More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0727 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0727  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 		 457 aa  928    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3718  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  73.08 
 
 		 456 aa  645    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.53289 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4068  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  69.08 
 
 		 463 aa  624  1e-177  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3360  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  68.01 
 
 		 454 aa  595  1e-169  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3155  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  70.57 
 
 		 555 aa  558  1e-158  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3256  ATPase domain-containing protein  70.07 
 
 		 551 aa  554  1e-157  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0867  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  70.07 
 
 		 555 aa  555  1e-157  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1002  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  70.65 
 
 		 562 aa  554  1e-156  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2987  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  69.7 
 
 		 562 aa  553  1e-156  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1023  histidine kinase  70.35 
 
 		 562 aa  548  1e-155  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3337  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  70.71 
 
 		 562 aa  548  1e-155  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1035  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  71.21 
 
 		 562 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3688  nitrogen regulation protein NtrY, putative  69.21 
 
 		 555 aa  531  1e-149  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0902  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  55.97 
 
 		 451 aa  507  9.999999999999999e-143  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2846  ATP-binding region, ATPase-like protein  62.32 
 
 		 452 aa  489  1e-137  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2860  ATP-binding region, ATPase-like protein  60 
 
 		 437 aa  457  1e-127  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3506  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  41.61 
 
 		 450 aa  278  1e-73  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.996611 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0577  sensor histidine kinase  39.58 
 
 		 433 aa  277  3e-73  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.122175  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0098  histidine kinase  29.74 
 
 		 439 aa  157  5.0000000000000005e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0083  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.33 
 
 		 426 aa  155  1e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2122  sensor histidine kinase  29.66 
 
 		 447 aa  154  4e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1902  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.64 
 
 		 448 aa  153  7e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.589471 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5615  histidine kinase  28.79 
 
 		 429 aa  148  2.0000000000000003e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0375  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.66 
 
 		 494 aa  139  7e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.803434 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0305  glycine cleavage system T protein  29.89 
 
 		 448 aa  137  6.0000000000000005e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00724107 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0326  response regulator receiver domain-containing protein  26.75 
 
 		 450 aa  137  6.0000000000000005e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.159286  normal  0.343021 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0779  sensor histidine kinase  28.1 
 
 		 468 aa  134  3.9999999999999996e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1333  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.63 
 
 		 441 aa  130  3e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.18234  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4419  sensor histidine kinase  27.38 
 
 		 431 aa  127  3e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2346  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.31 
 
 		 426 aa  127  6e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.035298  normal  0.857551 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4824  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.03 
 
 		 446 aa  125  1e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0018  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  25.41 
 
 		 710 aa  122  1.9999999999999998e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.2698 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0952  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.95 
 
 		 445 aa  120  6e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2136  two component sensor kinase  26.27 
 
 		 759 aa  120  6e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.132627  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0182  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.38 
 
 		 708 aa  119  9e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000583847 
 
 
-
 
NC_002950  PG0746  sensor histidine kinase  27.27 
 
 		 455 aa  118  1.9999999999999998e-25  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4582  histidine kinase  28.8 
 
 		 455 aa  118  3e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1573  histidine kinase  28.15 
 
 		 767 aa  117  6e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0740881  normal  0.0763149 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3000  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.33 
 
 		 733 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2738  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.49 
 
 		 749 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.789248  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0547  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.58 
 
 		 731 aa  114  3e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1360  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.29 
 
 		 759 aa  114  3e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4128  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.31 
 
 		 752 aa  114  3e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.43986 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2839  nitrogen regulation protein, NtrY, Signal transduction histidine kinase  27.02 
 
 		 769 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4084  histidine kinase  32.59 
 
 		 705 aa  113  9e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1455  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.02 
 
 		 753 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.205006  normal  0.134875 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0530  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.12 
 
 		 755 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4705  sensory box sensor histidine kinase  23.7 
 
 		 472 aa  111  3e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.738768  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1489  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.86 
 
 		 753 aa  110  7.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.726921  normal  0.706753 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0436  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.85 
 
 		 733 aa  109  1e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.589571  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2624  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.12 
 
 		 729 aa  109  1e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.608847  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0017  sensor histidine kinase  29.92 
 
