More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mbar_A1840 on replicon NC_007355
Organism: Methanosarcina barkeri str. Fusaro



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007355  Mbar_A1840  methanophenazine-reducing hydrogenase, large subunit  100 
 
 
596 aa  1233    Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0613857  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1846  methanophenazine-reducing hydrogenase, large subunit  58.79 
 
 
591 aa  725    Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0258  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  32.84 
 
 
526 aa  271  2.9999999999999997e-71  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1787  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32.14 
 
 
481 aa  244  3.9999999999999997e-63  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.993845  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2742  Hydrogen:quinone oxidoreductase  32.07 
 
 
518 aa  243  7e-63  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000126046  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.86 
 
 
517 aa  233  6e-60  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1042  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  31.86 
 
 
485 aa  233  1e-59  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.90765  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0544  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.46 
 
 
566 aa  225  2e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1231  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.43 
 
 
458 aa  223  6e-57  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1969  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.6 
 
 
514 aa  223  9e-57  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.668451  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2806  HupV protein  28.62 
 
 
485 aa  216  9.999999999999999e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2366  hydrogen:quinone oxidoreductase  30.23 
 
 
536 aa  215  1.9999999999999998e-54  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.201655  normal  0.04307 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3331  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  31.13 
 
 
566 aa  214  2.9999999999999995e-54  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2055  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.48 
 
 
566 aa  213  7.999999999999999e-54  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0122  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.68 
 
 
564 aa  211  3e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.254382  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3224  cytochrome-c3 hydrogenase  28.62 
 
 
535 aa  211  3e-53  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.851787  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1245  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.62 
 
 
566 aa  211  5e-53  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.11159 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.84 
 
 
488 aa  210  6e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2037  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.6 
 
 
568 aa  209  1e-52  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.55 
 
 
567 aa  208  3e-52  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.11146 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1347  hydrogenase 1 large subunit  28.04 
 
 
597 aa  204  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1038  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.25 
 
 
558 aa  204  5e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.368471  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2138  periplasmic (NiFe) hydrogenase, large subunit, isozyme 1  29.38 
 
 
568 aa  203  6e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0471  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.84 
 
 
545 aa  203  6e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.980581  normal  0.166741 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2320  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.27 
 
 
570 aa  203  7e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1531  hydrogenase 1 large subunit  28.04 
 
 
597 aa  203  7e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.447937  normal  0.256595 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1985  hydrogenase 1 large subunit  28.04 
 
 
597 aa  203  7e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1929  hydrogenase 1 large subunit  28.04 
 
 
597 aa  203  8e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1925  hydrogenase 1 large subunit  28.04 
 
 
597 aa  203  8e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3805  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.92 
 
 
540 aa  199  1.0000000000000001e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.793332 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1954  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.99 
 
 
485 aa  199  1.0000000000000001e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.935689  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00976  hydrogenase 1, large subunit  27.88 
 
 
597 aa  197  3e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.170036  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2671  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.88 
 
 
597 aa  197  3e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00020942  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1081  hydrogenase 1 large subunit  27.88 
 
 
597 aa  197  3e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.674487  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3329  hydrogenase 2 large subunit  30.48 
 
 
567 aa  197  3e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00983  hypothetical protein  27.88 
 
 
597 aa  197  3e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.201249  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1209  hydrogenase 1 large subunit  27.88 
 
 
597 aa  197  3e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1088  hydrogenase 1 large subunit  27.88 
 
 
597 aa  197  3e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000594285  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2144  hydrogenase 1 large subunit  27.88 
 
 
597 aa  197  3e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.375749  normal  0.757738 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3394  hydrogenase 2 large subunit  30.53 
 
 
567 aa  197  4.0000000000000005e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.571998 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3320  hydrogenase 2 large subunit  30.53 
 
 
567 aa  197  4.0000000000000005e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.118706  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1076  hydrogen:quinone oxidoreductase  28.03 
 
 
535 aa  197  4.0000000000000005e-49  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.108784  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3495  hydrogenase 2 large subunit  30.53 
 
 
567 aa  197  4.0000000000000005e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.233634  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3400  hydrogenase 2 large subunit  30.53 
 
 
567 aa  197  4.0000000000000005e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2342  hydrogenase 1 large subunit  28.01 
 
 
597 aa  197  4.0000000000000005e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.514327  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50580  Membrane bound nickel-dependent hydrogenase, large subunit, HoxG  28.12 
 
 
602 aa  197  5.000000000000001e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.980558  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2531  hydrogenase 2 large subunit  29.02 
 
