More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_3198 on replicon NC_008036
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011726  PCC8801_3213  nickel-dependent hydrogenase large subunit  72.08 
 
 		 531 aa  830    Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0702  hydrogenase-2, large subunit  72.83 
 
 		 532 aa  839    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0850  Hydrogen:quinone oxidoreductase  72.83 
 
 		 532 aa  839    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.844824 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4595  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  73.86 
 
 		 531 aa  839    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.63509  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1818  nickel-dependent hydrogenase large subunit  74.33 
 
 		 531 aa  844    Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3198  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  100 
 
 		 547 aa  1142    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3763  nickel-dependent hydrogenase large subunit  80.75 
 
 		 532 aa  928    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3368  hydrogen:quinone oxidoreductase  71.91 
 
 		 534 aa  839    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0461  uptake hydrogenase large subunit  81.7 
 
 		 532 aa  937    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0412944  normal  0.0758473 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3865  nickel-dependent hydrogenase large subunit  71.59 
 
 		 562 aa  828    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2907  nickel-dependent hydrogenase large subunit  72.08 
 
 		 531 aa  830    Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3886  nickel-dependent hydrogenase large subunit  56.74 
 
 		 531 aa  619  1e-176  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.713091 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3805  nickel-dependent hydrogenase large subunit  55.87 
 
 		 540 aa  609  1e-173  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.793332 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3224  cytochrome-c3 hydrogenase  54.99 
 
 		 535 aa  602  1.0000000000000001e-171  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.851787  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0471  nickel-dependent hydrogenase large subunit  55.68 
 
 		 545 aa  600  1e-170  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.980581  normal  0.166741 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2366  hydrogen:quinone oxidoreductase  54.97 
 
 		 536 aa  597  1e-169  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.201655  normal  0.04307 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1076  hydrogen:quinone oxidoreductase  53.11 
 
 		 535 aa  574  1.0000000000000001e-162  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.108784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0923  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  36.98 
 
 		 513 aa  355  1e-96  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1348  nickel-dependent hydrogenase large subunit  37.09 
 
 		 509 aa  332  9e-90  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2889  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.91 
 
 		 505 aa  295  2e-78  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2806  HupV protein  35.35 
 
 		 485 aa  289  8e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1954  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  34.38 
 
 		 485 aa  280  3e-74  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.935689  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3774  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  34.57 
 
 		 480 aa  277  4e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.967031 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1153  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.44 
 
 		 481 aa  275  2.0000000000000002e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.5 
 
 		 488 aa  275  2.0000000000000002e-72  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4121  hydrogen:quinone oxidoreductase  34.1 
 
 		 496 aa  271  2e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2493  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.86 
 
 		 484 aa  268  2.9999999999999995e-70  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00408967  normal  0.431982 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3095  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  34.63 
 
 		 477 aa  266  5e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3378  NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 kDa subunit  35.48 
 
 		 474 aa  265  2e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.40537  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2010  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  34.58 
 
 		 482 aa  263  4e-69  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0342  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.17 
 
 		 485 aa  256  5e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0846503  normal  0.979503 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2144  hydrogen:quinone oxidoreductase  34.56 
 
 		 475 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.883688  normal  0.196706 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1995  uptake hydrogenase accessory  33.4 
 
 		 479 aa  254  3e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0493  hydrogenase large subunit  34.37 
 
 		 475 aa  252  9.000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3960  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  32.94 
 
 		 472 aa  251  2e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1161  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.14 
 
 		 481 aa  241  2e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2742  Hydrogen:quinone oxidoreductase  31.04 
 
 		 518 aa  237  5.0000000000000005e-61  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000126046  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1042  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.61 
 
 		 485 aa  229  1e-58  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.90765  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.86 
 
 		 517 aa  228  2e-58  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1969  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.93 
 
 		 514 aa  226  6e-58  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.668451  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1787  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.02 
 
 		 481 aa  224  2e-57  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.993845  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1245  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.14 
 
 		 566 aa  221  3e-56  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.11159 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2138  periplasmic (NiFe) hydrogenase, large subunit, isozyme 1  27.19 
 
 		 568 aa  219  7.999999999999999e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2952  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.16 
 
 		 546 aa  216  7e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.437472 
 
 
-
 
NC_002936  DET0110  [Ni/Fe] hydrogenase, group 1, large subunit, putative  28.87 
 
 		 526 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0273  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.84 
 
 		 488 aa  212  2e-53  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.328721 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.37 
 
 		 567 aa  211  3e-53  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.11146 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0258  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.72 
 
