More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2675 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2675  hypothetical protein  100 
 
 		 391 aa  761    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.173775  normal  0.141253 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2711  hypothetical protein  86.22 
 
 		 395 aa  653    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3110  protein of unknown function UPF0118  77.75 
 
 		 383 aa  578  1e-164  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2700  hypothetical protein  68.27 
 
 		 368 aa  477  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0306531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4585  putative transport protein/permease  60.1 
 
 		 382 aa  445  1.0000000000000001e-124  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2235  hypothetical protein  60.66 
 
 		 395 aa  437  1e-121  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.55122  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1905  hypothetical protein  53.33 
 
 		 379 aa  344  2e-93  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.358826 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2262  hypothetical protein  44.01 
 
 		 381 aa  261  1e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0141033  normal  0.407022 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1751  hypothetical protein  46.84 
 
 		 353 aa  238  1e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.903333  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1508  hypothetical protein  40 
 
 		 401 aa  224  3e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0662165  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1787  protein of unknown function UPF0118  39.73 
 
 		 392 aa  224  3e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.190485  normal  0.0890558 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1508  protein of unknown function UPF0118  38.98 
 
 		 395 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.634886  normal  0.895228 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0956  hypothetical protein  36.27 
 
 		 349 aa  150  4e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0392869 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5351  protein of unknown function UPF0118  31.82 
 
 		 364 aa  145  1e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0138969  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0340  hypothetical protein  35.48 
 
 		 340 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1984  hypothetical protein  35.16 
 
 		 340 aa  134  3e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.372704  normal  0.185401 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1450  hypothetical protein  29.41 
 
 		 350 aa  124  3e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.996482  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3895  hypothetical protein  31.18 
 
 		 340 aa  119  7e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0467618  normal  0.207617 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0244  protein of unknown function UPF0118  29.32 
 
 		 376 aa  105  1e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3439  hypothetical protein  34.81 
 
 		 370 aa  100  3e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.190134  normal  0.242294 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3832  protein of unknown function UPF0118  35.8 
 
 		 372 aa  97.4  3e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0915  hypothetical protein  31.78 
 
 		 346 aa  97.4  4e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07191  permease  25.44 
 
 		 359 aa  90.9  3e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.626992  normal  0.434396 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2554  hypothetical protein  38 
 
 		 356 aa  91.3  3e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0783  hypothetical protein  27.36 
 
 		 365 aa  90.1  6e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.930721  normal  0.646408 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1411  hypothetical protein  26.71 
 
 		 369 aa  86.7  7e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4286  hypothetical protein  28.18 
 
 		 343 aa  84.7  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.573481  normal  0.303485 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0518  hypothetical protein  25.2 
 
 		 387 aa  84.3  0.000000000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2806  hypothetical protein  24.63 
 
 		 372 aa  84  0.000000000000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.217461  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2233  hypothetical protein  25.34 
 
 		 379 aa  83.6  0.000000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.195735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1488  hypothetical protein  26.48 
 
 		 341 aa  83.2  0.000000000000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000137756  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4216  hypothetical protein  32.98 
 
 		 346 aa  82.4  0.00000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.329203  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3009  protein of unknown function UPF0118  26.88 
 
 		 382 aa  80.1  0.00000000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2742  protein of unknown function UPF0118  27.31 
 
 		 344 aa  77.8  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0922989  unclonable  0.00000000268058 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16391  permease  25 
 
 		 360 aa  77.4  0.0000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.216071 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07661  permease  28.5 
 
 		 358 aa  77  0.0000000000006  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.0677332 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3369  protein of unknown function UPF0118  26.85 
 
 		 344 aa  76.6  0.0000000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0908  hypothetical protein  28.21 
 
 		 355 aa  74.7  0.000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0708322  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3926  protein of unknown function UPF0118  23.43 
 
 		 340 aa  74.3  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1704  hypothetical protein  29.08 
 
 		 650 aa  73.9  0.000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.61682 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2392  hypothetical protein  27.44 
 
 		 349 aa  73.6  0.000000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.89361 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1195  hypothetical protein  28.4 
 
 		 329 aa  73.2  0.000000000008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02243  permease  33.33 
 
 		 388 aa  73.2  0.000000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.41641  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0134  hypothetical protein  24.91 
 
 		 358 aa  72.8  0.000000000009  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.980357  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6357  protein of unknown function UPF0118  25.42 
 
 		 363 aa  72.8  0.000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2027  protein of unknown function UPF0118  24.12 
 
 		 354 aa  72.4  0.00000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.294883  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1196  hypothetical protein  30.56 
 
 		 359 aa  71.6  0.00000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1275  hypothetical protein  29.57 
 
 		 329 aa  71.2  0.00000000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1431  hypothetical protein  27.15 
 
 		 606 aa  70.5  0.00000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.145958  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5344  hypothetical protein  28.98 
 
 		 647 aa  70.5  0.00000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0275026 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3863  hypothetical protein  25 
 
