More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbis_3224 on replicon NC_014165
Organism: Thermobispora bispora DSM 43833



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009767  Rcas_3805  nickel-dependent hydrogenase large subunit  72.92 
 
 
540 aa  813    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.793332 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3224  cytochrome-c3 hydrogenase  100 
 
 
535 aa  1109    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.851787  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1076  hydrogen:quinone oxidoreductase  79.14 
 
 
535 aa  886    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.108784  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3886  nickel-dependent hydrogenase large subunit  58.27 
 
 
531 aa  641    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.713091 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0471  nickel-dependent hydrogenase large subunit  76.28 
 
 
545 aa  862    Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.980581  normal  0.166741 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2366  hydrogen:quinone oxidoreductase  83.71 
 
 
536 aa  935    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.201655  normal  0.04307 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1818  nickel-dependent hydrogenase large subunit  56.34 
 
 
531 aa  611  1e-173  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3198  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  54.99 
 
 
547 aa  602  1.0000000000000001e-171  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0461  uptake hydrogenase large subunit  55.18 
 
 
532 aa  603  1.0000000000000001e-171  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0412944  normal  0.0758473 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4595  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  56.1 
 
 
531 aa  601  1e-170  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.63509  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3213  nickel-dependent hydrogenase large subunit  54.6 
 
 
531 aa  601  1e-170  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2907  nickel-dependent hydrogenase large subunit  54.6 
 
 
531 aa  601  1e-170  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3763  nickel-dependent hydrogenase large subunit  55.18 
 
 
532 aa  595  1e-169  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3865  nickel-dependent hydrogenase large subunit  55.91 
 
 
562 aa  588  1e-167  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3368  hydrogen:quinone oxidoreductase  54.51 
 
 
534 aa  588  1e-167  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0702  hydrogenase-2, large subunit  52.17 
 
 
532 aa  583  1.0000000000000001e-165  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0850  Hydrogen:quinone oxidoreductase  52.17 
 
 
532 aa  583  1.0000000000000001e-165  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.844824 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0923  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  38.59 
 
 
513 aa  363  4e-99  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1348  nickel-dependent hydrogenase large subunit  38.2 
 
 
509 aa  354  2e-96  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2889  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  37.18 
 
 
505 aa  323  4e-87  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  35.48 
 
 
488 aa  291  2e-77  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4121  hydrogen:quinone oxidoreductase  36.81 
 
 
496 aa  286  9e-76  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1954  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  35.08 
 
 
485 aa  285  1.0000000000000001e-75  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.935689  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2806  HupV protein  35.48 
 
 
485 aa  285  1.0000000000000001e-75  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3378  NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 kDa subunit  35.27 
 
 
474 aa  279  1e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.40537  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0342  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.89 
 
 
485 aa  276  8e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0846503  normal  0.979503 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1153  nickel-dependent hydrogenase large subunit  35.6 
 
 
481 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2010  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.59 
 
 
482 aa  272  1e-71  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1042  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  34.82 
 
 
485 aa  270  4e-71  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.90765  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1787  nickel-dependent hydrogenase large subunit  35.17 
 
 
481 aa  265  1e-69  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.993845  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2493  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  32.49 
 
 
484 aa  264  2e-69  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00408967  normal  0.431982 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3774  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  34.24 
 
 
480 aa  264  3e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.967031 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3095  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.97 
 
 
477 aa  262  8.999999999999999e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3960  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.07 
 
 
472 aa  259  1e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1161  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  35.02 
 
 
481 aa  257  5e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2144  hydrogen:quinone oxidoreductase  34.7 
 
 
475 aa  251  3e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.883688  normal  0.196706 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1995  uptake hydrogenase accessory  32.75 
 
 
479 aa  250  5e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0493  hydrogenase large subunit  34.11 
 
 
475 aa  246  9.999999999999999e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1231  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.59 
 
 
458 aa  237  3e-61  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2742  Hydrogen:quinone oxidoreductase  30.24 
 
 
518 aa  236  1.0000000000000001e-60  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000126046  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.03 
 
 
570 aa  224  3e-57  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0110  [Ni/Fe] hydrogenase, group 1, large subunit, putative  28.45 
 
 
526 aa  224  4e-57  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.27 
 
 
517 aa  223  4.9999999999999996e-57  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2952  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.47 
 
 
546 aa  223  8e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.437472 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2320  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.59 
 
 
570 aa  223  9e-57  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1969  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32.18 
 
