More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1525 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_1525  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  100 
 
 		 488 aa  1011    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000894187  hitchhiker  0.00486844 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4113  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  81.35 
 
 		 489 aa  842    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0509028  normal  0.183384 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0982  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  51.33 
 
 		 487 aa  479  1e-134  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0114  NAD-reducing hydrogenase, beta subunit  50.31 
 
 		 494 aa  477  1e-133  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2250  nickel-dependent hydrogenase large subunit  49.49 
 
 		 488 aa  477  1e-133  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0169608  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1459  nickel-dependent hydrogenase large subunit  50.31 
 
 		 504 aa  476  1e-133  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.720227 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2748  nickel-dependent hydrogenase large subunit  49.69 
 
 		 488 aa  473  1e-132  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1673  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  50.62 
 
 		 493 aa  457  1e-127  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.521628  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3855  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  48.66 
 
 		 507 aa  455  1.0000000000000001e-126  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0531  putative nickel-dependent hydrogenase, large subunit  46.61 
 
 		 504 aa  451  1e-125  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0078  nickel-dependent hydrogenase large subunit  45.36 
 
 		 474 aa  448  1.0000000000000001e-124  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1215  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  45.57 
 
 		 499 aa  432  1e-120  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0417903 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2476  nickel-dependent hydrogenase large subunit  44.17 
 
 		 473 aa  423  1e-117  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.795621  normal  0.410999 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0095  nickel-dependent hydrogenase large subunit  45.23 
 
 		 474 aa  419  1e-116  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0092  nickel-dependent hydrogenase large subunit  45.23 
 
 		 474 aa  419  1e-116  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.643449 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4160  nickel-dependent hydrogenase large subunit  44.83 
 
 		 474 aa  415  9.999999999999999e-116  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2716  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  45.33 
 
 		 479 aa  415  1e-114  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.892044  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4043  nickel-dependent hydrogenase large subunit  44.56 
 
 		 473 aa  409  1e-113  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0198059 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4661  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  44.18 
 
 		 487 aa  406  1.0000000000000001e-112  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3539  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  44.33 
 
 		 474 aa  405  1e-111  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2102  nickel-dependent hydrogenase large subunit  43.95 
 
 		 472 aa  401  9.999999999999999e-111  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.782605  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2791  nickel-dependent hydrogenase large subunit  43.12 
 
 		 482 aa  394  1e-108  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.119602  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1368  nickel-dependent hydrogenase large subunit  44.11 
 
 		 475 aa  392  1e-108  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2555  NAD-reducing hydrogenase HoxS beta subunit  43.74 
 
 		 476 aa  390  1e-107  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.148056  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1113  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  41.6 
 
 		 476 aa  378  1e-103  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.301961  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2718  NAD-reducing hydrogenase, beta subunit  41.46 
 
 		 478 aa  369  1e-101  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2013  nickel-dependent hydrogenase large subunit  39.52 
 
 		 487 aa  359  6e-98  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_553  nickel-dependent hydrogenase, group 3, large subunit  39.51 
 
 		 479 aa  348  1e-94  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0139726  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0615  hydrogenase, group 3, VhuA subunit, putative  39.43 
 
 		 479 aa  347  2e-94  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0588  F420-non-reducing hydrogenase subunit A  39.63 
 
 		 479 aa  347  3e-94  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204108  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1651  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  38.48 
 
 		 485 aa  345  1e-93  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0097  nickel-dependent hydrogenase large subunit  39.74 
 
 		 475 aa  340  5e-92  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.325648  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2258  nickel-dependent hydrogenase large subunit  39.63 
 
 		 486 aa  337  3.9999999999999995e-91  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3680  nickel-dependent hydrogenase large subunit  40.08 
 
 		 509 aa  331  2e-89  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0782936  normal  0.503756 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0070  nickel-dependent hydrogenase large subunit  39.38 
 
 		 471 aa  330  5.0000000000000004e-89  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0652  F420-non-reducing hydrogenase subunit A  40.47 
 
 		 471 aa  328  2.0000000000000001e-88  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4314  nickel-dependent hydrogenase large subunit  37.9 
 
 		 494 aa  320  3.9999999999999996e-86  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4292  nickel-dependent hydrogenase large subunit  37.7 
 
 		 494 aa  318  1e-85  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1712  F420-non-reducing hydrogenase subunit A  39.53 
 
 		 418 aa  317  3e-85  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0977  nickel-dependent hydrogenase large subunit  39.07 
 
 		 418 aa  317  3e-85  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.390644  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0969  nickel-dependent hydrogenase large subunit  38.37 
 
 		 418 aa  314  1.9999999999999998e-84  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2221  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  37.58 
 
 		 482 aa  311  1e-83  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.794889  normal  0.78316 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0996  nickel-dependent hydrogenase large subunit  38 
 
 		 418 aa  310  4e-83  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1215  nickel-dependent hydrogenase large subunit  37.59 
 
 		 418 aa  305  1.0000000000000001e-81  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4162  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  36.69 
 