 		 347 aa  70.1  0.00000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.596541  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2721  hypothetical protein  25.59 
 
 		 361 aa  68.6  0.0000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00186421  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0209  protein of unknown function UPF0118  27.18 
 
 		 399 aa  67.8  0.0000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4793  hypothetical protein  27.19 
 
 		 344 aa  68.2  0.0000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.560868 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4560  hypothetical protein  25.48 
 
 		 668 aa  67.8  0.0000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.119566 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5020  protein of unknown function UPF0118  25.48 
 
 		 679 aa  67.4  0.0000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.247687  normal  0.0740005 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2234  putative transporter  31.06 
 
 		 182 aa  67.4  0.0000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.933876  normal  0.709489 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1078  protein of unknown function UPF0118  28.57 
 
 		 336 aa  66.6  0.0000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.359333 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1762  hypothetical protein  27.5 
 
 		 329 aa  66.2  0.0000000009  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3687  hypothetical protein  25.93 
 
 		 357 aa  66.2  0.0000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000304887 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5287  protein of unknown function UPF0118  25.86 
 
 		 677 aa  66.2  0.0000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4051  hypothetical protein  26.96 
 
 		 354 aa  66.2  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4544  hypothetical protein  26.64 
 
 		 381 aa  65.9  0.000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4731  protein of unknown function UPF0118  25.68 
 
 		 649 aa  65.1  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0106944 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1860  permease  22.99 
 
 		 369 aa  65.5  0.000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1998  transporter, putative  24.14 
 
 		 370 aa  64.3  0.000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000649848  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2709  hypothetical protein  24.26 
 
 		 361 aa  64.3  0.000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000235293  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2660  permease  24.26 
 
 		 361 aa  64.3  0.000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00181766  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2916  hypothetical protein  24.26 
 
 		 348 aa  64.7  0.000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10101  permease  24.02 
 
 		 347 aa  64.7  0.000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2916  hypothetical protein  24.26 
 
 		 361 aa  64.3  0.000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000469324 
 
 
-
 
NC_002978  WD1144  hypothetical protein  28.66 
 
 		 354 aa  63.9  0.000000004  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  unclonable  0.00155039  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3452  hypothetical protein  24.64 
 
 		 394 aa  63.9  0.000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2002  hypothetical protein  26.67 
 
 		 434 aa  64.3  0.000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0749036  hitchhiker  0.0034214 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1702  permease, putative  25.46 
 
 		 357 aa  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.303674  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0190  hypothetical protein  25.66 
 
 		 356 aa  63.9  0.000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2050  hypothetical protein  26.85 
 
 		 368 aa  63.9  0.000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000116574  hitchhiker  0.00000000347502 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1225  hypothetical protein  27.45 
 
 		 357 aa  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.220929  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1351  permease  29.03 
 
 		 390 aa  63.5  0.000000006  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0725  protein of unknown function UPF0118  31.93 
 
 		 347 aa  63.2  0.000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0808655  hitchhiker  0.000000275011 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3669  hypothetical protein  28.87 
 
 		 390 aa  63.2  0.000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0571  hypothetical protein  31.93 
 
 		 347 aa  63.2  0.000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3434  protein of unknown function UPF0118  24.62 
 
 		 345 aa  63.2  0.000000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1156  permease  27.95 
 
 		 382 aa  63.2  0.000000008  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0866214  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2670  protein of unknown function UPF0118  24.62 
 
 		 345 aa  63.2  0.000000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0728  protein of unknown function UPF0118  27.6 
 
 		 363 aa  62.8  0.000000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2961  hypothetical protein  23.96 
 
 		 361 aa  62.8  0.000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0186622  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2955  hypothetical protein  23.96 
 
 		 373 aa  62.4  0.00000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0331656  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1194  hypothetical protein  25.47 
 
 		 396 aa  62.4  0.00000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2637  permease  23.96 
 
 		 348 aa  62.8  0.00000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.386693  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2774  hypothetical protein  31.88 
 
 		 348 aa  62.4  0.00000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1139  hypothetical protein  32.88 
 
 		 526 aa  62.4  0.00000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0061  hypothetical protein  24.53 
 
 		 383 aa  62.4  0.00000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3023  putative permease transmembrane transport protein  30.86 
 
 		 353 aa  61.6  0.00000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5076  protein of unknown function UPF0118  26.86 
 
 		 675 aa  62  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.864281 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2316  hypothetical protein  23.89 
 
 		 361 aa  61.6  0.00000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.582551  hitchhiker  0.00000126508 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2927  hypothetical protein  23.89 
 
 		 361 aa  61.6  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4272  hypothetical protein  26.92 
 
 		 374 aa  61.6  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0749  protein of unknown function UPF0118  25.12 
 
 		 417 aa  61.6  0.00000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.104647 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1995  hypothetical protein  24.11 
 
 		 361 aa  62  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0255666  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>