196 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3341 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3341  methylation  100 
 
 		 182 aa  374  1e-103  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0755  general secretion pathway protein H  39.88 
 
 		 155 aa  90.1  2e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0884  N-terminal methylation site  36.23 
 
 		 176 aa  68.2  0.00000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0560375  normal  0.110414 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0392  hypothetical protein  42.05 
 
 		 150 aa  62.8  0.000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000497888  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0178  prepilin-type cleavage/methylation  32.39 
 
 		 188 aa  60.5  0.00000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3102  hypothetical protein  46.03 
 
 		 157 aa  59.3  0.00000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3267  hypothetical protein  43.86 
 
 		 146 aa  52.4  0.000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.347086  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00259  putative Mannose-sensitive agglutinin (MSHA) biogenesis protein MshC (pilus type IV)  40.91 
 
 		 153 aa  51.6  0.000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3653  methylation site containing protein  38.18 
 
 		 162 aa  51.2  0.000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4569  MSHA pilin protein MshA  52.38 
 
 		 187 aa  49.7  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.442923  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3983  methylation site containing protein  41.54 
 
 		 165 aa  49.7  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2828  MSHA pilin protein MshC  35.06 
 
 		 162 aa  49.7  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3479  methylation site containing protein  53.66 
 
 		 169 aa  49.3  0.00003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000294883  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3656  methylation site containing protein  53.66 
 
 		 169 aa  49.3  0.00003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00406084  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00258  MSHA pilin protein MshA  65.62 
 
 		 163 aa  48.9  0.00004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0567  methylation site containing protein  59.46 
 
 		 169 aa  48.9  0.00004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.468703  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3477  methylation site containing protein  36.36 
 
 		 162 aa  48.5  0.00005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000223181  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0474  methylation site containing protein  36.36 
 
 		 162 aa  48.5  0.00005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00105235  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002375  MSHA pilin protein MshA  70 
 
 		 168 aa  48.5  0.00005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0138724  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4104  MSHA pilin protein MshC  34.55 
 
 		 157 aa  48.1  0.00006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0517  MSHA pilin protein MshC  34.55 
 
 		 162 aa  48.5  0.00006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.426127  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0492  methylation site containing protein  34.55 
 
 		 160 aa  48.1  0.00006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00337293  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0473  methylation site containing protein  63.33 
 
 		 174 aa  48.1  0.00006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000513166  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3828  methylation site containing protein  63.33 
 
 		 172 aa  48.1  0.00006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000112537  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16150  General secretion pathway protein G  37.35 
 
 		 145 aa  48.1  0.00007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.853983  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03692  hypothetical protein  70 
 
 		 151 aa  48.1  0.00007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0515  methylation site containing protein  63.33 
 
 		 168 aa  48.1  0.00007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000372661  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0491  methylation site containing protein  63.33 
 
 		 186 aa  48.1  0.00007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000497616  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3827  methylation site containing protein  34.55 
 
 		 162 aa  48.1  0.00007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000859994  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0397  methylation site containing protein  60 
 
 		 163 aa  48.1  0.00007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.061774  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0513  methylation site containing protein  34.55 
 
 		 162 aa  47.8  0.00008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00478235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0512  methylation site containing protein  63.33 
 
 		 182 aa  47.8  0.00009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000175657  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0476  type IV pilus, mannose-sensitive hemagglutinin A  66.67 
 
 		 157 aa  47.4  0.0001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.903201  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4105  MSHA pilin protein MshA  63.33 
 
 		 171 aa  47.4  0.0001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3340  methylation  63.33 
 
 		 172 aa  47.4  0.0001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000827612  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0477  type IV pilus, mannose-sensitive hemagglutinin A  66.67 
 
 		 156 aa  47  0.0001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.581973  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2827  MSHA pilin protein MshA  70 
 
 		 178 aa  47.4  0.0001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.99325  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3761  MSHA pilin protein MshA  58.06 
 
 		 178 aa  46.2  0.0002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000202365  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5190  type 4 fimbrial biogenesis protein FimU  36.07 
 
 		 168 aa  46.2  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.875037  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4410  methylation site containing protein  60 
 
 		 175 aa  47  0.0002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000246782  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2590  general secretion pathway protein G  44.68 
 
 		 154 aa  46.6  0.0002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0551  MSHA pilin protein MshA  60 
 
 		 173 aa  46.2  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000258454  normal  0.542221 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0856  methylation site containing protein  57.14 
 
 		 182 aa  46.2  0.0002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3744  methylation site containing protein  60 
 
 		 173 aa  47  0.0002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.144711  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4409  methylation site containing protein  60 
 
 		 166 aa  46.6  0.0002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000123074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0461  MSHA pilin protein MshA  60 
 
 		 172 aa  46.2  0.0002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0760  type II secretory pathway, pseudopilin PulG  60 
 
 		 156 aa  46.6  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.014468  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1794  hypothetical protein  50 
 
