76 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_4104 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_4104  MSHA pilin protein MshC  100 
 
 		 157 aa  317  3.9999999999999996e-86  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3653  methylation site containing protein  84.62 
 
 		 162 aa  268  2e-71  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3477  methylation site containing protein  83.97 
 
 		 162 aa  266  8.999999999999999e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000223181  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0474  methylation site containing protein  83.97 
 
 		 162 aa  266  1e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00105235  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0517  MSHA pilin protein MshC  79.62 
 
 		 162 aa  263  5.999999999999999e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.426127  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3827  methylation site containing protein  78.98 
 
 		 162 aa  262  2e-69  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000859994  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0569  MSHA pilin protein MshC  82.8 
 
 		 162 aa  260  4.999999999999999e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0513  methylation site containing protein  78.34 
 
 		 162 aa  258  3e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00478235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0492  methylation site containing protein  80 
 
 		 160 aa  257  4e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00337293  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3339  methylation  57.5 
 
 		 157 aa  184  5e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000729468  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0553  MSHA pilin protein MshC  56.49 
 
 		 155 aa  172  1.9999999999999998e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00995446  normal  0.374252 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4407  MSHA pilin protein MshC  54.78 
 
 		 154 aa  164  4e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.318857  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3759  MSHA pilin protein MshC  51.92 
 
 		 158 aa  161  3e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00178977  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0462  MSHA pilin protein MshC  58.44 
 
 		 163 aa  158  3e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.551025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3743  methylation site containing protein  50 
 
 		 159 aa  140  5e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.160506  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0398  MSHA pilin protein MshC  51.59 
 
 		 149 aa  137  4.999999999999999e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.556071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2828  MSHA pilin protein MshC  35.9 
 
 		 162 aa  79.7  0.00000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4568  MSHA pilin protein MshC  34.3 
 
 		 182 aa  74.3  0.0000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.116926  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0178  prepilin-type cleavage/methylation  32.39 
 
 		 188 aa  70.9  0.000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3267  hypothetical protein  33.12 
 
 		 146 aa  61.2  0.000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.347086  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00259  putative Mannose-sensitive agglutinin (MSHA) biogenesis protein MshC (pilus type IV)  29.75 
 
 		 153 aa  61.2  0.000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1142  cellulose binding, type IV  30 
 
 		 146 aa  55.8  0.0000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0392  hypothetical protein  38.98 
 
 		 150 aa  49.3  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000497888  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3341  methylation  34.55 
 
 		 182 aa  48.5  0.00004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3821  hypothetical protein  30.97 
 
 		 173 aa  48.1  0.00005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3368  general secretion pathway protein H  26.99 
 
 		 178 aa  46.6  0.0001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0737 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0478  type IV pilus, prepilin-like protein (MSHC)  22.6 
 
 		 204 aa  46.2  0.0002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.993627  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0516  methylation site containing protein  44 
 
 		 172 aa  46.2  0.0002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00623258  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0755  general secretion pathway protein H  25.16 
 
 		 155 aa  45.1  0.0004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3760  methylation site containing protein  51.16 
 
 		 176 aa  44.7  0.0005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000143336  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2001  hypothetical protein  31.94 
 
 		 167 aa  44.3  0.0006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0551  MSHA pilin protein MshA  44 
 
 		 173 aa  43.9  0.0008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000258454  normal  0.542221 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03690  hypothetical protein  30 
 
 		 149 aa  43.9  0.0008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3656  methylation site containing protein  44 
 
 		 169 aa  43.9  0.0008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00406084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0567  methylation site containing protein  44 
 
 		 169 aa  43.9  0.0008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.468703  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03692  hypothetical protein  47.73 
 
 		 151 aa  43.9  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4408  MSHA pilin protein MshA  44.9 
 
 		 170 aa  43.5  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00456827  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0397  methylation site containing protein  54.29 
 
 		 163 aa  43.1  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.061774  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002375  MSHA pilin protein MshA  51.43 
 
 		 168 aa  43.5  0.001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0138724  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3478  methylation site containing protein  48.84 
 
 		 169 aa  43.5  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000141512  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3479  methylation site containing protein  44 
 
 		 169 aa  43.9  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000294883  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0461  MSHA pilin protein MshA  53.49 
 
 		 172 aa  43.1  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2827  MSHA pilin protein MshA  54.84 
 
 		 178 aa  43.1  0.002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.99325  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4410  methylation site containing protein  44 
 
 		 175 aa  42.7  0.002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000246782  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3296  methylation site containing protein  58.06 
 
 		 173 aa  42.7  0.002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3744  methylation site containing protein  58.06 
 
 		 173 aa  42.4  0.002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.144711  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0552  MSHA pilin protein MshA  58.06 
 
 		 159 aa  43.1  0.002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00386307  normal  0.526597 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0568  methylation site containing protein  48.84 
 
 		 169 aa  42.4  0.002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238644  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3074  pilin, putative  52.94 
 
 		 178 aa  42.7  0.002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0396  methylation site containing protein  58.06 
 
 		 169 aa  42.7  0.002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0195536  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3828  methylation site containing protein  40 
 
 		 172 aa  42  0.003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000112537  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0476  type IV pilus, mannose-sensitive hemagglutinin A  51.61 
 
 		 157 aa  42  0.003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.903201  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3584  fimbrial protein PilA  38.78 
 
 		 176 aa  42  0.003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.194411  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2522  pilin  38.78 
 
 		 176 aa  42  0.003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3989  pilin, putative  52.94 
 
 		 187 aa  42.4  0.003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.387559 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3761  MSHA pilin protein MshA  51.22 
 
 		 178 aa  42  0.003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000202365  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0473  methylation site containing protein  54.84 
 
 		 174 aa  42  0.003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000513166  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3689  pilin, putative  47.5 
 
 		 186 aa  42  0.003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0842  hypothetical protein  42.22 
 
 		 193 aa  41.6  0.004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0491  methylation site containing protein  54.84 
 
 		 186 aa  41.6  0.004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000497616  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0512  methylation site containing protein  54.84 
 
 		 182 aa  41.6  0.004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000175657  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4409  methylation site containing protein  50 
 
 		 166 aa  41.6  0.004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000123074  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0477  type IV pilus, mannose-sensitive hemagglutinin A  51.61 
 
 		 156 aa  42  0.004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.581973  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0976  pilin, putative  62.96 
 
 		 180 aa  41.6  0.005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0485556  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0515  methylation site containing protein  51.43 
 
 		 168 aa  41.2  0.005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000372661  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3340  methylation  54.84 
 
 		 172 aa  41.2  0.005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000827612  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4105  MSHA pilin protein MshA  54.84 
 
 		 171 aa  41.6  0.005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3102  hypothetical protein  30.36 
 
 		 157 aa  41.2  0.006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0573  MshA, mannose-sensitive haemaglutinin  31.25 
 
 		 166 aa  41.2  0.006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.200044 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_20891  pilin  43.75 
 
 		 170 aa  41.2  0.006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2413  methylation  39.22 
 
 		 157 aa  40.8  0.008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0364  MshA, mannose-sensitive haemaglutinin  36.71 
 
 		 163 aa  40.4  0.009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0735599  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0176  prepilin-type cleavage/methylation  46.88 
 
 		 212 aa  40.4  0.009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4569  MSHA pilin protein MshA  54.84 
 
 		 187 aa  40.4  0.009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.442923  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2452  methylation site containing protein  62.96 
 
 		 197 aa  40.4  0.01  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00816638  normal  0.444869 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29510  putative type II secretion system protein  50 
 
 		 144 aa  40.4  0.01  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>