More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msed_0923 on replicon NC_009440
Organism: Metallosphaera sedula DSM 5348



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009440  Msed_0923  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  100 
 
 
513 aa  1060    Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0471  nickel-dependent hydrogenase large subunit  40.98 
 
 
545 aa  380  1e-104  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.980581  normal  0.166741 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3805  nickel-dependent hydrogenase large subunit  40.38 
 
 
540 aa  377  1e-103  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.793332 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1076  hydrogen:quinone oxidoreductase  39.58 
 
 
535 aa  364  3e-99  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.108784  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3224  cytochrome-c3 hydrogenase  38.59 
 
 
535 aa  363  4e-99  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.851787  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3886  nickel-dependent hydrogenase large subunit  38.25 
 
 
531 aa  363  5.0000000000000005e-99  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.713091 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2366  hydrogen:quinone oxidoreductase  40.11 
 
 
536 aa  362  6e-99  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.201655  normal  0.04307 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3213  nickel-dependent hydrogenase large subunit  38.49 
 
 
531 aa  358  9.999999999999999e-98  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2907  nickel-dependent hydrogenase large subunit  38.49 
 
 
531 aa  358  9.999999999999999e-98  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3198  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  36.98 
 
 
547 aa  355  8.999999999999999e-97  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3763  nickel-dependent hydrogenase large subunit  36.91 
 
 
532 aa  355  1e-96  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1818  nickel-dependent hydrogenase large subunit  38.27 
 
 
531 aa  353  2.9999999999999997e-96  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4595  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  38.09 
 
 
531 aa  349  8e-95  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.63509  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3368  hydrogen:quinone oxidoreductase  38.27 
 
 
534 aa  347  3e-94  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0702  hydrogenase-2, large subunit  36.36 
 
 
532 aa  347  4e-94  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0850  Hydrogen:quinone oxidoreductase  36.36 
 
 
532 aa  347  4e-94  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.844824 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0461  uptake hydrogenase large subunit  36.72 
 
 
532 aa  345  1e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0412944  normal  0.0758473 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3865  nickel-dependent hydrogenase large subunit  36.77 
 
 
562 aa  342  1e-92  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1348  nickel-dependent hydrogenase large subunit  36.49 
 
 
509 aa  339  7e-92  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2889  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  36.76 
 
 
505 aa  323  6e-87  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2806  HupV protein  33.4 
 
 
485 aa  268  1e-70  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1954  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.86 
 
 
485 aa  263  6e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.935689  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4121  hydrogen:quinone oxidoreductase  33.46 
 
 
496 aa  257  3e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1995  uptake hydrogenase accessory  33.33 
 
 
479 aa  257  4e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1161  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.8 
 
 
481 aa  254  3e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0342  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.6 
 
 
485 aa  254  4.0000000000000004e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0846503  normal  0.979503 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3774  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  32.73 
 
 
480 aa  252  9.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.967031 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3378  NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 kDa subunit  35.12 
 
 
474 aa  252  1e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.40537  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3095  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  35.05 
 
 
477 aa  246  9.999999999999999e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2010  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.66 
 
 
482 aa  241  2e-62  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1042  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  34.12 
 
 
485 aa  241  2e-62  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.90765  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1153  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32.33 
 
 
481 aa  241  2e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2493  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.47 
 
 
484 aa  241  2.9999999999999997e-62  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00408967  normal  0.431982 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32.53 
 
 
488 aa  239  1e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3960  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.2 
 
 
472 aa  238  2e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1787  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32.87 
 
 
481 aa  230  5e-59  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.993845  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0493  hydrogenase large subunit  34.19 
 
 
475 aa  228  2e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2144  hydrogen:quinone oxidoreductase  34.19 
 
 
475 aa  227  4e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.883688  normal  0.196706 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0973  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.02 
 
 
572 aa  215  9.999999999999999e-55  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.000120136  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1940  hydrogen:quinone oxidoreductase  32.09 
 
 
475 aa  213  9e-54  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0856  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.76 
 
 
572 aa  207  3e-52  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0165  nickel-iron hydrogenase, large subunit  27.97 
 
 
597 aa  205  2e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0497936  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1861  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.74 
 
 
572 aa  205  2e-51  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2147  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.57 
 
 
596 aa  204  4e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0605986  normal  0.266797 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0496  hydrogenase protein large subunit  28.57 
 
