More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_3805 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011831  Cagg_0471  nickel-dependent hydrogenase large subunit  74.1 
 
 		 545 aa  836    Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.980581  normal  0.166741 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3805  nickel-dependent hydrogenase large subunit  100 
 
 		 540 aa  1116    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.793332 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1076  hydrogen:quinone oxidoreductase  71.75 
 
 		 535 aa  786    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.108784  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3886  nickel-dependent hydrogenase large subunit  56.93 
 
 		 531 aa  647    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.713091 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3224  cytochrome-c3 hydrogenase  72.92 
 
 		 535 aa  813    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.851787  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2366  hydrogen:quinone oxidoreductase  70 
 
 		 536 aa  774    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.201655  normal  0.04307 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1818  nickel-dependent hydrogenase large subunit  57.28 
 
 		 531 aa  619  1e-176  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4595  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  57.09 
 
 		 531 aa  613  9.999999999999999e-175  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.63509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0461  uptake hydrogenase large subunit  55.27 
 
 		 532 aa  608  1e-173  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0412944  normal  0.0758473 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3213  nickel-dependent hydrogenase large subunit  55.95 
 
 		 531 aa  610  1e-173  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3763  nickel-dependent hydrogenase large subunit  56.22 
 
 		 532 aa  609  1e-173  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3198  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  55.87 
 
 		 547 aa  609  1e-173  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3368  hydrogen:quinone oxidoreductase  55.78 
 
 		 534 aa  608  1e-173  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2907  nickel-dependent hydrogenase large subunit  55.95 
 
 		 531 aa  610  1e-173  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3865  nickel-dependent hydrogenase large subunit  56.9 
 
 		 562 aa  603  1.0000000000000001e-171  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0702  hydrogenase-2, large subunit  52.91 
 
 		 532 aa  585  1e-166  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0850  Hydrogen:quinone oxidoreductase  52.91 
 
 		 532 aa  585  1e-166  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.844824 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0923  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  40.38 
 
 		 513 aa  377  1e-103  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1348  nickel-dependent hydrogenase large subunit  37.66 
 
 		 509 aa  341  2e-92  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2889  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  36.26 
 
 		 505 aa  303  5.000000000000001e-81  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  35.55 
 
 		 488 aa  297  4e-79  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0342  nickel-dependent hydrogenase large subunit  36.22 
 
 		 485 aa  296  7e-79  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0846503  normal  0.979503 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4121  hydrogen:quinone oxidoreductase  35.88 
 
 		 496 aa  286  1.0000000000000001e-75  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2806  HupV protein  35.32 
 
 		 485 aa  283  4.0000000000000003e-75  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2493  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.92 
 
 		 484 aa  277  3e-73  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00408967  normal  0.431982 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3960  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  34.31 
 
 		 472 aa  275  1.0000000000000001e-72  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2010  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  34.12 
 
 		 482 aa  275  1.0000000000000001e-72  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3378  NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 kDa subunit  36.33 
 
 		 474 aa  274  2.0000000000000002e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.40537  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1153  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.89 
 
 		 481 aa  273  6e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1954  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  35.27 
 
 		 485 aa  273  8.000000000000001e-72  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.935689  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1787  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.21 
 
 		 481 aa  269  1e-70  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.993845  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3095  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  35.55 
 
 		 477 aa  268  1e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3774  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  34.31 
 
 		 480 aa  266  7e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.967031 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1995  uptake hydrogenase accessory  34.24 
 
 		 479 aa  262  1e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1161  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  34.44 
 
 		 481 aa  258  1e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2144  hydrogen:quinone oxidoreductase  35.99 
 
 		 475 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.883688  normal  0.196706 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0493  hydrogenase large subunit  35.6 
 
 		 475 aa  253  9.000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1042  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  34.44 
 
 		 485 aa  248  1e-64  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.90765  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0110  [Ni/Fe] hydrogenase, group 1, large subunit, putative  30.24 
 
 		 526 aa  239  1e-61  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0258  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.44 
 
 		 526 aa  236  7e-61  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2742  Hydrogen:quinone oxidoreductase  31.4 
 
 		 518 aa  236  8e-61  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000126046  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_120  Ni/Fe hydrogenase, large subunit  29.9 
 
 		 526 aa  228  2e-58  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.69 
 
 		 517 aa  228  2e-58  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1231  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32.88 
 
 		 458 aa  223  7e-57  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1969  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.93 
 
 		 514 aa  217  4e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.668451  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2952  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.72 
 
 		 546 aa  215  9.999999999999999e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.437472 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1846  methanophenazine-reducing hydrogenase, large subunit  29.85 
 
