More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_1905 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_1905  hypothetical protein  100 
 
 		 379 aa  730    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.358826 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2711  hypothetical protein  53.65 
 
 		 395 aa  359  5e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2675  hypothetical protein  52.57 
 
 		 391 aa  358  7e-98  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.173775  normal  0.141253 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4585  putative transport protein/permease  52.88 
 
 		 382 aa  354  1e-96  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3110  protein of unknown function UPF0118  52.89 
 
 		 383 aa  353  2e-96  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2700  hypothetical protein  54.1 
 
 		 368 aa  352  8e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0306531  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2235  hypothetical protein  51.06 
 
 		 395 aa  328  6e-89  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.55122  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2262  hypothetical protein  44.85 
 
 		 381 aa  275  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0141033  normal  0.407022 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1751  hypothetical protein  46.88 
 
 		 353 aa  253  5.000000000000001e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.903333  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1508  protein of unknown function UPF0118  42.23 
 
 		 395 aa  229  5e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.634886  normal  0.895228 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1787  protein of unknown function UPF0118  42.13 
 
 		 392 aa  225  1e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.190485  normal  0.0890558 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1508  hypothetical protein  42.02 
 
 		 401 aa  224  2e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0662165  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0956  hypothetical protein  34.1 
 
 		 349 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0392869 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5351  protein of unknown function UPF0118  33.84 
 
 		 364 aa  147  2.0000000000000003e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0138969  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0340  hypothetical protein  33.98 
 
 		 340 aa  144  2e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1984  hypothetical protein  33.66 
 
 		 340 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.372704  normal  0.185401 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3895  hypothetical protein  31.43 
 
 		 340 aa  134  1.9999999999999998e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0467618  normal  0.207617 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3439  hypothetical protein  37.84 
 
 		 370 aa  134  3e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.190134  normal  0.242294 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0244  protein of unknown function UPF0118  30.88 
 
 		 376 aa  126  6e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3832  protein of unknown function UPF0118  28.07 
 
 		 372 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1450  hypothetical protein  30.21 
 
 		 350 aa  121  3e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.996482  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0915  hypothetical protein  36.19 
 
 		 346 aa  116  6e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2554  hypothetical protein  36.84 
 
 		 356 aa  108  2e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4216  hypothetical protein  36.32 
 
 		 346 aa  107  4e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.329203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1411  hypothetical protein  28.44 
 
 		 369 aa  101  2e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4286  hypothetical protein  29.03 
 
 		 343 aa  99.8  7e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.573481  normal  0.303485 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0908  hypothetical protein  32.37 
 
 		 355 aa  96.3  7e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0708322  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5344  hypothetical protein  27.49 
 
 		 647 aa  94.7  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0275026 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2233  hypothetical protein  26.15 
 
 		 379 aa  90.9  3e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.195735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1195  hypothetical protein  34.57 
 
 		 329 aa  90.9  3e-17  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0783  hypothetical protein  29.83 
 
 		 365 aa  88.6  1e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.930721  normal  0.646408 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6535  protein of unknown function UPF0118  26.49 
 
 		 394 aa  87.8  3e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.278292  normal  0.0349253 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07191  permease  23.21 
 
 		 359 aa  87.4  4e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.626992  normal  0.434396 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2806  hypothetical protein  27.43 
 
 		 372 aa  87  4e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.217461  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3009  protein of unknown function UPF0118  30.53 
 
 		 382 aa  86.3  9e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0518  hypothetical protein  33.93 
 
 		 387 aa  86.3  9e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02385  predicted inner membrane protein  28.76 
 
 		 353 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0762767  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1176  protein of unknown function UPF0118  28.76 
 
 		 353 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.412561  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1183  hypothetical protein  28.76 
 
 		 353 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0538168 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2775  PerM family permease  28.76 
 
 		 353 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0215248  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3715  putative permease, PerM family  28.76 
 
 		 353 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02347  hypothetical protein  28.76 
 
 		 353 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.106827  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4560  hypothetical protein  21.85 
 
 		 668 aa  85.1  0.000000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.119566 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2627  PerM family permease  28.76 
 
 		 353 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2867  putative permease, PerM family  28.76 
 
 		 353 aa  84.7  0.000000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.697689  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5020  protein of unknown function UPF0118  21.85 
 
 		 679 aa  85.5  0.000000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.247687  normal  0.0740005 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2640  PerM family permease  28.76 
 
 		 353 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2752  permease PerM  27.9 
 
 		 362 aa  84.3  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2861  permease PerM  27.9 
 
 		 362 aa  84.3  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2392  hypothetical protein  32.16 
 
 		 349 aa  84.3  0.000000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.89361 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2688  permease PerM  27.9 
 
 		 355 aa  84.3  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2730  permease PerM  27.9 
 
