More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2800 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_2800  LysR, substrate-binding  100 
 
 		 294 aa  610  9.999999999999999e-175  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0058  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 295 aa  199  6e-50  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0206813  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001430  transcriptional regulator  34.25 
 
 		 295 aa  196  3e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000301248  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06296  transcriptional regulator  33.56 
 
 		 295 aa  189  4e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0882  HTH-type transcriptional activator, LysR-family  32.99 
 
 		 290 aa  185  6e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.070631  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4804  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 289 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0414707 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2275  transcriptional regulator, LysR family protein  31.27 
 
 		 289 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0234107  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4691  LysR family substrate binding transcriptional regulator  31.47 
 
 		 300 aa  133  3e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 303 aa  132  6e-30  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0783  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 301 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 335 aa  130  3e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 303 aa  130  3e-29  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3712  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 304 aa  130  3e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.75932 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 296 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1113  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 318 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.293194 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1192  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 316 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000735562  normal  0.361439 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5034  transcriptional regulator, LysR family  31.02 
 
 		 308 aa  126  5e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0953  transcriptional regulator, LysR family  29.77 
 
 		 300 aa  125  8.000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255638  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 298 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  31.89 
 
 		 298 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  28.28 
 
 		 303 aa  124  2e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 298 aa  124  2e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 299 aa  123  3e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2774  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 298 aa  123  4e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00446959 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.62 
 
 		 299 aa  122  5e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2413  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 323 aa  122  6e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.605124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 328 aa  122  6e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  31.1 
 
 		 307 aa  122  7e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 303 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 298 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3906  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 307 aa  121  1.9999999999999998e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 313 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 301 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10730  transcriptional regulator, LysR family  30.67 
 
 		 311 aa  120  3e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0833  transcriptional regulator, LysR family  29.1 
 
 		 300 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 298 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000458  transcriptional regulator  30.13 
 
 		 330 aa  119  4.9999999999999996e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1070  transcriptional regulator, LysR family  30.82 
 
 		 310 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.651506  decreased coverage  0.00634214 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2575  transcriptional regulator, LysR family  29.93 
 
 		 301 aa  119  4.9999999999999996e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0931431  normal  0.61434 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2062  transcriptional regulator, LysR family  31.36 
 
 		 310 aa  119  6e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.238573  hitchhiker  0.00696993 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2868  transcriptional regulator, LysR family protein  28.62 
 
 		 313 aa  119  7e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0376307  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 293 aa  119  7.999999999999999e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 302 aa  119  7.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  30.03 
 
 		 302 aa  119  7.999999999999999e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  28.04 
 
 		 302 aa  118  9.999999999999999e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 301 aa  118  9.999999999999999e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2278  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 310 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  24.83 
 
 		 290 aa  117  3e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  28.43 
 
 		 300 aa  117  3e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3280  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 303 aa  117  3e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.190175  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2317  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 315 aa  117  3e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.618902  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 298 aa  117  3e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4936  LysR family substrate binding transcriptional regulator  28 
 
 		 299 aa  116  3.9999999999999997e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.249085  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  29.93 
 
 		 298 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4475  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 301 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1864  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 331 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.708451  normal  0.0358907 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3493  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 310 aa  116  5e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.911238  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2115  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 302 aa  116  5e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.477701  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4797  transcriptional regulator, LysR family  29.7 
 
 		 331 aa  116  5e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0282773  hitchhiker  0.00000720419 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 300 aa  115  6e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1915  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 303 aa  115  6e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0315625 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0806  LysR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 312 aa  115  6e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1743  carbonate dehydratase  31.01 
 
 		 310 aa  115  6e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.933417  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3955  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 311 aa  115  6.9999999999999995e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.116916  normal  0.984212 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1210  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 298 aa  115  6.9999999999999995e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.467633  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 301 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 301 aa  114  1.0000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 295 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1192  LysR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 299 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2458  LysR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 299 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.115527  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0607  LysR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 310 aa  115  1.0000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.822767  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0807  LysR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 310 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4581  LysR family transcriptional regulator  28.01 
 
 		 315 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2435  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 310 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  27.33 
 
 		 299 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0547  LysR family substrate binding transcriptional regulator  27.12 
 
 		 318 aa  115  1.0000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 302 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  28.91 
 
 		 300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2618  putative HTH-type transcriptional regulator YafC  29.01 
 
 		 314 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.811729  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1373  LysR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 299 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.260945  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0934  LysR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 299 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5239  transcriptional regulator, LysR family  32.2 
 
 		 310 aa  114  2.0000000000000002e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03330  putative transcriptional regulator  26.8 
 
 		 292 aa  114  2.0000000000000002e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1581  LysR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 312 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.457037  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1524  LysR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 302 aa  114  2.0000000000000002e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0551916 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04020  Transcriptional regulator, LysR family  31.68 
 
 		 323 aa  114  2.0000000000000002e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.010464  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 302 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0080  transcriptional regulator, LysR family  28.33 
 
 		 303 aa  114  2.0000000000000002e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 302 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1066  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 298 aa  114  2.0000000000000002e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.567936  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0637  LysR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 299 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0359  LysR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 299 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.475438  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3240  transcriptional regulator  29.29 
 
 		 302 aa  114  3e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.628981  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2617  transcriptional regulator, LysR family  29.61 
 
 		 301 aa  113  3e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.000166311  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  28.97 
 
 		 298 aa  113  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2866  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 310 aa  114  3e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.50633 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1860  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 301 aa  113  3e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.951012  hitchhiker  0.00127477 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2118  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 301 aa  113  3e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.697592  hitchhiker  0.00772115 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>