More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_0342 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009720  Xaut_0342  nickel-dependent hydrogenase large subunit  100 
 
 
485 aa  976    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0846503  normal  0.979503 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  70.08 
 
 
488 aa  683    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2493  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  57.35 
 
 
484 aa  553  1e-156  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00408967  normal  0.431982 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3960  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  57.83 
 
 
472 aa  519  1e-146  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2806  HupV protein  55.07 
 
 
485 aa  516  1.0000000000000001e-145  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3378  NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 kDa subunit  59.04 
 
 
474 aa  508  9.999999999999999e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.40537  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2144  hydrogen:quinone oxidoreductase  59.46 
 
 
475 aa  505  9.999999999999999e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.883688  normal  0.196706 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0493  hydrogenase large subunit  59.88 
 
 
475 aa  508  9.999999999999999e-143  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3095  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  56.46 
 
 
477 aa  499  1e-140  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1954  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  53 
 
 
485 aa  493  9.999999999999999e-139  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.935689  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2010  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  55.9 
 
 
482 aa  482  1e-135  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1153  nickel-dependent hydrogenase large subunit  53.62 
 
 
481 aa  480  1e-134  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3774  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  53.32 
 
 
480 aa  476  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.967031 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1995  uptake hydrogenase accessory  52.92 
 
 
479 aa  475  1e-132  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1161  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  53 
 
 
481 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4121  hydrogen:quinone oxidoreductase  52.22 
 
 
496 aa  450  1e-125  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3805  nickel-dependent hydrogenase large subunit  36.22 
 
 
540 aa  303  4.0000000000000003e-81  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.793332 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2889  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  36.68 
 
 
505 aa  289  7e-77  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3886  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.53 
 
 
531 aa  285  2.0000000000000002e-75  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.713091 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3224  cytochrome-c3 hydrogenase  34.89 
 
 
535 aa  282  9e-75  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.851787  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2907  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.62 
 
 
531 aa  281  2e-74  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3213  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.62 
 
 
531 aa  281  2e-74  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1076  hydrogen:quinone oxidoreductase  35.91 
 
 
535 aa  281  2e-74  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.108784  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1818  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.79 
 
 
531 aa  273  7e-72  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1940  hydrogen:quinone oxidoreductase  34.69 
 
 
475 aa  271  2e-71  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1787  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.33 
 
 
481 aa  270  2.9999999999999997e-71  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.993845  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1348  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.89 
 
 
509 aa  268  1e-70  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2366  hydrogen:quinone oxidoreductase  33.53 
 
 
536 aa  269  1e-70  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.201655  normal  0.04307 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3763  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.46 
 
 
532 aa  266  8.999999999999999e-70  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3865  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.82 
 
 
562 aa  265  8.999999999999999e-70  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3198  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  34.17 
 
 
547 aa  265  1e-69  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3368  hydrogen:quinone oxidoreductase  32.76 
 
 
534 aa  265  1e-69  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0471  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32.88 
 
 
545 aa  265  2e-69  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.980581  normal  0.166741 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0923  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.6 
 
 
513 aa  261  2e-68  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4595  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.33 
 
 
531 aa  256  9e-67  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.63509  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0461  uptake hydrogenase large subunit  32.95 
 
 
532 aa  255  1.0000000000000001e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0412944  normal  0.0758473 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0850  Hydrogen:quinone oxidoreductase  32.57 
 
 
532 aa  255  2.0000000000000002e-66  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.844824 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0702  hydrogenase-2, large subunit  32.57 
 
 
532 aa  255  2.0000000000000002e-66  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1231  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32.58 
 
 
458 aa  247  3e-64  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1071  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.18 
 
 
470 aa  246  6.999999999999999e-64  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.018808  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1042  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  32.59 
 
 
485 aa  245  9.999999999999999e-64  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.90765  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0258  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  32.28 
 
 
526 aa  242  1e-62  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_120  Ni/Fe hydrogenase, large subunit  31.35 
 
 
526 aa  238  2e-61  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0110  [Ni/Fe] hydrogenase, group 1, large subunit, putative  31.17 
 
 
526 aa  233  5e-60  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0805  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.15 
 
 
465 aa  220  5e-56  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2742  Hydrogen:quinone oxidoreductase  30.9 
 
 
518 aa  219  6e-56  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000126046  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1969  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.84 
 