 		 445 aa  108  2e-22  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.428126 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2269  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.95 
 
 		 736 aa  108  2e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00414095 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0390  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25 
 
 		 744 aa  108  3e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0469  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.02 
 
 		 444 aa  107  3e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3487  histidine kinase  30.58 
 
 		 581 aa  107  4e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0451928  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2268  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.02 
 
 		 764 aa  107  5e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3423  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.54 
 
 		 581 aa  107  6e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0671901  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1520  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.94 
 
 		 757 aa  105  1e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.203555  normal  0.0623449 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2239  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.44 
 
 		 756 aa  105  2e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.292158  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1816  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.5 
 
 		 756 aa  104  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0544205 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0315  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.68 
 
 		 800 aa  104  4e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0184  sensor protein PilS, putative  27.86 
 
 		 530 aa  103  6e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0363  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  27.86 
 
 		 530 aa  103  6e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.63729 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4410  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  25.68 
 
 		 800 aa  103  6e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3408  histidine kinase  29.24 
 
 		 573 aa  103  8e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  decreased coverage  0.0068838  normal  0.336005 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1443  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  25.69 
 
 		 753 aa  103  8e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.616255  hitchhiker  0.000358642 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1629  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.13 
 
 		 756 aa  103  9e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.102015  normal  0.506038 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0531  sensory histidine kinase AtoS  27.72 
 
 		 611 aa  102  2e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0744  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.79 
 
 		 756 aa  102  2e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.857607  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2223  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.7 
 
 		 457 aa  102  2e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.450879  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4071  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.47 
 
 		 784 aa  101  3e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.714466 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4434  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.52 
 
 		 765 aa  101  4e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.341187  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5940  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.46 
 
 		 779 aa  100  5e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.363869 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0515  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.76 
 
 		 780 aa  100  6e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.168108 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2075  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.1 
 
 		 770 aa  99.8  1e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72390  putative two-component sensor  27.87 
 
 		 595 aa  99  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6542  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.41 
 
 		 753 aa  98.6  2e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0066  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  32.09 
 
 		 773 aa  97.8  3e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.712477  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2281  putative nitrogen regulation protein NtrY  24.32 
 
 		 802 aa  97.8  3e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0640916  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2359  putative nitrogen regulation protein NtrY  24.32 
 
 		 802 aa  97.8  3e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.252159  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2799  putative nitrogen regulation protein NtrY  24.32 
 
 		 802 aa  97.8  3e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0148  nitrogen regulation protein NtrY, putative  24.32 
 
 		 806 aa  97.4  4e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.155051  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0352  sensor kinase protein  24.32 
 
 		 787 aa  97.8  4e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.452742  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3018  Signal transduction histidine kinase, NtrY  25.58 
 
 		 712 aa  97.8  4e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6472  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.42 
 
 		 804 aa  97.4  4e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0167  sensor histidine kinase  24.32 
 
 		 802 aa  97.8  4e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.211147  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1773  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.22 
 
 		 764 aa  97.4  4e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.866376 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0157  sensor histidine kinase  24.32 
 
 		 802 aa  97.8  4e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.278492  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0828  sensory histidine kinase AtoS  25.73 
 
 		 613 aa  97.4  4e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.167481 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1834  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.85 
 
 		 736 aa  97.4  5e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.273222  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0812  nitrogen regulation protein NtrY, putative  25.06 
 
 		 748 aa  97.1  6e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.439119  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4398  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.72 
 
 		 745 aa  97.1  6e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.13461  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6283  alginate biosynthesis sensor protein KinB  28.25 
 
 		 595 aa  97.1  7e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3059  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.49 
 
 		 800 aa  96.3  9e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.510583  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3137  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.42 
 
 		 804 aa  95.9  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.428024 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3128  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.06 
 
 		 779 aa  96.3  1e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.865325  normal  0.321459 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0299  putative nitrogen regulation protein NtrY  24.46 
 
 		 714 aa  96.3  1e-18  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.333561  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2461  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.98 
 
 		 857 aa  95.9  1e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.897717  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2507  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  23.42 
 
 		 804 aa  95.9  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.537383  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>