More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Adeg_1231 on replicon NC_013385
Organism: Ammonifex degensii KC4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013385  Adeg_1231  nickel-dependent hydrogenase large subunit  100 
 
 
458 aa  943    Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1787  nickel-dependent hydrogenase large subunit  70.15 
 
 
481 aa  679    Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.993845  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1042  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  62.06 
 
 
485 aa  610  1e-173  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.90765  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0273  nickel-dependent hydrogenase large subunit  53.26 
 
 
488 aa  520  1e-146  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.328721 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1248  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  54.32 
 
 
488 aa  521  1e-146  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.210122 
 
 
-
 
NC_002936  DET0110  [Ni/Fe] hydrogenase, group 1, large subunit, putative  51.97 
 
 
526 aa  516  1.0000000000000001e-145  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0258  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  51.98 
 
 
526 aa  511  1e-144  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2135  periplasmic (NiFeSe) hydrogenase, large subunit, selenocysteine-containing  54.62 
 
 
488 aa  506  9.999999999999999e-143  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_120  Ni/Fe hydrogenase, large subunit  51.38 
 
 
526 aa  508  9.999999999999999e-143  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1969  nickel-dependent hydrogenase large subunit  50.31 
 
 
514 aa  478  1e-133  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.668451  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2742  Hydrogen:quinone oxidoreductase  44.71 
 
 
518 aa  409  1e-113  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000126046  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1940  hydrogen:quinone oxidoreductase  43.42 
 
 
475 aa  390  1e-107  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2952  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  42.08 
 
 
546 aa  386  1e-106  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.437472 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0266  nickel-dependent hydrogenase large subunit  41.25 
 
 
566 aa  379  1e-104  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.322067  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1071  nickel-dependent hydrogenase large subunit  40 
 
 
470 aa  375  1e-103  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.018808  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3331  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  38.91 
 
 
566 aa  372  1e-102  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0766  nickel-dependent hydrogenase large subunit  40.15 
 
 
569 aa  371  1e-101  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0122  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  39.52 
 
 
564 aa  369  1e-101  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.254382  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2320  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  39.38 
 
 
570 aa  365  1e-100  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2138  periplasmic (NiFe) hydrogenase, large subunit, isozyme 1  40.42 
 
 
568 aa  366  1e-100  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0544  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  40.4 
 
 
566 aa  367  1e-100  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2055  nickel-dependent hydrogenase large subunit  40.4 
 
 
566 aa  364  1e-99  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  38.97 
 
 
567 aa  361  1e-98  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.11146 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1245  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  39.92 
 
 
566 aa  361  1e-98  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.11159 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1038  nickel-dependent hydrogenase large subunit  39.62 
 
 
558 aa  360  4e-98  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.368471  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  39.23 
 
 
570 aa  358  7e-98  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  41.87 
 
 
517 aa  358  8e-98  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0873  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  39.27 
 
 
569 aa  354  2e-96  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1861  nickel-dependent hydrogenase large subunit  38.99 
 
 
572 aa  352  8.999999999999999e-96  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0973  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  38.74 
 
 
572 aa  349  7e-95  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.000120136  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2884  nickel-dependent hydrogenase large subunit  38.43 
 
 
585 aa  348  8e-95  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.308731  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3286  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  38.43 
 
 
585 aa  348  8e-95  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0856  nickel-dependent hydrogenase large subunit  38.27 
 
 
572 aa  347  2e-94  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0854  nickel-dependent hydrogenase large subunit  37.55 
 
 
572 aa  347  3e-94  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.255543 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1447  hydrogenase large chain  38.99 
 
 
572 aa  345  1e-93  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.333249  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1946  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  37.57 
 
 
560 aa  345  1e-93  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3988  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  36.48 
 
 
598 aa  344  2e-93  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1592  nickel-dependent hydrogenase large subunit  38.81 
 
 
572 aa  343  4e-93  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.663154  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0337  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  36.3 
 
 
598 aa  340  2.9999999999999998e-92  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0168031  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1997  uptake hydrogenase large subunit precursor  36.96 
 
 
596 aa  338  9.999999999999999e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2028  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  37.14 
 
 
595 aa  337  1.9999999999999998e-91  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1155  nickel-dependent hydrogenase large subunit  36.07 
 
 
597 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.295857  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1163  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  36.43 
 
 
597 aa  335  7e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.28682  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4240  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  37.11 
 
 
563 aa  335  1e-90  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1633  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  36.17 
 
 
600 aa  333  4e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1650  [Ni/Fe] hydrogenase large subunit  36.17 
 
 
600 aa  333  6e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1642  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  36.17 
 
 
600 aa  333  6e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.251142  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1798  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  36.17 
 
 
600 aa  333  6e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.570579  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1709  [Ni/Fe] hydrogenase large subunit  36.17 
 
 
600 aa  333  6e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0165  nickel-iron hydrogenase, large subunit  36.43 
 
 
597 aa  332  7.000000000000001e-90  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0497936  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0805  nickel-dependent hydrogenase large subunit  39.3 
 
 
465 aa  331  1e-89  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3404  nickel-dependent hydrogenase large subunit  36.67 
 
