More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0305 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0305  glycine cleavage system T protein  100 
 
 		 448 aa  916    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00724107 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2122  sensor histidine kinase  50.33 
 
 		 447 aa  437  1e-121  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1902  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.97 
 
 		 448 aa  285  8e-76  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.589471 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0098  histidine kinase  37.98 
 
 		 439 aa  283  5.000000000000001e-75  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0083  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.08 
 
 		 426 aa  270  5e-71  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0375  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.24 
 
 		 494 aa  267  4e-70  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.803434 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0779  sensor histidine kinase  38.46 
 
 		 468 aa  237  3e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4582  histidine kinase  30.1 
 
 		 455 aa  168  2e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0952  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.07 
 
 		 445 aa  162  1e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4824  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.78 
 
 		 446 aa  156  6e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3506  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.2 
 
 		 450 aa  149  8e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.996611 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0326  response regulator receiver domain-containing protein  27.14 
 
 		 450 aa  148  2.0000000000000003e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.159286  normal  0.343021 
 
 
-
 
NC_002950  PG0017  sensor histidine kinase  29.81 
 
 		 445 aa  144  2e-33  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.428126 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2846  ATP-binding region, ATPase-like protein  28.57 
 
 		 452 aa  145  2e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1333  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.94 
 
 		 441 aa  145  2e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.18234  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0469  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28 
 
 		 444 aa  144  5e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0577  sensor histidine kinase  26.98 
 
 		 433 aa  142  1.9999999999999998e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.122175  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3718  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.49 
 
 		 456 aa  139  1e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.53289 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2860  ATP-binding region, ATPase-like protein  29.88 
 
 		 437 aa  137  4e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0727  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.89 
 
 		 457 aa  137  6.0000000000000005e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3155  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.25 
 
 		 555 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4705  sensory box sensor histidine kinase  26.96 
 
 		 472 aa  135  1.9999999999999998e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.738768  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0867  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.62 
 
 		 555 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3256  ATPase domain-containing protein  28.54 
 
 		 551 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3688  nitrogen regulation protein NtrY, putative  28.83 
 
 		 555 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2987  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.98 
 
 		 562 aa  133  5e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2346  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.09 
 
 		 426 aa  132  2.0000000000000002e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.035298  normal  0.857551 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3337  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.61 
 
 		 562 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1023  histidine kinase  28.08 
 
 		 562 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2624  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.16 
 
 		 729 aa  131  3e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.608847  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1002  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.64 
 
 		 562 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0902  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  26.46 
 
 		 451 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4068  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.48 
 
 		 463 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3360  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.07 
 
 		 454 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1035  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.12 
 
 		 562 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4419  sensor histidine kinase  27.13 
 
 		 431 aa  120  4.9999999999999996e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0018  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  25.88 
 
 		 710 aa  119  9.999999999999999e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.2698 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2603  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.59 
 
 		 421 aa  118  1.9999999999999998e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3018  Signal transduction histidine kinase, NtrY  25.19 
 
 		 712 aa  117  3.9999999999999997e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0746  sensor histidine kinase  26.14 
 
 		 455 aa  116  1.0000000000000001e-24  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4128  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.82 
 
 		 752 aa  115  2.0000000000000002e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.43986 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2738  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.7 
 
 		 749 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.789248  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0390  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.34 
 
 		 744 aa  114  4.0000000000000004e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3361  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.32 
 
 		 756 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3408  histidine kinase  30.64 
 
 		 573 aa  112  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  decreased coverage  0.0068838  normal  0.336005 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1491  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.52 
 
 		 814 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0430544 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1834  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.29 
 
 		 736 aa  112  2.0000000000000002e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.273222  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1929  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.11 
 
 		 742 aa  112  2.0000000000000002e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0030  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.11 
 
 		 718 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.838483 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2940  multi-sensor signal transduction histidine kinase  22.76 
 
 		 799 aa  110  6e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0484  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.64 
 
 		 754 aa  110  6e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.187529  normal  0.0210363 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2239  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.59 
 
 		 756 aa  110  7.000000000000001e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.292158  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3423  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.46 
 
