More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3110 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3110  protein of unknown function UPF0118  100 
 
 		 383 aa  739    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2675  hypothetical protein  77.55 
 
 		 391 aa  572  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.173775  normal  0.141253 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2711  hypothetical protein  78.76 
 
 		 395 aa  572  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2700  hypothetical protein  71.74 
 
 		 368 aa  483  1e-135  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0306531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4585  putative transport protein/permease  60.11 
 
 		 382 aa  441  9.999999999999999e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2235  hypothetical protein  60.15 
 
 		 395 aa  429  1e-119  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.55122  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1905  hypothetical protein  53.55 
 
 		 379 aa  338  9e-92  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.358826 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2262  hypothetical protein  45.79 
 
 		 381 aa  274  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0141033  normal  0.407022 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1751  hypothetical protein  49.71 
 
 		 353 aa  247  2e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.903333  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1508  protein of unknown function UPF0118  40.52 
 
 		 395 aa  229  4e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.634886  normal  0.895228 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1787  protein of unknown function UPF0118  41.33 
 
 		 392 aa  229  8e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.190485  normal  0.0890558 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1508  hypothetical protein  41.6 
 
 		 401 aa  228  1e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0662165  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5351  protein of unknown function UPF0118  32.97 
 
 		 364 aa  156  6e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0138969  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0956  hypothetical protein  34.11 
 
 		 349 aa  147  3e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0392869 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0340  hypothetical protein  35.43 
 
 		 340 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1984  hypothetical protein  35.1 
 
 		 340 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.372704  normal  0.185401 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1450  hypothetical protein  28.41 
 
 		 350 aa  123  5e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.996482  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3895  hypothetical protein  31.41 
 
 		 340 aa  122  7e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0467618  normal  0.207617 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0244  protein of unknown function UPF0118  27.89 
 
 		 376 aa  119  9.999999999999999e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3439  hypothetical protein  35.48 
 
 		 370 aa  105  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.190134  normal  0.242294 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3832  protein of unknown function UPF0118  35.91 
 
 		 372 aa  101  3e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0915  hypothetical protein  32.7 
 
 		 346 aa  97.8  3e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2233  hypothetical protein  27.47 
 
 		 379 aa  94.7  2e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.195735  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3926  protein of unknown function UPF0118  25.68 
 
 		 340 aa  93.6  5e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0518  hypothetical protein  27.42 
 
 		 387 aa  91.7  2e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0783  hypothetical protein  27.1 
 
 		 365 aa  92  2e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.930721  normal  0.646408 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2554  hypothetical protein  40.22 
 
 		 356 aa  91.3  3e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1411  hypothetical protein  28.12 
 
 		 369 aa  90.1  5e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2806  hypothetical protein  24.62 
 
 		 372 aa  90.1  6e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.217461  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4286  hypothetical protein  27.07 
 
 		 343 aa  88.6  1e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.573481  normal  0.303485 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4216  hypothetical protein  33.33 
 
 		 346 aa  88.2  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.329203  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2742  protein of unknown function UPF0118  26.33 
 
 		 344 aa  85.9  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0922989  unclonable  0.00000000268058 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3369  protein of unknown function UPF0118  26.04 
 
 		 344 aa  84.7  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3009  protein of unknown function UPF0118  25.77 
 
 		 382 aa  85.5  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07191  permease  27.78 
 
 		 359 aa  84.7  0.000000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.626992  normal  0.434396 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1488  hypothetical protein  26.43 
 
 		 341 aa  80.5  0.00000000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000137756  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3863  hypothetical protein  26.77 
 
 		 347 aa  79.3  0.0000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.596541  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07661  permease  27.83 
 
 		 358 aa  78.2  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.0677332 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16391  permease  29.1 
 
 		 360 aa  78.6  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.216071 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1196  hypothetical protein  29.65 
 
 		 359 aa  77.8  0.0000000000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0908  hypothetical protein  24.1 
 
 		 355 aa  77.4  0.0000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0708322  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1704  hypothetical protein  27.84 
 
 		 650 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.61682 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6357  protein of unknown function UPF0118  25.96 
 
 		 363 aa  77  0.0000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1195  hypothetical protein  29.59 
 
 		 329 aa  77  0.0000000000006  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0134  hypothetical protein  26.92 
 
 		 358 aa  76.3  0.0000000000008  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.980357  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1275  hypothetical protein  30.65 
 
 		 329 aa  75.5  0.000000000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5344  hypothetical protein  28.71 
 
 		 647 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0275026 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2721  hypothetical protein  26.83 
 
 		 361 aa  75.1  0.000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00186421  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2392  hypothetical protein  24.55 
 
 		 349 aa  74.7  0.000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.89361 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4793  hypothetical protein  26.25 
 
 		 344 aa  72  0.00000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.560868 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4731  protein of unknown function UPF0118  23.92 
 
 		 649 aa  72  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0106944 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4214  hypothetical protein  24.42 
 
