More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_1995 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3774  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  69.17 
 
 		 480 aa  662    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.967031 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1995  uptake hydrogenase accessory  100 
 
 		 479 aa  962    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1153  nickel-dependent hydrogenase large subunit  67.57 
 
 		 481 aa  620  1e-176  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1161  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  68.48 
 
 		 481 aa  619  1e-176  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2010  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  59.09 
 
 		 482 aa  522  1e-147  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3960  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  55 
 
 		 472 aa  502  1e-141  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2806  HupV protein  52.67 
 
 		 485 aa  488  1e-137  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  54.04 
 
 		 488 aa  491  1e-137  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1954  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  52.16 
 
 		 485 aa  489  1e-137  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.935689  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2493  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  53.21 
 
 		 484 aa  490  1e-137  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00408967  normal  0.431982 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0342  nickel-dependent hydrogenase large subunit  52.92 
 
 		 485 aa  477  1e-133  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0846503  normal  0.979503 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3378  NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 kDa subunit  54.05 
 
 		 474 aa  467  9.999999999999999e-131  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.40537  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4121  hydrogen:quinone oxidoreductase  52.62 
 
 		 496 aa  462  1e-129  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0493  hydrogenase large subunit  54.89 
 
 		 475 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2144  hydrogen:quinone oxidoreductase  54.89 
 
 		 475 aa  453  1.0000000000000001e-126  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.883688  normal  0.196706 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3095  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  52.09 
 
 		 477 aa  453  1.0000000000000001e-126  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2889  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  39.52 
 
 		 505 aa  325  1e-87  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3886  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.17 
 
 		 531 aa  283  6.000000000000001e-75  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.713091 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1348  nickel-dependent hydrogenase large subunit  36.63 
 
 		 509 aa  280  5e-74  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3213  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.33 
 
 		 531 aa  275  1.0000000000000001e-72  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2907  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.33 
 
 		 531 aa  275  1.0000000000000001e-72  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3368  hydrogen:quinone oxidoreductase  34.11 
 
 		 534 aa  273  7e-72  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3763  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.66 
 
 		 532 aa  268  1e-70  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3805  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.24 
 
 		 540 aa  267  2.9999999999999995e-70  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.793332 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1818  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32.95 
 
 		 531 aa  265  2e-69  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3865  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.66 
 
 		 562 aa  263  4e-69  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0923  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.33 
 
 		 513 aa  259  5.0000000000000005e-68  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1076  hydrogen:quinone oxidoreductase  34.7 
 
 		 535 aa  260  5.0000000000000005e-68  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.108784  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1787  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.34 
 
 		 481 aa  260  5.0000000000000005e-68  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.993845  n/a   
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3198  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.4 
 
 		 547 aa  259  7e-68  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4595  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.4 
 
 		 531 aa  258  1e-67  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.63509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0461  uptake hydrogenase large subunit  33.27 
 
 		 532 aa  257  3e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0412944  normal  0.0758473 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3224  cytochrome-c3 hydrogenase  32.75 
 
 		 535 aa  254  2.0000000000000002e-66  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.851787  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1071  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.1 
 
 		 470 aa  254  2.0000000000000002e-66  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.018808  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2366  hydrogen:quinone oxidoreductase  32.55 
 
 		 536 aa  254  3e-66  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.201655  normal  0.04307 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0702  hydrogenase-2, large subunit  32.75 
 
 		 532 aa  253  6e-66  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0850  Hydrogen:quinone oxidoreductase  32.75 
 
 		 532 aa  253  6e-66  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.844824 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1940  hydrogen:quinone oxidoreductase  35.05 
 
 		 475 aa  253  6e-66  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0471  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.77 
 
 		 545 aa  250  5e-65  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.980581  normal  0.166741 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1042  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  32.46 
 
 		 485 aa  248  2e-64  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.90765  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1231  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.71 
 
 		 458 aa  242  1e-62  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0258  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.06 
 
 		 526 aa  236  5.0000000000000005e-61  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1846  methanophenazine-reducing hydrogenase, large subunit  30.57 
 
 		 591 aa  235  2.0000000000000002e-60  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0110  [Ni/Fe] hydrogenase, group 1, large subunit, putative  30.13 
 
 		 526 aa  229  1e-58  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_120  Ni/Fe hydrogenase, large subunit  30.06 
 
 		 526 aa  229  1e-58  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2742  Hydrogen:quinone oxidoreductase  30.6 
 
