
 		 149 aa  150  5e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.556071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3743  methylation site containing protein  51.97 
 
 		 159 aa  142  1e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.160506  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3339  methylation  48.03 
 
 		 157 aa  136  1e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000729468  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0462  MSHA pilin protein MshC  50 
 
 		 163 aa  134  3.0000000000000003e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.551025  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4568  MSHA pilin protein MshC  35.43 
 
 		 182 aa  74.7  0.0000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.116926  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1142  cellulose binding, type IV  32.05 
 
 		 146 aa  58.9  0.00000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2828  MSHA pilin protein MshC  30.19 
 
 		 162 aa  58.5  0.00000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0392  hypothetical protein  45 
 
 		 150 aa  56.6  0.0000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000497888  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00259  putative Mannose-sensitive agglutinin (MSHA) biogenesis protein MshC (pilus type IV)  41.38 
 
 		 153 aa  52.8  0.000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3267  hypothetical protein  29.87 
 
 		 146 aa  51.6  0.000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.347086  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0178  prepilin-type cleavage/methylation  28.09 
 
 		 188 aa  49.7  0.00001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2001  hypothetical protein  34.72 
 
 		 167 aa  47.8  0.00005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03690  hypothetical protein  29.33 
 
 		 149 aa  47.4  0.00007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0976  pilin, putative  54.29 
 
 		 180 aa  47.4  0.00008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0485556  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3102  hypothetical protein  38 
 
 		 157 aa  45.1  0.0004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3341  methylation  35.59 
 
 		 182 aa  44.7  0.0005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0755  general secretion pathway protein H  36.54 
 
 		 155 aa  43.9  0.0009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002378  MSHA pilin protein MshC  32.89 
 
 		 153 aa  42.4  0.002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0204489  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3217  N-terminal methylation site  36.46 
 
 		 159 aa  41.6  0.004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.280155 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2452  methylation site containing protein  62.96 
 
 		 197 aa  41.2  0.005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00816638  normal  0.444869 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0800  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  31.18 
 
 		 167 aa  41.2  0.005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.346386  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_20881  pilin  36.21 
 
 		 159 aa  41.2  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.493249 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1487  carbamoyl-phosphate synthase large subunit  27.87 
 
 		 231 aa  41.2  0.006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2552  hypothetical protein  28 
 
 		 185 aa  40.8  0.007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3989  pilin, putative  50 
 
 		 187 aa  40.4  0.008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.387559 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07011  hypothetical protein  40.54 
 
 		 208 aa  40.4  0.009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.212398  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0320  N- methylation  31.75 
 
 		 141 aa  40.4  0.01  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>