More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_0266 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011883  Ddes_1038  nickel-dependent hydrogenase large subunit  62.12 
 
 		 558 aa  738    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.368471  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0266  nickel-dependent hydrogenase large subunit  100 
 
 		 566 aa  1182    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.322067  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0766  nickel-dependent hydrogenase large subunit  75.57 
 
 		 569 aa  915    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  70.9 
 
 		 567 aa  860    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.11146 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2138  periplasmic (NiFe) hydrogenase, large subunit, isozyme 1  74.82 
 
 		 568 aa  915    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2952  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  64.71 
 
 		 546 aa  742    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.437472 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1245  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  72.97 
 
 		 566 aa  883    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.11159 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0122  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  53.1 
 
 		 564 aa  614  9.999999999999999e-175  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.254382  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1733  nickel-dependent hydrogenase large subunit  52.19 
 
 		 549 aa  614  9.999999999999999e-175  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3756  periplasmic (NiFe) hydrogenase, large subunit, isozyme 2  51.57 
 
 		 554 aa  610  1e-173  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2055  nickel-dependent hydrogenase large subunit  52.2 
 
 		 566 aa  604  1.0000000000000001e-171  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0873  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  52.91 
 
 		 569 aa  602  1.0000000000000001e-171  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0718  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  53.47 
 
 		 549 aa  604  1.0000000000000001e-171  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.338951 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0544  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  52.73 
 
 		 566 aa  600  1e-170  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3331  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  51.5 
 
 		 566 aa  598  1e-170  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2320  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  50.79 
 
 		 570 aa  588  1e-166  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  50.62 
 
 		 570 aa  582  1.0000000000000001e-165  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1592  nickel-dependent hydrogenase large subunit  50.7 
 
 		 572 aa  565  1e-160  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.663154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0973  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  49.65 
 
 		 572 aa  563  1.0000000000000001e-159  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.000120136  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0854  nickel-dependent hydrogenase large subunit  48.95 
 
 		 572 aa  560  1e-158  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.255543 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1861  nickel-dependent hydrogenase large subunit  49.21 
 
 		 572 aa  554  1e-156  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0785  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  49.02 
 
 		 560 aa  548  1e-155  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.433799  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0179  uptake hydrogenase large subunit  50.52 
 
 		 570 aa  549  1e-155  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1447  hydrogenase large chain  48.08 
 
 		 572 aa  543  1e-153  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.333249  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2884  nickel-dependent hydrogenase large subunit  48.2 
 
 		 585 aa  539  9.999999999999999e-153  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.308731  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3286  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  48.2 
 
 		 585 aa  539  9.999999999999999e-153  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0856  nickel-dependent hydrogenase large subunit  47.74 
 
 		 572 aa  540  9.999999999999999e-153  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3907  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  47.59 
 
 		 578 aa  531  1e-150  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  48.3 
 
 		 559 aa  530  1e-149  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1946  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  48.75 
 
 		 560 aa  529  1e-149  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1155  nickel-dependent hydrogenase large subunit  47.16 
 
 		 597 aa  529  1e-149  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.295857  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1126  Cytochrome-c3 hydrogenase  47.41 
 
 		 559 aa  523  1e-147  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1709  [Ni/Fe] hydrogenase large subunit  45.89 
 
 		 600 aa  522  1e-147  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1650  [Ni/Fe] hydrogenase large subunit  45.89 
 
 		 600 aa  522  1e-147  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1642  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  45.89 
 
 		 600 aa  522  1e-147  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.251142  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3136  nickel-dependent hydrogenase large subunit  47.58 
 
 		 559 aa  525  1e-147  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1266  Ni-Fe hydrogenase large chain  47.08 
 
 		 583 aa  523  1e-147  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1633  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  45.72 
 
 		 600 aa  521  1e-147  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1798  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  45.89 
 
 		 600 aa  522  1e-147  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.570579  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1375  Ni-Fe hydrogenase large chain  45.95 
 
 		 596 aa  519  1e-146  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0200361  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2098  quinone-reactive Ni/Fe hydrogenase, large subunit  47.26 
 
 		 567 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2104  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  47.7 
 
 		 567 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1678  hydrogenase large chain  47.6 
 
 		 567 aa  518  1.0000000000000001e-145  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0165  nickel-iron hydrogenase, large subunit  46.64 
 
 		 597 aa  514  1e-144  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0497936  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2089  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  46.98 
 
 		 567 aa  514  1e-144  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1163  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  45.78 
 
 		 597 aa  511  1e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.28682  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1821  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  46.73 
 
 		 567 aa  511  1e-143  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.545248  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2156  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  46.73 
 
 		 567 aa  511  1e-143  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.352792  normal  0.370314 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1879  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  46.73 
 
 		 567 aa  511  1e-143  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0337  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  45.97 
 
 		 598 aa  506  9.999999999999999e-143  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0168031  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1162  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  46.22 
 
