More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_3886 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014165  Tbis_3224  cytochrome-c3 hydrogenase  58.27 
 
 
535 aa  641    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.851787  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3805  nickel-dependent hydrogenase large subunit  56.93 
 
 
540 aa  647    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.793332 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3886  nickel-dependent hydrogenase large subunit  100 
 
 
531 aa  1115    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.713091 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4595  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  58.91 
 
 
531 aa  628  1e-179  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.63509  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0471  nickel-dependent hydrogenase large subunit  55.89 
 
 
545 aa  627  1e-178  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.980581  normal  0.166741 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1076  hydrogen:quinone oxidoreductase  56.59 
 
 
535 aa  624  1e-177  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.108784  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2366  hydrogen:quinone oxidoreductase  56.96 
 
 
536 aa  624  1e-177  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.201655  normal  0.04307 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3198  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  56.74 
 
 
547 aa  619  1e-176  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1818  nickel-dependent hydrogenase large subunit  54.97 
 
 
531 aa  611  1e-173  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3213  nickel-dependent hydrogenase large subunit  55.7 
 
 
531 aa  607  9.999999999999999e-173  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3865  nickel-dependent hydrogenase large subunit  56.79 
 
 
562 aa  608  9.999999999999999e-173  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2907  nickel-dependent hydrogenase large subunit  55.7 
 
 
531 aa  607  9.999999999999999e-173  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3368  hydrogen:quinone oxidoreductase  55.18 
 
 
534 aa  604  1.0000000000000001e-171  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0702  hydrogenase-2, large subunit  54.58 
 
 
532 aa  598  1e-170  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3763  nickel-dependent hydrogenase large subunit  55.35 
 
 
532 aa  601  1e-170  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0850  Hydrogen:quinone oxidoreductase  54.58 
 
 
532 aa  598  1e-170  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.844824 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0461  uptake hydrogenase large subunit  53.1 
 
 
532 aa  591  1e-167  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0412944  normal  0.0758473 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0923  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  38.25 
 
 
513 aa  363  5.0000000000000005e-99  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1348  nickel-dependent hydrogenase large subunit  35.73 
 
 
509 aa  343  4e-93  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2889  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  35.41 
 
 
505 aa  328  1.0000000000000001e-88  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1153  nickel-dependent hydrogenase large subunit  35.08 
 
 
481 aa  299  7e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.31 
 
 
488 aa  294  2e-78  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3774  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  35.27 
 
 
480 aa  291  3e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.967031 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3095  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  34.82 
 
 
477 aa  286  5e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2806  HupV protein  33.46 
 
 
485 aa  283  4.0000000000000003e-75  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1995  uptake hydrogenase accessory  34.17 
 
 
479 aa  279  8e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0342  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.53 
 
 
485 aa  278  1e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0846503  normal  0.979503 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3378  NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 kDa subunit  34.37 
 
 
474 aa  277  4e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.40537  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1954  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.92 
 
 
485 aa  276  5e-73  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.935689  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2493  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.27 
 
 
484 aa  275  2.0000000000000002e-72  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00408967  normal  0.431982 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4121  hydrogen:quinone oxidoreductase  33.46 
 
 
496 aa  271  2e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1161  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.08 
 
 
481 aa  271  2.9999999999999997e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3960  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.59 
 
 
472 aa  268  2e-70  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2010  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.4 
 
 
482 aa  258  3e-67  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2144  hydrogen:quinone oxidoreductase  34.56 
 
 
475 aa  255  2.0000000000000002e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.883688  normal  0.196706 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0493  hydrogenase large subunit  34.17 
 
 
475 aa  251  2e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1787  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.38 
 
 
481 aa  251  2e-65  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.993845  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2742  Hydrogen:quinone oxidoreductase  30.81 
 
 
518 aa  236  9e-61  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000126046  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1042  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.5 
 
 
485 aa  232  1e-59  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.90765  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.6 
 
 
517 aa  228  3e-58  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1969  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.12 
 
 
514 aa  222  9.999999999999999e-57  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.668451  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1846  methanophenazine-reducing hydrogenase, large subunit  29.88 
 
 
591 aa  219  7e-56  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1400  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.1 
 
 
439 aa  219  7e-56  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.2671  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1245  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.5 
 
 
566 aa  217  4e-55  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.11159 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1231  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.23 
 
 
458 aa  215  1.9999999999999998e-54  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0273  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.08 
 
 
488 aa  213  4.9999999999999996e-54  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.328721 
 
