More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Adeg_1787 on replicon NC_013385
Organism: Ammonifex degensii KC4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013385  Adeg_1787  nickel-dependent hydrogenase large subunit  100 
 
 		 481 aa  992    Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.993845  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1231  nickel-dependent hydrogenase large subunit  70.15 
 
 		 458 aa  679    Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1042  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  61.33 
 
 		 485 aa  622  1e-177  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.90765  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0110  [Ni/Fe] hydrogenase, group 1, large subunit, putative  51.27 
 
 		 526 aa  507  9.999999999999999e-143  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_120  Ni/Fe hydrogenase, large subunit  50.1 
 
 		 526 aa  495  1e-139  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0258  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  50.78 
 
 		 526 aa  496  1e-139  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1248  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  50.63 
 
 		 488 aa  480  1e-134  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.210122 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0273  nickel-dependent hydrogenase large subunit  49.79 
 
 		 488 aa  474  1e-132  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.328721 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2135  periplasmic (NiFeSe) hydrogenase, large subunit, selenocysteine-containing  50.42 
 
 		 488 aa  464  1e-129  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1969  nickel-dependent hydrogenase large subunit  47.67 
 
 		 514 aa  460  9.999999999999999e-129  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.668451  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2952  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  44.16 
 
 		 546 aa  424  1e-117  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.437472 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1940  hydrogen:quinone oxidoreductase  44.52 
 
 		 475 aa  405  1.0000000000000001e-112  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2742  Hydrogen:quinone oxidoreductase  43.97 
 
 		 518 aa  404  1e-111  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000126046  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0266  nickel-dependent hydrogenase large subunit  41.93 
 
 		 566 aa  404  1e-111  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.322067  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0766  nickel-dependent hydrogenase large subunit  42.83 
 
 		 569 aa  402  9.999999999999999e-111  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  43.5 
 
 		 517 aa  393  1e-108  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1071  nickel-dependent hydrogenase large subunit  39.83 
 
 		 470 aa  390  1e-107  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.018808  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2320  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  40.61 
 
 		 570 aa  390  1e-107  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1038  nickel-dependent hydrogenase large subunit  41.2 
 
 		 558 aa  391  1e-107  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.368471  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2138  periplasmic (NiFe) hydrogenase, large subunit, isozyme 1  40.77 
 
 		 568 aa  386  1e-106  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  41.31 
 
 		 567 aa  387  1e-106  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.11146 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2055  nickel-dependent hydrogenase large subunit  41.01 
 
 		 566 aa  385  1e-106  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  39.75 
 
 		 570 aa  388  1e-106  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1245  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  40.75 
 
 		 566 aa  385  1e-105  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.11159 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0873  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  40.43 
 
 		 569 aa  379  1e-104  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0122  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  40.07 
 
 		 564 aa  376  1e-103  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.254382  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0544  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  40.39 
 
 		 566 aa  378  1e-103  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3331  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  39.57 
 
 		 566 aa  375  1e-103  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0854  nickel-dependent hydrogenase large subunit  38.83 
 
 		 572 aa  366  1e-100  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.255543 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1861  nickel-dependent hydrogenase large subunit  39.72 
 
 		 572 aa  366  1e-100  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1447  hydrogenase large chain  39.18 
 
 		 572 aa  360  3e-98  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.333249  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0973  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  39.72 
 
 		 572 aa  357  2.9999999999999997e-97  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.000120136  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1592  nickel-dependent hydrogenase large subunit  39.96 
 
 		 572 aa  357  3.9999999999999996e-97  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.663154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0856  nickel-dependent hydrogenase large subunit  38.26 
 
 		 572 aa  355  1e-96  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2028  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  38.1 
 
 		 595 aa  354  2e-96  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2884  nickel-dependent hydrogenase large subunit  38.84 
 
 		 585 aa  354  2e-96  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.308731  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3286  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  38.84 
 
 		 585 aa  354  2e-96  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0179  uptake hydrogenase large subunit  39.01 
 
 		 570 aa  352  8e-96  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0337  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  38.6 
 
 		 598 aa  351  1e-95  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0168031  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1946  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  37.68 
 
 		 560 aa  350  3e-95  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3404  nickel-dependent hydrogenase large subunit  37.43 
 
 		 573 aa  350  4e-95  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.37903  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0805  nickel-dependent hydrogenase large subunit  39.19 
 
 		 465 aa  349  5e-95  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3771  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  37.68 
 
 		 597 aa  349  6e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.292608  normal  0.910106 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1368  nickel-dependent hydrogenase large subunit  38.08 
 
 		 571 aa  349  7e-95  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2503  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  37.5 
 
 		 567 aa  348  8e-95  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.153272 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4240  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  39.21 
 
 		 563 aa  348  1e-94  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3988  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  36.91 
 
 		 598 aa  347  3e-94  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1155  nickel-dependent hydrogenase large subunit  37.5 
 
 		 597 aa  345  8e-94  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.295857  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0785  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  36.35 
 
 		 560 aa  345  1e-93  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.433799  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0165  nickel-iron hydrogenase, large subunit  37.15 
 