 		 596 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.122791  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3771  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  45.36 
 
 		 597 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.292608  normal  0.910106 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1368  nickel-dependent hydrogenase large subunit  45.96 
 
 		 571 aa  506  9.999999999999999e-143  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1888  nickel-dependent hydrogenase large subunit  47.15 
 
 		 567 aa  502  1e-141  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.261784  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2405  nickel-dependent hydrogenase large subunit  47.15 
 
 		 567 aa  503  1e-141  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.286384  hitchhiker  0.000502851 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1997  uptake hydrogenase large subunit precursor  44.75 
 
 		 596 aa  504  1e-141  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2032  nickel-dependent hydrogenase large subunit  46.45 
 
 		 567 aa  504  1e-141  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0709763  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1921  nickel-dependent hydrogenase large subunit  47.15 
 
 		 567 aa  503  1e-141  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3368  nickel-dependent hydrogenase large subunit  44.83 
 
 		 570 aa  498  1e-140  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7264  nickel-dependent hydrogenase large subunit  44.56 
 
 		 596 aa  501  1e-140  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.340015 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3404  nickel-dependent hydrogenase large subunit  46.68 
 
 		 573 aa  501  1e-140  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.37903  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2028  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  46.05 
 
 		 595 aa  500  1e-140  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1914  nickel-dependent hydrogenase large subunit  47.15 
 
 		 567 aa  501  1e-140  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.392356  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2915  nickel-dependent hydrogenase large subunit  45.24 
 
 		 571 aa  497  1e-139  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.289083 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3988  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  45.28 
 
 		 598 aa  495  1e-139  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0496  hydrogenase protein large subunit  43.99 
 
 		 596 aa  497  1e-139  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00347  Ni-Fe hydrogenase large chain  41.68 
 
 		 625 aa  496  1e-139  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0478  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  47.31 
 
 		 577 aa  496  1e-139  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0506  nickel-dependent hydrogenase large subunit  47.31 
 
 		 577 aa  496  1e-139  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2147  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  43.99 
 
 		 596 aa  497  1e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0605986  normal  0.266797 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2503  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  45.17 
 
 		 567 aa  495  1e-139  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.153272 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3098  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  43.64 
 
 		 597 aa  496  1e-139  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0511  nickel-dependent hydrogenase large subunit  47.31 
 
 		 577 aa  497  1e-139  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3971  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  47.34 
 
 		 570 aa  493  9.999999999999999e-139  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.533836  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3375  hypothetical protein  43.81 
 
 		 596 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.281049  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1435  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  45.64 
 
 		 577 aa  489  1e-137  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.611833  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3520  nickel-dependent hydrogenase large subunit  47.61 
 
 		 567 aa  491  1e-137  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1764  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  45.84 
 
 		 568 aa  491  1e-137  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0523  nickel-dependent hydrogenase large subunit  45.58 
 
 		 578 aa  487  1e-136  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4091  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  46.14 
 
 		 568 aa  487  1e-136  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0995107  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4240  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  44.94 
 
 		 563 aa  484  1e-135  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1907  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  44.84 
 
 		 567 aa  484  1e-135  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.022032 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1413  hydrogenase 2 large subunit  46.21 
 
 		 568 aa  483  1e-135  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3394  hydrogenase 2 large subunit  44.64 
 
 		 567 aa  481  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.571998 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0862  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase large chain  44.64 
 
 		 573 aa  480  1e-134  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2531  hydrogenase 2 large subunit  45.33 
 
 		 568 aa  479  1e-134  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.597514  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3495  hydrogenase 2 large subunit  44.64 
 
 		 567 aa  481  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.233634  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3329  hydrogenase 2 large subunit  44.64 
 
 		 567 aa  481  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3400  hydrogenase 2 large subunit  44.64 
 
 		 567 aa  481  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3320  hydrogenase 2 large subunit  44.64 
 
 		 567 aa  481  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.118706  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3421  hydrogenase 2 large subunit  44.17 
 
 		 567 aa  476  1e-133  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02870  hydrogenase 2, large subunit  44.17 
 
 		 567 aa  476  1e-133  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1402  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase, large subunit  45.99 
 
 		 571 aa  475  1e-133  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0100  aminodeoxychorismate lyase  45.18 
 
 		 572 aa  476  1e-133  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0667384  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3463  hydrogenase 2 large subunit  44.17 
 
 		 567 aa  476  1e-133  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02819  hypothetical protein  44.17 
 
 		 567 aa  476  1e-133  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0699  hydrogenase 2 large subunit  44.17 
 
 		 567 aa  475  1e-133  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3174  hydrogenase 2 large subunit  44.17 
 
 		 567 aa  476  1e-133  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0939  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase large chain  45.53 
 
 		 573 aa  478  1e-133  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0992433  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4306  hydrogenase 2 large subunit  44.17 
 
 		 567 aa  476  1e-133  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.228665  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>