297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_0850 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013161  Cyan8802_2907  nickel-dependent hydrogenase large subunit  69.43 
 
 
531 aa  818    Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4595  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  71.08 
 
 
531 aa  830    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.63509  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3763  nickel-dependent hydrogenase large subunit  74.67 
 
 
532 aa  855    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3213  nickel-dependent hydrogenase large subunit  69.43 
 
 
531 aa  818    Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0702  hydrogenase-2, large subunit  100 
 
 
532 aa  1115    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0461  uptake hydrogenase large subunit  73.55 
 
 
532 aa  843    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0412944  normal  0.0758473 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1818  nickel-dependent hydrogenase large subunit  71.21 
 
 
531 aa  829    Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0850  Hydrogen:quinone oxidoreductase  100 
 
 
532 aa  1115    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.844824 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3198  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  72.83 
 
 
547 aa  839    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3865  nickel-dependent hydrogenase large subunit  70.32 
 
 
562 aa  821    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3368  hydrogen:quinone oxidoreductase  70.17 
 
 
534 aa  830    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3886  nickel-dependent hydrogenase large subunit  54.58 
 
 
531 aa  598  1e-170  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.713091 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0471  nickel-dependent hydrogenase large subunit  54.92 
 
 
545 aa  596  1e-169  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.980581  normal  0.166741 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3805  nickel-dependent hydrogenase large subunit  52.91 
 
 
540 aa  585  1e-166  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.793332 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3224  cytochrome-c3 hydrogenase  52.17 
 
 
535 aa  583  1.0000000000000001e-165  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.851787  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1076  hydrogen:quinone oxidoreductase  51.79 
 
 
535 aa  561  1.0000000000000001e-159  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.108784  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2366  hydrogen:quinone oxidoreductase  52.46 
 
 
536 aa  560  1e-158  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.201655  normal  0.04307 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0923  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  36.36 
 
 
513 aa  347  4e-94  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1348  nickel-dependent hydrogenase large subunit  36.15 
 
 
509 aa  326  6e-88  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2889  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.2 
 
 
505 aa  292  8e-78  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2806  HupV protein  33.92 
 
 
485 aa  281  2e-74  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2010  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  34.45 
 
 
482 aa  273  4.0000000000000004e-72  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1954  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.2 
 
 
485 aa  270  5e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.935689  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3774  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.46 
 
 
480 aa  266  8e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.967031 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1153  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.53 
 
 
481 aa  265  2e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4121  hydrogen:quinone oxidoreductase  32.7 
 
 
496 aa  262  1e-68  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.92 
 
 
488 aa  259  8e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3095  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  34.11 
 
 
477 aa  258  1e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3378  NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 kDa subunit  35.09 
 
 
474 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.40537  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2493  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  31.43 
 
 
484 aa  253  6e-66  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00408967  normal  0.431982 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0342  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32.57 
 
 
485 aa  246  6e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0846503  normal  0.979503 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1995  uptake hydrogenase accessory  32.75 
 
 
479 aa  245  1.9999999999999999e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2144  hydrogen:quinone oxidoreductase  33.46 
 
 
475 aa  240  5e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.883688  normal  0.196706 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0493  hydrogenase large subunit  32.95 
 
 
475 aa  236  9e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3960  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  32.94 
 
 
472 aa  234  3e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1161  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  31.76 
 
 
481 aa  233  5e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1787  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30 
 
 
481 aa  231  4e-59  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.993845  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1042  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.8 
 
 
485 aa  230  6e-59  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.90765  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2742  Hydrogen:quinone oxidoreductase  28.45 
 
 
518 aa  218  2.9999999999999998e-55  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000126046  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.55 
 
 
517 aa  213  9e-54  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0110  [Ni/Fe] hydrogenase, group 1, large subunit, putative  29.02 
 
 
526 aa  209  8e-53  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1231  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.53 
 
 
458 aa  209  9e-53  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0258  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.6 
 
 
526 aa  209  1e-52  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_120  Ni/Fe hydrogenase, large subunit  28.77 
 
 
526 aa  207  5e-52  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1969  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.23 
 
 
514 aa  205  2e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.668451  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0273  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.62 
 
 
488 aa  204  3e-51  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.328721 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1940  hydrogen:quinone oxidoreductase  30.11 
 
 
475 aa  201  1.9999999999999998e-50  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2952  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.67 
 
 
546 aa  192  1e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.437472 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1400  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.06 
 
 
439 aa  191  4e-47  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.2671  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2055  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.63 
 