 		 163 aa  46.6  0.0002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.786211 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3759  MSHA pilin protein MshC  26.38 
 
 		 158 aa  46.6  0.0002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00178977  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3760  methylation site containing protein  60 
 
 		 176 aa  46.6  0.0002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000143336  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0396  methylation site containing protein  60 
 
 		 169 aa  47  0.0002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0195536  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0569  MSHA pilin protein MshC  34.55 
 
 		 162 aa  47  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0552  MSHA pilin protein MshA  60 
 
 		 159 aa  46.2  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00386307  normal  0.526597 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3268  hypothetical protein  70 
 
 		 125 aa  46.2  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.359601  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3478  methylation site containing protein  60 
 
 		 169 aa  46.2  0.0003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000141512  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0398  MSHA pilin protein MshC  34.55 
 
 		 149 aa  46.2  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.556071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3315  pilin, putative  50 
 
 		 185 aa  45.4  0.0004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.540059  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4159  hypothetical protein  67.86 
 
 		 193 aa  45.8  0.0004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4497  general secretion pathway protein G  28.16 
 
 		 154 aa  45.4  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.13255 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3296  methylation site containing protein  60 
 
 		 173 aa  45.8  0.0004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3745  methylation site containing protein  36.46 
 
 		 201 aa  45.4  0.0004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0403042  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2151  membrane protein  64.52 
 
 		 186 aa  45.8  0.0004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.899411  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0842  hypothetical protein  56.67 
 
 		 193 aa  45.4  0.0005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0516  methylation site containing protein  60 
 
 		 172 aa  45.4  0.0005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00623258  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1432  type II secretion systen protein G  63.33 
 
 		 209 aa  45.4  0.0005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.412586  normal  0.909605 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0176  prepilin-type cleavage/methylation  61.29 
 
 		 212 aa  45.1  0.0005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3520  methylation site containing protein  64.29 
 
 		 201 aa  45.4  0.0005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0435  methylation site containing protein  64.29 
 
 		 201 aa  45.4  0.0005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3698  methylation site containing protein  64.29 
 
 		 192 aa  45.1  0.0005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.452925  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0568  methylation site containing protein  60 
 
 		 169 aa  45.1  0.0005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238644  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0448  hypothetical protein  64.29 
 
 		 191 aa  45.1  0.0006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2621  type II secretion system protein G  37.31 
 
 		 184 aa  45.1  0.0006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1956  hypothetical protein  47.62 
 
 		 189 aa  45.1  0.0006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0620526  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0530  hypothetical protein  64.29 
 
 		 192 aa  45.1  0.0006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3940  general secretion pathway protein G  31.4 
 
 		 154 aa  45.1  0.0006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.18178 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1507  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  51.22 
 
 		 121 aa  44.7  0.0007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000010883  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0898  hypothetical protein  51.28 
 
 		 172 aa  44.7  0.0008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4407  MSHA pilin protein MshC  34.55 
 
 		 154 aa  44.7  0.0008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.318857  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1141  V10 pilin  60 
 
 		 163 aa  44.7  0.0008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0872  hypothetical protein  51.28 
 
 		 172 aa  44.7  0.0008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3464  hypothetical protein  51.28 
 
 		 172 aa  44.7  0.0008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3758  hypothetical protein  60 
 
 		 174 aa  44.7  0.0008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0907  hypothetical protein  51.28 
 
 		 172 aa  44.7  0.0008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2301  putative GSPG-related protein  42 
 
 		 130 aa  44.3  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.152629  normal  0.0321295 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0677  lipoprotein ABC transporter permease  56.67 
 
 		 137 aa  43.5  0.001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.319442  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3781  hypothetical protein  48.72 
 
 		 172 aa  43.9  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3221  general secretion pathway protein G  28.26 
 
 		 156 aa  44.3  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.287852 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3363  methylation  65.52 
 
 		 139 aa  44.3  0.001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.57133  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3577  ATPase  26.27 
 
 		 146 aa  43.9  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.44565 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2412  methylation  25.83 
 
 		 126 aa  43.9  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0553  MSHA pilin protein MshC  37.04 
 
 		 155 aa  43.9  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00995446  normal  0.374252 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3341  methylation  52.94 
 
 		 205 aa  43.9  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000885834  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0480  pilin subfamily protein  41.79 
 
 		 174 aa  44.3  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0464  hypothetical protein  60.71 
 
 		 191 aa  43.9  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4408  MSHA pilin protein MshA  60 
 
 		 170 aa  43.9  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00456827  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1413  general secretion pathway protein G  51.35 
 
 		 144 aa  43.9  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0288958  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0319  hypothetical protein  59.46 
 
 		 199 aa  43.9  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.380813  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3866  hypothetical protein  60.71 
 
 		 191 aa  43.9  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0573  MshA, mannose-sensitive haemaglutinin  60 
 
 		 166 aa  43.9  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.200044 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002378  MSHA pilin protein MshC  41.67 
 
 		 153 aa  43.9  0.001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0204489  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>