More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daud_1940 on replicon NC_010424
Organism: Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010424  Daud_1940  hydrogen:quinone oxidoreductase  100 
 
 
475 aa  970    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1787  nickel-dependent hydrogenase large subunit  44.52 
 
 
481 aa  405  1.0000000000000001e-112  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.993845  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1071  nickel-dependent hydrogenase large subunit  40.31 
 
 
470 aa  399  9.999999999999999e-111  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.018808  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03860  nickel-dependent hydrogenase large subunit  41.42 
 
 
470 aa  392  1e-108  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1231  nickel-dependent hydrogenase large subunit  43.42 
 
 
458 aa  390  1e-107  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1042  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  43.23 
 
 
485 aa  387  1e-106  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.90765  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1969  nickel-dependent hydrogenase large subunit  40.16 
 
 
514 aa  374  1e-102  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.668451  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0110  [Ni/Fe] hydrogenase, group 1, large subunit, putative  38.33 
 
 
526 aa  360  4e-98  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_120  Ni/Fe hydrogenase, large subunit  38.13 
 
 
526 aa  360  4e-98  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0258  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  38.13 
 
 
526 aa  354  2e-96  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0273  nickel-dependent hydrogenase large subunit  39.07 
 
 
488 aa  352  7e-96  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.328721 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1248  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  39.57 
 
 
488 aa  346  7e-94  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.210122 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2135  periplasmic (NiFeSe) hydrogenase, large subunit, selenocysteine-containing  40.34 
 
 
488 aa  340  4e-92  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0805  nickel-dependent hydrogenase large subunit  41.19 
 
 
465 aa  337  2.9999999999999997e-91  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2952  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  34.21 
 
 
546 aa  307  3e-82  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.437472 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1245  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.21 
 
 
566 aa  285  1.0000000000000001e-75  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.11159 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.15 
 
 
567 aa  284  2.0000000000000002e-75  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.11146 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2138  periplasmic (NiFe) hydrogenase, large subunit, isozyme 1  33.33 
 
 
568 aa  283  4.0000000000000003e-75  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0766  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.71 
 
 
569 aa  283  5.000000000000001e-75  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2320  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  31.71 
 
 
570 aa  280  5e-74  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1038  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.08 
 
 
558 aa  279  6e-74  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.368471  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32.25 
 
 
570 aa  279  9e-74  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2010  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  36.94 
 
 
482 aa  276  6e-73  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0266  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32.58 
 
 
566 aa  276  6e-73  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.322067  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2055  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32.67 
 
 
566 aa  276  7e-73  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.92 
 
 
517 aa  275  1.0000000000000001e-72  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0122  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  32.12 
 
 
564 aa  275  2.0000000000000002e-72  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.254382  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3331  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  31.52 
 
 
566 aa  274  2.0000000000000002e-72  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3404  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.75 
 
 
573 aa  270  5.9999999999999995e-71  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.37903  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  35.9 
 
 
488 aa  268  1e-70  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4121  hydrogen:quinone oxidoreductase  35.21 
 
 
496 aa  267  2.9999999999999995e-70  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2742  Hydrogen:quinone oxidoreductase  33.4 
 
 
518 aa  265  1e-69  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000126046  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4240  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.99 
 
 
563 aa  263  4.999999999999999e-69  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0342  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.69 
 
 
485 aa  263  4.999999999999999e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0846503  normal  0.979503 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3960  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  34.22 
 
 
472 aa  261  1e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0873  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.89 
 
 
569 aa  261  1e-68  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0544  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  32.01 
 
 
566 aa  261  2e-68  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08540  Ni,Fe-hydrogenase I large subunit  31.83 
 
 
548 aa  260  4e-68  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.481337 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1946  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.15 
 
 
560 aa  259  6e-68  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0785  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.98 
 
 
560 aa  259  1e-67  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.433799  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1163  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  31.76 
 
 
597 aa  258  1e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.28682  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3520  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.99 
 
 
567 aa  256  5e-67  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12910  Ni,Fe-hydrogenase I large subunit  31.69 
 
 
545 aa  256  6e-67  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.343906  normal  0.388227 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0973  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.54 
 
 
572 aa  256  6e-67  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.000120136  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0699  hydrogenase 2 large subunit  30.22 
 
 
567 aa  255  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1368  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32.14 
 
 
571 aa  254  2.0000000000000002e-66  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0337  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.43 
 
 
598 aa  254  2.0000000000000002e-66  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0168031  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1153  nickel-dependent hydrogenase large subunit  35.93 
 
 
481 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1642  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  30.66 
 
