More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ccel_1071 on replicon NC_011898
Organism: Clostridium cellulolyticum H10



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011898  Ccel_1071  nickel-dependent hydrogenase large subunit  100 
 
 
470 aa  978    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.018808  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1940  hydrogen:quinone oxidoreductase  40.31 
 
 
475 aa  399  9.999999999999999e-111  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1787  nickel-dependent hydrogenase large subunit  39.83 
 
 
481 aa  390  1e-107  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.993845  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1231  nickel-dependent hydrogenase large subunit  40 
 
 
458 aa  375  1e-103  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0110  [Ni/Fe] hydrogenase, group 1, large subunit, putative  39.53 
 
 
526 aa  374  1e-102  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_120  Ni/Fe hydrogenase, large subunit  38.64 
 
 
526 aa  372  1e-102  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0258  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  38.45 
 
 
526 aa  372  1e-102  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1042  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  38.28 
 
 
485 aa  365  1e-100  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.90765  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0805  nickel-dependent hydrogenase large subunit  40.6 
 
 
465 aa  342  7e-93  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03860  nickel-dependent hydrogenase large subunit  36.81 
 
 
470 aa  330  3e-89  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2135  periplasmic (NiFeSe) hydrogenase, large subunit, selenocysteine-containing  36.31 
 
 
488 aa  325  1e-87  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0273  nickel-dependent hydrogenase large subunit  35.53 
 
 
488 aa  321  1.9999999999999998e-86  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.328721 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1248  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  36.44 
 
 
488 aa  320  3e-86  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.210122 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1969  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.56 
 
 
514 aa  307  2.0000000000000002e-82  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.668451  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2952  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  31.9 
 
 
546 aa  281  1e-74  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.437472 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0544  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  32.56 
 
 
566 aa  276  4e-73  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0873  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  31.54 
 
 
569 aa  276  8e-73  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0266  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.83 
 
 
566 aa  275  9e-73  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.322067  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3331  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.34 
 
 
566 aa  275  1.0000000000000001e-72  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0122  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  31.8 
 
 
564 aa  275  2.0000000000000002e-72  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.254382  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2320  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  31.39 
 
 
570 aa  274  2.0000000000000002e-72  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2742  Hydrogen:quinone oxidoreductase  31.16 
 
 
518 aa  271  1e-71  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000126046  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.05 
 
 
570 aa  271  2e-71  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2055  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.16 
 
 
566 aa  271  2e-71  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1038  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.98 
 
 
558 aa  267  2.9999999999999995e-70  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.368471  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0766  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.47 
 
 
569 aa  266  5e-70  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32.25 
 
 
517 aa  265  8.999999999999999e-70  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1633  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  30.95 
 
 
600 aa  261  1e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1642  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  30.95 
 
 
600 aa  261  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.251142  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1798  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  30.95 
 
 
600 aa  261  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.570579  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1709  [Ni/Fe] hydrogenase large subunit  30.95 
 
 
600 aa  261  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1650  [Ni/Fe] hydrogenase large subunit  30.95 
 
 
600 aa  261  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3286  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  28.35 
 
 
585 aa  257  4e-67  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2037  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.44 
 
 
568 aa  256  4e-67  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2884  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.35 
 
 
585 aa  257  4e-67  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.308731  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2493  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  31.03 
 
 
484 aa  257  4e-67  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00408967  normal  0.431982 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0179  uptake hydrogenase large subunit  29.42 
 
 
570 aa  256  5e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2138  periplasmic (NiFe) hydrogenase, large subunit, isozyme 1  29.62 
 
 
568 aa  256  6e-67  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.14 
 
 
567 aa  256  6e-67  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.11146 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1995  uptake hydrogenase accessory  31.1 
 
 
479 aa  254  2.0000000000000002e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2342  hydrogenase 1 large subunit  29.79 
 
 
597 aa  253  4.0000000000000004e-66  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.514327  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1209  hydrogenase 1 large subunit  29.79 
 
 
597 aa  252  8.000000000000001e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00976  hydrogenase 1, large subunit  29.79 
 
 
597 aa  252  9.000000000000001e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.170036  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2671  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.79 
 
 
597 aa  252  9.000000000000001e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00020942  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1088  hydrogenase 1 large subunit  29.79 
 
 
597 aa  252  9.000000000000001e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000594285  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1081  hydrogenase 1 large subunit  29.79 
 
 
597 aa  252  9.000000000000001e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.674487  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00983  hypothetical protein  29.79 
 
 
597 aa  252  9.000000000000001e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.201249  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2144  hydrogenase 1 large subunit  29.79 
 