 
596 aa  204  4e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3098  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.34 
 
 
597 aa  201  1.9999999999999998e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2028  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.99 
 
 
595 aa  200  6e-50  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2320  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.96 
 
 
570 aa  199  7e-50  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1231  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.62 
 
 
458 aa  199  9e-50  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3404  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.92 
 
 
573 aa  199  1.0000000000000001e-49  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.37903  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1447  hydrogenase large chain  28.71 
 
 
572 aa  199  1.0000000000000001e-49  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.333249  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1163  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.71 
 
 
597 aa  198  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.28682  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0873  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.11 
 
 
569 aa  197  3e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1846  methanophenazine-reducing hydrogenase, large subunit  28.86 
 
 
591 aa  197  5.000000000000001e-49  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1997  uptake hydrogenase large subunit precursor  28.45 
 
 
596 aa  196  6e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1375  Ni-Fe hydrogenase large chain  27.13 
 
 
596 aa  196  8.000000000000001e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0200361  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3375  hypothetical protein  28.19 
 
 
596 aa  196  8.000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.281049  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.19 
 
 
570 aa  196  9e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3771  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.69 
 
 
597 aa  196  1e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.292608  normal  0.910106 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0258  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.84 
 
 
526 aa  194  2e-48  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0122  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.75 
 
 
564 aa  194  4e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.254382  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2742  Hydrogen:quinone oxidoreductase  28.34 
 
 
518 aa  194  4e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000126046  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00347  Ni-Fe hydrogenase large chain  26.91 
 
 
625 aa  194  5e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_120  Ni/Fe hydrogenase, large subunit  29.84 
 
 
526 aa  193  6e-48  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0544  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.56 
 
 
566 aa  193  7e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0854  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.24 
 
 
572 aa  193  8e-48  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.255543 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0337  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.44 
 
 
598 aa  192  9e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0168031  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0110  [Ni/Fe] hydrogenase, group 1, large subunit, putative  30.2 
 
 
526 aa  191  2e-47  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1155  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.38 
 
 
597 aa  192  2e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.295857  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1592  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.15 
 
 
572 aa  189  1e-46  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.663154  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2055  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.3 
 
 
566 aa  187  5e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1821  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.69 
 
 
567 aa  186  6e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.545248  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2174  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.08 
 
 
604 aa  186  7e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0021467  normal  0.160198 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1038  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.08 
 
 
558 aa  186  7e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.368471  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1400  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.6 
 
 
439 aa  186  8e-46  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.2671  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3988  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.88 
 
 
598 aa  186  9e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.68 
 
 
517 aa  186  1.0000000000000001e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2884  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.26 
 
 
585 aa  186  1.0000000000000001e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.308731  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1162  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.45 
 
 
596 aa  186  1.0000000000000001e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.122791  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3286  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  27.26 
 
 
585 aa  186  1.0000000000000001e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1678  hydrogenase large chain  29.02 
 
 
567 aa  186  1.0000000000000001e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50580  Membrane bound nickel-dependent hydrogenase, large subunit, HoxG  28.71 
 
 
602 aa  186  1.0000000000000001e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.980558  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0805  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.87 
 
 
465 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2156  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.52 
 
 
567 aa  185  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.352792  normal  0.370314 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1879  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.52 
 
 
567 aa  185  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1709  [Ni/Fe] hydrogenase large subunit  27.15 
 
 
600 aa  184  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1798  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  27.15 
 
 
600 aa  184  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.570579  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1642  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  27.15 
 
 
600 aa  184  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.251142  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1650  [Ni/Fe] hydrogenase large subunit  27.15 
 
 
600 aa  184  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1633  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  27.15 
 
 
600 aa  184  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3331  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.44 
 
 
566 aa  183  6e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1266  Ni-Fe hydrogenase large chain  26.01 
 
 
583 aa  181  2e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7264  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.6 
 
 
596 aa  182  2e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.340015 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1764  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.79 
 
 
568 aa  181  4e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0836  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.52 
 
 
604 aa  180  4.999999999999999e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3971  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.47 
 
 
570 aa  180  5.999999999999999e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.533836  normal 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0179  uptake hydrogenase large subunit  26.5 
 
 
570 aa  180  7e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3368  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.15 
 
 
570 aa  179  1e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1151  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.29 
 
 
605 aa  179  1e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.238677  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2952  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.3 
 
 
546 aa  179  1e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.437472 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>