74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4649 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4649  GntR domain protein  100 
 
 		 140 aa  280  4.0000000000000003e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3083  transcriptional regulator, GntR family  39.37 
 
 		 237 aa  85.5  2e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3108  transcriptional regulator, GntR family  37.01 
 
 		 239 aa  84  6e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00120217  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3790  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 		 235 aa  82.8  0.000000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000195314  hitchhiker  0.00275233 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4680  GntR family transcriptional regulator  40.8 
 
 		 260 aa  82  0.000000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.895143  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5085  transcriptional regulator GntR family  38.21 
 
 		 246 aa  73.6  0.0000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.131257  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0224  transcriptional regulator, GntR family  38.21 
 
 		 227 aa  73.9  0.0000000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2933  GntR family transcriptional regulator  40.16 
 
 		 245 aa  72.8  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5719  transcriptional regulator, GntR family  38.58 
 
 		 238 aa  72  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1743  GntR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 219 aa  71.6  0.000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.821551  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4309  GntR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 243 aa  70.9  0.000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.405303  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2702  putative transcriptional regulator, GntR family  31.78 
 
 		 219 aa  68.9  0.00000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8640  transcriptional regulator, GntR family  35.2 
 
 		 230 aa  68.6  0.00000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.395019  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0156  GntR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 241 aa  67.8  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4153  GntR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 244 aa  66.6  0.0000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.947697  normal  0.614884 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4203  GntR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 255 aa  65.5  0.0000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.137174  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1198  GntR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 245 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2783  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  37.61 
 
 		 266 aa  64.3  0.0000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.987951  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2908  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  37.61 
 
 		 231 aa  64.3  0.0000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00158542  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3933  transcriptional regulator, GntR family  35.71 
 
 		 236 aa  63.9  0.0000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.787186  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4402  transcriptional regulator, GntR family  37.7 
 
 		 223 aa  63.9  0.0000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.225327  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5583  GntR family transcriptional regulator  42.55 
 
 		 241 aa  63.9  0.0000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.42685 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2875  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  37.29 
 
 		 231 aa  63.9  0.0000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3365  GntR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 247 aa  62.8  0.000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0204  GntR family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 262 aa  62  0.000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00828  hypothetical protein  29.27 
 
 		 225 aa  61.2  0.000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1997  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  34.96 
 
 		 226 aa  61.2  0.000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2991  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  32.52 
 
 		 225 aa  60.5  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0247222 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2974  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  32.52 
 
 		 225 aa  60.5  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.554532  normal  0.0581705 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2939  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  32.52 
 
 		 225 aa  60.5  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.150864 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2907  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  32.52 
 
 		 225 aa  60.5  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3152  GntR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 235 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.26318  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5670  GntR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 242 aa  58.9  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3096  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  31.71 
 
 		 225 aa  59.3  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2798  GntR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 253 aa  58.2  0.00000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.197773  normal  0.303741 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0876  GntR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 220 aa  58.2  0.00000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.398436  normal  0.0490604 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4641  transcriptional regulator, GntR family  33.06 
 
 		 249 aa  56.2  0.0000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.220796  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3023  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 236 aa  56.2  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3903  GntR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 246 aa  56.2  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3565  transcriptional regulator, GntR family  33.06 
 
 		 249 aa  56.2  0.0000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.181866  normal  0.165295 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3165  GntR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 246 aa  55.8  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.728398  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3459  transcriptional regulator, GntR family  34.07 
 
 		 245 aa  55.8  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2973  GntR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 251 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1944  hypothetical protein  27.86 
 
 		 234 aa  54.3  0.0000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2944  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  36.59 
 
 		 220 aa  52.4  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1019  transcriptional regulator, GntR family  36.59 
 
 		 220 aa  52.4  0.000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02484  hypothetical protein  36.59 
 
 		 220 aa  52.4  0.000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3906  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  36.59 
 
 		 220 aa  52.4  0.000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.429563 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3217  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  36.59 
 
 		 220 aa  52.4  0.000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2799  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  36.59 
 
 		 220 aa  52.4  0.000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2784  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  36.59 
 
 		 220 aa  52.4  0.000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.220351 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1042  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  36.59 
 
 		 220 aa  52.4  0.000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02520  DNA-binding transcriptional dual regulator  36.59 
 
 		 220 aa  52.4  0.000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4140  GntR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 219 aa  50.8  0.000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00242001  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0960  transcriptional regulator  37.04 
 
 		 226 aa  48.9  0.00002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.411969 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5954  transcriptional regulator, GntR family  30 
 
 		 222 aa  49.3  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0377161 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1843  GntR family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 257 aa  47.8  0.00005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0747919 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3918  regulatory protein GntR HTH  28.33 
 
 		 235 aa  47  0.00008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.306871  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3891  transcriptional regulator, GntR family  36.67 
 
 		 263 aa  45.1  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.354634 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001646  transcriptional regulator LuxZ  21.26 
 
 		 214 aa  44.7  0.0004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000706033  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7094  transcriptional regulator, GntR family  28.33 
 
 		 222 aa  44.3  0.0006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.113037  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5982  GntR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 235 aa  44.3  0.0006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.28377 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5088  GntR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 260 aa  43.9  0.0007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.104666  normal  0.0604229 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4822  transcriptional regulator, GntR family  34.94 
 
 		 257 aa  42.7  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00147753  normal  0.0149979 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5700  GntR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 247 aa  43.1  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.413406  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5932  GntR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 210 aa  43.1  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.733777  normal  0.0408892 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4121  putative transcriptional regulator  29.63 
 
 		 222 aa  42.7  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0739685  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3115  GntR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 243 aa  42.4  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.124269  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47820  putative transcriptional regulator  28.7 
 
 		 222 aa  41.6  0.003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000218363  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3968  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 206 aa  42  0.003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4297  transcriptional regulator, GntR family  32.94 
 
 		 232 aa  41.6  0.003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.535178  normal  0.743699 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1701  GntR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 223 aa  41.6  0.004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0631333  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2536  GntR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 242 aa  41.6  0.004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00251581  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6285  transcriptional regulator, GntR family  30.6 
 
 		 234 aa  40  0.01  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>