 		 652 aa  71.6  0.00000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0784859  normal  0.378864 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1078  protein of unknown function UPF0118  30.36 
 
 		 336 aa  70.9  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.359333 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2027  protein of unknown function UPF0118  27.98 
 
 		 354 aa  71.2  0.00000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.294883  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02243  permease  34.18 
 
 		 388 aa  71.2  0.00000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.41641  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4584  protein of unknown function UPF0118  24.42 
 
 		 652 aa  70.9  0.00000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.113593  normal  0.096848 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1431  hypothetical protein  32.08 
 
 		 606 aa  70.5  0.00000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.145958  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4544  hypothetical protein  27.98 
 
 		 381 aa  70.5  0.00000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2234  putative transporter  31.48 
 
 		 182 aa  70.1  0.00000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.933876  normal  0.709489 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2385  protein of unknown function UPF0118  30.1 
 
 		 542 aa  69.7  0.00000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.322706 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4013  protein of unknown function UPF0118  29.95 
 
 		 389 aa  69.7  0.00000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00579473  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1194  hypothetical protein  26.71 
 
 		 396 aa  69.3  0.0000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1233  membrane transporter  26.77 
 
 		 650 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0210631  normal  0.375468 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2774  hypothetical protein  28.57 
 
 		 348 aa  68.2  0.0000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2316  hypothetical protein  26.35 
 
 		 361 aa  67.8  0.0000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.582551  hitchhiker  0.00000126508 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2957  hypothetical protein  24.17 
 
 		 366 aa  67.8  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3452  hypothetical protein  24.26 
 
 		 394 aa  68.2  0.0000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4144  putative GAF sensor protein  25.09 
 
 		 801 aa  67.8  0.0000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4598  hypothetical protein  22.69 
 
 		 363 aa  67.8  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.267905  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10101  permease  24.44 
 
 		 347 aa  67.8  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2140  hypothetical protein  26.27 
 
 		 700 aa  67.8  0.0000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.425167  normal  0.975115 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2927  hypothetical protein  26.35 
 
 		 361 aa  67.8  0.0000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5642  protein of unknown function UPF0118  26.32 
 
 		 361 aa  67.4  0.0000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.45964  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2670  protein of unknown function UPF0118  22.44 
 
 		 345 aa  67.4  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0061  hypothetical protein  28.88 
 
 		 383 aa  67.4  0.0000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3575  protein of unknown function UPF0118  28.12 
 
 		 344 aa  67.4  0.0000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00192559  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2002  hypothetical protein  26.63 
 
 		 434 aa  67.4  0.0000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0749036  hitchhiker  0.0034214 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3434  protein of unknown function UPF0118  22.44 
 
 		 345 aa  67  0.0000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2709  hypothetical protein  26.05 
 
 		 361 aa  66.6  0.0000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000235293  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2660  permease  26.05 
 
 		 361 aa  66.6  0.0000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00181766  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2916  hypothetical protein  26.05 
 
 		 361 aa  66.6  0.0000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000469324 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2050  hypothetical protein  24.79 
 
 		 368 aa  67  0.0000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000116574  hitchhiker  0.00000000347502 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2916  hypothetical protein  26.05 
 
 		 348 aa  66.6  0.0000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2961  hypothetical protein  26.05 
 
 		 361 aa  66.2  0.0000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0186622  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5020  protein of unknown function UPF0118  29.92 
 
 		 679 aa  66.2  0.0000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.247687  normal  0.0740005 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4560  hypothetical protein  29.92 
 
 		 668 aa  66.2  0.0000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.119566 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1995  hypothetical protein  29.94 
 
 		 361 aa  66.2  0.0000000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0255666  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2637  permease  26.05 
 
 		 348 aa  66.2  0.0000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.386693  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2955  hypothetical protein  26.05 
 
 		 373 aa  65.9  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0331656  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2253  putative permease  24.73 
 
 		 389 aa  65.5  0.000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0209  protein of unknown function UPF0118  25.99 
 
 		 399 aa  65.9  0.000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5379  protein of unknown function UPF0118  28.41 
 
 		 650 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.613329  normal  0.237029 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0749  protein of unknown function UPF0118  25.33 
 
 		 417 aa  65.5  0.000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.104647 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2189  protein of unknown function UPF0118  26.75 
 
 		 396 aa  64.7  0.000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.289237  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4051  hypothetical protein  26.02 
 
 		 354 aa  65.5  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0304  protein of unknown function UPF0118  31.15 
 
 		 650 aa  64.3  0.000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.10955  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5210  protein of unknown function UPF0118  24.76 
 
 		 345 aa  64.7  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000144016 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1351  permease  28.22 
 
 		 390 aa  64.3  0.000000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1274  hypothetical protein  28.57 
 
 		 359 aa  63.9  0.000000004  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.094175  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3669  hypothetical protein  27.14 
 
 		 390 aa  64.3  0.000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>