More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_4121 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_4121  hydrogen:quinone oxidoreductase  100 
 
 
496 aa  1001    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2806  HupV protein  61.37 
 
 
485 aa  598  1e-170  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1954  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  59.76 
 
 
485 aa  588  1e-166  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.935689  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2010  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  57.52 
 
 
482 aa  499  1e-140  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  54.11 
 
 
488 aa  483  1e-135  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1995  uptake hydrogenase accessory  52.82 
 
 
479 aa  475  1e-133  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3774  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  51.81 
 
 
480 aa  472  1e-132  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.967031 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2493  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  53.51 
 
 
484 aa  471  1.0000000000000001e-131  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00408967  normal  0.431982 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3095  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  52.73 
 
 
477 aa  470  1.0000000000000001e-131  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3960  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  52.82 
 
 
472 aa  460  9.999999999999999e-129  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0342  nickel-dependent hydrogenase large subunit  52.42 
 
 
485 aa  461  9.999999999999999e-129  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0846503  normal  0.979503 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2144  hydrogen:quinone oxidoreductase  55.42 
 
 
475 aa  458  1e-127  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.883688  normal  0.196706 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3378  NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 kDa subunit  53.69 
 
 
474 aa  455  1e-127  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.40537  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0493  hydrogenase large subunit  55.42 
 
 
475 aa  455  1.0000000000000001e-126  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1161  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  51.81 
 
 
481 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1153  nickel-dependent hydrogenase large subunit  50.81 
 
 
481 aa  451  1e-125  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2889  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  39.57 
 
 
505 aa  333  5e-90  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1348  nickel-dependent hydrogenase large subunit  37.38 
 
 
509 aa  306  7e-82  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3805  nickel-dependent hydrogenase large subunit  36.07 
 
 
540 aa  295  1e-78  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.793332 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3224  cytochrome-c3 hydrogenase  37 
 
 
535 aa  294  2e-78  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.851787  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0471  nickel-dependent hydrogenase large subunit  35.1 
 
 
545 aa  288  1e-76  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.980581  normal  0.166741 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3886  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.84 
 
 
531 aa  284  3.0000000000000004e-75  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.713091 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3198  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  34.29 
 
 
547 aa  283  5.000000000000001e-75  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3865  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.78 
 
 
562 aa  281  2e-74  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3368  hydrogen:quinone oxidoreductase  34.03 
 
 
534 aa  281  2e-74  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2907  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.46 
 
 
531 aa  280  3e-74  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3213  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.46 
 
 
531 aa  280  3e-74  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1787  nickel-dependent hydrogenase large subunit  35.12 
 
 
481 aa  279  6e-74  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.993845  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1940  hydrogen:quinone oxidoreductase  35.21 
 
 
475 aa  278  1e-73  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3763  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.98 
 
 
532 aa  277  4e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0923  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.46 
 
 
513 aa  276  6e-73  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0702  hydrogenase-2, large subunit  32.7 
 
 
532 aa  273  5.000000000000001e-72  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0850  Hydrogen:quinone oxidoreductase  32.7 
 
 
532 aa  273  5.000000000000001e-72  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.844824 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4595  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.65 
 
 
531 aa  272  1e-71  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.63509  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1818  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.03 
 
 
531 aa  271  1e-71  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1076  hydrogen:quinone oxidoreductase  35.61 
 
 
535 aa  271  2e-71  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.108784  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2366  hydrogen:quinone oxidoreductase  34.54 
 
 
536 aa  271  2e-71  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.201655  normal  0.04307 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0461  uptake hydrogenase large subunit  33.02 
 
 
532 aa  263  6.999999999999999e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0412944  normal  0.0758473 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1042  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  35.32 
 
 
485 aa  262  8.999999999999999e-69  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.90765  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1231  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.98 
 
 
458 aa  251  2e-65  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_120  Ni/Fe hydrogenase, large subunit  31.88 
 
 
526 aa  249  1e-64  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0110  [Ni/Fe] hydrogenase, group 1, large subunit, putative  31.51 
 
 
526 aa  246  8e-64  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0258  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  31.15 
 
 
526 aa  242  1e-62  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1071  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.44 
 
 
470 aa  238  2e-61  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.018808  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2742  Hydrogen:quinone oxidoreductase  31.28 
 
 
518 aa  234  2.0000000000000002e-60  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000126046  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0805  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.46 
 
 
465 aa  234  3e-60  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1248  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  31.12 
 
