More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hore_03860 on replicon NC_011899
Organism: Halothermothrix orenii H 168



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011899  Hore_03860  nickel-dependent hydrogenase large subunit  100 
 
 
470 aa  974    Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1940  hydrogen:quinone oxidoreductase  41.42 
 
 
475 aa  392  1e-108  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1071  nickel-dependent hydrogenase large subunit  36.81 
 
 
470 aa  330  3e-89  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.018808  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1787  nickel-dependent hydrogenase large subunit  37.58 
 
 
481 aa  314  2.9999999999999996e-84  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.993845  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1231  nickel-dependent hydrogenase large subunit  36.38 
 
 
458 aa  302  7.000000000000001e-81  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1042  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  35.53 
 
 
485 aa  302  7.000000000000001e-81  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.90765  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0805  nickel-dependent hydrogenase large subunit  35.82 
 
 
465 aa  299  9e-80  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1969  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.22 
 
 
514 aa  286  5.999999999999999e-76  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.668451  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0273  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.9 
 
 
488 aa  277  3e-73  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.328721 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1248  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  34.53 
 
 
488 aa  277  4e-73  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.210122 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2135  periplasmic (NiFeSe) hydrogenase, large subunit, selenocysteine-containing  35.23 
 
 
488 aa  273  7e-72  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0110  [Ni/Fe] hydrogenase, group 1, large subunit, putative  31.99 
 
 
526 aa  267  2.9999999999999995e-70  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_120  Ni/Fe hydrogenase, large subunit  31.54 
 
 
526 aa  267  2.9999999999999995e-70  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0258  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  31.21 
 
 
526 aa  263  6.999999999999999e-69  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2742  Hydrogen:quinone oxidoreductase  29.77 
 
 
518 aa  243  7.999999999999999e-63  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000126046  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0766  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.53 
 
 
569 aa  227  3e-58  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.17 
 
 
517 aa  226  5.0000000000000005e-58  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3286  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  30.72 
 
 
585 aa  226  6e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2884  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.72 
 
 
585 aa  226  6e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.308731  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2952  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.24 
 
 
546 aa  226  6e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.437472 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0266  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.67 
 
 
566 aa  222  9.999999999999999e-57  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.322067  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1038  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.22 
 
 
558 aa  214  2.9999999999999995e-54  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.368471  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.37 
 
 
567 aa  213  3.9999999999999995e-54  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.11146 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2055  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.16 
 
 
566 aa  212  9e-54  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0785  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.19 
 
 
560 aa  209  6e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.433799  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1245  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.44 
 
 
566 aa  209  1e-52  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.11159 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0179  uptake hydrogenase large subunit  29.77 
 
 
570 aa  208  2e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1276  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.88 
 
 
554 aa  206  5e-52  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.438048  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12910  Ni,Fe-hydrogenase I large subunit  28.76 
 
 
545 aa  206  6e-52  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.343906  normal  0.388227 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3136  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.89 
 
 
559 aa  206  6e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3331  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.11 
 
 
566 aa  206  6e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3404  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.83 
 
 
573 aa  206  7e-52  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.37903  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.16 
 
 
559 aa  205  1e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1946  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.69 
 
 
560 aa  205  1e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1650  [Ni/Fe] hydrogenase large subunit  28.12 
 
 
600 aa  205  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1633  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  28.12 
 
 
600 aa  205  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1642  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  28.12 
 
 
600 aa  205  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.251142  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1798  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  28.12 
 
 
600 aa  205  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.570579  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1709  [Ni/Fe] hydrogenase large subunit  28.12 
 
 
600 aa  205  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1126  Cytochrome-c3 hydrogenase  27.71 
 
 
559 aa  204  2e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2320  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.9 
 
 
570 aa  205  2e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0122  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.19 
 
 
564 aa  204  3e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.254382  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3907  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.65 
 
 
578 aa  204  3e-51  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0544  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.92 
 
 
566 aa  204  4e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3520  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.76 
 
 
567 aa  202  8e-51  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1266  Ni-Fe hydrogenase large chain  27.53 
 
 
583 aa  202  9.999999999999999e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2138  periplasmic (NiFe) hydrogenase, large subunit, isozyme 1  28.86 
 
 
568 aa  201  1.9999999999999998e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1209  hydrogenase 1 large subunit  28.42 
 
