More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mmc1_2503 on replicon NC_008576
Organism: Magnetococcus sp. MC-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_02870  hydrogenase 2, large subunit  58.42 
 
 
567 aa  711    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0702  nickel-dependent hydrogenase large subunit  58.42 
 
 
567 aa  711    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3136  nickel-dependent hydrogenase large subunit  56.64 
 
 
559 aa  691    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0785  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  59.26 
 
 
560 aa  708    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.433799  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3463  hydrogenase 2 large subunit  58.42 
 
 
567 aa  711    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3495  hydrogenase 2 large subunit  57.75 
 
 
567 aa  709    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.233634  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3971  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  65.32 
 
 
570 aa  790    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.533836  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1946  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  57.5 
 
 
560 aa  690    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3520  nickel-dependent hydrogenase large subunit  57.3 
 
 
567 aa  679    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3400  hydrogenase 2 large subunit  57.75 
 
 
567 aa  709    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3280  hydrogenase 2 large subunit  58.42 
 
 
567 aa  711    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  57.09 
 
 
559 aa  677    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4306  hydrogenase 2 large subunit  58.42 
 
 
567 aa  711    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.228665  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2531  hydrogenase 2 large subunit  60.81 
 
 
568 aa  726    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.597514  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0478  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  57.27 
 
 
577 aa  653    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3394  hydrogenase 2 large subunit  57.75 
 
 
567 aa  709    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.571998 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0506  nickel-dependent hydrogenase large subunit  57.96 
 
 
577 aa  659    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4091  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  65.55 
 
 
568 aa  793    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0995107  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3421  hydrogenase 2 large subunit  58.42 
 
 
567 aa  711    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3320  hydrogenase 2 large subunit  57.75 
 
 
567 aa  709    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.118706  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4240  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  56.79 
 
 
563 aa  675    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0511  nickel-dependent hydrogenase large subunit  57.96 
 
 
577 aa  658    Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1413  hydrogenase 2 large subunit  60.81 
 
 
568 aa  716    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0523  nickel-dependent hydrogenase large subunit  56.65 
 
 
578 aa  649    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3174  hydrogenase 2 large subunit  58.42 
 
 
567 aa  711    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2503  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  100 
 
 
567 aa  1179    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.153272 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3329  hydrogenase 2 large subunit  57.75 
 
 
567 aa  709    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1126  Cytochrome-c3 hydrogenase  56.28 
 
 
559 aa  689    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0699  hydrogenase 2 large subunit  58.1 
 
 
567 aa  711    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02819  hypothetical protein  58.42 
 
 
567 aa  711    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0544  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  51.29 
 
 
566 aa  588  1e-167  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3331  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  51.3 
 
 
566 aa  579  1e-164  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0122  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  51.21 
 
 
564 aa  573  1.0000000000000001e-162  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.254382  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2055  nickel-dependent hydrogenase large subunit  50.09 
 
 
566 aa  569  1e-161  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0873  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  49.74 
 
 
569 aa  568  1e-161  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2320  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  49.14 
 
 
570 aa  549  1e-155  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  49.05 
 
 
570 aa  545  1e-153  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2952  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  48.42 
 
 
546 aa  544  1e-153  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.437472 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1997  uptake hydrogenase large subunit precursor  48.56 
 
 
596 aa  540  9.999999999999999e-153  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0856  nickel-dependent hydrogenase large subunit  48.63 
 
 
572 aa  540  9.999999999999999e-153  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1861  nickel-dependent hydrogenase large subunit  49.23 
 
 
572 aa  535  1e-151  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0973  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  48.97 
 
 
572 aa  536  1e-151  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.000120136  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3404  nickel-dependent hydrogenase large subunit  45.3 
 
 
573 aa  535  1e-150  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.37903  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1163  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  49.24 
 
 
597 aa  535  1e-150  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.28682  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1375  Ni-Fe hydrogenase large chain  48.2 
 
 
596 aa  528  1e-149  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0200361  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1266  Ni-Fe hydrogenase large chain  48.64 
 
 
583 aa  530  1e-149  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0854  nickel-dependent hydrogenase large subunit  48.97 
 
 
572 aa  528  1e-149  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.255543 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0179  uptake hydrogenase large subunit  49.31 
 
 
570 aa  525  1e-148  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1650  [Ni/Fe] hydrogenase large subunit  46.97 
 
 
600 aa  525  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1798  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  46.97 
 
 
600 aa  525  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.570579  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1709  [Ni/Fe] hydrogenase large subunit  46.97 
 
 
600 aa  525  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3368  nickel-dependent hydrogenase large subunit  47.35 
 
 
570 aa  528  1e-148  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1633  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  46.97 
 
 
600 aa  526  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1642  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  46.97 
 
