More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3774 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1153  nickel-dependent hydrogenase large subunit  75.16 
 
 		 481 aa  694    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3774  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  100 
 
 		 480 aa  951    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.967031 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1161  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  77.87 
 
 		 481 aa  707    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1995  uptake hydrogenase accessory  69.17 
 
 		 479 aa  650    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  54.13 
 
 		 488 aa  489  1e-137  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2144  hydrogen:quinone oxidoreductase  58.92 
 
 		 475 aa  489  1e-137  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.883688  normal  0.196706 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2010  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  56.7 
 
 		 482 aa  490  1e-137  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2493  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  53.93 
 
 		 484 aa  491  1e-137  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00408967  normal  0.431982 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3960  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  54.68 
 
 		 472 aa  487  1e-136  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0493  hydrogenase large subunit  58.92 
 
 		 475 aa  486  1e-136  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1954  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  51.64 
 
 		 485 aa  482  1e-135  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.935689  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3378  NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 kDa subunit  55.81 
 
 		 474 aa  480  1e-134  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.40537  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2806  HupV protein  52.25 
 
 		 485 aa  477  1e-133  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0342  nickel-dependent hydrogenase large subunit  53.32 
 
 		 485 aa  470  1.0000000000000001e-131  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0846503  normal  0.979503 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3095  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  53.03 
 
 		 477 aa  460  9.999999999999999e-129  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4121  hydrogen:quinone oxidoreductase  51.61 
 
 		 496 aa  455  1e-127  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2889  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  37.33 
 
 		 505 aa  304  2.0000000000000002e-81  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3213  nickel-dependent hydrogenase large subunit  35.53 
 
 		 531 aa  295  1e-78  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2907  nickel-dependent hydrogenase large subunit  35.53 
 
 		 531 aa  295  1e-78  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3886  nickel-dependent hydrogenase large subunit  35.27 
 
 		 531 aa  291  2e-77  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.713091 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3368  hydrogen:quinone oxidoreductase  35.15 
 
 		 534 aa  285  1.0000000000000001e-75  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3763  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.17 
 
 		 532 aa  278  2e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3198  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  34.57 
 
 		 547 aa  277  3e-73  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1818  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.77 
 
 		 531 aa  276  7e-73  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1348  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.95 
 
 		 509 aa  276  8e-73  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3865  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.79 
 
 		 562 aa  271  2e-71  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0461  uptake hydrogenase large subunit  34.24 
 
 		 532 aa  268  1e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0412944  normal  0.0758473 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0471  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.94 
 
 		 545 aa  268  2e-70  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.980581  normal  0.166741 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3805  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.31 
 
 		 540 aa  266  5.999999999999999e-70  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.793332 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0702  hydrogenase-2, large subunit  33.46 
 
 		 532 aa  266  7e-70  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0850  Hydrogen:quinone oxidoreductase  33.46 
 
 		 532 aa  266  7e-70  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.844824 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3224  cytochrome-c3 hydrogenase  34.24 
 
 		 535 aa  264  3e-69  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.851787  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4595  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.59 
 
 		 531 aa  262  8e-69  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.63509  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1076  hydrogen:quinone oxidoreductase  34.68 
 
 		 535 aa  261  2e-68  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.108784  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2366  hydrogen:quinone oxidoreductase  32.18 
 
 		 536 aa  260  5.0000000000000005e-68  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.201655  normal  0.04307 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1787  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.48 
 
 		 481 aa  259  1e-67  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.993845  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0923  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  32.73 
 
 		 513 aa  252  9.000000000000001e-66  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1940  hydrogen:quinone oxidoreductase  32.72 
 
 		 475 aa  242  1e-62  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1042  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.4 
 
 		 485 aa  242  1e-62  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.90765  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1071  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.43 
 
 		 470 aa  232  1e-59  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.018808  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1231  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32.19 
 
 		 458 aa  231  3e-59  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_120  Ni/Fe hydrogenase, large subunit  30.19 
 
 		 526 aa  227  4e-58  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0110  [Ni/Fe] hydrogenase, group 1, large subunit, putative  30.56 
 
 		 526 aa  226  5.0000000000000005e-58  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0258  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.19 
 
 		 526 aa  225  1e-57  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2742  Hydrogen:quinone oxidoreductase  30.8 
 
 		 518 aa  221  1.9999999999999999e-56  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000126046  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0805  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.16 
 