 
514 aa  219  1e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.668451  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.15 
 
 
517 aa  213  7e-54  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2135  periplasmic (NiFeSe) hydrogenase, large subunit, selenocysteine-containing  29.8 
 
 
488 aa  210  4e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1248  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.4 
 
 
488 aa  209  6e-53  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.210122 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1846  methanophenazine-reducing hydrogenase, large subunit  29.79 
 
 
591 aa  204  2e-51  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2952  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.22 
 
 
546 aa  205  2e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.437472 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0273  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.4 
 
 
488 aa  205  2e-51  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.328721 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1245  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.33 
 
 
566 aa  198  2.0000000000000003e-49  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.11159 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0785  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.78 
 
 
560 aa  197  5.000000000000001e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.433799  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03860  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.64 
 
 
470 aa  195  2e-48  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0718  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.8 
 
 
549 aa  195  2e-48  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.338951 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.48 
 
 
567 aa  193  5e-48  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.11146 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1840  methanophenazine-reducing hydrogenase, large subunit  27.84 
 
 
596 aa  191  2e-47  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0613857  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.93 
 
 
570 aa  191  2e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3404  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.51 
 
 
573 aa  191  2.9999999999999997e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.37903  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0122  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.64 
 
 
564 aa  188  2e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.254382  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0873  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.67 
 
 
569 aa  188  2e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1038  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.47 
 
 
558 aa  187  3e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.368471  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3331  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.32 
 
 
566 aa  187  3e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2138  periplasmic (NiFe) hydrogenase, large subunit, isozyme 1  30 
 
 
568 aa  187  3e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2055  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.63 
 
 
566 aa  187  4e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2037  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.24 
 
 
568 aa  187  5e-46  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1733  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.72 
 
 
549 aa  187  5e-46  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0266  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.44 
 
 
566 aa  186  6e-46  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.322067  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.39 
 
 
559 aa  186  8e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0544  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.83 
 
 
566 aa  185  1.0000000000000001e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0766  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.97 
 
 
569 aa  185  1.0000000000000001e-45  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2320  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29 
 
 
570 aa  184  3e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1592  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.2 
 
 
572 aa  183  7e-45  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.663154  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0854  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.54 
 
 
572 aa  181  2e-44  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.255543 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12910  Ni,Fe-hydrogenase I large subunit  27.54 
 
 
545 aa  181  2.9999999999999997e-44  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.343906  normal  0.388227 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0856  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.91 
 
 
572 aa  179  1e-43  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1861  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.59 
 
 
572 aa  178  2e-43  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1946  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.22 
 
 
560 aa  178  2e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2032  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.42 
 
 
567 aa  178  2e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0709763  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1368  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.12 
 
 
571 aa  177  3e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2098  quinone-reactive Ni/Fe hydrogenase, large subunit  28.31 
 
 
567 aa  176  6e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1821  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.09 
 
 
567 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.545248  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1678  hydrogenase large chain  27.49 
 
 
567 aa  175  1.9999999999999998e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4240  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.42 
 
 
563 aa  174  2.9999999999999996e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2531  hydrogenase 2 large subunit  28.16 
 
 
568 aa  174  3.9999999999999995e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.597514  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2156  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.92 
 
 
567 aa  174  3.9999999999999995e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.352792  normal  0.370314 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1879  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.92 
 
 
567 aa  174  3.9999999999999995e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3329  hydrogenase 2 large subunit  26.19 
 
 
567 aa  173  5.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0973  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.85 
 
 
572 aa  173  5.999999999999999e-42  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.000120136  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3400  hydrogenase 2 large subunit  26.19 
 
 
567 aa  173  6.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3495  hydrogenase 2 large subunit  26.19 
 
 
567 aa  173  6.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.233634  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3394  hydrogenase 2 large subunit  26.19 
 
 
567 aa  173  6.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.571998 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3320  hydrogenase 2 large subunit  26.19 
 
 
567 aa  172  7.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.118706  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02870  hydrogenase 2, large subunit  25.8 
 
 
567 aa  172  9e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0702  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.8 
 
 
567 aa  172  9e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4306  hydrogenase 2 large subunit  25.8 
 
 
567 aa  172  9e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.228665  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3421  hydrogenase 2 large subunit  25.8 
 
 
567 aa  172  9e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3280  hydrogenase 2 large subunit  25.8 
 
 
567 aa  172  9e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>