 
600 aa  525  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.251142  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1447  hydrogenase large chain  49.06 
 
 
572 aa  523  1e-147  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.333249  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1162  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  47.29 
 
 
596 aa  525  1e-147  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.122791  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3771  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  47.64 
 
 
597 aa  524  1e-147  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.292608  normal  0.910106 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1155  nickel-dependent hydrogenase large subunit  47.72 
 
 
597 aa  525  1e-147  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.295857  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1592  nickel-dependent hydrogenase large subunit  48.54 
 
 
572 aa  521  1e-146  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.663154  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2884  nickel-dependent hydrogenase large subunit  46.96 
 
 
585 aa  521  1e-146  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.308731  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3286  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  46.96 
 
 
585 aa  521  1e-146  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2028  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  47.12 
 
 
595 aa  516  1.0000000000000001e-145  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3988  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  47.55 
 
 
598 aa  514  1e-144  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3907  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  47 
 
 
578 aa  514  1e-144  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0165  nickel-iron hydrogenase, large subunit  46.46 
 
 
597 aa  509  1e-143  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0497936  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2138  periplasmic (NiFe) hydrogenase, large subunit, isozyme 1  47.29 
 
 
568 aa  510  1e-143  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7264  nickel-dependent hydrogenase large subunit  46.02 
 
 
596 aa  504  1e-141  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.340015 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2147  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  46.28 
 
 
596 aa  498  1e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0605986  normal  0.266797 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0496  hydrogenase protein large subunit  46.28 
 
 
596 aa  498  1e-139  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50580  Membrane bound nickel-dependent hydrogenase, large subunit, HoxG  45.19 
 
 
602 aa  496  1e-139  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.980558  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0266  nickel-dependent hydrogenase large subunit  45.17 
 
 
566 aa  495  1e-139  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.322067  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3375  hypothetical protein  45.23 
 
 
596 aa  492  9.999999999999999e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.281049  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3098  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  45.23 
 
 
597 aa  494  9.999999999999999e-139  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1245  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  45.33 
 
 
566 aa  494  9.999999999999999e-139  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.11159 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  45.86 
 
 
567 aa  489  1e-137  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.11146 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0836  nickel-dependent hydrogenase large subunit  43.34 
 
 
604 aa  483  1e-135  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0766  nickel-dependent hydrogenase large subunit  45.01 
 
 
569 aa  484  1e-135  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00976  hydrogenase 1, large subunit  44.11 
 
 
597 aa  476  1e-133  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.170036  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2671  nickel-dependent hydrogenase large subunit  44.11 
 
 
597 aa  476  1e-133  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00020942  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0337  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  43.77 
 
 
598 aa  476  1e-133  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0168031  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1081  hydrogenase 1 large subunit  44.11 
 
 
597 aa  476  1e-133  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.674487  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1151  nickel-dependent hydrogenase large subunit  44.59 
 
 
605 aa  476  1e-133  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.238677  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2174  nickel-dependent hydrogenase large subunit  44.86 
 
 
604 aa  478  1e-133  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0021467  normal  0.160198 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2144  hydrogenase 1 large subunit  44.11 
 
 
597 aa  476  1e-133  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.375749  normal  0.757738 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1088  hydrogenase 1 large subunit  44.11 
 
 
597 aa  476  1e-133  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000594285  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1209  hydrogenase 1 large subunit  44.11 
 
 
597 aa  477  1e-133  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00983  hypothetical protein  44.11 
 
 
597 aa  476  1e-133  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.201249  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1925  hydrogenase 1 large subunit  43.82 
 
 
597 aa  474  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1347  hydrogenase 1 large subunit  43.49 
 
 
597 aa  474  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1929  hydrogenase 1 large subunit  43.82 
 
 
597 aa  474  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1985  hydrogenase 1 large subunit  43.82 
 
 
597 aa  474  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2342  hydrogenase 1 large subunit  43.94 
 
 
597 aa  473  1e-132  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.514327  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1531  hydrogenase 1 large subunit  43.82 
 
 
597 aa  474  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.447937  normal  0.256595 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00347  Ni-Fe hydrogenase large chain  42.26 
 
 
625 aa  471  1.0000000000000001e-131  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1678  hydrogenase large chain  43.81 
 
 
567 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1974  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  43.56 
 
 
618 aa  471  1.0000000000000001e-131  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.688051  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2098  quinone-reactive Ni/Fe hydrogenase, large subunit  43.64 
 
 
567 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1368  nickel-dependent hydrogenase large subunit  43.92 
 
 
571 aa  467  9.999999999999999e-131  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1821  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  43.81 
 
 
567 aa  465  9.999999999999999e-131  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.545248  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1297  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  43.49 
 
 
619 aa  464  1e-129  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0139093  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>