 
-
 
NC_002936  DET0110  [Ni/Fe] hydrogenase, group 1, large subunit, putative  27.71 
 
 
526 aa  211  2e-53  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0258  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.98 
 
 
526 aa  210  7e-53  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1038  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.32 
 
 
558 aa  206  6e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.368471  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2055  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.36 
 
 
566 aa  206  8e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2104  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.42 
 
 
567 aa  204  4e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2320  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.57 
 
 
570 aa  203  6e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2952  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.08 
 
 
546 aa  203  6e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.437472 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_120  Ni/Fe hydrogenase, large subunit  27.29 
 
 
526 aa  203  8e-51  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0873  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.13 
 
 
569 aa  202  9.999999999999999e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2135  periplasmic (NiFeSe) hydrogenase, large subunit, selenocysteine-containing  30.94 
 
 
488 aa  202  1.9999999999999998e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0544  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.64 
 
 
566 aa  201  3e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0122  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.47 
 
 
564 aa  201  3.9999999999999996e-50  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.254382  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0854  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.32 
 
 
572 aa  200  3.9999999999999996e-50  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.255543 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1447  hydrogenase large chain  28.74 
 
 
572 aa  199  1.0000000000000001e-49  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.333249  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3331  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.89 
 
 
566 aa  199  1.0000000000000001e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0266  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.89 
 
 
566 aa  199  1.0000000000000001e-49  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.322067  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.37 
 
 
570 aa  198  2.0000000000000003e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1940  hydrogen:quinone oxidoreductase  29.17 
 
 
475 aa  197  3e-49  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50580  Membrane bound nickel-dependent hydrogenase, large subunit, HoxG  29.25 
 
 
602 aa  197  4.0000000000000005e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.980558  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1071  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.39 
 
 
470 aa  197  6e-49  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.018808  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2156  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.19 
 
 
567 aa  196  7e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.352792  normal  0.370314 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1879  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.19 
 
 
567 aa  196  7e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1840  methanophenazine-reducing hydrogenase, large subunit  26.85 
 
 
596 aa  196  1e-48  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0613857  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1861  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.84 
 
 
572 aa  196  1e-48  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1764  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.84 
 
 
568 aa  196  1e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1821  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.19 
 
 
567 aa  196  1e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.545248  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29 
 
 
567 aa  196  1e-48  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.11146 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12910  Ni,Fe-hydrogenase I large subunit  26.22 
 
 
545 aa  194  4e-48  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.343906  normal  0.388227 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2138  periplasmic (NiFe) hydrogenase, large subunit, isozyme 1  27.97 
 
 
568 aa  193  6e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0785  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.19 
 
 
560 aa  193  8e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.433799  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1435  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.81 
 
 
577 aa  192  2e-47  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.611833  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1678  hydrogenase large chain  29.21 
 
 
567 aa  192  2e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2089  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.77 
 
 
567 aa  191  2.9999999999999997e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2098  quinone-reactive Ni/Fe hydrogenase, large subunit  27.69 
 
 
567 aa  191  4e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0973  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.17 
 
 
572 aa  191  4e-47  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.000120136  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3404  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28 
 
 
573 aa  190  5e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.37903  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0805  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.25 
 
 
465 aa  190  5.999999999999999e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2032  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.18 
 
 
567 aa  189  8e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0709763  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2884  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.9 
 
 
585 aa  189  1e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.308731  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3286  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  27.9 
 
 
585 aa  189  1e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1368  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.43 
 
 
571 aa  189  2e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0766  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.41 
 
 
569 aa  188  2e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3368  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.99 
 
 
570 aa  188  2e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0856  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.8 
 
 
572 aa  188  2e-46  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0165  nickel-iron hydrogenase, large subunit  28.05 
 
 
597 aa  187  3e-46  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0497936  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1163  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.89 
 
 
597 aa  187  3e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.28682  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1105  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.37 
 
 
584 aa  187  4e-46  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3375  hypothetical protein  28.97 
 
 
596 aa  187  5e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.281049  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2174  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.82 
 
 
604 aa  186  9e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0021467  normal  0.160198 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0496  hydrogenase protein large subunit  29.25 
 
 
596 aa  186  1.0000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2147  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.25 
 
 
596 aa  186  1.0000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0605986  normal  0.266797 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3098  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.46 
 
 
597 aa  186  1.0000000000000001e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08540  Ni,Fe-hydrogenase I large subunit  27.19 
 
 
548 aa  184  3e-45  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.481337 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1709  [Ni/Fe] hydrogenase large subunit  28.05 
 
 
600 aa  184  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>