31 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3743 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3743  methylation site containing protein  100 
 
 		 159 aa  324  4.0000000000000003e-88  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.160506  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0553  MSHA pilin protein MshC  51.97 
 
 		 155 aa  158  3e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00995446  normal  0.374252 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3827  methylation site containing protein  53.9 
 
 		 162 aa  157  4e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000859994  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3477  methylation site containing protein  51.95 
 
 		 162 aa  155  2e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000223181  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4104  MSHA pilin protein MshC  50 
 
 		 157 aa  154  3e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0474  methylation site containing protein  51.3 
 
 		 162 aa  155  3e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00105235  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0517  MSHA pilin protein MshC  52.6 
 
 		 162 aa  154  5.0000000000000005e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.426127  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0513  methylation site containing protein  52.6 
 
 		 162 aa  153  7e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00478235  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3653  methylation site containing protein  50.65 
 
 		 162 aa  153  1e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0492  methylation site containing protein  52.53 
 
 		 160 aa  151  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00337293  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4407  MSHA pilin protein MshC  50.98 
 
 		 154 aa  148  3e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.318857  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3339  methylation  48 
 
 		 157 aa  143  8.000000000000001e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000729468  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3759  MSHA pilin protein MshC  48 
 
 		 158 aa  142  1e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00178977  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0569  MSHA pilin protein MshC  51.3 
 
 		 162 aa  139  1.9999999999999998e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0462  MSHA pilin protein MshC  43.83 
 
 		 163 aa  130  9e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.551025  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0398  MSHA pilin protein MshC  44.94 
 
 		 149 aa  127  7.000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.556071  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4568  MSHA pilin protein MshC  36 
 
 		 182 aa  83.6  9e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.116926  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0178  prepilin-type cleavage/methylation  31.95 
 
 		 188 aa  66.6  0.0000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00259  putative Mannose-sensitive agglutinin (MSHA) biogenesis protein MshC (pilus type IV)  29.8 
 
 		 153 aa  64.7  0.0000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2828  MSHA pilin protein MshC  29.45 
 
 		 162 aa  58.9  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3267  hypothetical protein  27.81 
 
 		 146 aa  53.9  0.0000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.347086  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0478  type IV pilus, prepilin-like protein (MSHC)  23.16 
 
 		 204 aa  50.4  0.00001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.993627  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2001  hypothetical protein  34.62 
 
 		 167 aa  46.2  0.0002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0755  general secretion pathway protein H  34.48 
 
 		 155 aa  45.1  0.0004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3341  methylation  33.33 
 
 		 182 aa  44.3  0.0007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03690  hypothetical protein  27.5 
 
 		 149 aa  44.3  0.0007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3102  hypothetical protein  30 
 
 		 157 aa  42.4  0.003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1142  cellulose binding, type IV  34.78 
 
 		 146 aa  41.6  0.004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16150  General secretion pathway protein G  30.56 
 
 		 145 aa  42  0.004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.853983  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0100  general secretion pathway protein G  29.58 
 
 		 144 aa  41.2  0.006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1032  general secretion pathway protein G  41.18 
 
 		 153 aa  40.8  0.007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>