More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1348 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_1348  nickel-dependent hydrogenase large subunit  100 
 
 		 509 aa  1040    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2889  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  57.23 
 
 		 505 aa  603  1.0000000000000001e-171  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3224  cytochrome-c3 hydrogenase  38.2 
 
 		 535 aa  354  2e-96  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.851787  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3886  nickel-dependent hydrogenase large subunit  35.73 
 
 		 531 aa  343  4e-93  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.713091 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3805  nickel-dependent hydrogenase large subunit  37.66 
 
 		 540 aa  341  2e-92  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.793332 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0471  nickel-dependent hydrogenase large subunit  38.48 
 
 		 545 aa  341  2e-92  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.980581  normal  0.166741 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1076  hydrogen:quinone oxidoreductase  37.71 
 
 		 535 aa  339  5e-92  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.108784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0923  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  36.49 
 
 		 513 aa  339  7e-92  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2366  hydrogen:quinone oxidoreductase  37.2 
 
 		 536 aa  336  7e-91  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.201655  normal  0.04307 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3763  nickel-dependent hydrogenase large subunit  38.39 
 
 		 532 aa  333  5e-90  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3198  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  37.09 
 
 		 547 aa  332  8e-90  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1818  nickel-dependent hydrogenase large subunit  37.57 
 
 		 531 aa  330  3e-89  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0850  Hydrogen:quinone oxidoreductase  36.15 
 
 		 532 aa  326  6e-88  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.844824 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0702  hydrogenase-2, large subunit  36.15 
 
 		 532 aa  326  6e-88  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4595  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  36.89 
 
 		 531 aa  325  2e-87  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.63509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0461  uptake hydrogenase large subunit  37.62 
 
 		 532 aa  322  7e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0412944  normal  0.0758473 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3368  hydrogen:quinone oxidoreductase  35.92 
 
 		 534 aa  317  4e-85  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2907  nickel-dependent hydrogenase large subunit  35.51 
 
 		 531 aa  316  5e-85  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3213  nickel-dependent hydrogenase large subunit  35.51 
 
 		 531 aa  316  5e-85  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3865  nickel-dependent hydrogenase large subunit  35.73 
 
 		 562 aa  304  2.0000000000000002e-81  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2806  HupV protein  36.2 
 
 		 485 aa  304  3.0000000000000004e-81  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1954  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  36.4 
 
 		 485 aa  298  2e-79  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.935689  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4121  hydrogen:quinone oxidoreductase  36.99 
 
 		 496 aa  290  5.0000000000000004e-77  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3378  NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 kDa subunit  37.27 
 
 		 474 aa  289  6e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.40537  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3095  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  36.4 
 
 		 477 aa  288  1e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2144  hydrogen:quinone oxidoreductase  38.63 
 
 		 475 aa  288  2e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.883688  normal  0.196706 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0493  hydrogenase large subunit  38.63 
 
 		 475 aa  286  5e-76  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2010  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  36.84 
 
 		 482 aa  285  1.0000000000000001e-75  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1153  nickel-dependent hydrogenase large subunit  37.17 
 
 		 481 aa  278  2e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1995  uptake hydrogenase accessory  36.63 
 
 		 479 aa  276  6e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3774  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  34.95 
 
 		 480 aa  276  9e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.967031 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2493  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  35.13 
 
 		 484 aa  274  3e-72  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00408967  normal  0.431982 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1161  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  35.15 
 
 		 481 aa  270  5.9999999999999995e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  35.17 
 
 		 488 aa  267  4e-70  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3960  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  35.15 
 
 		 472 aa  262  1e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0342  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.89 
 
 		 485 aa  260  5.0000000000000005e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0846503  normal  0.979503 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1787  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.86 
 
 		 481 aa  258  2e-67  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.993845  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1038  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.69 
 
 		 558 aa  250  5e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.368471  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2742  Hydrogen:quinone oxidoreductase  31.54 
 
 		 518 aa  249  6e-65  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000126046  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1042  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.53 
 
 		 485 aa  248  2e-64  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.90765  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32.84 
 
 		 517 aa  243  3.9999999999999997e-63  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0273  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.07 
 
 		 488 aa  238  3e-61  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.328721 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1940  hydrogen:quinone oxidoreductase  33.13 
 
 		 475 aa  237  4e-61  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1231  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.6 
 
 		 458 aa  232  1e-59  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1071  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.88 
 
 		 470 aa  225  1e-57  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.018808  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1248  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  31.73 
 
 		 488 aa  225  1e-57  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.210122 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1969  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32.83 
 
 		 514 aa  224  3e-57  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.668451  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2055  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.55 
 
