More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mbar_A1846 on replicon NC_007355
Organism: Methanosarcina barkeri str. Fusaro



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007355  Mbar_A1840  methanophenazine-reducing hydrogenase, large subunit  58.79 
 
 
596 aa  725    Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0613857  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1846  methanophenazine-reducing hydrogenase, large subunit  100 
 
 
591 aa  1223    Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_120  Ni/Fe hydrogenase, large subunit  32.57 
 
 
526 aa  282  1e-74  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0110  [Ni/Fe] hydrogenase, group 1, large subunit, putative  33.01 
 
 
526 aa  280  4e-74  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1787  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.22 
 
 
481 aa  275  2.0000000000000002e-72  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.993845  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0258  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  32.07 
 
 
526 aa  275  2.0000000000000002e-72  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2742  Hydrogen:quinone oxidoreductase  33.22 
 
 
518 aa  253  5.000000000000001e-66  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000126046  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1995  uptake hydrogenase accessory  30.05 
 
 
479 aa  231  4e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2952  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.87 
 
 
546 aa  224  3e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.437472 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.19 
 
 
488 aa  224  4.9999999999999996e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1954  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.41 
 
 
485 aa  221  1.9999999999999999e-56  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.935689  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2806  HupV protein  28.72 
 
 
485 aa  220  6e-56  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3886  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.88 
 
 
531 aa  219  7.999999999999999e-56  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.713091 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2320  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.05 
 
 
570 aa  219  1e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1153  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.97 
 
 
481 aa  217  4e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2055  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.22 
 
 
566 aa  214  3.9999999999999995e-54  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3224  cytochrome-c3 hydrogenase  29.36 
 
 
535 aa  214  3.9999999999999995e-54  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.851787  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0544  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.96 
 
 
566 aa  214  3.9999999999999995e-54  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3331  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.15 
 
 
566 aa  213  7e-54  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2032  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.56 
 
 
567 aa  213  7e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0709763  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1245  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  31.32 
 
 
566 aa  213  7e-54  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.11159 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1969  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.7 
 
 
514 aa  212  1e-53  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.668451  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0873  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.26 
 
 
569 aa  211  2e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3774  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.43 
 
 
480 aa  212  2e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.967031 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2104  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.11 
 
 
567 aa  211  3e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1907  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.29 
 
 
567 aa  209  1e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.022032 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3213  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.72 
 
 
531 aa  208  2e-52  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3805  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.85 
 
 
540 aa  208  2e-52  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.793332 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2907  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.72 
 
 
531 aa  208  2e-52  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2366  hydrogen:quinone oxidoreductase  28.84 
 
 
536 aa  207  3e-52  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.201655  normal  0.04307 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.8 
 
 
567 aa  207  4e-52  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.11146 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1348  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.3 
 
 
509 aa  206  1e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3960  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.09 
 
 
472 aa  205  2e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1076  hydrogen:quinone oxidoreductase  30.43 
 
 
535 aa  205  2e-51  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.108784  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4121  hydrogen:quinone oxidoreductase  28.5 
 
 
496 aa  205  2e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1435  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.97 
 
 
577 aa  203  8e-51  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.611833  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.11 
 
 
570 aa  202  9.999999999999999e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1921  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.39 
 
 
567 aa  202  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2405  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.39 
 
 
567 aa  202  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.286384  hitchhiker  0.000502851 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1914  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.39 
 
 
567 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.392356  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1888  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.39 
 
 
567 aa  201  3e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.261784  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2144  hydrogen:quinone oxidoreductase  28.97 
 
 
475 aa  201  3.9999999999999996e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.883688  normal  0.196706 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1161  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.26 
 
 
481 aa  200  5e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2493  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.9 
 
 
484 aa  200  5e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00408967  normal  0.431982 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2138  periplasmic (NiFe) hydrogenase, large subunit, isozyme 1  30.13 
 
 
568 aa  199  7.999999999999999e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0471  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.45 
 
 
545 aa  199  7.999999999999999e-50  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.980581  normal  0.166741 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0342  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.79 
 
 
485 aa  199  9e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0846503  normal  0.979503 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0699  hydrogenase 2 large subunit  28.84 
 
 
567 aa  199  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0165  nickel-iron hydrogenase, large subunit  30.85 
 
 
597 aa  199  2.0000000000000003e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0497936  n/a   
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3198  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.67 
 