 
566 aa  190  5.999999999999999e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1245  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.41 
 
 
566 aa  189  2e-46  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.11159 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1846  methanophenazine-reducing hydrogenase, large subunit  27.87 
 
 
591 aa  186  1.0000000000000001e-45  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08540  Ni,Fe-hydrogenase I large subunit  25.73 
 
 
548 aa  184  2.0000000000000003e-45  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.481337 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2320  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.26 
 
 
570 aa  184  3e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2138  periplasmic (NiFe) hydrogenase, large subunit, isozyme 1  25.3 
 
 
568 aa  184  3e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12910  Ni,Fe-hydrogenase I large subunit  25.43 
 
 
545 aa  184  5.0000000000000004e-45  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.343906  normal  0.388227 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.58 
 
 
570 aa  181  2.9999999999999997e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1248  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.11 
 
 
488 aa  181  2.9999999999999997e-44  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.210122 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0266  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.05 
 
 
566 aa  181  4e-44  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.322067  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2135  periplasmic (NiFeSe) hydrogenase, large subunit, selenocysteine-containing  29.34 
 
 
488 aa  178  2e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1678  hydrogenase large chain  25.49 
 
 
567 aa  178  2e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1038  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.85 
 
 
558 aa  177  3e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.368471  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0856  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.9 
 
 
572 aa  176  7e-43  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1764  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.3 
 
 
568 aa  176  9e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0973  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  24.46 
 
 
572 aa  176  9.999999999999999e-43  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.000120136  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.89 
 
 
567 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.11146 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1163  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.99 
 
 
597 aa  175  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.28682  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3329  hydrogenase 2 large subunit  26.86 
 
 
567 aa  174  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3394  hydrogenase 2 large subunit  26.86 
 
 
567 aa  174  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.571998 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3400  hydrogenase 2 large subunit  26.86 
 
 
567 aa  174  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3320  hydrogenase 2 large subunit  26.86 
 
 
567 aa  174  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.118706  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3495  hydrogenase 2 large subunit  26.86 
 
 
567 aa  174  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.233634  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1861  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.63 
 
 
572 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2156  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.33 
 
 
567 aa  174  3.9999999999999995e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.352792  normal  0.370314 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1879  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.33 
 
 
567 aa  174  3.9999999999999995e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0165  nickel-iron hydrogenase, large subunit  26.59 
 
 
597 aa  174  5e-42  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0497936  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0699  hydrogenase 2 large subunit  26.66 
 
 
567 aa  173  5.999999999999999e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02870  hydrogenase 2, large subunit  26.66 
 
 
567 aa  173  6.999999999999999e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0702  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.66 
 
 
567 aa  173  6.999999999999999e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3174  hydrogenase 2 large subunit  26.66 
 
 
567 aa  173  6.999999999999999e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3421  hydrogenase 2 large subunit  26.66 
 
 
567 aa  173  6.999999999999999e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02819  hypothetical protein  26.66 
 
 
567 aa  173  6.999999999999999e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3463  hydrogenase 2 large subunit  26.66 
 
 
567 aa  173  6.999999999999999e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3280  hydrogenase 2 large subunit  26.66 
 
 
567 aa  173  6.999999999999999e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4306  hydrogenase 2 large subunit  26.66 
 
 
567 aa  173  6.999999999999999e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.228665  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1907  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.08 
 
 
567 aa  173  7.999999999999999e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.022032 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3098  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.07 
 
 
597 aa  172  1e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0785  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.54 
 
 
560 aa  171  2e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.433799  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2032  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.33 
 
 
567 aa  172  2e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0709763  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1447  hydrogenase large chain  26.38 
 
 
572 aa  172  2e-41  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.333249  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1821  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.94 
 
 
567 aa  172  2e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.545248  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3771  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.8 
 
 
597 aa  171  3e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.292608  normal  0.910106 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.76 
 
 
559 aa  171  4e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2104  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.5 
 
 
567 aa  170  5e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0496  hydrogenase protein large subunit  25.54 
 
 
596 aa  170  6e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2147  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.54 
 
 
596 aa  170  6e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0605986  normal  0.266797 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3988  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.68 
 
 
598 aa  169  8e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2098  quinone-reactive Ni/Fe hydrogenase, large subunit  24.84 
 
 
567 aa  169  1e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0854  nickel-dependent hydrogenase large subunit  24.51 
 
 
572 aa  169  1e-40  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.255543 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2089  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  24.84 
 
 
567 aa  169  2e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>