 		 591 aa  208  2e-52  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12910  Ni,Fe-hydrogenase I large subunit  28.5 
 
 		 545 aa  208  2e-52  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.343906  normal  0.388227 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0266  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.84 
 
 		 566 aa  208  3e-52  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.322067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.67 
 
 		 570 aa  207  4e-52  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1245  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.16 
 
 		 566 aa  207  5e-52  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.11159 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1940  hydrogen:quinone oxidoreductase  30.34 
 
 		 475 aa  205  2e-51  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3136  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.4 
 
 		 559 aa  204  4e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2320  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.17 
 
 		 570 aa  204  4e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1126  Cytochrome-c3 hydrogenase  29.4 
 
 		 559 aa  203  6e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2138  periplasmic (NiFe) hydrogenase, large subunit, isozyme 1  27.96 
 
 		 568 aa  202  9e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0766  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.06 
 
 		 569 aa  202  9e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0785  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.73 
 
 		 560 aa  202  9.999999999999999e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.433799  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1946  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.34 
 
 		 560 aa  201  1.9999999999999998e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0873  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.78 
 
 		 569 aa  201  1.9999999999999998e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1840  methanophenazine-reducing hydrogenase, large subunit  29.92 
 
 		 596 aa  199  9e-50  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0613857  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1071  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.7 
 
 		 470 aa  199  1.0000000000000001e-49  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.018808  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1400  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.75 
 
 		 439 aa  198  2.0000000000000003e-49  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.2671  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0544  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.19 
 
 		 566 aa  198  2.0000000000000003e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0273  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.79 
 
 		 488 aa  198  3e-49  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.328721 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.91 
 
 		 567 aa  196  1e-48  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.11146 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1038  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.03 
 
 		 558 aa  194  3e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.368471  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1733  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.8 
 
 		 549 aa  193  7e-48  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0122  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.31 
 
 		 564 aa  193  8e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.254382  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08540  Ni,Fe-hydrogenase I large subunit  26.71 
 
 		 548 aa  192  1e-47  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.481337 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.55 
 
 		 559 aa  191  2e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2135  periplasmic (NiFeSe) hydrogenase, large subunit, selenocysteine-containing  30.64 
 
 		 488 aa  190  5e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2055  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.92 
 
 		 566 aa  190  5e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1276  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.48 
 
 		 554 aa  189  1e-46  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.438048  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3520  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.81 
 
 		 567 aa  189  2e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3331  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.52 
 
 		 566 aa  187  3e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3756  periplasmic (NiFe) hydrogenase, large subunit, isozyme 2  26.24 
 
 		 554 aa  187  3e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4240  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.97 
 
 		 563 aa  187  3e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4091  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.74 
 
 		 568 aa  186  7e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0995107  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1907  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.14 
 
 		 567 aa  186  9e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.022032 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1248  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.38 
 
 		 488 aa  185  2.0000000000000003e-45  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.210122 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0854  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.41 
 
 		 572 aa  184  4.0000000000000006e-45  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.255543 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1435  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.11 
 
 		 577 aa  184  4.0000000000000006e-45  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.611833  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0862  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase large chain  26.47 
 
 		 573 aa  183  7e-45  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1105  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.52 
 
 		 584 aa  181  2e-44  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0699  hydrogenase 2 large subunit  28.82 
 
 		 567 aa  181  2e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02870  hydrogenase 2, large subunit  28.82 
 
 		 567 aa  181  4e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0702  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.82 
 
 		 567 aa  181  4e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3421  hydrogenase 2 large subunit  28.82 
 
 		 567 aa  181  4e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4306  hydrogenase 2 large subunit  28.82 
 
 		 567 aa  181  4e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.228665  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3463  hydrogenase 2 large subunit  28.82 
 
 		 567 aa  181  4e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3174  hydrogenase 2 large subunit  28.82 
 
 		 567 aa  181  4e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02819  hypothetical protein  28.82 
 
 		 567 aa  181  4e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3280  hydrogenase 2 large subunit  28.82 
 
 		 567 aa  181  4e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2037  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.8 
 
 		 568 aa  180  4.999999999999999e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0523  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.66 
 
 		 578 aa  180  7e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3286  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  28.83 
 
 		 585 aa  179  9e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2884  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.83 
 
 		 585 aa  179  9e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.308731  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0165  nickel-iron hydrogenase, large subunit  28.37 
 
 		 597 aa  178  2e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0497936  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2104  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.93 
 
 		 567 aa  178  2e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>