 
597 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00976  hydrogenase 1, large subunit  28.42 
 
 
597 aa  201  3e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.170036  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2671  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.42 
 
 
597 aa  201  3e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00020942  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1375  Ni-Fe hydrogenase large chain  27.44 
 
 
596 aa  201  3e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0200361  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1081  hydrogenase 1 large subunit  28.42 
 
 
597 aa  201  3e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.674487  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1088  hydrogenase 1 large subunit  28.42 
 
 
597 aa  201  3e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000594285  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00983  hypothetical protein  28.42 
 
 
597 aa  201  3e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.201249  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2144  hydrogenase 1 large subunit  28.42 
 
 
597 aa  201  3e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.375749  normal  0.757738 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1447  hydrogenase large chain  28.45 
 
 
572 aa  200  3.9999999999999996e-50  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.333249  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1985  hydrogenase 1 large subunit  28.15 
 
 
597 aa  199  6e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08540  Ni,Fe-hydrogenase I large subunit  27.68 
 
 
548 aa  199  7e-50  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.481337 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1929  hydrogenase 1 large subunit  27.98 
 
 
597 aa  199  9e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1531  hydrogenase 1 large subunit  27.98 
 
 
597 aa  199  9e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.447937  normal  0.256595 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1925  hydrogenase 1 large subunit  27.98 
 
 
597 aa  199  9e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0478  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.08 
 
 
577 aa  199  1.0000000000000001e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.8 
 
 
570 aa  199  1.0000000000000001e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1347  hydrogenase 1 large subunit  27.98 
 
 
597 aa  199  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0856  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.21 
 
 
572 aa  197  2.0000000000000003e-49  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0165  nickel-iron hydrogenase, large subunit  27.95 
 
 
597 aa  197  3e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0497936  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2342  hydrogenase 1 large subunit  28.25 
 
 
597 aa  197  3e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.514327  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1162  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.3 
 
 
596 aa  197  3e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.122791  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0511  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.69 
 
 
577 aa  197  3e-49  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0506  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.69 
 
 
577 aa  197  3e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1861  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.03 
 
 
572 aa  197  4.0000000000000005e-49  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1155  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.08 
 
 
597 aa  196  7e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.295857  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0836  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.36 
 
 
604 aa  196  9e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.9 
 
 
488 aa  195  1e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0523  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.87 
 
 
578 aa  195  1e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1592  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.95 
 
 
572 aa  195  2e-48  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.663154  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3368  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.62 
 
 
570 aa  194  3e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2028  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.71 
 
 
595 aa  194  3e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1153  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.54 
 
 
481 aa  194  3e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0854  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.45 
 
 
572 aa  192  1e-47  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.255543 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0342  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.64 
 
 
485 aa  191  2.9999999999999997e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0846503  normal  0.979503 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0873  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.01 
 
 
569 aa  189  5.999999999999999e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0973  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.18 
 
 
572 aa  190  5.999999999999999e-47  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.000120136  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1954  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.59 
 
 
485 aa  189  8e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.935689  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1163  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.01 
 
 
597 aa  189  1e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.28682  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1997  uptake hydrogenase large subunit precursor  28.35 
 
 
596 aa  189  1e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4121  hydrogen:quinone oxidoreductase  27.4 
 
 
496 aa  187  3e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3320  hydrogenase 2 large subunit  26.09 
 
 
567 aa  187  4e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.118706  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1995  uptake hydrogenase accessory  26.68 
 
 
479 aa  186  6e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3394  hydrogenase 2 large subunit  25.92 
 
 
567 aa  186  6e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.571998 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3400  hydrogenase 2 large subunit  25.92 
 
 
567 aa  186  6e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3495  hydrogenase 2 large subunit  25.92 
 
 
567 aa  186  6e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.233634  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3329  hydrogenase 2 large subunit  25.92 
 
 
567 aa  186  7e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2010  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.75 
 
 
482 aa  186  8e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3960  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.28 
 
 
472 aa  185  1.0000000000000001e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4091  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.98 
 
 
568 aa  184  3e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0995107  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1161  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28 
 
 
481 aa  184  3e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0337  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.21 
 
 
598 aa  183  6e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0168031  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3771  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.98 
 
 
597 aa  182  8.000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.292608  normal  0.910106 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2806  HupV protein  26.17 
 
 
485 aa  182  1e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>