More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3688 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008577  Shewana3_3256  ATPase domain-containing protein  82.7 
 
 		 551 aa  924    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3688  nitrogen regulation protein NtrY, putative  100 
 
 		 555 aa  1135    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1023  histidine kinase  74.78 
 
 		 562 aa  830    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1035  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  72.87 
 
 		 562 aa  818    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1002  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  75.09 
 
 		 562 aa  840    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3337  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  74 
 
 		 562 aa  833    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0867  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  83.78 
 
 		 555 aa  952    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3155  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  83.6 
 
 		 555 aa  952    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2987  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  73.64 
 
 		 562 aa  817    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3718  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  67.47 
 
 		 456 aa  552  1e-156  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.53289 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0727  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  69.21 
 
 		 457 aa  549  1e-155  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4068  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  64.47 
 
 		 463 aa  546  1e-154  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3360  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  70.05 
 
 		 454 aa  541  9.999999999999999e-153  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0902  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  61.84 
 
 		 451 aa  513  1e-144  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2846  ATP-binding region, ATPase-like protein  63 
 
 		 452 aa  499  1e-140  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2860  ATP-binding region, ATPase-like protein  56.03 
 
 		 437 aa  437  1e-121  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3506  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  41.89 
 
 		 450 aa  287  2.9999999999999996e-76  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.996611 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0577  sensor histidine kinase  38.7 
 
 		 433 aa  271  2.9999999999999997e-71  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.122175  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2122  sensor histidine kinase  31.42 
 
 		 447 aa  170  8e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5615  histidine kinase  28.14 
 
 		 429 aa  151  3e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0779  sensor histidine kinase  30.35 
 
 		 468 aa  149  1.0000000000000001e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0098  histidine kinase  29.22 
 
 		 439 aa  148  2.0000000000000003e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0083  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.69 
 
 		 426 aa  146  8.000000000000001e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1902  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.5 
 
 		 448 aa  145  2e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.589471 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0305  glycine cleavage system T protein  28.83 
 
 		 448 aa  141  3e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00724107 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2346  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.81 
 
 		 426 aa  135  3e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.035298  normal  0.857551 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0375  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  26.49 
 
 		 494 aa  133  6.999999999999999e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.803434 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0326  response regulator receiver domain-containing protein  27.09 
 
 		 450 aa  129  1.0000000000000001e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.159286  normal  0.343021 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1333  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.3 
 
 		 441 aa  129  2.0000000000000002e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.18234  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0746  sensor histidine kinase  25.24 
 
 		 455 aa  127  4.0000000000000003e-28  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4824  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.35 
 
 		 446 aa  125  3e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4419  sensor histidine kinase  26.91 
 
 		 431 aa  123  7e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4705  sensory box sensor histidine kinase  23.28 
 
 		 472 aa  123  8e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.738768  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2624  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.28 
 
 		 729 aa  117  6e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.608847  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4128  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.83 
 
 		 752 aa  115  2.0000000000000002e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.43986 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1360  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.34 
 
 		 759 aa  114  6e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0182  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.78 
 
 		 708 aa  114  7.000000000000001e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000583847 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1573  histidine kinase  25.12 
 
 		 767 aa  113  9e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0740881  normal  0.0763149 
 
 
-
 
NC_002950  PG0017  sensor histidine kinase  29.13 
 
 		 445 aa  112  1.0000000000000001e-23  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.428126 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0469  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.12 
 
 		 444 aa  113  1.0000000000000001e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2738  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.38 
 
 		 749 aa  112  2.0000000000000002e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.789248  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2269  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.52 
 
 		 736 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00414095 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4582  histidine kinase  29.83 
 
 		 455 aa  110  6e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3018  Signal transduction histidine kinase, NtrY  24.94 
 
 		 712 aa  108  2e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0390  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.29 
 
 		 744 aa  108  2e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1455  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.34 
 
 		 753 aa  107  7e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.205006  normal  0.134875 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1376  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.72 
 
 		 737 aa  106  9e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00550904  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3487  histidine kinase  30.26 
 
 		 581 aa  106  1e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0451928  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0704  sensor histidine kinase  25.07 
 
 		 713 aa  106  1e-21  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.2301  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2839  nitrogen regulation protein, NtrY, Signal transduction histidine kinase  24.83 
 