 
597 aa  252  9.000000000000001e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.375749  normal  0.757738 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0854  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.04 
 
 
572 aa  251  1e-65  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.255543 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0165  nickel-iron hydrogenase, large subunit  30.21 
 
 
597 aa  251  2e-65  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0497936  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1946  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.9 
 
 
560 aa  250  3e-65  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3495  hydrogenase 2 large subunit  29.45 
 
 
567 aa  249  5e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.233634  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3394  hydrogenase 2 large subunit  29.45 
 
 
567 aa  249  5e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.571998 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1266  Ni-Fe hydrogenase large chain  28.1 
 
 
583 aa  250  5e-65  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3320  hydrogenase 2 large subunit  29.45 
 
 
567 aa  249  5e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.118706  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3400  hydrogenase 2 large subunit  29.45 
 
 
567 aa  249  5e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0699  hydrogenase 2 large subunit  29.28 
 
 
567 aa  249  6e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1861  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.17 
 
 
572 aa  249  7e-65  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3329  hydrogenase 2 large subunit  29.28 
 
 
567 aa  249  8e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02870  hydrogenase 2, large subunit  29.28 
 
 
567 aa  249  1e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0702  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.28 
 
 
567 aa  249  1e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3174  hydrogenase 2 large subunit  29.28 
 
 
567 aa  249  1e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4306  hydrogenase 2 large subunit  29.28 
 
 
567 aa  249  1e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.228665  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3280  hydrogenase 2 large subunit  29.28 
 
 
567 aa  249  1e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02819  hypothetical protein  29.28 
 
 
567 aa  249  1e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3463  hydrogenase 2 large subunit  29.28 
 
 
567 aa  249  1e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3421  hydrogenase 2 large subunit  29.28 
 
 
567 aa  249  1e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3960  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  32.11 
 
 
472 aa  247  3e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0337  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.06 
 
 
598 aa  247  3e-64  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0168031  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2028  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.04 
 
 
595 aa  247  3e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1245  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.46 
 
 
566 aa  247  4e-64  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.11159 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3378  NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 kDa subunit  30.97 
 
 
474 aa  246  4.9999999999999997e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.40537  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7264  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.3 
 
 
596 aa  246  6.999999999999999e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.340015 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1592  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.79 
 
 
572 aa  243  3.9999999999999997e-63  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.663154  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0862  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase large chain  28.4 
 
 
573 aa  243  3.9999999999999997e-63  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1163  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.62 
 
 
597 aa  243  5e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.28682  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50580  Membrane bound nickel-dependent hydrogenase, large subunit, HoxG  29.54 
 
 
602 aa  243  7e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.980558  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3771  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.67 
 
 
597 aa  242  9e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.292608  normal  0.910106 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1162  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.85 
 
 
596 aa  242  1e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.122791  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0973  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.31 
 
 
572 aa  241  1e-62  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.000120136  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0785  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.24 
 
 
560 aa  241  2.9999999999999997e-62  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.433799  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2010  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.74 
 
 
482 aa  241  2.9999999999999997e-62  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1155  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.82 
 
 
597 aa  240  2.9999999999999997e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.295857  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3368  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.96 
 
 
570 aa  241  2.9999999999999997e-62  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1347  hydrogenase 1 large subunit  29.16 
 
 
597 aa  239  6.999999999999999e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1447  hydrogenase large chain  28.75 
 
 
572 aa  239  8e-62  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.333249  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0856  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.08 
 
 
572 aa  239  8e-62  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1925  hydrogenase 1 large subunit  29.11 
 
 
597 aa  239  9e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1929  hydrogenase 1 large subunit  29.11 
 
 
597 aa  239  9e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1985  hydrogenase 1 large subunit  29.11 
 
 
597 aa  239  9e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1997  uptake hydrogenase large subunit precursor  28.13 
 
 
596 aa  239  1e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1531  hydrogenase 1 large subunit  29.11 
 
 
597 aa  239  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.447937  normal  0.256595 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3988  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.84 
 
 
598 aa  238  2e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1368  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29 
 
 
571 aa  238  2e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0836  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.14 
 
 
604 aa  238  2e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0342  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.18 
 
 
485 aa  237  3e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0846503  normal  0.979503 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3756  periplasmic (NiFe) hydrogenase, large subunit, isozyme 2  29.11 
 
 
554 aa  237  4e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1105  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.32 
 
 
584 aa  236  5.0000000000000005e-61  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0493  hydrogenase large subunit  29.75 
 
 
475 aa  236  8e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1954  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.05 
 
 
485 aa  236  9e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.935689  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>