More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_0461 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_3763  nickel-dependent hydrogenase large subunit  84.4 
 
 
532 aa  968    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3865  nickel-dependent hydrogenase large subunit  71.64 
 
 
562 aa  826    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2907  nickel-dependent hydrogenase large subunit  71.32 
 
 
531 aa  829    Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4595  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  72.64 
 
 
531 aa  832    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.63509  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3213  nickel-dependent hydrogenase large subunit  71.32 
 
 
531 aa  829    Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0702  hydrogenase-2, large subunit  73.55 
 
 
532 aa  843    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3198  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  81.7 
 
 
547 aa  937    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3368  hydrogen:quinone oxidoreductase  70.92 
 
 
534 aa  821    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0461  uptake hydrogenase large subunit  100 
 
 
532 aa  1110    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0412944  normal  0.0758473 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1818  nickel-dependent hydrogenase large subunit  73.35 
 
 
531 aa  838    Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0850  Hydrogen:quinone oxidoreductase  73.55 
 
 
532 aa  843    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.844824 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3805  nickel-dependent hydrogenase large subunit  55.27 
 
 
540 aa  608  1e-173  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.793332 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0471  nickel-dependent hydrogenase large subunit  56.06 
 
 
545 aa  603  1.0000000000000001e-171  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.980581  normal  0.166741 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3224  cytochrome-c3 hydrogenase  55.18 
 
 
535 aa  603  1.0000000000000001e-171  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.851787  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3886  nickel-dependent hydrogenase large subunit  53.1 
 
 
531 aa  591  1e-167  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.713091 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1076  hydrogen:quinone oxidoreductase  53.67 
 
 
535 aa  578  1e-164  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.108784  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2366  hydrogen:quinone oxidoreductase  53.95 
 
 
536 aa  580  1e-164  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.201655  normal  0.04307 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0923  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  36.72 
 
 
513 aa  345  1e-93  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1348  nickel-dependent hydrogenase large subunit  37.62 
 
 
509 aa  322  8e-87  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2889  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  34.11 
 
 
505 aa  288  1e-76  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2806  HupV protein  34.18 
 
 
485 aa  269  8.999999999999999e-71  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1153  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.83 
 
 
481 aa  269  1e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3774  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  34.24 
 
 
480 aa  268  2e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.967031 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1954  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.79 
 
 
485 aa  266  1e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.935689  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2010  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  35.29 
 
 
482 aa  263  4.999999999999999e-69  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.33 
 
 
488 aa  261  3e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2493  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  32.88 
 
 
484 aa  254  2.0000000000000002e-66  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00408967  normal  0.431982 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1995  uptake hydrogenase accessory  33.27 
 
 
479 aa  252  1e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3095  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  34.04 
 
 
477 aa  251  2e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4121  hydrogen:quinone oxidoreductase  32.82 
 
 
496 aa  250  4e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3378  NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 kDa subunit  34.5 
 
 
474 aa  248  3e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.40537  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0342  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32.95 
 
 
485 aa  246  4.9999999999999997e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0846503  normal  0.979503 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3960  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  32.23 
 
 
472 aa  239  8e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1042  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  31.97 
 
 
485 aa  239  1e-61  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.90765  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1787  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.47 
 
 
481 aa  234  4.0000000000000004e-60  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.993845  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1161  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.66 
 
 
481 aa  229  7e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2144  hydrogen:quinone oxidoreductase  32.95 
 
 
475 aa  229  1e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.883688  normal  0.196706 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0493  hydrogenase large subunit  32.69 
 
 
475 aa  227  4e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1231  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32.23 
 
 
458 aa  222  9.999999999999999e-57  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2742  Hydrogen:quinone oxidoreductase  30.93 
 
 
518 aa  219  7e-56  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000126046  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0110  [Ni/Fe] hydrogenase, group 1, large subunit, putative  28.72 
 
 
526 aa  219  7.999999999999999e-56  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1969  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.76 
 
 
514 aa  218  2e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.668451  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0258  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.6 
 
 
526 aa  216  9.999999999999999e-55  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1940  hydrogen:quinone oxidoreductase  32.69 
 
 
475 aa  213  7e-54  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_120  Ni/Fe hydrogenase, large subunit  28.45 
 
 
526 aa  210  4e-53  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0273  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.59 
 
 
488 aa  209  1e-52  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.328721 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.74 
 
 
517 aa  209  1e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2952  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.72 
 
 
546 aa  202  1.9999999999999998e-50  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.437472 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.84 
 