 
514 aa  220  5e-56  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.668451  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0122  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.38 
 
 
564 aa  219  1e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.254382  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1946  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.86 
 
 
560 aa  218  2e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0785  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.92 
 
 
560 aa  217  5e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.433799  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.05 
 
 
567 aa  216  5.9999999999999996e-55  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.11146 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1245  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.62 
 
 
566 aa  216  7e-55  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.11159 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_120  Ni/Fe hydrogenase, large subunit  27.62 
 
 
526 aa  216  9e-55  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1940  hydrogen:quinone oxidoreductase  30.54 
 
 
475 aa  216  9e-55  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0258  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.47 
 
 
526 aa  215  1.9999999999999998e-54  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1846  methanophenazine-reducing hydrogenase, large subunit  29.36 
 
 
591 aa  214  3.9999999999999995e-54  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3331  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.85 
 
 
566 aa  212  1e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2138  periplasmic (NiFe) hydrogenase, large subunit, isozyme 1  28.86 
 
 
568 aa  212  1e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0266  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.69 
 
 
566 aa  213  1e-53  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.322067  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2055  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.3 
 
 
566 aa  211  2e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1840  methanophenazine-reducing hydrogenase, large subunit  28.62 
 
 
596 aa  211  3e-53  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0613857  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0873  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.02 
 
 
569 aa  211  3e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3136  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.25 
 
 
559 aa  210  4e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1126  Cytochrome-c3 hydrogenase  29.15 
 
 
559 aa  210  5e-53  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0273  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.67 
 
 
488 aa  210  6e-53  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.328721 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1447  hydrogenase large chain  28.62 
 
 
572 aa  209  9e-53  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.333249  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0854  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.2 
 
 
572 aa  208  2e-52  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.255543 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.52 
 
 
559 aa  209  2e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0856  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.28 
 
 
572 aa  207  3e-52  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0973  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.49 
 
 
572 aa  207  5e-52  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.000120136  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1038  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.74 
 
 
558 aa  206  7e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.368471  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08540  Ni,Fe-hydrogenase I large subunit  29.4 
 
 
548 aa  206  1e-51  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.481337 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1861  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.09 
 
 
572 aa  205  2e-51  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0544  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.57 
 
 
566 aa  205  2e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1400  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.83 
 
 
439 aa  204  3e-51  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.2671  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12910  Ni,Fe-hydrogenase I large subunit  28.7 
 
 
545 aa  203  7e-51  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.343906  normal  0.388227 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1907  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.34 
 
 
567 aa  197  4.0000000000000005e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.022032 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1248  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.32 
 
 
488 aa  197  6e-49  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.210122 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2135  periplasmic (NiFeSe) hydrogenase, large subunit, selenocysteine-containing  31.92 
 
 
488 aa  196  7e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2104  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.22 
 
 
567 aa  196  7e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0165  nickel-iron hydrogenase, large subunit  29.34 
 
 
597 aa  196  9e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0497936  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1435  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.24 
 
 
577 aa  195  2e-48  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.611833  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2884  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.23 
 
 
585 aa  191  2e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.308731  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4240  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.82 
 
 
563 aa  191  2e-47  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3286  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  29.23 
 
 
585 aa  191  2e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3520  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.76 
 
 
567 aa  191  2e-47  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1764  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.18 
 
 
568 aa  191  2.9999999999999997e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1071  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.32 
 
 
470 aa  191  4e-47  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.018808  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2089  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.51 
 
 
567 aa  190  4e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3098  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.67 
 
 
597 aa  190  5e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1709  [Ni/Fe] hydrogenase large subunit  29.57 
 
 
600 aa  189  8e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1650  [Ni/Fe] hydrogenase large subunit  29.57 
 
 
600 aa  189  8e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1642  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  29.57 
 
 
600 aa  189  8e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.251142  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1798  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  29.57 
 
 
600 aa  189  8e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.570579  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1678  hydrogenase large chain  27.17 
 
 
567 aa  189  8e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50580  Membrane bound nickel-dependent hydrogenase, large subunit, HoxG  29.53 
 
 
602 aa  189  9e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.980558  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2156  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.68 
 
 
567 aa  189  9e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.352792  normal  0.370314 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1879  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.68 
 
 
567 aa  189  9e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1633  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  29.57 
 
 
600 aa  189  9e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1821  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.68 
 
 
567 aa  189  1e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.545248  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1733  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.51 
 
 
549 aa  188  2e-46  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>