 		 465 aa  217  2.9999999999999998e-55  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1846  methanophenazine-reducing hydrogenase, large subunit  29.43 
 
 		 591 aa  212  1e-53  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0273  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.4 
 
 		 488 aa  204  4e-51  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.328721 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.39 
 
 		 517 aa  200  5e-50  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1969  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.49 
 
 		 514 aa  193  5e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.668451  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1248  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.06 
 
 		 488 aa  187  5e-46  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.210122 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1946  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.91 
 
 		 560 aa  186  1.0000000000000001e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.83 
 
 		 570 aa  184  2.0000000000000003e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1447  hydrogenase large chain  28.42 
 
 		 572 aa  184  3e-45  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.333249  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2320  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.32 
 
 		 570 aa  183  5.0000000000000004e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2135  periplasmic (NiFeSe) hydrogenase, large subunit, selenocysteine-containing  29.48 
 
 		 488 aa  183  5.0000000000000004e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0785  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.41 
 
 		 560 aa  183  6e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.433799  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1840  methanophenazine-reducing hydrogenase, large subunit  26.86 
 
 		 596 aa  183  6e-45  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0613857  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0854  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.3 
 
 		 572 aa  180  5.999999999999999e-44  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.255543 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1038  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.34 
 
 		 558 aa  180  5.999999999999999e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.368471  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0856  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.5 
 
 		 572 aa  179  9e-44  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3329  hydrogenase 2 large subunit  26.84 
 
 		 567 aa  179  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3400  hydrogenase 2 large subunit  26.84 
 
 		 567 aa  179  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3394  hydrogenase 2 large subunit  26.84 
 
 		 567 aa  179  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.571998 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3320  hydrogenase 2 large subunit  26.84 
 
 		 567 aa  179  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.118706  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3495  hydrogenase 2 large subunit  26.84 
 
 		 567 aa  179  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.233634  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0718  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.12 
 
 		 549 aa  178  2e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.338951 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0699  hydrogenase 2 large subunit  26.68 
 
 		 567 aa  177  3e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03860  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.48 
 
 		 470 aa  177  5e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02870  hydrogenase 2, large subunit  26.68 
 
 		 567 aa  176  6e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0702  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.68 
 
 		 567 aa  176  6e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3280  hydrogenase 2 large subunit  26.68 
 
 		 567 aa  176  6e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02819  hypothetical protein  26.68 
 
 		 567 aa  176  6e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3463  hydrogenase 2 large subunit  26.68 
 
 		 567 aa  176  6e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3174  hydrogenase 2 large subunit  26.68 
 
 		 567 aa  176  6e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4306  hydrogenase 2 large subunit  26.68 
 
 		 567 aa  176  6e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.228665  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4240  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.84 
 
 		 563 aa  176  6e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3421  hydrogenase 2 large subunit  26.68 
 
 		 567 aa  176  6e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.27 
 
 		 559 aa  176  7e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2104  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.37 
 
 		 567 aa  176  7e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2952  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.91 
 
 		 546 aa  176  7e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.437472 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1861  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.61 
 
 		 572 aa  176  9.999999999999999e-43  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0973  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.73 
 
 		 572 aa  174  1.9999999999999998e-42  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.000120136  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3404  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.74 
 
 		 573 aa  174  5e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.37903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0544  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.9 
 
 		 566 aa  173  5e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1105  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.14 
 
 		 584 aa  173  6.999999999999999e-42  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0873  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.57 
 
 		 569 aa  172  9e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3136  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.96 
 
 		 559 aa  172  1e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1592  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.13 
 
 		 572 aa  172  1e-41  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.663154  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1126  Cytochrome-c3 hydrogenase  26.96 
 
 		 559 aa  172  1e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1413  hydrogenase 2 large subunit  27.4 
 
 		 568 aa  172  1e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1245  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.64 
 
 		 566 aa  172  2e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.11159 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2055  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.86 
 
 		 566 aa  171  3e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3331  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.22 
 
 		 566 aa  171  3e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1678  hydrogenase large chain  27.44 
 
 		 567 aa  171  3e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2037  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.03 
 
 		 568 aa  169  9e-41  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0266  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.04 
 
 		 566 aa  169  1e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.322067  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2531  hydrogenase 2 large subunit  27.27 
 
 		 568 aa  168  2e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.597514  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1907  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.75 
 
 		 567 aa  168  2e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.022032 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2032  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.04 
 
 		 567 aa  168  2e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0709763  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>