 		 518 aa  223  8e-57  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000126046  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0805  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.4 
 
 		 465 aa  219  7e-56  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.7 
 
 		 517 aa  203  6e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1969  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.34 
 
 		 514 aa  201  1.9999999999999998e-50  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.668451  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0273  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.92 
 
 		 488 aa  199  9e-50  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.328721 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1946  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.67 
 
 		 560 aa  196  1e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3329  hydrogenase 2 large subunit  27.62 
 
 		 567 aa  193  7e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3495  hydrogenase 2 large subunit  27.62 
 
 		 567 aa  192  8e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.233634  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3320  hydrogenase 2 large subunit  27.62 
 
 		 567 aa  192  8e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.118706  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3394  hydrogenase 2 large subunit  27.62 
 
 		 567 aa  192  8e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.571998 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3400  hydrogenase 2 large subunit  27.62 
 
 		 567 aa  192  8e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1840  methanophenazine-reducing hydrogenase, large subunit  27.16 
 
 		 596 aa  192  1e-47  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0613857  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1248  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.1 
 
 		 488 aa  192  1e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.210122 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2320  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.85 
 
 		 570 aa  191  2.9999999999999997e-47  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.32 
 
 		 570 aa  189  9e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03860  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.83 
 
 		 470 aa  187  3e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0699  hydrogenase 2 large subunit  26.8 
 
 		 567 aa  187  3e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1245  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.81 
 
 		 566 aa  187  3e-46  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.11159 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02870  hydrogenase 2, large subunit  26.8 
 
 		 567 aa  187  5e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0702  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.8 
 
 		 567 aa  187  5e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3280  hydrogenase 2 large subunit  26.8 
 
 		 567 aa  187  5e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3174  hydrogenase 2 large subunit  26.8 
 
 		 567 aa  187  5e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02819  hypothetical protein  26.8 
 
 		 567 aa  187  5e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4306  hydrogenase 2 large subunit  26.8 
 
 		 567 aa  187  5e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.228665  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3463  hydrogenase 2 large subunit  26.8 
 
 		 567 aa  187  5e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3421  hydrogenase 2 large subunit  26.8 
 
 		 567 aa  187  5e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1105  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.26 
 
 		 584 aa  186  6e-46  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.01 
 
 		 559 aa  186  1.0000000000000001e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1678  hydrogenase large chain  28.6 
 
 		 567 aa  186  1.0000000000000001e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1038  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.4 
 
 		 558 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.368471  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2952  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.37 
 
 		 546 aa  185  2.0000000000000003e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.437472 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2032  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.37 
 
 		 567 aa  184  3e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0709763  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1368  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.93 
 
 		 571 aa  183  5.0000000000000004e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1276  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.67 
 
 		 554 aa  182  8.000000000000001e-45  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.438048  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0785  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.16 
 
 		 560 aa  182  9.000000000000001e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.433799  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3404  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.89 
 
 		 573 aa  181  2e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.37903  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2055  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.12 
 
 		 566 aa  181  2.9999999999999997e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0873  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.71 
 
 		 569 aa  181  2.9999999999999997e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1907  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.65 
 
 		 567 aa  180  4e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.022032 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2531  hydrogenase 2 large subunit  27.61 
 
 		 568 aa  179  8e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.597514  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1126  Cytochrome-c3 hydrogenase  26.87 
 
 		 559 aa  179  1e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2915  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.19 
 
 		 571 aa  178  1e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.289083 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1888  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.67 
 
 		 567 aa  178  2e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.261784  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2135  periplasmic (NiFeSe) hydrogenase, large subunit, selenocysteine-containing  30.5 
 
 		 488 aa  178  2e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2037  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.43 
 
 		 568 aa  178  2e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3136  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.84 
 
 		 559 aa  178  2e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2089  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.95 
 
 		 567 aa  178  2e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.03 
 
 		 567 aa  177  4e-43  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.11146 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2405  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.67 
 
 		 567 aa  177  4e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.286384  hitchhiker  0.000502851 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1921  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.67 
 
 		 567 aa  177  4e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1914  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.67 
 
 		 567 aa  177  4e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.392356  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1821  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.01 
 
 		 567 aa  176  6e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.545248  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2156  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.88 
 
 		 567 aa  176  6e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.352792  normal  0.370314 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1879  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.88 
 
 		 567 aa  176  6e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2884  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.07 
 
 		 585 aa  176  7e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.308731  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>