 
600 aa  253  4.0000000000000004e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.251142  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1650  [Ni/Fe] hydrogenase large subunit  30.66 
 
 
600 aa  253  4.0000000000000004e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1709  [Ni/Fe] hydrogenase large subunit  30.66 
 
 
600 aa  253  4.0000000000000004e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1633  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  30.49 
 
 
600 aa  253  4.0000000000000004e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1798  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  30.66 
 
 
600 aa  253  4.0000000000000004e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.570579  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3771  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.29 
 
 
597 aa  253  5.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.292608  normal  0.910106 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02870  hydrogenase 2, large subunit  30.04 
 
 
567 aa  253  6e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0702  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.04 
 
 
567 aa  253  6e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0856  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.86 
 
 
572 aa  253  6e-66  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3280  hydrogenase 2 large subunit  30.04 
 
 
567 aa  253  6e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3421  hydrogenase 2 large subunit  30.04 
 
 
567 aa  253  6e-66  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.08 
 
 
559 aa  253  6e-66  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3174  hydrogenase 2 large subunit  30.04 
 
 
567 aa  253  6e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3463  hydrogenase 2 large subunit  30.04 
 
 
567 aa  253  6e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02819  hypothetical protein  30.04 
 
 
567 aa  253  6e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4306  hydrogenase 2 large subunit  30.04 
 
 
567 aa  253  6e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.228665  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3136  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.43 
 
 
559 aa  253  8.000000000000001e-66  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1995  uptake hydrogenase accessory  35.05 
 
 
479 aa  252  9.000000000000001e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2915  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32.09 
 
 
571 aa  252  1e-65  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.289083 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1126  Cytochrome-c3 hydrogenase  29.43 
 
 
559 aa  251  1e-65  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2028  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  31.7 
 
 
595 aa  251  2e-65  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00976  hydrogenase 1, large subunit  31.47 
 
 
597 aa  251  3e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.170036  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2671  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.47 
 
 
597 aa  251  3e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00020942  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3320  hydrogenase 2 large subunit  29.68 
 
 
567 aa  251  3e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.118706  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0165  nickel-iron hydrogenase, large subunit  30.45 
 
 
597 aa  251  3e-65  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0497936  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3394  hydrogenase 2 large subunit  29.68 
 
 
567 aa  251  3e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.571998 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3495  hydrogenase 2 large subunit  29.68 
 
 
567 aa  251  3e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.233634  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2144  hydrogenase 1 large subunit  31.47 
 
 
597 aa  251  3e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.375749  normal  0.757738 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00983  hypothetical protein  31.47 
 
 
597 aa  251  3e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.201249  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1088  hydrogenase 1 large subunit  31.47 
 
 
597 aa  251  3e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000594285  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3400  hydrogenase 2 large subunit  29.68 
 
 
567 aa  251  3e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1081  hydrogenase 1 large subunit  31.47 
 
 
597 aa  251  3e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.674487  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3329  hydrogenase 2 large subunit  29.68 
 
 
567 aa  250  3e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1209  hydrogenase 1 large subunit  31.47 
 
 
597 aa  250  4e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1162  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.96 
 
 
596 aa  250  4e-65  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.122791  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1861  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.8 
 
 
572 aa  249  5e-65  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2342  hydrogenase 1 large subunit  31.29 
 
 
597 aa  248  2e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.514327  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7264  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32.63 
 
 
596 aa  248  2e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.340015 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2806  HupV protein  32.4 
 
 
485 aa  246  4.9999999999999997e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3368  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.65 
 
 
570 aa  246  6e-64  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2531  hydrogenase 2 large subunit  31.83 
 
 
568 aa  245  9.999999999999999e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.597514  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1413  hydrogenase 2 large subunit  32.19 
 
 
568 aa  244  1.9999999999999999e-63  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3098  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.78 
 
 
597 aa  244  3e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1276  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.09 
 
 
554 aa  243  3.9999999999999997e-63  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.438048  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0854  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.79 
 
 
572 aa  243  3.9999999999999997e-63  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.255543 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0718  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.77 
 
 
549 aa  243  5e-63  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.338951 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1592  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.5 
 
 
572 aa  243  6e-63  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.663154  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3286  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  29.42 
 
 
585 aa  243  7e-63  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2884  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.42 
 
 
585 aa  243  7e-63  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.308731  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3375  hypothetical protein  30.9 
 
 
596 aa  243  7e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.281049  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1447  hydrogenase large chain  30.28 
 
 
572 aa  242  1e-62  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.333249  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1161  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  34.16 
 
 
481 aa  242  1e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>