 
547 aa  198  2.0000000000000003e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1818  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.94 
 
 
531 aa  199  2.0000000000000003e-49  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02870  hydrogenase 2, large subunit  28.84 
 
 
567 aa  197  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0702  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.84 
 
 
567 aa  197  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3280  hydrogenase 2 large subunit  28.84 
 
 
567 aa  197  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3463  hydrogenase 2 large subunit  28.84 
 
 
567 aa  197  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3174  hydrogenase 2 large subunit  28.84 
 
 
567 aa  197  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4306  hydrogenase 2 large subunit  28.84 
 
 
567 aa  197  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.228665  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3421  hydrogenase 2 large subunit  28.84 
 
 
567 aa  197  4.0000000000000005e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02819  hypothetical protein  28.84 
 
 
567 aa  197  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0493  hydrogenase large subunit  28.52 
 
 
475 aa  197  5.000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1764  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.2 
 
 
568 aa  197  5.000000000000001e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0862  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase large chain  28.01 
 
 
573 aa  197  5.000000000000001e-49  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1821  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.71 
 
 
567 aa  196  7e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.545248  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2156  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.38 
 
 
567 aa  196  7e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.352792  normal  0.370314 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1879  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.38 
 
 
567 aa  196  7e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0923  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.86 
 
 
513 aa  197  7e-49  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3378  NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 kDa subunit  29.14 
 
 
474 aa  196  1e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.40537  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1105  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.68 
 
 
584 aa  196  1e-48  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3865  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.62 
 
 
562 aa  194  3e-48  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2010  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.2 
 
 
482 aa  194  5e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3329  hydrogenase 2 large subunit  28.17 
 
 
567 aa  193  7e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3495  hydrogenase 2 large subunit  28.13 
 
 
567 aa  193  8e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.233634  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3320  hydrogenase 2 large subunit  28.13 
 
 
567 aa  193  8e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.118706  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3394  hydrogenase 2 large subunit  28.13 
 
 
567 aa  193  8e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.571998 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3400  hydrogenase 2 large subunit  28.13 
 
 
567 aa  193  8e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1276  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.62 
 
 
554 aa  193  1e-47  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.438048  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2531  hydrogenase 2 large subunit  27.5 
 
 
568 aa  192  1e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.597514  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1071  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.33 
 
 
470 aa  192  1e-47  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.018808  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1413  hydrogenase 2 large subunit  28.44 
 
 
568 aa  192  2e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3098  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.96 
 
 
597 aa  191  2.9999999999999997e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2889  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.66 
 
 
505 aa  191  4e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7264  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.96 
 
 
596 aa  191  4e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.340015 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2147  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.1 
 
 
596 aa  190  7e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0605986  normal  0.266797 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0496  hydrogenase protein large subunit  28.1 
 
 
596 aa  190  7e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3771  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.44 
 
 
597 aa  189  9e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.292608  normal  0.910106 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0713  Ni/Fe-hydrogenase, large subunit  27.81 
 
 
571 aa  189  9e-47  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3368  hydrogen:quinone oxidoreductase  27.84 
 
 
534 aa  189  1e-46  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3375  hypothetical protein  26.21 
 
 
596 aa  187  6e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.281049  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0100  aminodeoxychorismate lyase  28.1 
 
 
572 aa  187  6e-46  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0667384  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1163  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.1 
 
 
597 aa  186  7e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.28682  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4595  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.36 
 
 
531 aa  186  8e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.63509  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0702  hydrogenase-2, large subunit  27.87 
 
 
532 aa  186  1.0000000000000001e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0850  Hydrogen:quinone oxidoreductase  27.87 
 
 
532 aa  186  1.0000000000000001e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.844824 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2503  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.17 
 
 
567 aa  186  1.0000000000000001e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.153272 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3763  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.6 
 
 
532 aa  186  1.0000000000000001e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2037  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.38 
 
 
568 aa  183  6e-45  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0836  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.16 
 
 
604 aa  183  6e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1709  [Ni/Fe] hydrogenase large subunit  27.96 
 
 
600 aa  183  7e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1650  [Ni/Fe] hydrogenase large subunit  27.96 
 
 
600 aa  183  7e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1447  hydrogenase large chain  27.24 
 
 
572 aa  183  7e-45  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.333249  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>