 
568 aa  197  5.000000000000001e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.597514  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02870  hydrogenase 2, large subunit  29.08 
 
 
567 aa  197  6e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0702  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.08 
 
 
567 aa  197  6e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0699  hydrogenase 2 large subunit  29.56 
 
 
567 aa  197  6e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3463  hydrogenase 2 large subunit  29.08 
 
 
567 aa  197  6e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3280  hydrogenase 2 large subunit  29.08 
 
 
567 aa  197  6e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3174  hydrogenase 2 large subunit  29.08 
 
 
567 aa  197  6e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3421  hydrogenase 2 large subunit  29.08 
 
 
567 aa  197  6e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4306  hydrogenase 2 large subunit  29.08 
 
 
567 aa  197  6e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.228665  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02819  hypothetical protein  29.08 
 
 
567 aa  197  6e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3960  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.29 
 
 
472 aa  196  9e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3886  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.85 
 
 
531 aa  196  1e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.713091 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1435  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.12 
 
 
577 aa  195  2e-48  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.611833  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2010  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.52 
 
 
482 aa  194  3e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2032  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.6 
 
 
567 aa  194  4e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0709763  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1678  hydrogenase large chain  27.96 
 
 
567 aa  192  2e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2889  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.87 
 
 
505 aa  191  2.9999999999999997e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3404  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.24 
 
 
573 aa  191  2.9999999999999997e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.37903  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2144  hydrogen:quinone oxidoreductase  28.28 
 
 
475 aa  190  7e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.883688  normal  0.196706 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0493  hydrogenase large subunit  28.62 
 
 
475 aa  190  8e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1368  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.87 
 
 
571 aa  190  8e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1907  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.5 
 
 
567 aa  189  1e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.022032 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2089  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.35 
 
 
567 aa  189  1e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2493  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.47 
 
 
484 aa  189  1e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00408967  normal  0.431982 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1902  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase large chain  27.6 
 
 
572 aa  188  2e-46  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0939  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase large chain  26.63 
 
 
573 aa  188  2e-46  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0992433  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1413  hydrogenase 2 large subunit  29.54 
 
 
568 aa  188  2e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2098  quinone-reactive Ni/Fe hydrogenase, large subunit  27.92 
 
 
567 aa  188  3e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0100  aminodeoxychorismate lyase  27.4 
 
 
572 aa  188  3e-46  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0667384  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4121  hydrogen:quinone oxidoreductase  27.15 
 
 
496 aa  187  3e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1633  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  27.31 
 
 
600 aa  187  5e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3520  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.92 
 
 
567 aa  187  6e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1709  [Ni/Fe] hydrogenase large subunit  27.88 
 
 
600 aa  187  6e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1798  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  27.88 
 
 
600 aa  187  6e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.570579  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1650  [Ni/Fe] hydrogenase large subunit  27.88 
 
 
600 aa  187  6e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3865  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.07 
 
 
562 aa  187  6e-46  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1642  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  27.88 
 
 
600 aa  187  6e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.251142  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2135  periplasmic (NiFeSe) hydrogenase, large subunit, selenocysteine-containing  28.42 
 
 
488 aa  186  1.0000000000000001e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1995  uptake hydrogenase accessory  27.16 
 
 
479 aa  186  1.0000000000000001e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1818  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.62 
 
 
531 aa  185  2.0000000000000003e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2104  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.1 
 
 
567 aa  185  2.0000000000000003e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2503  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.75 
 
 
567 aa  185  2.0000000000000003e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.153272 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0785  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.43 
 
 
560 aa  184  4.0000000000000006e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.433799  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_120  Ni/Fe hydrogenase, large subunit  39.87 
 
 
526 aa  184  4.0000000000000006e-45  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0342  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.84 
 
 
485 aa  184  5.0000000000000004e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0846503  normal  0.979503 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1348  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.01 
 
 
509 aa  183  6e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3378  NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 kDa subunit  27.86 
 
 
474 aa  184  6e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.40537  normal 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3198  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.33 
 
 
547 aa  183  6e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3774  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.86 
 
 
480 aa  183  7e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.967031 
 
 
-
 
NC_002936  DET0110  [Ni/Fe] hydrogenase, group 1, large subunit, putative  39.87 
 
 
526 aa  183  1e-44  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2907  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.02 
 
 
531 aa  182  2e-44  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3213  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.02 
 
 
531 aa  182  2e-44  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1764  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.56 
 
 
568 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1946  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.43 
 
 
560 aa  181  2.9999999999999997e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>