More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0902 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_0902  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 		 451 aa  926    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2846  ATP-binding region, ATPase-like protein  62.28 
 
 		 452 aa  542  1e-153  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1002  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  62.44 
 
 		 562 aa  519  1e-146  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3718  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  56.55 
 
 		 456 aa  517  1.0000000000000001e-145  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.53289 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4068  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  55.32 
 
 		 463 aa  511  1e-144  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1023  histidine kinase  63.3 
 
 		 562 aa  513  1e-144  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3337  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  63.3 
 
 		 562 aa  514  1e-144  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2987  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  60.94 
 
 		 562 aa  511  1e-143  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3360  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  62.37 
 
 		 454 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0867  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  61.26 
 
 		 555 aa  507  9.999999999999999e-143  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3155  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  61.02 
 
 		 555 aa  507  9.999999999999999e-143  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0727  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  55.75 
 
 		 457 aa  503  1e-141  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3256  ATPase domain-containing protein  61.06 
 
 		 551 aa  504  1e-141  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1035  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  63.05 
 
 		 562 aa  499  1e-140  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3688  nitrogen regulation protein NtrY, putative  61.84 
 
 		 555 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2860  ATP-binding region, ATPase-like protein  51.22 
 
 		 437 aa  433  1e-120  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3506  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  40.85 
 
 		 450 aa  298  1e-79  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.996611 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0577  sensor histidine kinase  37.32 
 
 		 433 aa  261  2e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.122175  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0098  histidine kinase  31.13 
 
 		 439 aa  181  2e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0083  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.19 
 
 		 426 aa  166  8e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0746  sensor histidine kinase  26.97 
 
 		 455 aa  157  4e-37  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2122  sensor histidine kinase  29.2 
 
 		 447 aa  153  5.9999999999999996e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1902  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.12 
 
 		 448 aa  150  5e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.589471 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5615  histidine kinase  26.49 
 
 		 429 aa  149  9e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2346  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.74 
 
 		 426 aa  148  2.0000000000000003e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.035298  normal  0.857551 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0375  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.6 
 
 		 494 aa  140  7e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.803434 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0779  sensor histidine kinase  26.67 
 
 		 468 aa  131  2.0000000000000002e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0305  glycine cleavage system T protein  26.46 
 
 		 448 aa  129  8.000000000000001e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00724107 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4824  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.78 
 
 		 446 aa  127  3e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0326  response regulator receiver domain-containing protein  26.86 
 
 		 450 aa  126  9e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.159286  normal  0.343021 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1333  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.72 
 
 		 441 aa  124  4e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.18234  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0018  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  23.72 
 
 		 710 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.2698 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1360  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.85 
 
 		 759 aa  121  3e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0017  sensor histidine kinase  31.47 
 
 		 445 aa  117  3.9999999999999997e-25  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.428126 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0952  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.05 
 
 		 445 aa  117  5e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4582  histidine kinase  24.52 
 
 		 455 aa  116  6e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0469  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.8 
 
 		 444 aa  116  6.9999999999999995e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0436  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.67 
 
 		 733 aa  114  3e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.589571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0030  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.49 
 
 		 718 aa  114  5e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.838483 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0744  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.94 
 
 		 756 aa  112  1.0000000000000001e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.857607  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4084  histidine kinase  27.95 
 
 		 705 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0363  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  25.36 
 
 		 530 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.63729 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4419  sensor histidine kinase  26.67 
 
 		 431 aa  111  2.0000000000000002e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0184  sensor protein PilS, putative  25.36 
 
 		 530 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0390  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.4 
 
 		 744 aa  112  2.0000000000000002e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1487  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  28.06 
 
 		 491 aa  112  2.0000000000000002e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.470629  normal  0.424816 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2075  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.26 
 
 		 770 aa  109  8.000000000000001e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1573  histidine kinase  24.23 
 
 		 767 aa  108  2e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0740881  normal  0.0763149 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4705  sensory box sensor histidine kinase  22.74 
 
 		 472 aa  107  3e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.738768  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2578  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.06 
 
