More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HY04AAS1_1400 on replicon NC_011126
Organism: Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011126  HY04AAS1_1400  nickel-dependent hydrogenase large subunit  100 
 
 
439 aa  897    Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.2671  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1437  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.71 
 
 
417 aa  253  5.000000000000001e-66  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3886  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.1 
 
 
531 aa  219  5e-56  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.713091 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0471  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.3 
 
 
545 aa  210  4e-53  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.980581  normal  0.166741 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3224  cytochrome-c3 hydrogenase  27.83 
 
 
535 aa  204  2e-51  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.851787  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1818  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.18 
 
 
531 aa  202  9e-51  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3805  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.75 
 
 
540 aa  198  1.0000000000000001e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.793332 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1348  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.38 
 
 
509 aa  197  3e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4595  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.59 
 
 
531 aa  192  1e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.63509  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0461  uptake hydrogenase large subunit  26.56 
 
 
532 aa  191  2e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0412944  normal  0.0758473 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0850  Hydrogen:quinone oxidoreductase  27.06 
 
 
532 aa  191  2.9999999999999997e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.844824 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0702  hydrogenase-2, large subunit  27.06 
 
 
532 aa  191  2.9999999999999997e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3368  hydrogen:quinone oxidoreductase  26.36 
 
 
534 aa  189  5.999999999999999e-47  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2366  hydrogen:quinone oxidoreductase  26.74 
 
 
536 aa  187  4e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.201655  normal  0.04307 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0923  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.6 
 
 
513 aa  186  6e-46  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2907  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.2 
 
 
531 aa  185  2.0000000000000003e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3198  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.24 
 
 
547 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3213  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.2 
 
 
531 aa  185  2.0000000000000003e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3763  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.85 
 
 
532 aa  182  1e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3865  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.9 
 
 
562 aa  181  2e-44  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1076  hydrogen:quinone oxidoreductase  27.01 
 
 
535 aa  178  2e-43  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.108784  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2889  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.88 
 
 
505 aa  175  1.9999999999999998e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  23.4 
 
 
488 aa  164  3e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3378  NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 kDa subunit  24.27 
 
 
474 aa  160  3e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.40537  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3774  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.66 
 
 
480 aa  159  1e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.967031 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3095  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  24.1 
 
 
477 aa  154  2.9999999999999998e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1161  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  24.95 
 
 
481 aa  150  3e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1995  uptake hydrogenase accessory  24.8 
 
 
479 aa  150  4e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3960  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  24.95 
 
 
472 aa  148  2.0000000000000003e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2010  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  23.53 
 
 
482 aa  145  2e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1153  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.36 
 
 
481 aa  142  9e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1954  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  22.86 
 
 
485 aa  142  9e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.935689  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2806  HupV protein  24.14 
 
 
485 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0342  nickel-dependent hydrogenase large subunit  22.73 
 
 
485 aa  140  3e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0846503  normal  0.979503 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2493  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  22.15 
 
 
484 aa  139  1e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00408967  normal  0.431982 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4121  hydrogen:quinone oxidoreductase  24.14 
 
 
496 aa  138  2e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03860  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.36 
 
 
470 aa  134  3e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2144  hydrogen:quinone oxidoreductase  22.74 
 
 
475 aa  134  3.9999999999999996e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.883688  normal  0.196706 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0493  hydrogenase large subunit  23.74 
 
 
475 aa  133  5e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1787  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.83 
 
 
481 aa  131  3e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.993845  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1231  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.38 
 
 
458 aa  124  4e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1071  nickel-dependent hydrogenase large subunit  24.8 
 
 
470 aa  124  4e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.018808  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1940  hydrogen:quinone oxidoreductase  25.41 
 
 
475 aa  120  3.9999999999999996e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1042  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  24.38 
 
 
485 aa  118  1.9999999999999998e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.90765  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0273  nickel-dependent hydrogenase large subunit  23.84 
 
 
488 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.328721 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1969  nickel-dependent hydrogenase large subunit  24.95 
 
 
514 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.668451  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  23.9 
 
 
517 aa  109  8.000000000000001e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1248  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  24.33 
 
 
488 aa  109  1e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.210122 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0805  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.43 
 
 
465 aa  108  2e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2135  periplasmic (NiFeSe) hydrogenase, large subunit, selenocysteine-containing  25.41 
 
 
488 aa  108  2e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2742  Hydrogen:quinone oxidoreductase  22.9 
 
 
518 aa  107  4e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000126046  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1907  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  21.08 
 
 
567 aa  95.1  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.022032 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2032  nickel-dependent hydrogenase large subunit  22.3 
 