 		 362 aa  84.3  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.659097  normal  0.956035 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2640  permease PerM  27.9 
 
 		 355 aa  84.3  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.419277  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1488  hypothetical protein  29.82 
 
 		 341 aa  84.7  0.000000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000137756  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1275  hypothetical protein  33.95 
 
 		 329 aa  84  0.000000000000004  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1725  protein of unknown function UPF0118  25.51 
 
 		 680 aa  84.3  0.000000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3926  protein of unknown function UPF0118  25.28 
 
 		 340 aa  82.8  0.000000000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0134  hypothetical protein  23.88 
 
 		 358 aa  82.4  0.00000000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.980357  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2977  hypothetical protein  27.54 
 
 		 353 aa  82.4  0.00000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.283703 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07661  permease  26.19 
 
 		 358 aa  81.6  0.00000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.0677332 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5076  protein of unknown function UPF0118  27.6 
 
 		 675 aa  81.3  0.00000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.864281 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1233  membrane transporter  25.68 
 
 		 650 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0210631  normal  0.375468 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6357  protein of unknown function UPF0118  28.75 
 
 		 363 aa  79.3  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16391  permease  27.13 
 
 		 360 aa  78.6  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.216071 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1196  hypothetical protein  28.37 
 
 		 359 aa  78.6  0.0000000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1704  hypothetical protein  27.93 
 
 		 650 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.61682 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1998  transporter, putative  32.97 
 
 		 370 aa  77.8  0.0000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000649848  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1431  hypothetical protein  29.49 
 
 		 606 aa  77.8  0.0000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.145958  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2957  hypothetical protein  25.25 
 
 		 366 aa  77.8  0.0000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5154  hypothetical protein  24.36 
 
 		 663 aa  78.2  0.0000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1713  hypothetical protein  25.98 
 
 		 371 aa  77.8  0.0000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.655848  normal  0.476202 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1357  hypothetical protein  25.56 
 
 		 354 aa  77  0.0000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4013  protein of unknown function UPF0118  35.09 
 
 		 389 aa  77  0.0000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00579473  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3128  putative permease PerM  25.56 
 
 		 354 aa  77  0.0000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00611871  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2027  protein of unknown function UPF0118  26.59 
 
 		 354 aa  77  0.0000000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.294883  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1240  putative permease PerM  25.56 
 
 		 354 aa  77  0.0000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00935863  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2050  hypothetical protein  26.18 
 
 		 368 aa  76.3  0.0000000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000116574  hitchhiker  0.00000000347502 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1667  hypothetical protein  36.81 
 
 		 357 aa  75.9  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.629251 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13163  permease  29.5 
 
 		 362 aa  75.9  0.000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6242  hypothetical protein  29.53 
 
 		 659 aa  75.9  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.253941  normal  0.568466 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4051  hypothetical protein  36.81 
 
 		 354 aa  75.9  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1265  hypothetical protein  36.2 
 
 		 357 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0876555 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1078  protein of unknown function UPF0118  31.14 
 
 		 336 aa  75.5  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.359333 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2927  permease  31.74 
 
 		 365 aa  75.1  0.000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.0000000241708  normal  0.258096 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1225  hypothetical protein  31.03 
 
 		 357 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.220929  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4598  hypothetical protein  24.87 
 
 		 363 aa  74.3  0.000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.267905  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5379  protein of unknown function UPF0118  23.05 
 
 		 650 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.613329  normal  0.237029 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3669  hypothetical protein  27.66 
 
 		 390 aa  73.9  0.000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0304  protein of unknown function UPF0118  24.29 
 
 		 650 aa  73.6  0.000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.10955  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2742  protein of unknown function UPF0118  33.73 
 
 		 344 aa  73.9  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0922989  unclonable  0.00000000268058 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3369  protein of unknown function UPF0118  33.73 
 
 		 344 aa  73.9  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3863  hypothetical protein  26.52 
 
 		 347 aa  73.6  0.000000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.596541  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3553  hypothetical protein  26.11 
 
 		 647 aa  73.6  0.000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0625218 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4214  hypothetical protein  24.15 
 
 		 652 aa  73.6  0.000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0784859  normal  0.378864 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4584  protein of unknown function UPF0118  26.06 
 
 		 652 aa  73.2  0.000000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.113593  normal  0.096848 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1757  hypothetical protein  31.93 
 
 		 360 aa  73.2  0.000000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.805933  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2140  hypothetical protein  25.45 
 
 		 700 aa  72.8  0.000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.425167  normal  0.975115 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4731  protein of unknown function UPF0118  23.08 
 
 		 649 aa  72.8  0.000000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0106944 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0632  hypothetical protein  28.19 
 
 		 348 aa  72.8  0.00000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000226632  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1351  permease  27.81 
 
 		 390 aa  72.4  0.00000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>