More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_3439 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_3439  hypothetical protein  100 
 
 		 370 aa  721    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.190134  normal  0.242294 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3895  hypothetical protein  41.27 
 
 		 340 aa  215  9.999999999999999e-55  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0467618  normal  0.207617 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5351  protein of unknown function UPF0118  35.74 
 
 		 364 aa  177  3e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0138969  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3832  protein of unknown function UPF0118  31.66 
 
 		 372 aa  175  9e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1450  hypothetical protein  38.69 
 
 		 350 aa  174  1.9999999999999998e-42  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.996482  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0244  protein of unknown function UPF0118  34.88 
 
 		 376 aa  167  4e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4216  hypothetical protein  38.41 
 
 		 346 aa  164  3e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.329203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2554  hypothetical protein  34.22 
 
 		 356 aa  159  5e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0956  hypothetical protein  34.75 
 
 		 349 aa  140  4.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0392869 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1905  hypothetical protein  37.84 
 
 		 379 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.358826 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1984  hypothetical protein  33.75 
 
 		 340 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.372704  normal  0.185401 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0340  hypothetical protein  33.75 
 
 		 340 aa  130  3e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2262  hypothetical protein  30.51 
 
 		 381 aa  126  6e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0141033  normal  0.407022 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0915  hypothetical protein  27.08 
 
 		 346 aa  123  5e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2700  hypothetical protein  29.6 
 
 		 368 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0306531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4286  hypothetical protein  30.19 
 
 		 343 aa  117  3.9999999999999997e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.573481  normal  0.303485 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2711  hypothetical protein  27.83 
 
 		 395 aa  116  6e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1787  protein of unknown function UPF0118  36.54 
 
 		 392 aa  115  8.999999999999998e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.190485  normal  0.0890558 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1508  hypothetical protein  36.54 
 
 		 401 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0662165  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1508  protein of unknown function UPF0118  36.06 
 
 		 395 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.634886  normal  0.895228 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3110  protein of unknown function UPF0118  28.45 
 
 		 383 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2233  hypothetical protein  29.1 
 
 		 379 aa  113  5e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.195735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4585  putative transport protein/permease  29.15 
 
 		 382 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2235  hypothetical protein  27 
 
 		 395 aa  110  3e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.55122  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2806  hypothetical protein  27.64 
 
 		 372 aa  108  1e-22  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.217461  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1078  protein of unknown function UPF0118  27.02 
 
 		 336 aa  108  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.359333 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3926  protein of unknown function UPF0118  29.61 
 
 		 340 aa  106  6e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4544  hypothetical protein  28.45 
 
 		 381 aa  103  5e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07661  permease  33.33 
 
 		 358 aa  103  7e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.0677332 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0783  hypothetical protein  32.22 
 
 		 365 aa  102  8e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.930721  normal  0.646408 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0061  hypothetical protein  30.45 
 
 		 383 aa  102  9e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0134  hypothetical protein  32.79 
 
 		 358 aa  101  2e-20  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.980357  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07191  permease  25.22 
 
 		 359 aa  101  2e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.626992  normal  0.434396 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2675  hypothetical protein  34.81 
 
 		 391 aa  100  3e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.173775  normal  0.141253 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3369  protein of unknown function UPF0118  28.53 
 
 		 344 aa  98.6  1e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2742  protein of unknown function UPF0118  28.53 
 
 		 344 aa  98.2  2e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0922989  unclonable  0.00000000268058 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0518  hypothetical protein  24.19 
 
 		 387 aa  97.4  4e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3009  protein of unknown function UPF0118  32 
 
 		 382 aa  94.7  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1762  hypothetical protein  29.72 
 
 		 329 aa  95.1  2e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1751  hypothetical protein  30.93 
 
 		 353 aa  91.7  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.903333  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1196  hypothetical protein  32.58 
 
 		 359 aa  90.9  4e-17  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2392  hypothetical protein  21.74 
 
 		 349 aa  88.2  2e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.89361 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3575  protein of unknown function UPF0118  28.72 
 
 		 344 aa  86.7  6e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00192559  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2927  permease  26.78 
 
 		 365 aa  86.3  7e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.0000000241708  normal  0.258096 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4001  hypothetical protein  25.45 
 
 		 368 aa  85.1  0.000000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.591053 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1713  hypothetical protein  30.88 
 
 		 371 aa  84.3  0.000000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.655848  normal  0.476202 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1420  hypothetical protein  23.15 
 
 		 402 aa  83.6  0.000000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0644646  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1448  hypothetical protein  23.15 
 
 		 402 aa  83.6  0.000000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000360654  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4214  hypothetical protein  26.54 
 
 		 652 aa  83.2  0.000000000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0784859  normal  0.378864 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2541  protein of unknown function UPF0118  20.77 
 
 		 392 aa  83.2  0.000000000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.407102  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0929  hypothetical protein  21.86 
 