 		 566 aa  223  7e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0110  [Ni/Fe] hydrogenase, group 1, large subunit, putative  29.76 
 
 		 526 aa  215  9.999999999999999e-55  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3331  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.93 
 
 		 566 aa  212  1e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0856  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.93 
 
 		 572 aa  212  1e-53  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_120  Ni/Fe hydrogenase, large subunit  29.26 
 
 		 526 aa  211  2e-53  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0258  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.55 
 
 		 526 aa  211  3e-53  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1245  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.56 
 
 		 566 aa  211  3e-53  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.11159 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2320  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  31.42 
 
 		 570 aa  209  1e-52  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0699  hydrogenase 2 large subunit  28.57 
 
 		 567 aa  208  2e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0122  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.3 
 
 		 564 aa  207  4e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.254382  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4091  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.94 
 
 		 568 aa  207  4e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0995107  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2032  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.07 
 
 		 567 aa  206  7e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0709763  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1846  methanophenazine-reducing hydrogenase, large subunit  27.3 
 
 		 591 aa  206  8e-52  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02870  hydrogenase 2, large subunit  28.4 
 
 		 567 aa  206  1e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0702  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.4 
 
 		 567 aa  206  1e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0785  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.3 
 
 		 560 aa  205  1e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.433799  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02819  hypothetical protein  28.4 
 
 		 567 aa  206  1e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.2 
 
 		 567 aa  206  1e-51  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.11146 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3280  hydrogenase 2 large subunit  28.4 
 
 		 567 aa  206  1e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3174  hydrogenase 2 large subunit  28.4 
 
 		 567 aa  206  1e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3463  hydrogenase 2 large subunit  28.4 
 
 		 567 aa  206  1e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4306  hydrogenase 2 large subunit  28.4 
 
 		 567 aa  206  1e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.228665  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3421  hydrogenase 2 large subunit  28.4 
 
 		 567 aa  206  1e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2098  quinone-reactive Ni/Fe hydrogenase, large subunit  28.32 
 
 		 567 aa  205  2e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2135  periplasmic (NiFeSe) hydrogenase, large subunit, selenocysteine-containing  30.52 
 
 		 488 aa  204  2e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2138  periplasmic (NiFe) hydrogenase, large subunit, isozyme 1  31.12 
 
 		 568 aa  205  2e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1907  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.87 
 
 		 567 aa  204  2e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.022032 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0544  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.17 
 
 		 566 aa  204  3e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1821  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.45 
 
 		 567 aa  204  3e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.545248  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2952  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.84 
 
 		 546 aa  204  4e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.437472 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0805  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32.62 
 
 		 465 aa  203  5e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1105  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.2 
 
 		 584 aa  202  9.999999999999999e-51  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2156  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.27 
 
 		 567 aa  202  9.999999999999999e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.352792  normal  0.370314 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1879  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.27 
 
 		 567 aa  202  9.999999999999999e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1678  hydrogenase large chain  27.84 
 
 		 567 aa  202  9.999999999999999e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3404  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.8 
 
 		 573 aa  201  1.9999999999999998e-50  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.37903  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0266  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.96 
 
 		 566 aa  201  1.9999999999999998e-50  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.322067  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3286  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  29.85 
 
 		 585 aa  201  3e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0873  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.79 
 
 		 569 aa  201  3e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2884  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.85 
 
 		 585 aa  201  3e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.308731  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1163  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.24 
 
 		 597 aa  201  3e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.28682  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0973  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.74 
 
 		 572 aa  201  3e-50  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.000120136  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0496  hydrogenase protein large subunit  27.35 
 
 		 596 aa  200  5e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2147  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.35 
 
 		 596 aa  200  5e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0605986  normal  0.266797 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2342  hydrogenase 1 large subunit  28.4 
 
 		 597 aa  199  7e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.514327  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1592  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.17 
 
 		 572 aa  199  7.999999999999999e-50  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.663154  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00976  hydrogenase 1, large subunit  28.81 
 
 		 597 aa  199  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.170036  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2671  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.81 
 
 		 597 aa  199  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00020942  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00983  hypothetical protein  28.81 
 
 		 597 aa  199  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.201249  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1081  hydrogenase 1 large subunit  28.81 
 
 		 597 aa  199  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.674487  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2144  hydrogenase 1 large subunit  28.81 
 
 		 597 aa  199  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.375749  normal  0.757738 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3771  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.15 
 
 		 597 aa  199  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.292608  normal  0.910106 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1088  hydrogenase 1 large subunit  28.81 
 
 		 597 aa  199  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000594285  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>