 		 526 aa  209  1e-52  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0544  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.69 
 
 		 566 aa  208  2e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2055  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.6 
 
 		 566 aa  208  2e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1940  hydrogen:quinone oxidoreductase  30.38 
 
 		 475 aa  206  8e-52  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_120  Ni/Fe hydrogenase, large subunit  27.53 
 
 		 526 aa  206  9e-52  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3331  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.56 
 
 		 566 aa  204  3e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1231  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.59 
 
 		 458 aa  204  4e-51  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12910  Ni,Fe-hydrogenase I large subunit  26.7 
 
 		 545 aa  202  9.999999999999999e-51  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.343906  normal  0.388227 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1678  hydrogenase large chain  26.62 
 
 		 567 aa  201  3e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0266  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.99 
 
 		 566 aa  201  3.9999999999999996e-50  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.322067  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0766  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.93 
 
 		 569 aa  200  6e-50  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0122  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.69 
 
 		 564 aa  199  9e-50  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.254382  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1846  methanophenazine-reducing hydrogenase, large subunit  28.67 
 
 		 591 aa  198  2.0000000000000003e-49  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3329  hydrogenase 2 large subunit  27.49 
 
 		 567 aa  197  3e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3394  hydrogenase 2 large subunit  27.49 
 
 		 567 aa  197  3e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.571998 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3495  hydrogenase 2 large subunit  27.49 
 
 		 567 aa  197  3e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.233634  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3400  hydrogenase 2 large subunit  27.49 
 
 		 567 aa  197  3e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3320  hydrogenase 2 large subunit  27.49 
 
 		 567 aa  197  3e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.118706  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0873  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.89 
 
 		 569 aa  197  5.000000000000001e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2320  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.88 
 
 		 570 aa  196  7e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1163  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.26 
 
 		 597 aa  196  8.000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.28682  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1038  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.06 
 
 		 558 aa  196  1e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.368471  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0699  hydrogenase 2 large subunit  27.46 
 
 		 567 aa  196  1e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02870  hydrogenase 2, large subunit  27.46 
 
 		 567 aa  195  2e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0702  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.46 
 
 		 567 aa  195  2e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3421  hydrogenase 2 large subunit  27.46 
 
 		 567 aa  195  2e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3174  hydrogenase 2 large subunit  27.46 
 
 		 567 aa  195  2e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3280  hydrogenase 2 large subunit  27.46 
 
 		 567 aa  195  2e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02819  hypothetical protein  27.46 
 
 		 567 aa  195  2e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3463  hydrogenase 2 large subunit  27.46 
 
 		 567 aa  195  2e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4306  hydrogenase 2 large subunit  27.46 
 
 		 567 aa  195  2e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.228665  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.38 
 
 		 570 aa  193  6e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3136  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.32 
 
 		 559 aa  192  1e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1447  hydrogenase large chain  27.47 
 
 		 572 aa  192  1e-47  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.333249  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1126  Cytochrome-c3 hydrogenase  27.67 
 
 		 559 aa  192  2e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2503  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.05 
 
 		 567 aa  192  2e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.153272 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3098  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.2 
 
 		 597 aa  191  2.9999999999999997e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0973  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.51 
 
 		 572 aa  191  4e-47  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.000120136  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1861  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.67 
 
 		 572 aa  190  4e-47  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0165  nickel-iron hydrogenase, large subunit  28.27 
 
 		 597 aa  190  5e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0497936  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1821  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.79 
 
 		 567 aa  189  8e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.545248  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2156  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.79 
 
 		 567 aa  189  9e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.352792  normal  0.370314 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1879  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.79 
 
 		 567 aa  189  9e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08540  Ni,Fe-hydrogenase I large subunit  26.38 
 
 		 548 aa  189  1e-46  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.481337 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3988  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.51 
 
 		 598 aa  189  1e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0856  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.49 
 
 		 572 aa  189  1e-46  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3756  periplasmic (NiFe) hydrogenase, large subunit, isozyme 2  27.49 
 
 		 554 aa  187  3e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1248  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.98 
 
 		 488 aa  187  3e-46  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.210122 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2135  periplasmic (NiFeSe) hydrogenase, large subunit, selenocysteine-containing  30.3 
 
 		 488 aa  186  6e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0785  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.62 
 
 		 560 aa  186  7e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.433799  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3375  hypothetical protein  26.91 
 
 		 596 aa  186  7e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.281049  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2104  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.85 
 
 		 567 aa  186  7e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2089  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.41 
 
 		 567 aa  186  1.0000000000000001e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>