 		 769 aa  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3423  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.82 
 
 		 581 aa  105  2e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0671901  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0952  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  22.91 
 
 		 445 aa  105  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3408  histidine kinase  30.53 
 
 		 573 aa  105  3e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  decreased coverage  0.0068838  normal  0.336005 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0530  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.66 
 
 		 755 aa  104  4e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3000  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.17 
 
 		 733 aa  103  5e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0018  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  25.9 
 
 		 710 aa  103  9e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.2698 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1038  multi-sensor signal transduction histidine kinase  22.33 
 
 		 655 aa  102  1e-20  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1489  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.06 
 
 		 753 aa  103  1e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.726921  normal  0.706753 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2847  nitrogen regulation protein NtrY, putative  24.24 
 
 		 734 aa  102  2e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0299  putative nitrogen regulation protein NtrY  24.19 
 
 		 714 aa  102  2e-20  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.333561  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4398  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.12 
 
 		 745 aa  102  2e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.13461  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2136  two component sensor kinase  24.34 
 
 		 759 aa  101  3e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.132627  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2239  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.49 
 
 		 756 aa  101  3e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.292158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2591  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.53 
 
 		 762 aa  101  4e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.682378  normal  0.0198144 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2081  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.12 
 
 		 816 aa  100  5e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0189  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  24.49 
 
 		 725 aa  99.8  1e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0030  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.58 
 
 		 718 aa  99  2e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.838483 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1773  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.31 
 
 		 764 aa  99  2e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.866376 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5940  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.49 
 
 		 779 aa  98.6  3e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.363869 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2344  two component signal transduction histidine kinase  24.39 
 
 		 752 aa  97.4  5e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000619377  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4084  histidine kinase  25.8 
 
 		 705 aa  97.8  5e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2855  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  26.52 
 
 		 599 aa  97.1  7e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1520  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.58 
 
 		 757 aa  97.1  7e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.203555  normal  0.0623449 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0547  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.06 
 
 		 731 aa  96.3  1e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0436  multi-sensor signal transduction histidine kinase  22.9 
 
 		 733 aa  96.3  1e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.589571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1838  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.86 
 
 		 764 aa  96.3  1e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0744  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.48 
 
 		 756 aa  96.7  1e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.857607  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2075  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.94 
 
 		 770 aa  96.7  1e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1733  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.87 
 
 		 594 aa  96.3  1e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.756975 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0249  multi-sensor signal transduction histidine kinase  22.91 
 
 		 768 aa  95.5  2e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.513538  normal  0.0270747 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1834  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.99 
 
 		 736 aa  95.5  2e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.273222  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6542  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.95 
 
 		 753 aa  95.9  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2579  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.87 
 
 		 761 aa  95.9  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.838184  normal  0.345494 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4071  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.41 
 
 		 784 aa  95.9  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.714466 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1816  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  22.73 
 
 		 756 aa  95.1  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0544205 
 
 
-
 
NC_004310  BR1116  nitrogen regulation protein NtrY  21.9 
 
 		 774 aa  94.7  4e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1629  multi-sensor signal transduction histidine kinase  22.49 
 
 		 756 aa  94.7  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.102015  normal  0.506038 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0184  sensor protein PilS, putative  24.48 
 
 		 530 aa  94.4  4e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0363  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  24.48 
 
 		 530 aa  94.4  4e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.63729 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1074  nitrogen regulation protein NtrY  21.9 
 
 		 774 aa  94.4  5e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.000929955  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1617  multi-sensor signal transduction histidine kinase  22.95 
 
 		 763 aa  94  6e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2940  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.83 
 
 		 799 aa  93.6  9e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1933  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.14 
 
 		 741 aa  92.8  1e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.820438  normal  0.142567 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3588  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.54 
 
 		 775 aa  93.2  1e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0529984  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2864  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.7 
 
 		 763 aa  93.2  1e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1491  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.57 
 
 		 814 aa  93.2  1e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0430544 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1494  sensory box histidine kinase  28.17 
 
 		 550 aa  92.8  2e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.102326  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3235  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.51 
 
 		 498 aa  92  2e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0812  nitrogen regulation protein NtrY, putative  22.84 
 
 		 748 aa  91.7  3e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.439119  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3342  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29 
 
 		 581 aa  91.7  3e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0336288  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>