 		 494 aa  305  2.0000000000000002e-81  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0906302  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1007  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  38.08 
 
 		 455 aa  303  4.0000000000000003e-81  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3537  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  38.03 
 
 		 469 aa  302  7.000000000000001e-81  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2419  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  38.41 
 
 		 473 aa  300  5e-80  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.954862  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3320  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  36.46 
 
 		 473 aa  297  3e-79  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3972  nickel-dependent hydrogenase large subunit  38.19 
 
 		 473 aa  297  3e-79  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000529156 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3884  nickel-dependent hydrogenase large subunit  37.58 
 
 		 473 aa  288  2e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4306  nickel-dependent hydrogenase large subunit  38.23 
 
 		 498 aa  284  2.0000000000000002e-75  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.891144  normal  0.552071 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1791  hydrogen dehydrogenase  38.09 
 
 		 449 aa  283  5.000000000000001e-75  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1553  nickel-dependent hydrogenase large subunit  36.67 
 
 		 479 aa  281  3e-74  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3954  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  35.67 
 
 		 449 aa  260  3e-68  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.644029 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1929  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.75 
 
 		 425 aa  172  7.999999999999999e-42  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2132  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.3 
 
 		 425 aa  170  5e-41  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0448433  normal  0.0283043 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2169  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.45 
 
 		 424 aa  170  7e-41  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0245  hydrogenase/sulfur reductase, alpha subunit  28.76 
 
 		 426 aa  169  1e-40  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.392685  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2499  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.56 
 
 		 424 aa  168  2e-40  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2097  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.14 
 
 		 424 aa  166  1.0000000000000001e-39  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2605  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.55 
 
 		 439 aa  162  1e-38  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0537031  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0080  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.3 
 
 		 421 aa  159  8e-38  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.303597  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4496  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.06 
 
 		 430 aa  158  2e-37  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.401222  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2660  Coenzyme F420 hydrogenase  28.91 
 
 		 433 aa  158  2e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.041142  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1256  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.25 
 
 		 430 aa  149  1.0000000000000001e-34  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1055  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.3 
 
 		 432 aa  147  3e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.620596 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2590  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.51 
 
 		 433 aa  146  7.0000000000000006e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.282401  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0937  [NiFe] hydrogenase, alpha subunit, putative  30.47 
 
 		 422 aa  146  8.000000000000001e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.952693  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1019  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.06 
 
 		 431 aa  141  3e-32  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00653003 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2387  hypothetical protein  28.48 
 
 		 430 aa  137  3.0000000000000003e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1138  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.85 
 
 		 431 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2532  hypothetical protein  28.14 
 
 		 430 aa  134  3e-30  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1122  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.48 
 
 		 425 aa  133  6e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3416  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.6 
 
 		 430 aa  132  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.291194  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3479  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.6 
 
 		 430 aa  132  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.441341  normal  0.0523033 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3427  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.6 
 
 		 430 aa  132  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.260108 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1968  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.79 
 
 		 423 aa  131  3e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0507  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.28 
 
 		 429 aa  127  4.0000000000000003e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1263  hypothetical protein  27.87 
 
 		 433 aa  126  9e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.321319  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1071  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.68 
 
 		 470 aa  126  9e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.018808  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2249  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.74 
 
 		 423 aa  125  2e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04400  Soluble nickel-dependent hydrogenase, large subunit, HoxH  26.87 
 
 		 419 aa  124  4e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3474  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.95 
 
 		 432 aa  124  5e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.455292  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1231  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.53 
 
 		 458 aa  124  5e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0649  coenzyme F420-reducing hydrogenase, alpha subunit  27.05 
 
 		 410 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4826  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.64 
 
 		 428 aa  119  9.999999999999999e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.106762  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1969  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.81 
 
 		 514 aa  116  1.0000000000000001e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.668451  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1787  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.33 
 
 		 481 aa  112  2.0000000000000002e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.993845  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1858  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.89 
 
 		 428 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.940457  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0884  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.81 
 
 		 432 aa  110  6e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.912975  normal  0.251676 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2287  coenzyme F420 hydrogenase, subunit alpha  25.41 
 
 		 456 aa  108  2e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.304616 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1248  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  23.55 
 
 		 488 aa  106  1e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.210122 
 
 
-
 
NC_002936  DET0110  [Ni/Fe] hydrogenase, group 1, large subunit, putative  26.53 
 
 		 526 aa  105  2e-21  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_120  Ni/Fe hydrogenase, large subunit  26.26 
 
 		 526 aa  105  2e-21  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2174  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  24.95 
 
 		 455 aa  103  9e-21  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0452  coenzyme F420-reducing hydrogenase, alpha subunit  23.49 
 
 		 456 aa  102  1e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0015  coenzyme F420-reducing hydrogenase, alpha subunit  24.9 
 
 		 455 aa  102  1e-20  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  24.91 
 
 		 517 aa  100  6e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0258  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.36 
 
 		 526 aa  99.8  9e-20  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>