More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_1954 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008825  Mpe_A2806  HupV protein  83.3 
 
 		 485 aa  835    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1954  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  100 
 
 		 485 aa  989    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.935689  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4121  hydrogen:quinone oxidoreductase  59.15 
 
 		 496 aa  561  1.0000000000000001e-159  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2493  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  55.46 
 
 		 484 aa  511  1e-144  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00408967  normal  0.431982 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2010  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  56.67 
 
 		 482 aa  501  1e-140  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3960  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  55.05 
 
 		 472 aa  495  1e-139  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3095  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  53.51 
 
 		 477 aa  493  9.999999999999999e-139  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0493  hydrogenase large subunit  57.49 
 
 		 475 aa  489  1e-137  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  53.48 
 
 		 488 aa  489  1e-137  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2144  hydrogen:quinone oxidoreductase  56.88 
 
 		 475 aa  487  1e-136  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.883688  normal  0.196706 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0342  nickel-dependent hydrogenase large subunit  53 
 
 		 485 aa  484  1e-135  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0846503  normal  0.979503 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3774  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  51.64 
 
 		 480 aa  482  1e-135  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.967031 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3378  NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 kDa subunit  55.12 
 
 		 474 aa  481  1e-134  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.40537  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1995  uptake hydrogenase accessory  52.16 
 
 		 479 aa  481  1e-134  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1153  nickel-dependent hydrogenase large subunit  49.48 
 
 		 481 aa  444  1e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1161  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  50.52 
 
 		 481 aa  443  1e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2889  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  38.38 
 
 		 505 aa  330  5.0000000000000004e-89  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1348  nickel-dependent hydrogenase large subunit  36.4 
 
 		 509 aa  298  2e-79  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3224  cytochrome-c3 hydrogenase  35.08 
 
 		 535 aa  285  9e-76  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.851787  normal  1 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3198  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  34.38 
 
 		 547 aa  280  3e-74  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0471  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.04 
 
 		 545 aa  278  2e-73  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.980581  normal  0.166741 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3886  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.92 
 
 		 531 aa  276  4e-73  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.713091 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1076  hydrogen:quinone oxidoreductase  36.56 
 
 		 535 aa  275  1.0000000000000001e-72  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.108784  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3213  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.33 
 
 		 531 aa  273  3e-72  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2907  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.33 
 
 		 531 aa  273  3e-72  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3805  nickel-dependent hydrogenase large subunit  35.27 
 
 		 540 aa  273  7e-72  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.793332 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3763  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.72 
 
 		 532 aa  272  9e-72  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3368  hydrogen:quinone oxidoreductase  33.53 
 
 		 534 aa  272  1e-71  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1818  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.14 
 
 		 531 aa  270  2.9999999999999997e-71  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3865  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.05 
 
 		 562 aa  270  2.9999999999999997e-71  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0702  hydrogenase-2, large subunit  33.2 
 
 		 532 aa  270  4e-71  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0850  Hydrogen:quinone oxidoreductase  33.2 
 
 		 532 aa  270  4e-71  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.844824 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0461  uptake hydrogenase large subunit  33.79 
 
 		 532 aa  266  8.999999999999999e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0412944  normal  0.0758473 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0923  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.86 
 
 		 513 aa  263  6e-69  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4595  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  32.56 
 
 		 531 aa  263  6e-69  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.63509  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2366  hydrogen:quinone oxidoreductase  34.11 
 
 		 536 aa  262  1e-68  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.201655  normal  0.04307 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1042  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.81 
 
 		 485 aa  261  2e-68  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.90765  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1787  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.94 
 
 		 481 aa  257  3e-67  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.993845  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0805  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32.24 
 
 		 465 aa  241  1e-62  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2742  Hydrogen:quinone oxidoreductase  31.26 
 
 		 518 aa  241  2e-62  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000126046  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1940  hydrogen:quinone oxidoreductase  31.98 
 
 		 475 aa  238  2e-61  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1071  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.05 
 
 		 470 aa  236  1.0000000000000001e-60  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.018808  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1231  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.17 
 
 		 458 aa  233  4.0000000000000004e-60  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32.83 
 
 		 517 aa  231  2e-59  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1846  methanophenazine-reducing hydrogenase, large subunit  29.41 
 
 		 591 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_120  Ni/Fe hydrogenase, large subunit  28.47 
 
 		 526 aa  218  2e-55  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1038  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.9 
 
 		 558 aa  216  7e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.368471  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2135  periplasmic (NiFeSe) hydrogenase, large subunit, selenocysteine-containing  29.54 
 
