More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shel_12910 on replicon NC_013165
Organism: Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013204  Elen_1276  nickel-dependent hydrogenase large subunit  69.91 
 
 
554 aa  795    Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.438048  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12910  Ni,Fe-hydrogenase I large subunit  100 
 
 
545 aa  1129    Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.343906  normal  0.388227 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08540  Ni,Fe-hydrogenase I large subunit  65.76 
 
 
548 aa  768    Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.481337 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2952  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  42.73 
 
 
546 aa  435  1e-120  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.437472 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0266  nickel-dependent hydrogenase large subunit  41.67 
 
 
566 aa  431  1e-119  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.322067  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0766  nickel-dependent hydrogenase large subunit  42.07 
 
 
569 aa  431  1e-119  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  43.26 
 
 
570 aa  425  1e-117  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2138  periplasmic (NiFe) hydrogenase, large subunit, isozyme 1  43.07 
 
 
568 aa  422  1e-117  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1245  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  42.3 
 
 
566 aa  420  1e-116  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.11159 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2320  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  42.42 
 
 
570 aa  417  9.999999999999999e-116  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0122  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  42.4 
 
 
564 aa  412  1e-113  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.254382  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3331  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  41.67 
 
 
566 aa  407  1.0000000000000001e-112  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  40.56 
 
 
567 aa  405  1.0000000000000001e-112  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.11146 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0544  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  42.06 
 
 
566 aa  404  1e-111  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0873  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  41.89 
 
 
569 aa  405  1e-111  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0785  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  39.72 
 
 
560 aa  392  1e-108  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.433799  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3136  nickel-dependent hydrogenase large subunit  38.72 
 
 
559 aa  390  1e-107  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2055  nickel-dependent hydrogenase large subunit  40.77 
 
 
566 aa  391  1e-107  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1946  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  38.46 
 
 
560 aa  388  1e-106  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1126  Cytochrome-c3 hydrogenase  38.37 
 
 
559 aa  388  1e-106  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  39.01 
 
 
559 aa  383  1e-105  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1038  nickel-dependent hydrogenase large subunit  40.41 
 
 
558 aa  384  1e-105  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.368471  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3520  nickel-dependent hydrogenase large subunit  39.65 
 
 
567 aa  379  1e-104  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0854  nickel-dependent hydrogenase large subunit  40.66 
 
 
572 aa  378  1e-103  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.255543 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02870  hydrogenase 2, large subunit  38.63 
 
 
567 aa  375  1e-102  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0702  nickel-dependent hydrogenase large subunit  38.63 
 
 
567 aa  375  1e-102  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2884  nickel-dependent hydrogenase large subunit  38.83 
 
 
585 aa  374  1e-102  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.308731  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3286  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  38.83 
 
 
585 aa  374  1e-102  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4306  hydrogenase 2 large subunit  38.63 
 
 
567 aa  375  1e-102  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.228665  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3174  hydrogenase 2 large subunit  38.63 
 
 
567 aa  375  1e-102  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3421  hydrogenase 2 large subunit  38.63 
 
 
567 aa  375  1e-102  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3463  hydrogenase 2 large subunit  38.63 
 
 
567 aa  375  1e-102  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4240  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  38.35 
 
 
563 aa  373  1e-102  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3280  hydrogenase 2 large subunit  38.63 
 
 
567 aa  375  1e-102  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02819  hypothetical protein  38.63 
 
 
567 aa  375  1e-102  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0699  hydrogenase 2 large subunit  38.45 
 
 
567 aa  373  1e-102  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0110  [Ni/Fe] hydrogenase, group 1, large subunit, putative  38.78 
 
 
526 aa  371  1e-101  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3400  hydrogenase 2 large subunit  37.7 
 
 
567 aa  369  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1861  nickel-dependent hydrogenase large subunit  38.74 
 
 
572 aa  371  1e-101  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3320  hydrogenase 2 large subunit  37.7 
 
 
567 aa  369  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.118706  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3394  hydrogenase 2 large subunit  37.7 
 
 
567 aa  369  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.571998 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3495  hydrogenase 2 large subunit  37.7 
 
 
567 aa  369  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.233634  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2531  hydrogenase 2 large subunit  38.76 
 
 
568 aa  370  1e-101  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.597514  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0856  nickel-dependent hydrogenase large subunit  40.07 
 
 
572 aa  371  1e-101  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1413  hydrogenase 2 large subunit  38.14 
 
 
568 aa  369  1e-100  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3329  hydrogenase 2 large subunit  37.7 
 
 
567 aa  369  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3907  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  38.26 
 
 
578 aa  367  1e-100  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0862  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase large chain  37.92 
 
 
573 aa  363  4e-99  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2037  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  36.1 
 
 
568 aa  363  5.0000000000000005e-99  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_120  Ni/Fe hydrogenase, large subunit  37.85 
 
 
526 aa  362  1e-98  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1266  Ni-Fe hydrogenase large chain  37.7 
 
 
583 aa  362  1e-98  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3971  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  38.71 
 