 
567 aa  197  4.0000000000000005e-49  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.11146 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2138  periplasmic (NiFe) hydrogenase, large subunit, isozyme 1  26.23 
 
 
568 aa  197  4.0000000000000005e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1245  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.19 
 
 
566 aa  197  5.000000000000001e-49  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.11159 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1400  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.56 
 
 
439 aa  191  2e-47  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.2671  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12910  Ni,Fe-hydrogenase I large subunit  27.18 
 
 
545 aa  187  5e-46  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.343906  normal  0.388227 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2320  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.91 
 
 
570 aa  185  2.0000000000000003e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.91 
 
 
570 aa  182  1e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3756  periplasmic (NiFe) hydrogenase, large subunit, isozyme 2  27.44 
 
 
554 aa  182  1e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1163  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.59 
 
 
597 aa  181  2e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.28682  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1678  hydrogenase large chain  25.9 
 
 
567 aa  182  2e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2055  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.15 
 
 
566 aa  181  2.9999999999999997e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0699  hydrogenase 2 large subunit  26.45 
 
 
567 aa  181  4e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02870  hydrogenase 2, large subunit  26.23 
 
 
567 aa  180  4.999999999999999e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0702  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.23 
 
 
567 aa  180  4.999999999999999e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3280  hydrogenase 2 large subunit  26.23 
 
 
567 aa  180  4.999999999999999e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4306  hydrogenase 2 large subunit  26.23 
 
 
567 aa  180  4.999999999999999e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.228665  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3463  hydrogenase 2 large subunit  26.23 
 
 
567 aa  180  4.999999999999999e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3421  hydrogenase 2 large subunit  26.23 
 
 
567 aa  180  4.999999999999999e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3174  hydrogenase 2 large subunit  26.23 
 
 
567 aa  180  4.999999999999999e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02819  hypothetical protein  26.23 
 
 
567 aa  180  4.999999999999999e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08540  Ni,Fe-hydrogenase I large subunit  26.59 
 
 
548 aa  180  5.999999999999999e-44  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.481337 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0785  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.73 
 
 
560 aa  179  9e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.433799  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2135  periplasmic (NiFeSe) hydrogenase, large subunit, selenocysteine-containing  30.27 
 
 
488 aa  179  9e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1733  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.02 
 
 
549 aa  179  9e-44  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0766  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.51 
 
 
569 aa  179  1e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1248  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.21 
 
 
488 aa  179  1e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.210122 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3394  hydrogenase 2 large subunit  26.23 
 
 
567 aa  178  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.571998 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3320  hydrogenase 2 large subunit  26.23 
 
 
567 aa  178  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.118706  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3495  hydrogenase 2 large subunit  26.23 
 
 
567 aa  178  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.233634  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3400  hydrogenase 2 large subunit  26.23 
 
 
567 aa  178  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3329  hydrogenase 2 large subunit  26.23 
 
 
567 aa  178  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0266  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.12 
 
 
566 aa  178  3e-43  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.322067  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1946  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.09 
 
 
560 aa  177  5e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3136  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.57 
 
 
559 aa  177  5e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0718  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.02 
 
 
549 aa  177  5e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.338951 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1126  Cytochrome-c3 hydrogenase  26.66 
 
 
559 aa  177  6e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1038  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.56 
 
 
558 aa  176  7e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.368471  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3520  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.83 
 
 
567 aa  175  9.999999999999999e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0122  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.03 
 
 
564 aa  175  1.9999999999999998e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.254382  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1276  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.21 
 
 
554 aa  174  3.9999999999999995e-42  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.438048  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1846  methanophenazine-reducing hydrogenase, large subunit  28.23 
 
 
591 aa  174  3.9999999999999995e-42  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0544  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.78 
 
 
566 aa  173  5.999999999999999e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1821  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.62 
 
 
567 aa  173  6.999999999999999e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.545248  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0854  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.02 
 
 
572 aa  173  6.999999999999999e-42  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.255543 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2156  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.62 
 
 
567 aa  173  7.999999999999999e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.352792  normal  0.370314 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1879  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.62 
 
 
567 aa  173  7.999999999999999e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3771  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.57 
 
 
597 aa  171  2e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.292608  normal  0.910106 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1155  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.12 
 
 
597 aa  172  2e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.295857  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50580  Membrane bound nickel-dependent hydrogenase, large subunit, HoxG  26.72 
 
 
602 aa  171  3e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.980558  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1071  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.97 
 
 
470 aa  171  3e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.018808  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0856  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.33 
 
 
572 aa  171  3e-41  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.97 
 
 
559 aa  171  4e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>