 		 597 aa  343  4e-93  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0497936  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1633  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  36.95 
 
 		 600 aa  343  4e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1650  [Ni/Fe] hydrogenase large subunit  36.95 
 
 		 600 aa  343  4e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1642  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  36.95 
 
 		 600 aa  343  4e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.251142  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1798  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  36.95 
 
 		 600 aa  343  4e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.570579  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1709  [Ni/Fe] hydrogenase large subunit  36.95 
 
 		 600 aa  343  4e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7264  nickel-dependent hydrogenase large subunit  36.8 
 
 		 596 aa  341  2e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.340015 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1163  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  36.38 
 
 		 597 aa  341  2e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.28682  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2915  nickel-dependent hydrogenase large subunit  37.54 
 
 		 571 aa  340  2.9999999999999998e-92  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.289083 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1997  uptake hydrogenase large subunit precursor  36.91 
 
 		 596 aa  339  7e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1375  Ni-Fe hydrogenase large chain  37.54 
 
 		 596 aa  338  9.999999999999999e-92  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0200361  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12910  Ni,Fe-hydrogenase I large subunit  36.84 
 
 		 545 aa  335  7e-91  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.343906  normal  0.388227 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0718  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  38.2 
 
 		 549 aa  335  7.999999999999999e-91  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.338951 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1162  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  37.5 
 
 		 596 aa  335  1e-90  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.122791  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4091  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  36.49 
 
 		 568 aa  335  1e-90  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0995107  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3907  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  37.66 
 
 		 578 aa  334  2e-90  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3329  hydrogenase 2 large subunit  35.36 
 
 		 567 aa  333  4e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1678  hydrogenase large chain  35.96 
 
 		 567 aa  333  4e-90  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3394  hydrogenase 2 large subunit  35.36 
 
 		 567 aa  333  5e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.571998 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3495  hydrogenase 2 large subunit  35.36 
 
 		 567 aa  333  5e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.233634  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3400  hydrogenase 2 large subunit  35.36 
 
 		 567 aa  333  5e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3320  hydrogenase 2 large subunit  35.36 
 
 		 567 aa  332  6e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.118706  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1266  Ni-Fe hydrogenase large chain  36.56 
 
 		 583 aa  332  1e-89  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3136  nickel-dependent hydrogenase large subunit  36.55 
 
 		 559 aa  331  1e-89  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1126  Cytochrome-c3 hydrogenase  36.36 
 
 		 559 aa  330  4e-89  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3520  nickel-dependent hydrogenase large subunit  37.61 
 
 		 567 aa  330  5.0000000000000004e-89  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0496  hydrogenase protein large subunit  36.01 
 
 		 596 aa  329  8e-89  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2147  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  36.01 
 
 		 596 aa  329  8e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0605986  normal  0.266797 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3098  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  36.27 
 
 		 597 aa  328  1.0000000000000001e-88  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1276  nickel-dependent hydrogenase large subunit  36.5 
 
 		 554 aa  327  2.0000000000000001e-88  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.438048  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2098  quinone-reactive Ni/Fe hydrogenase, large subunit  35.73 
 
 		 567 aa  327  3e-88  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0699  hydrogenase 2 large subunit  35 
 
 		 567 aa  327  4.0000000000000003e-88  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2089  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  35.55 
 
 		 567 aa  326  5e-88  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2342  hydrogenase 1 large subunit  36.33 
 
 		 597 aa  326  5e-88  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.514327  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2156  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  35.55 
 
 		 567 aa  326  5e-88  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.352792  normal  0.370314 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1879  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  35.55 
 
 		 567 aa  326  5e-88  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00976  hydrogenase 1, large subunit  36.33 
 
 		 597 aa  326  6e-88  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.170036  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2671  nickel-dependent hydrogenase large subunit  36.33 
 
 		 597 aa  326  6e-88  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00020942  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2144  hydrogenase 1 large subunit  36.33 
 
 		 597 aa  326  6e-88  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.375749  normal  0.757738 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1088  hydrogenase 1 large subunit  36.33 
 
 		 597 aa  326  6e-88  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000594285  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00983  hypothetical protein  36.33 
 
 		 597 aa  326  6e-88  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.201249  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1821  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  35.55 
 
 		 567 aa  326  6e-88  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.545248  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1081  hydrogenase 1 large subunit  36.33 
 
 		 597 aa  326  6e-88  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.674487  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02870  hydrogenase 2, large subunit  35 
 
 		 567 aa  325  9e-88  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0702  nickel-dependent hydrogenase large subunit  35 
 
 		 567 aa  325  9e-88  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1413  hydrogenase 2 large subunit  36.19 
 
 		 568 aa  325  9e-88  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3421  hydrogenase 2 large subunit  35 
 
 		 567 aa  325  9e-88  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3280  hydrogenase 2 large subunit  35 
 
 		 567 aa  325  9e-88  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4306  hydrogenase 2 large subunit  35 
 
 		 567 aa  325  9e-88  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.228665  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3463  hydrogenase 2 large subunit  35 
 
 		 567 aa  325  9e-88  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02819  hypothetical protein  35 
 
 		 567 aa  325  9e-88  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>