More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3095 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009049  Rsph17029_2144  hydrogen:quinone oxidoreductase  72.69 
 
 		 475 aa  649    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.883688  normal  0.196706 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0493  hydrogenase large subunit  73.11 
 
 		 475 aa  652    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3095  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  100 
 
 		 477 aa  957    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3378  NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 kDa subunit  72.15 
 
 		 474 aa  656    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.40537  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1954  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  53.51 
 
 		 485 aa  505  9.999999999999999e-143  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.935689  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0342  nickel-dependent hydrogenase large subunit  56.46 
 
 		 485 aa  497  1e-139  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0846503  normal  0.979503 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  54.87 
 
 		 488 aa  494  9.999999999999999e-139  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2806  HupV protein  52.27 
 
 		 485 aa  479  1e-134  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3774  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  53.03 
 
 		 480 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.967031 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4121  hydrogen:quinone oxidoreductase  52.73 
 
 		 496 aa  462  1e-129  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2010  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  53.83 
 
 		 482 aa  462  1e-129  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3960  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  54.18 
 
 		 472 aa  460  9.999999999999999e-129  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2493  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  52.81 
 
 		 484 aa  457  1e-127  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00408967  normal  0.431982 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1995  uptake hydrogenase accessory  52.09 
 
 		 479 aa  450  1e-125  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1153  nickel-dependent hydrogenase large subunit  51.15 
 
 		 481 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1161  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  50.31 
 
 		 481 aa  425  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2889  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  37.7 
 
 		 505 aa  305  1.0000000000000001e-81  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1348  nickel-dependent hydrogenase large subunit  36.4 
 
 		 509 aa  296  6e-79  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3886  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.82 
 
 		 531 aa  294  2e-78  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.713091 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3368  hydrogen:quinone oxidoreductase  35.6 
 
 		 534 aa  277  3e-73  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3805  nickel-dependent hydrogenase large subunit  35.55 
 
 		 540 aa  277  4e-73  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.793332 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3198  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  34.63 
 
 		 547 aa  276  5e-73  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2907  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.8 
 
 		 531 aa  272  1e-71  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3213  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.8 
 
 		 531 aa  272  1e-71  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3224  cytochrome-c3 hydrogenase  33.97 
 
 		 535 aa  271  2.9999999999999997e-71  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.851787  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0850  Hydrogen:quinone oxidoreductase  34.69 
 
 		 532 aa  267  2.9999999999999995e-70  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.844824 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0702  hydrogenase-2, large subunit  34.69 
 
 		 532 aa  267  2.9999999999999995e-70  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4595  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  34.17 
 
 		 531 aa  267  4e-70  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.63509  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3763  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.5 
 
 		 532 aa  265  1e-69  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0471  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.31 
 
 		 545 aa  263  4e-69  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.980581  normal  0.166741 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3865  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.24 
 
 		 562 aa  262  8e-69  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1818  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.17 
 
 		 531 aa  262  1e-68  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1076  hydrogen:quinone oxidoreductase  35.33 
 
 		 535 aa  261  2e-68  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.108784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0461  uptake hydrogenase large subunit  34.62 
 
 		 532 aa  260  4e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0412944  normal  0.0758473 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2366  hydrogen:quinone oxidoreductase  33.59 
 
 		 536 aa  260  4e-68  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.201655  normal  0.04307 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0923  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  35.05 
 
 		 513 aa  259  6e-68  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1787  nickel-dependent hydrogenase large subunit  35.17 
 
 		 481 aa  241  2e-62  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.993845  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1071  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.89 
 
 		 470 aa  225  1e-57  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.018808  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1940  hydrogen:quinone oxidoreductase  32.85 
 
 		 475 aa  224  2e-57  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0110  [Ni/Fe] hydrogenase, group 1, large subunit, putative  30.31 
 
 		 526 aa  218  1e-55  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.56 
 
 		 517 aa  216  5.9999999999999996e-55  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1042  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  32.93 
 
 		 485 aa  215  1.9999999999999998e-54  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.90765  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0258  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.3 
 
 		 526 aa  213  5.999999999999999e-54  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0805  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.12 
 
 		 465 aa  213  7e-54  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1231  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.06 
 
 		 458 aa  212  1e-53  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_120  Ni/Fe hydrogenase, large subunit  29.49 
 
 		 526 aa  211  2e-53  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2742  Hydrogen:quinone oxidoreductase  29.79 
 