 
567 aa  94.7  3e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0709763  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0996  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.67 
 
 
418 aa  94.4  3e-18  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0070  nickel-dependent hydrogenase large subunit  23.35 
 
 
471 aa  94.7  3e-18  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0114  NAD-reducing hydrogenase, beta subunit  21.77 
 
 
494 aa  94.4  4e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1525  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  23.2 
 
 
488 aa  94  5e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000894187  hitchhiker  0.00486844 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1215  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.96 
 
 
418 aa  93.2  8e-18  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2102  nickel-dependent hydrogenase large subunit  23.11 
 
 
472 aa  93.2  9e-18  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.782605  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1007  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  21.78 
 
 
455 aa  92.8  1e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2104  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  22.87 
 
 
567 aa  92  2e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4113  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  23.86 
 
 
489 aa  91.7  2e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0509028  normal  0.183384 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2098  quinone-reactive Ni/Fe hydrogenase, large subunit  21.59 
 
 
567 aa  90.9  4e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1764  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  20.98 
 
 
568 aa  90.5  5e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2915  nickel-dependent hydrogenase large subunit  20.74 
 
 
571 aa  90.5  5e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.289083 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0977  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.45 
 
 
418 aa  90.5  5e-17  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.390644  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0969  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.28 
 
 
418 aa  90.5  5e-17  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2089  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  21.59 
 
 
567 aa  89.4  1e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1821  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  20.9 
 
 
567 aa  89.4  1e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.545248  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2156  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  20.9 
 
 
567 aa  89.4  1e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.352792  normal  0.370314 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1879  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  20.9 
 
 
567 aa  89.4  1e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0097  nickel-dependent hydrogenase large subunit  23.24 
 
 
475 aa  89  1e-16  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.325648  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1712  F420-non-reducing hydrogenase subunit A  25.22 
 
 
418 aa  88.6  2e-16  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4661  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  23.03 
 
 
487 aa  88.6  2e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3539  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  24.06 
 
 
474 aa  89  2e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0920  coenzyme F420-reducing hydrogenase alpha subunit-like protein  23.72 
 
 
379 aa  87.8  3e-16  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2476  nickel-dependent hydrogenase large subunit  21.99 
 
 
473 aa  87  6e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.795621  normal  0.410999 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4240  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  21.25 
 
 
563 aa  87  6e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2605  nickel-dependent hydrogenase large subunit  22.84 
 
 
439 aa  86.3  0.000000000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0537031  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1861  nickel-dependent hydrogenase large subunit  23.17 
 
 
572 aa  85.5  0.000000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4496  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  23.01 
 
 
430 aa  85.1  0.000000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.401222  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1459  nickel-dependent hydrogenase large subunit  20.9 
 
 
504 aa  85.5  0.000000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.720227 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0078  nickel-dependent hydrogenase large subunit  23.73 
 
 
474 aa  85.1  0.000000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0080  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.66 
 
 
421 aa  85.5  0.000000000000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.303597  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0110  [Ni/Fe] hydrogenase, group 1, large subunit, putative  21.97 
 
 
526 aa  84.7  0.000000000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0652  F420-non-reducing hydrogenase subunit A  22.57 
 
 
471 aa  84.7  0.000000000000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1678  hydrogenase large chain  22.84 
 
 
567 aa  84.7  0.000000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0544  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  23.5 
 
 
566 aa  84.3  0.000000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0982  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  23.4 
 
 
487 aa  84  0.000000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4043  nickel-dependent hydrogenase large subunit  23.32 
 
 
473 aa  83.6  0.000000000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0198059 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0531  putative nickel-dependent hydrogenase, large subunit  21.82 
 
 
504 aa  83.2  0.000000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2132  nickel-dependent hydrogenase large subunit  24.61 
 
 
425 aa  82.4  0.00000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0448433  normal  0.0283043 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2013  nickel-dependent hydrogenase large subunit  23.48 
 
 
487 aa  82.8  0.00000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2532  hypothetical protein  25.81 
 
 
430 aa  81.6  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1368  nickel-dependent hydrogenase large subunit  22.92 
 
 
475 aa  81.6  0.00000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1162  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  21.77 
 
 
596 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.122791  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0507  nickel-dependent hydrogenase large subunit  23.54 
 
 
429 aa  81.3  0.00000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2250  nickel-dependent hydrogenase large subunit  21.89 
 
 
488 aa  80.5  0.00000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0169608  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2387  hypothetical protein  25.43 
 
 
430 aa  80.1  0.00000000000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0937  [NiFe] hydrogenase, alpha subunit, putative  24.51 
 
 
422 aa  79.7  0.00000000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.952693  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>