 		 527 aa  107  3e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.376758  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1376  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.98 
 
 		 737 aa  107  4e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00550904  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2624  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.15 
 
 		 729 aa  107  4e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.608847  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2269  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.84 
 
 		 736 aa  106  9e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00414095 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1489  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.62 
 
 		 753 aa  105  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.726921  normal  0.706753 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0182  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.26 
 
 		 708 aa  105  2e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000583847 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2839  nitrogen regulation protein, NtrY, Signal transduction histidine kinase  23.76 
 
 		 769 aa  104  3e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2738  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.39 
 
 		 749 aa  104  3e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.789248  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2223  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.02 
 
 		 457 aa  104  3e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.450879  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1396  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  28.51 
 
 		 547 aa  104  4e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1029  Signal transduction histidine kinase  22.62 
 
 		 511 aa  103  6e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2345  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.53 
 
 		 509 aa  103  8e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1455  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.54 
 
 		 753 aa  103  8e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.205006  normal  0.134875 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2116  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  21.53 
 
 		 524 aa  102  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1773  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  23.08 
 
 		 764 aa  101  3e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.866376 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6274  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.09 
 
 		 534 aa  100  4e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.311499 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4128  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.61 
 
 		 752 aa  100  6e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.43986 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3630  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.74 
 
 		 765 aa  100  6e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.153032 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3000  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.56 
 
 		 733 aa  100  8e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4410  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  22.53 
 
 		 800 aa  100  8e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1933  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.01 
 
 		 741 aa  99  2e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.820438  normal  0.142567 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0709  multi-sensor signal transduction histidine kinase  22.39 
 
 		 738 aa  99  2e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000623284  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1929  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  28.86 
 
 		 742 aa  98.6  2e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0315  multi-sensor signal transduction histidine kinase  22.03 
 
 		 800 aa  98.6  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2855  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  25 
 
 		 599 aa  97.8  3e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0812  nitrogen regulation protein NtrY, putative  23.06 
 
 		 748 aa  97.1  5e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.439119  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3274  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  21.52 
 
 		 526 aa  97.4  5e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0777  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  22.96 
 
 		 748 aa  97.1  6e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1393  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.11 
 
 		 756 aa  96.7  7e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0285475 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0399  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  22.03 
 
 		 519 aa  96.7  8e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0041  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  22.99 
 
 		 803 aa  96.3  9e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3487  histidine kinase  27.12 
 
 		 581 aa  96.3  9e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0451928  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3423  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.12 
 
 		 581 aa  95.9  1e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0671901  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2511  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30 
 
 		 543 aa  95.9  1e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2459  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  22.76 
 
 		 514 aa  95.9  1e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.536831 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2461  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.52 
 
 		 857 aa  95.5  2e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.897717  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3118  multi-sensor signal transduction histidine kinase  22.89 
 
 		 817 aa  94.7  3e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.728829  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0547  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.73 
 
 		 731 aa  94.7  3e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3123  histidine kinase  31.25 
 
 		 356 aa  94.4  3e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3176  multi-sensor signal transduction histidine kinase  21.85 
 
 		 804 aa  94.7  3e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1374  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.77 
 
 		 746 aa  94  4e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.131978  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1520  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.28 
 
 		 757 aa  94.4  4e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.203555  normal  0.0623449 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3121  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  22.44 
 
 		 804 aa  94.4  4e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.655307  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3059  multi-sensor signal transduction histidine kinase  22.22 
 
 		 800 aa  94  4e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.510583  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3814  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.02 
 
 		 515 aa  94.4  4e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3137  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  22.44 
 
 		 804 aa  94.4  4e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.428024 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2507  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  22.44 
 
 		 804 aa  94.4  4e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.537383  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4825  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.9 
 
 		 582 aa  94  5e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.924426 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3507  PAS sensor protein  24.02 
 
 		 512 aa  94  5e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3349  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  22.49 
 
 		 823 aa  93.6  6e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0530  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.39 
 
 		 755 aa  94  6e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>