 		 488 aa  213  5.999999999999999e-54  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1248  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.62 
 
 		 488 aa  211  3e-53  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.210122 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0258  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.1 
 
 		 526 aa  210  4e-53  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0110  [Ni/Fe] hydrogenase, group 1, large subunit, putative  28.1 
 
 		 526 aa  210  6e-53  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0273  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.25 
 
 		 488 aa  209  9e-53  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.328721 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1969  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.76 
 
 		 514 aa  207  3e-52  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.668451  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3404  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.9 
 
 		 573 aa  201  1.9999999999999998e-50  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.37903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1840  methanophenazine-reducing hydrogenase, large subunit  28.99 
 
 		 596 aa  199  1.0000000000000001e-49  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0613857  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1245  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.7 
 
 		 566 aa  198  2.0000000000000003e-49  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.11159 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0544  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.58 
 
 		 566 aa  197  4.0000000000000005e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2952  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.74 
 
 		 546 aa  194  2e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.437472 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3320  hydrogenase 2 large subunit  26.72 
 
 		 567 aa  195  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.118706  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02870  hydrogenase 2, large subunit  26.9 
 
 		 567 aa  194  3e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0702  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.9 
 
 		 567 aa  194  3e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3394  hydrogenase 2 large subunit  27.65 
 
 		 567 aa  194  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.571998 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3329  hydrogenase 2 large subunit  27.65 
 
 		 567 aa  194  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3463  hydrogenase 2 large subunit  26.9 
 
 		 567 aa  194  3e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3400  hydrogenase 2 large subunit  27.65 
 
 		 567 aa  194  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3421  hydrogenase 2 large subunit  26.9 
 
 		 567 aa  194  3e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3280  hydrogenase 2 large subunit  26.9 
 
 		 567 aa  194  3e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2055  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.79 
 
 		 566 aa  194  3e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4306  hydrogenase 2 large subunit  26.9 
 
 		 567 aa  194  3e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.228665  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02819  hypothetical protein  26.9 
 
 		 567 aa  194  3e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3174  hydrogenase 2 large subunit  26.9 
 
 		 567 aa  194  3e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3495  hydrogenase 2 large subunit  27.65 
 
 		 567 aa  194  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.233634  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0699  hydrogenase 2 large subunit  26.9 
 
 		 567 aa  194  4e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1447  hydrogenase large chain  29.33 
 
 		 572 aa  192  2e-47  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.333249  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0718  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.42 
 
 		 549 aa  192  2e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.338951 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0122  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.47 
 
 		 564 aa  190  4e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.254382  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0785  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.54 
 
 		 560 aa  190  4e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.433799  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0266  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.64 
 
 		 566 aa  189  5.999999999999999e-47  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.322067  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1413  hydrogenase 2 large subunit  27.46 
 
 		 568 aa  189  7e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03860  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.59 
 
 		 470 aa  189  8e-47  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0873  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.38 
 
 		 569 aa  189  8e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.53 
 
 		 567 aa  189  1e-46  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.11146 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3331  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.96 
 
 		 566 aa  188  2e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1946  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26 
 
 		 560 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0854  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.66 
 
 		 572 aa  184  3e-45  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.255543 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2032  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.83 
 
 		 567 aa  184  4.0000000000000006e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0709763  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2320  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.16 
 
 		 570 aa  183  5.0000000000000004e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3136  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.94 
 
 		 559 aa  183  5.0000000000000004e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4240  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.76 
 
 		 563 aa  181  2e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1126  Cytochrome-c3 hydrogenase  27.34 
 
 		 559 aa  181  4e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12910  Ni,Fe-hydrogenase I large subunit  29.74 
 
 		 545 aa  180  4.999999999999999e-44  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.343906  normal  0.388227 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1733  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.97 
 
 		 549 aa  180  4.999999999999999e-44  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2098  quinone-reactive Ni/Fe hydrogenase, large subunit  27.73 
 
 		 567 aa  179  9e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50580  Membrane bound nickel-dependent hydrogenase, large subunit, HoxG  26.48 
 
 		 602 aa  179  1e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.980558  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1678  hydrogenase large chain  27.96 
 
 		 567 aa  179  1e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4091  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.47 
 
 		 568 aa  178  2e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0995107  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2531  hydrogenase 2 large subunit  26.46 
 
 		 568 aa  177  3e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.597514  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2503  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.6 
 
 		 567 aa  177  3e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.153272 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2104  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.7 
 
 		 567 aa  176  6e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.54 
 
 		 559 aa  176  9e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>