 		 581 aa  109  9.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0671901  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0547  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.43 
 
 		 731 aa  108  1e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0182  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.38 
 
 		 708 aa  108  2e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000583847 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2269  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.26 
 
 		 736 aa  107  3e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00414095 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3487  histidine kinase  30.52 
 
 		 581 aa  107  3e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0451928  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0515  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.85 
 
 		 780 aa  107  4e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.168108 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5615  histidine kinase  24.47 
 
 		 429 aa  107  4e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0900  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.23 
 
 		 756 aa  107  6e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.361287  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2822  PAS sensor protein  23.26 
 
 		 799 aa  107  6e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.354635 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1443  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  24.12 
 
 		 753 aa  106  8e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.616255  hitchhiker  0.000358642 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3049  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.26 
 
 		 799 aa  106  9e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.70723  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0812  nitrogen regulation protein NtrY, putative  24.51 
 
 		 748 aa  105  1e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.439119  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4084  histidine kinase  26.01 
 
 		 705 aa  105  1e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4434  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.08 
 
 		 765 aa  105  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.341187  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1520  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.89 
 
 		 757 aa  105  1e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.203555  normal  0.0623449 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1360  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.36 
 
 		 759 aa  104  4e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0542  nitrogen regulation protein NtrY  21.13 
 
 		 742 aa  103  5e-21  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0128365  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2268  multi-sensor signal transduction histidine kinase  22.1 
 
 		 764 aa  103  6e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1074  nitrogen regulation protein NtrY  20.92 
 
 		 774 aa  103  6e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.000929955  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4526  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.99 
 
 		 772 aa  103  6e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2344  two component signal transduction histidine kinase  24.14 
 
 		 752 aa  103  7e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000619377  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1455  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.26 
 
 		 753 aa  103  7e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.205006  normal  0.134875 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2839  nitrogen regulation protein, NtrY, Signal transduction histidine kinase  24.2 
 
 		 769 aa  103  9e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6542  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  22.38 
 
 		 753 aa  102  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0709  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.18 
 
 		 738 aa  102  1e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000623284  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2847  nitrogen regulation protein NtrY, putative  24.88 
 
 		 734 aa  101  2e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0077  two component sensor histidine kinase transcription regulator protein  23.92 
 
 		 811 aa  102  2e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000219775  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1116  nitrogen regulation protein NtrY  21.19 
 
 		 774 aa  102  2e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0777  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.8 
 
 		 748 aa  101  2e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1733  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.08 
 
 		 594 aa  101  2e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.756975 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2211  multi-sensor signal transduction histidine kinase  21.99 
 
 		 771 aa  101  2e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.542091  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5940  multi-sensor signal transduction histidine kinase  22.63 
 
 		 779 aa  102  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.363869 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0199  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.28 
 
 		 734 aa  101  3e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.779269  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2607  multi-sensor signal transduction histidine kinase  22.22 
 
 		 747 aa  101  3e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.515354  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2081  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.51 
 
 		 816 aa  101  3e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2902  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.49 
 
 		 612 aa  100  4e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1617  multi-sensor signal transduction histidine kinase  22.15 
 
 		 763 aa  100  5e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0436  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.44 
 
 		 733 aa  100  7e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.589571  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3630  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.15 
 
 		 765 aa  100  7e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.153032 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1374  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.4 
 
 		 746 aa  99.8  1e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.131978  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1489  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.76 
 
 		 753 aa  99.4  1e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.726921  normal  0.706753 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0274  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.97 
 
 		 781 aa  99  1e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.276593  decreased coverage  0.00464659 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1376  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.88 
 
 		 737 aa  99  1e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00550904  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2035  multi-sensor signal transduction histidine kinase  22.47 
 
 		 740 aa  98.6  2e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1446  nitrogen regulatory signal transduction histidine kinase NtrY  23.62 
 
 		 766 aa  98.6  2e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.263583  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1458  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.33 
 
 		 845 aa  98.6  2e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.468501 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1393  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.49 
 
 		 756 aa  98.6  2e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0285475 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3241  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.39 
 
 		 762 aa  97.8  4e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.235789  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>