 		 518 aa  206  8e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000126046  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0718  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.4 
 
 		 549 aa  202  1.9999999999999998e-50  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.338951 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1733  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.36 
 
 		 549 aa  197  2.0000000000000003e-49  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0873  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.92 
 
 		 569 aa  194  4e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2055  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.82 
 
 		 566 aa  191  2e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1840  methanophenazine-reducing hydrogenase, large subunit  29.5 
 
 		 596 aa  190  5e-47  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0613857  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1969  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.43 
 
 		 514 aa  189  1e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.668451  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0273  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.78 
 
 		 488 aa  187  3e-46  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.328721 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.7 
 
 		 567 aa  184  3e-45  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.11146 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1846  methanophenazine-reducing hydrogenase, large subunit  27.26 
 
 		 591 aa  184  4.0000000000000006e-45  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2952  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.2 
 
 		 546 aa  182  9.000000000000001e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.437472 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.8 
 
 		 570 aa  182  9.000000000000001e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0854  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.35 
 
 		 572 aa  182  1e-44  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.255543 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2320  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.85 
 
 		 570 aa  181  2.9999999999999997e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1248  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.74 
 
 		 488 aa  180  4.999999999999999e-44  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.210122 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3404  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.92 
 
 		 573 aa  180  5.999999999999999e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.37903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2135  periplasmic (NiFeSe) hydrogenase, large subunit, selenocysteine-containing  28.26 
 
 		 488 aa  178  2e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1678  hydrogenase large chain  27.57 
 
 		 567 aa  177  3e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0856  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.35 
 
 		 572 aa  172  1e-41  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0179  uptake hydrogenase large subunit  29.26 
 
 		 570 aa  171  2e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0973  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.09 
 
 		 572 aa  170  4e-41  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.000120136  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1764  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.65 
 
 		 568 aa  170  6e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2156  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.1 
 
 		 567 aa  169  8e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.352792  normal  0.370314 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1879  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.1 
 
 		 567 aa  169  8e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1821  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.49 
 
 		 567 aa  169  9e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.545248  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0544  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.17 
 
 		 566 aa  169  1e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2098  quinone-reactive Ni/Fe hydrogenase, large subunit  26.35 
 
 		 567 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2089  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.78 
 
 		 567 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2104  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.71 
 
 		 567 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2138  periplasmic (NiFe) hydrogenase, large subunit, isozyme 1  30.44 
 
 		 568 aa  167  4e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1592  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.22 
 
 		 572 aa  167  4e-40  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.663154  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0785  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.65 
 
 		 560 aa  167  5e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.433799  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1888  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.97 
 
 		 567 aa  167  5e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.261784  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1946  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.33 
 
 		 560 aa  167  5e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2037  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.13 
 
 		 568 aa  166  9e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1907  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.89 
 
 		 567 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.022032 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4091  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.31 
 
 		 568 aa  165  2.0000000000000002e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0995107  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03860  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.87 
 
 		 470 aa  165  2.0000000000000002e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2405  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.97 
 
 		 567 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.286384  hitchhiker  0.000502851 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1921  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.97 
 
 		 567 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2032  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.77 
 
 		 567 aa  164  3e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0709763  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1914  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.97 
 
 		 567 aa  164  3e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.392356  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1400  nickel-dependent hydrogenase large subunit  24.1 
 
 		 439 aa  162  9e-39  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.2671  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0699  hydrogenase 2 large subunit  25.87 
 
 		 567 aa  162  1e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3136  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.02 
 
 		 559 aa  162  1e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2503  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.1 
 
 		 567 aa  162  2e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.153272 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0702  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.87 
 
 		 567 aa  161  3e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3174  hydrogenase 2 large subunit  25.87 
 
 		 567 aa  161  3e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1126  Cytochrome-c3 hydrogenase  25.75 
 
 		 559 aa  161  3e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3463  hydrogenase 2 large subunit  25.87 
 
 		 567 aa  161  3e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3280  hydrogenase 2 large subunit  25.87 
 
 		 567 aa  161  3e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02819  hypothetical protein  25.87 
 
 		 567 aa  161  3e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0939  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase large chain  26.47 
 
 		 573 aa  160  3e-38  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0992433  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3495  hydrogenase 2 large subunit  25.52 
 
 		 567 aa  160  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.233634  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>