 
570 aa  361  2e-98  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.533836  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2503  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  37.95 
 
 
567 aa  361  2e-98  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.153272 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1592  nickel-dependent hydrogenase large subunit  39.69 
 
 
572 aa  360  3e-98  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.663154  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0973  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  39.36 
 
 
572 aa  360  4e-98  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.000120136  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3098  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  36.7 
 
 
597 aa  359  8e-98  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0258  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  38.03 
 
 
526 aa  358  9.999999999999999e-98  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0179  uptake hydrogenase large subunit  38.79 
 
 
570 aa  358  1.9999999999999998e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0165  nickel-iron hydrogenase, large subunit  37.35 
 
 
597 aa  357  2.9999999999999997e-97  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0497936  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0523  nickel-dependent hydrogenase large subunit  38.33 
 
 
578 aa  357  3.9999999999999996e-97  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1997  uptake hydrogenase large subunit precursor  37.84 
 
 
596 aa  356  5.999999999999999e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3404  nickel-dependent hydrogenase large subunit  37.46 
 
 
573 aa  355  8.999999999999999e-97  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.37903  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1209  hydrogenase 1 large subunit  36.43 
 
 
597 aa  355  1e-96  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3368  nickel-dependent hydrogenase large subunit  38.41 
 
 
570 aa  354  2e-96  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3375  hypothetical protein  35.1 
 
 
596 aa  354  2e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.281049  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4091  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  36.77 
 
 
568 aa  353  4e-96  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0995107  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00976  hydrogenase 1, large subunit  36.25 
 
 
597 aa  353  5e-96  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.170036  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2671  nickel-dependent hydrogenase large subunit  36.25 
 
 
597 aa  353  5e-96  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00020942  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1088  hydrogenase 1 large subunit  36.25 
 
 
597 aa  353  5e-96  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000594285  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0496  hydrogenase protein large subunit  35.96 
 
 
596 aa  353  5e-96  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2144  hydrogenase 1 large subunit  36.25 
 
 
597 aa  353  5e-96  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.375749  normal  0.757738 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1081  hydrogenase 1 large subunit  36.25 
 
 
597 aa  353  5e-96  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.674487  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2147  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  35.96 
 
 
596 aa  353  5e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0605986  normal  0.266797 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00983  hypothetical protein  36.25 
 
 
597 aa  353  5e-96  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.201249  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2098  quinone-reactive Ni/Fe hydrogenase, large subunit  37.07 
 
 
567 aa  353  5.9999999999999994e-96  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0478  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  39.01 
 
 
577 aa  353  5.9999999999999994e-96  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1821  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  36.89 
 
 
567 aa  353  5.9999999999999994e-96  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.545248  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2156  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  36.89 
 
 
567 aa  353  5.9999999999999994e-96  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.352792  normal  0.370314 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1879  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  36.89 
 
 
567 aa  353  5.9999999999999994e-96  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1447  hydrogenase large chain  38.39 
 
 
572 aa  353  7e-96  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.333249  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1163  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  38.01 
 
 
597 aa  352  8.999999999999999e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.28682  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2342  hydrogenase 1 large subunit  36.14 
 
 
597 aa  352  1e-95  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.514327  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3771  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  37.03 
 
 
597 aa  352  1e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.292608  normal  0.910106 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2174  nickel-dependent hydrogenase large subunit  36.36 
 
 
604 aa  351  2e-95  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0021467  normal  0.160198 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50580  Membrane bound nickel-dependent hydrogenase, large subunit, HoxG  37.74 
 
 
602 aa  349  7e-95  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.980558  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0511  nickel-dependent hydrogenase large subunit  38.5 
 
 
577 aa  349  9e-95  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1733  nickel-dependent hydrogenase large subunit  35.16 
 
 
549 aa  348  1e-94  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0836  nickel-dependent hydrogenase large subunit  36.52 
 
 
604 aa  348  1e-94  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1929  hydrogenase 1 large subunit  36.08 
 
 
597 aa  347  2e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1925  hydrogenase 1 large subunit  36.08 
 
 
597 aa  347  2e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1375  Ni-Fe hydrogenase large chain  36.71 
 
 
596 aa  347  2e-94  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0200361  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3756  periplasmic (NiFe) hydrogenase, large subunit, isozyme 2  34.51 
 
 
554 aa  348  2e-94  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0506  nickel-dependent hydrogenase large subunit  38.61 
 
 
577 aa  348  2e-94  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1650  [Ni/Fe] hydrogenase large subunit  36.82 
 
 
600 aa  348  2e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1347  hydrogenase 1 large subunit  36.08 
 
 
597 aa  348  2e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1709  [Ni/Fe] hydrogenase large subunit  36.82 
 
 
600 aa  348  2e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1633  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  36.82 
 
 
600 aa  348  2e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2089  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  37 
 
 
567 aa  348  2e-94  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1642  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  36.82 
 
 
600 aa  348  2e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.251142  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1798  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  36.82 
 
 
600 aa  348  2e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.570579  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>