 		 405 aa  82  0.00000000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0908  hypothetical protein  32.5 
 
 		 355 aa  82  0.00000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0708322  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4584  protein of unknown function UPF0118  27.4 
 
 		 652 aa  82.4  0.00000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.113593  normal  0.096848 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1411  hypothetical protein  30.16 
 
 		 369 aa  81.6  0.00000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4731  protein of unknown function UPF0118  28.5 
 
 		 649 aa  80.9  0.00000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0106944 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3863  hypothetical protein  25.94 
 
 		 347 aa  81.3  0.00000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.596541  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2774  hypothetical protein  32.47 
 
 		 348 aa  81.3  0.00000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1544  hypothetical protein  25.27 
 
 		 368 aa  80.9  0.00000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.173707  normal  0.127911 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4116  protein of unknown function UPF0118  25.24 
 
 		 360 aa  80.1  0.00000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.614918  normal  0.119486 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7547  protein of unknown function UPF0118  32.45 
 
 		 392 aa  80.1  0.00000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.43907  normal  0.494892 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09331  permease  20.87 
 
 		 347 aa  80.1  0.00000000000006  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2386  hypothetical protein  24.73 
 
 		 368 aa  79.3  0.00000000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0461614  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2778  hypothetical protein  23.49 
 
 		 369 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0204087  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0136  protein of unknown function UPF0118  23.63 
 
 		 387 aa  78.6  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.291617  normal  0.459798 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0492  hypothetical protein  29.18 
 
 		 374 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1485  hypothetical protein  24.56 
 
 		 368 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00467252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1550  hypothetical protein  24.56 
 
 		 368 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0232271  normal  0.172747 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2702  hypothetical protein  23.49 
 
 		 369 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00759105  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2681  hypothetical protein  23.49 
 
 		 369 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.185142  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1685  protein of unknown function UPF0118  23.49 
 
 		 369 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0357703  normal  0.026776 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2920  hypothetical protein  25.09 
 
 		 368 aa  77.4  0.0000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0873  hypothetical protein  19.87 
 
 		 347 aa  77.4  0.0000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.475897  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1488  hypothetical protein  22.65 
 
 		 341 aa  77.4  0.0000000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000137756  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1665  hypothetical protein  24.52 
 
 		 382 aa  77  0.0000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000108955  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4013  protein of unknown function UPF0118  26.01 
 
 		 389 aa  77  0.0000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00579473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09321  permease  20.87 
 
 		 347 aa  77  0.0000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1235  protein of unknown function UPF0118  33.53 
 
 		 354 aa  77  0.0000000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1195  hypothetical protein  28.82 
 
 		 329 aa  76.6  0.0000000000006  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2899  hypothetical protein  23.4 
 
 		 344 aa  76.6  0.0000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0256984  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2922  protein of unknown function UPF0118  28.46 
 
 		 357 aa  76.3  0.0000000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.512956  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1998  transporter, putative  31.52 
 
 		 370 aa  76.3  0.0000000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000649848  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2454  hypothetical protein  33.33 
 
 		 346 aa  76.3  0.0000000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.435435  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0663  protein of unknown function UPF0118  25.3 
 
 		 373 aa  75.5  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.177633 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1194  hypothetical protein  23.95 
 
 		 396 aa  75.5  0.000000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0633  hypothetical protein  31.21 
 
 		 348 aa  75.5  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0451762  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3083  hypothetical protein  24.9 
 
 		 373 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.000376158  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1556  hypothetical protein  26.44 
 
 		 407 aa  75.5  0.000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3308  protein of unknown function UPF0118  26.39 
 
 		 452 aa  75.1  0.000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0783017  normal  0.176079 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2670  protein of unknown function UPF0118  25.34 
 
 		 345 aa  75.1  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4793  hypothetical protein  28.39 
 
 		 344 aa  74.7  0.000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.560868 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2493  protein of unknown function UPF0118  27.01 
 
 		 360 aa  74.3  0.000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.544644  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1829  hypothetical protein  27.01 
 
 		 360 aa  74.3  0.000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.2453  normal  0.256539 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0632  hypothetical protein  32.69 
 
 		 348 aa  74.7  0.000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000226632  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1792  hypothetical protein  27.01 
 
 		 360 aa  74.3  0.000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2750  hypothetical protein  37.67 
 
 		 344 aa  74.3  0.000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5344  hypothetical protein  33.77 
 
 		 647 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0275026 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2557  hypothetical protein  22.51 
 
 		 404 aa  74.3  0.000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1490  hypothetical protein  24.08 
 
 		 358 aa  74.3  0.000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00480126  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1785  hypothetical protein  27.01 
 
 		 360 aa  74.3  0.000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.539102  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0961  protein of unknown function UPF0118  33.11 
 
 		 382 aa  73.9  0.000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00685895 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>