 
488 aa  229  6e-59  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.210122 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0273  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.91 
 
 
488 aa  228  2e-58  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.328721 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.84 
 
 
517 aa  228  2e-58  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1969  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.99 
 
 
514 aa  228  2e-58  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.668451  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1245  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.88 
 
 
566 aa  226  9e-58  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.11159 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1846  methanophenazine-reducing hydrogenase, large subunit  28.5 
 
 
591 aa  222  9.999999999999999e-57  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0873  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.88 
 
 
569 aa  221  3e-56  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1861  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.73 
 
 
572 aa  219  7e-56  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2055  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.37 
 
 
566 aa  219  7.999999999999999e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1038  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.6 
 
 
558 aa  219  1e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.368471  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2320  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.78 
 
 
570 aa  218  2e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0122  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.61 
 
 
564 aa  216  5e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.254382  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2135  periplasmic (NiFeSe) hydrogenase, large subunit, selenocysteine-containing  30.2 
 
 
488 aa  216  9e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.42 
 
 
567 aa  214  2.9999999999999995e-54  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.11146 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0544  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.64 
 
 
566 aa  213  5.999999999999999e-54  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2952  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.39 
 
 
546 aa  213  7e-54  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.437472 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0973  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.62 
 
 
572 aa  213  7e-54  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.000120136  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.55 
 
 
570 aa  213  7.999999999999999e-54  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3286  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  29.93 
 
 
585 aa  212  1e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2884  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.93 
 
 
585 aa  212  1e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.308731  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1447  hydrogenase large chain  29.79 
 
 
572 aa  212  2e-53  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.333249  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3404  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32.47 
 
 
573 aa  208  1e-52  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.37903  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0854  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.92 
 
 
572 aa  208  2e-52  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.255543 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0179  uptake hydrogenase large subunit  30.05 
 
 
570 aa  206  9e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1733  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.44 
 
 
549 aa  206  9e-52  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0496  hydrogenase protein large subunit  28.08 
 
 
596 aa  204  2e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2147  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.08 
 
 
596 aa  204  2e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0605986  normal  0.266797 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0856  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.25 
 
 
572 aa  204  3e-51  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1840  methanophenazine-reducing hydrogenase, large subunit  27.15 
 
 
596 aa  204  4e-51  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0613857  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0785  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.51 
 
 
560 aa  203  7e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.433799  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0165  nickel-iron hydrogenase, large subunit  28.18 
 
 
597 aa  202  9.999999999999999e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0497936  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1592  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.93 
 
 
572 aa  202  9.999999999999999e-51  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.663154  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1375  Ni-Fe hydrogenase large chain  29.28 
 
 
596 aa  201  3e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0200361  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1368  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.64 
 
 
571 aa  201  3e-50  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3331  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.15 
 
 
566 aa  200  3.9999999999999996e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2531  hydrogenase 2 large subunit  28.17 
 
 
568 aa  200  3.9999999999999996e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.597514  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0766  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.2 
 
 
569 aa  200  5e-50  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2915  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.6 
 
 
571 aa  199  7e-50  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.289083 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2826  nickel-iron hydrogenase, large subunit  25.93 
 
 
618 aa  199  1.0000000000000001e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.652434  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1974  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.77 
 
 
618 aa  199  1.0000000000000001e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.688051  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1946  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.2 
 
 
560 aa  199  1.0000000000000001e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50580  Membrane bound nickel-dependent hydrogenase, large subunit, HoxG  28.31 
 
 
602 aa  198  2.0000000000000003e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.980558  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3988  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.74 
 
 
598 aa  198  2.0000000000000003e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0718  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.94 
 
 
549 aa  198  2.0000000000000003e-49  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.338951 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2104  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.03 
 
 
567 aa  197  3e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3098  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.3 
 
 
597 aa  197  3e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03860  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.4 
 
 
470 aa  197  5.000000000000001e-49  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1997  uptake hydrogenase large subunit precursor  27.35 
 
 
596 aa  197  5.000000000000001e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3375  hypothetical protein  26.19 
 
 
596 aa  196  7e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.281049  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1633  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  26.64 
 
 
600 aa  195  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1650  [Ni/Fe] hydrogenase large subunit  26.64 
 
 
600 aa  195  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1709  [Ni/Fe] hydrogenase large subunit  26.64 
 
 
600 aa  195  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1642  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  26.64 
 
 
600 aa  195  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.251142  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1798  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  26.64 
 
 
600 aa  195  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.570579  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>