 
573 aa  331  1e-89  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.37903  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4091  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  36.55 
 
 
568 aa  331  2e-89  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0995107  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7264  nickel-dependent hydrogenase large subunit  35.12 
 
 
596 aa  330  5.0000000000000004e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.340015 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3136  nickel-dependent hydrogenase large subunit  36.67 
 
 
559 aa  329  8e-89  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3375  hypothetical protein  36.36 
 
 
596 aa  328  1.0000000000000001e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.281049  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3771  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  35.89 
 
 
597 aa  328  1.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.292608  normal  0.910106 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1126  Cytochrome-c3 hydrogenase  36.48 
 
 
559 aa  328  2.0000000000000001e-88  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0785  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  36.46 
 
 
560 aa  326  6e-88  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.433799  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0179  uptake hydrogenase large subunit  37.12 
 
 
570 aa  325  1e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0496  hydrogenase protein large subunit  35.94 
 
 
596 aa  324  3e-87  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1266  Ni-Fe hydrogenase large chain  36.43 
 
 
583 aa  323  3e-87  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2147  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  35.94 
 
 
596 aa  324  3e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0605986  normal  0.266797 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2342  hydrogenase 1 large subunit  36.36 
 
 
597 aa  323  3e-87  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.514327  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00976  hydrogenase 1, large subunit  36.36 
 
 
597 aa  323  4e-87  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.170036  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2671  nickel-dependent hydrogenase large subunit  36.36 
 
 
597 aa  323  4e-87  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00020942  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1368  nickel-dependent hydrogenase large subunit  36.25 
 
 
571 aa  323  4e-87  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00983  hypothetical protein  36.36 
 
 
597 aa  323  4e-87  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.201249  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1088  hydrogenase 1 large subunit  36.36 
 
 
597 aa  323  4e-87  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000594285  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2144  hydrogenase 1 large subunit  36.36 
 
 
597 aa  323  4e-87  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.375749  normal  0.757738 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1081  hydrogenase 1 large subunit  36.36 
 
 
597 aa  323  4e-87  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.674487  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1209  hydrogenase 1 large subunit  36.19 
 
 
597 aa  322  9.999999999999999e-87  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2915  nickel-dependent hydrogenase large subunit  35.88 
 
 
571 aa  321  1.9999999999999998e-86  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.289083 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3098  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  35.83 
 
 
597 aa  320  3e-86  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1162  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  35.54 
 
 
596 aa  319  6e-86  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.122791  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1347  hydrogenase 1 large subunit  35.54 
 
 
597 aa  318  1e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1929  hydrogenase 1 large subunit  35.54 
 
 
597 aa  318  2e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00347  Ni-Fe hydrogenase large chain  33.44 
 
 
625 aa  317  2e-85  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1985  hydrogenase 1 large subunit  35.54 
 
 
597 aa  317  2e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50580  Membrane bound nickel-dependent hydrogenase, large subunit, HoxG  35.43 
 
 
602 aa  318  2e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.980558  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1531  hydrogenase 1 large subunit  35.54 
 
 
597 aa  318  2e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.447937  normal  0.256595 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3368  nickel-dependent hydrogenase large subunit  35.6 
 
 
570 aa  318  2e-85  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1925  hydrogenase 1 large subunit  35.54 
 
 
597 aa  318  2e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2826  nickel-iron hydrogenase, large subunit  34.76 
 
 
618 aa  317  2e-85  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.652434  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1974  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  34.42 
 
 
618 aa  317  3e-85  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.688051  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2503  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  35.44 
 
 
567 aa  316  4e-85  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.153272 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12910  Ni,Fe-hydrogenase I large subunit  35.37 
 
 
545 aa  316  5e-85  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.343906  normal  0.388227 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3907  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  35.8 
 
 
578 aa  314  1.9999999999999998e-84  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3971  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  35.08 
 
 
570 aa  313  2.9999999999999996e-84  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.533836  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  36.36 
 
 
559 aa  313  2.9999999999999996e-84  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3520  nickel-dependent hydrogenase large subunit  35.91 
 
 
567 aa  313  3.9999999999999997e-84  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1297  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  34.88 
 
 
619 aa  313  4.999999999999999e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0139093  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1276  nickel-dependent hydrogenase large subunit  35.21 
 
 
554 aa  313  5.999999999999999e-84  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.438048  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0523  nickel-dependent hydrogenase large subunit  35.93 
 
 
578 aa  308  1.0000000000000001e-82  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1375  Ni-Fe hydrogenase large chain  34.79 
 
 
596 aa  308  1.0000000000000001e-82  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0200361  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08540  Ni,Fe-hydrogenase I large subunit  35.18 
 
 
548 aa  308  2.0000000000000002e-82  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.481337 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2531  hydrogenase 2 large subunit  36.36 
 
 
568 aa  304  2.0000000000000002e-81  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.597514  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1105  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.75 
 
 
584 aa  303  6.000000000000001e-81  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03860  nickel-dependent hydrogenase large subunit  36.38 
 
 
470 aa  302  7.000000000000001e-81  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1151  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.27 
 
 
605 aa  300  3e-80  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.238677  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>